Näytä vastaamattomat viestit | Näytä aktiiviset viestiketjut Tänään on 13 Joulu 2017 21:27



Vastaa viestiin  [ 7451 viestiä ]  Mene sivulle Edellinen  1 ... 359, 360, 361, 362, 363, 364, 365 ... 373  Seuraava
 Tuloksia eri projekteista 
Kirjoittaja Viesti
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6027
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Jaska kirjoitti:
Sigfrid kirjoitti:
Jaska kirjoitti:
Ja muutko komponentit sitten ovat uskottavampia? Vai oliko tämä jokin sellainen menetelmä, joka ei oikeasti näytä mitään todellista?


Kyllä, isommat tai selkeästi toisistaan eroavat komponentit ovat varmempia. Jos katselet vähän tarkemmin noita pylväitä, niin huomaat sen itsekin.

Mistä sen voisi huomata? Kun eihän saisi olla mitään ennakkokäsitystä, johon tuloksia verrataan.



Käyttämällä tervettä järkeä. Jos Korealainen osoittaa 100% itäaaasiaa, niin kiistätkö sen?

Lainaa:
Sigfrid kirjoitti:
Tämä epävarmuus on juuri sitä mikä näkyy useissa sekoitusanalyyseissä ryhmityksillä "broadly/in general/tms Asian" tms, eli ei pystytä erottamaan esimerkiksi siperiaa ja itäaasiaa.

Okei, eli jos kaksi komponenttia ovat koostumukseltaan läheisiä, niiden välillä on enemmän "epätarkkuushajaannusta" kuin kaukaisempien komponenttien välillä?


Jos katsot merelle ja näet kaksi laivaa horisontissa, niin haukankatseisena saatat erottaa toisen kyljessä tekstin Viking ja toisen kyljessä Silja. Sensijaan jos näet samalla etäisyydellä kaksi samankokoista pientä venettä, voit vain todeta että veneitä molemmat. Mutta jos toinen vene on purjevene, vaikka onkin kooltaan samankokoinen toisen kanssa, niin erotat sen mastosta erilaiseksi.

Kamerateollisuus onkin käyttänyt useamman otannan keinoa kuvan tarkentamiseksi, mm. avaruuskuvauksessa. Useampaa kuvaa yhdistämällä voidaan yksittäisten kuvien kohinaa vähentää summakuvaan ja signaali tulee paremmin esiin.

_________________
Der Teufel steckt im Details


18 Syys 2017 00:27
Profiili WWW
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 6599
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Sigfrid kirjoitti:
Jaska kirjoitti:
Sigfrid kirjoitti:
Kyllä, isommat tai selkeästi toisistaan eroavat komponentit ovat varmempia. Jos katselet vähän tarkemmin noita pylväitä, niin huomaat sen itsekin.

Mistä sen voisi huomata? Kun eihän saisi olla mitään ennakkokäsitystä, johon tuloksia verrataan.



Käyttämällä tervettä järkeä. Jos Korealainen osoittaa 100% itäaaasiaa, niin kiistätkö sen?

Enhän minä tässä ole mitään kiistämässä vaan sinä.
Ja miten terve järki muka voisi kumota genetiikan tulokset? Se voi vain epäillä, ja odottaa toista menetelmää, joka tuottaa toisen tuloksen, ja valita sitten uskoa sen menetelmän tulokseen enemmän kuin tämän.

Sigfrid kirjoitti:
Jaska kirjoitti:
Sigfrid kirjoitti:
Tämä epävarmuus on juuri sitä mikä näkyy useissa sekoitusanalyyseissä ryhmityksillä "broadly/in general/tms Asian" tms, eli ei pystytä erottamaan esimerkiksi siperiaa ja itäaasiaa.

Okei, eli jos kaksi komponenttia ovat koostumukseltaan läheisiä, niiden välillä on enemmän "epätarkkuushajaannusta" kuin kaukaisempien komponenttien välillä?


Jos katsot merelle ja näet kaksi laivaa horisontissa, niin haukankatseisena saatat erottaa toisen kyljessä tekstin Viking ja toisen kyljessä Silja. Sensijaan jos näet samalla etäisyydellä kaksi samankokoista pientä venettä, voit vain todeta että veneitä molemmat. Mutta jos toinen vene on purjevene, vaikka onkin kooltaan samankokoinen toisen kanssa, niin erotat sen mastosta erilaiseksi.

Kamerateollisuus onkin käyttänyt useamman otannan keinoa kuvan tarkentamiseksi, mm. avaruuskuvauksessa. Useampaa kuvaa yhdistämällä voidaan yksittäisten kuvien kohinaa vähentää summakuvaan ja signaali tulee paremmin esiin.

Havainnollinen esimerkki, joka liittyy erikokoisiin kohteisiin. Minä kuitenkin puhuin läheisistä komponenteista, joten vähän ohi sikäli.

_________________
"Jokainen elämä on uusi laiffi." (Nykäsestä sovittanut Häkkinen)

Y-DNA: N1c1 (Mikael Häkkinen, s. 1728 Nurmes)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä, s. 1757 Kittilä)


18 Syys 2017 04:05
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6027
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Veneet olivat esimerkki pienempien kohteiden erojen havannoinnista; mitä pienempi ja mitä enemmän samanlainen ptofiili, sitä vaikeampi on havaita eroja, joita kaikissa kohteissa kuitenkin on.

Valokuvausesimerkki oli mielestäni loistava kuvaamaan menetelmää miten heikko signaali saadaan näkyviin. Kohinan ollessa satunnaista voidaan useammalla otoksella vahvistaa kuvan poikkeamia eli ei satunnaisia jälkiä.

_________________
Der Teufel steckt im Details


18 Syys 2017 09:38
Profiili WWW
Hiljainen hämäläinen
Hiljainen hämäläinen

Liittynyt: 14 Marras 2016 13:41
Viestit: 79
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Steppe_EMBA, Iran_Armenia NE ja osaltaan Central-European BA liittyvät ilmeisesti yamnaya-tyyppiseen perimään. Värittävät mukavasti kokonaisuutta suomalaisten osalta.

_________________
Juuret: Keski-Suomi ja Laatokan Karjala
Y-DNA N1c1
mtDNA U5a


18 Syys 2017 10:09
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti

Liittynyt: 12 Elo 2013 12:41
Viestit: 3196
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Jaska kirjoitti:
Enhän minä tässä ole mitään kiistämässä vaan sinä.
Ja miten terve järki muka voisi kumota genetiikan tulokset? Se voi vain epäillä, ja odottaa toista menetelmää, joka tuottaa toisen tuloksen, ja valita sitten uskoa sen menetelmän tulokseen enemmän kuin tämän.



ADMIXTURE-tyyppiset työkalut näyttävät sekoittuneisuutta siellä missä sitä ei ole, joten se että jotain näkyy tässä tai muussa ADMIXTURE-tyyppisessä testissä ei tarkoita että sekoitusta oikeasti olisi. Neoliittista iranilaista esimerkiksi ei pitäisi Broushaki 2016:n (haplotyyppipohjainen tutkimus) olla pohjois-Euroopassa mutta sitä on kaikkialla ADMIXTURE:n mukaan.
http://www.biorxiv.org/content/biorxiv/ ... 1.full.pdf
Ohjelma mm. voi nähdä papualais-kiinalaista sekoitusta Ranskassa (figussa 3).

Ja tässä toinen ongelmaa käsittelevä paperi
http://www.biorxiv.org/content/early/2017/09/15/189688

Tässä ajetaan ADMIXTURE-tyyppisellä mallilla ja tekijöiden parannellulla spatial-mallilla dataa jossa on vain yksi ansestraalipopulaatio ja etäisyyden/isolaation aiheuttama ajautuma erottaa väestöjä. Kun K alkaa kasvaa niin uusia ansestraaliväestöjä putkahtaa esille ADMIXTURE-mallilla tyhjästä.
Kuva

Sipi voisi tehdä ihmisnäytteelle ajon tällä spatial-mallilla ja katsoa miten eroaa admixturesta.
https://github.com/gbradburd/conStruct


18 Syys 2017 10:12
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6027
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Jegor kirjoitti:
Steppe_EMBA, Iran_Armenia NE ja osaltaan Central-European BA liittyvät ilmeisesti yamnaya-tyyppiseen perimään. Värittävät mukavasti kokonaisuutta suomalaisten osalta.


Steppe_ENBA on vanhempaa itäeuroopan tasangon tyyppiä ml Yamnaya, Central-European_BA myöhäisempää, johon kuuluu CWC, BB ja joitakin myöhempiä itäisempi kulttuureja. Euroopassa steppe-kulttuurit sekoittuivat paikallisten kanssa jo pronssikaudella, ts. geneettisesti European_BA ei ole steppe-kulttuurin näköinen, vaikka IE-kieoen sanotaan tulleen ENBA:n mukana. Iran-Armenian Neolithic on rinnakkaisilmiö Euroopan neoliittisille maanviljelijöille. Tämä sijoittuu myös geneettisesti enemmän Kaukasuksen ja samanaikaisen Kaspian suuntaan, mutta omaa yhteisiä piireitä eurooppalais-anatolialaisen farmariperimän kanssa. Geneettisesti Euroopppa-Anatolia-Armenia-Iran muodostavat neoliittisen jatkumon. European MNChL omaa jo vaikutteita joko steppe tai HG-kulttuureista, mutta on hyvin lähellä neoliittista tasoa.

Laske yhteen European Neolithic ja European_MNChL ja ehkä 33% European_BA:sta, niin saat neoliittisen farmarisumman, Steppe_ENBA:n ja 67% European_BA:sta, niin saat steppe-summan. Jokin osuus pieni European_BA:ta on WHG:ta. En osaa sanoamiten tapahtuisi Iran-Armenian neoliittisen osuuden jako juuriin.

Periaatteessa tulokseni on hyvin lähellä Haak et al. 2015:n tuloksia ja eroaa kaupallisten tekijöiden tuloksista, joissa HG-osuudet ovat isoja. Ero johtuu osin European_BA:n ja MNHcL:n puuttumisesta. Jos steppejatkumoa edustaa vain Yamnaya, niin suurempi WHG kompensoi tulosta.

_________________
Der Teufel steckt im Details


18 Syys 2017 10:55
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6027
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Rekonpoika kirjoitti:

Sipi voisi tehdä ihmisnäytteelle ajon tällä spatial-mallilla ja katsoa miten eroaa admixturesta.
https://github.com/gbradburd/conStruct


Tässä se on, ei pidä hakea Jaskan esityksen mukaisesti erilaisia tuloksia, vaan ymmärtää menetelmän heikkoudet ja yksinkertaistaa tulos oleelliseen. En suinkaan ajattele niin, että kukaan meistä sortuisi hyväksyjään vain omia näkemyksiään tukevia löytöjä.

Käytin Dna.Landin ohjelmaa, koska sen käyttää suoraan kaupallisia genomeja ja siinä on valmiina bootstrap, jota en tosin nyt käyttänyt.

Voisin kokeilla tuota, mutta nyt on työn alla haplotyyppiajo sisältäen saamet.

_________________
Der Teufel steckt im Details


18 Syys 2017 11:08
Profiili WWW
Hiljainen hämäläinen
Hiljainen hämäläinen

Liittynyt: 14 Marras 2016 13:41
Viestit: 79
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Sigfrid kirjoitti:
Jegor kirjoitti:
Steppe_EMBA, Iran_Armenia NE ja osaltaan Central-European BA liittyvät ilmeisesti yamnaya-tyyppiseen perimään. Värittävät mukavasti kokonaisuutta suomalaisten osalta.


Steppe_ENBA on vanhempaa itäeuroopan tasangon tyyppiä ml Yamnaya, Central-European_BA myöhäisempää, johon kuuluu CWC, BB ja joitakin myöhempiä itäisempi kulttuureja. Euroopassa steppe-kulttuurit sekoittuivat paikallisten kanssa jo pronssikaudella, ts. geneettisesti European_BA ei ole steppe-kulttuurin näköinen, vaikka IE-kieoen sanotaan tulleen ENBA:n mukana. Iran-Armenian Neolithic on rinnakkaisilmiö Euroopan neoliittisille maanviljelijöille. Tämä sijoittuu myös geneettisesti enemmän Kaukasuksen ja samanaikaisen Kaspian suuntaan, mutta omaa yhteisiä piireitä eurooppalais-anatolialaisen farmariperimän kanssa. Geneettisesti Euroopppa-Anatolia-Armenia-Iran muodostavat neoliittisen jatkumon. European MNChL omaa jo vaikutteita joko steppe tai HG-kulttuureista, mutta on hyvin lähellä neoliittista tasoa.

Laske yhteen European Neolithic ja European_MNChL ja ehkä 33% European_BA:sta, niin saat neoliittisen farmarisumman, Steppe_ENBA:n ja 67% European_BA:sta, niin saat steppe-summan. Jokin osuus pieni European_BA:ta on WHG:ta. En osaa sanoamiten tapahtuisi Iran-Armenian neoliittisen osuuden jako juuriin.

Periaatteessa tulokseni on hyvin lähellä Haak et al. 2015:n tuloksia ja eroaa kaupallisten tekijöiden tuloksista, joissa HG-osuudet ovat isoja. Ero johtuu osin European_BA:n ja MNHcL:n puuttumisesta. Jos steppejatkumoa edustaa vain Yamnaya, niin suurempi WHG kompensoi tulosta.

Kiitos selvennyksestä.

_________________
Juuret: Keski-Suomi ja Laatokan Karjala
Y-DNA N1c1
mtDNA U5a


18 Syys 2017 11:10
Profiili
Hiljainen hämäläinen
Hiljainen hämäläinen

Liittynyt: 14 Marras 2016 13:41
Viestit: 79
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Sigfrid kirjoitti:
Laske yhteen European Neolithic ja European_MNChL ja ehkä 33% European_BA:sta, niin saat neoliittisen farmarisumman, Steppe_ENBA:n ja 67% European_BA:sta, niin saat steppe-summan. Jokin osuus pieni European_BA:ta on WHG:ta. En osaa sanoamiten tapahtuisi Iran-Armenian neoliittisen osuuden jako juuriin.

Laskin taulukkosi pohjalta. Suomalaisilla farmaria n. 31-37% ja steppeä n. 35-40%. Hyvältä näyttää.

_________________
Juuret: Keski-Suomi ja Laatokan Karjala
Y-DNA N1c1
mtDNA U5a


18 Syys 2017 12:28
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6027
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Jegor kirjoitti:
Sigfrid kirjoitti:
Laske yhteen European Neolithic ja European_MNChL ja ehkä 33% European_BA:sta, niin saat neoliittisen farmarisumman, Steppe_ENBA:n ja 67% European_BA:sta, niin saat steppe-summan. Jokin osuus pieni European_BA:ta on WHG:ta. En osaa sanoamiten tapahtuisi Iran-Armenian neoliittisen osuuden jako juuriin.

Laskin taulukkosi pohjalta. Suomalaisilla farmaria n. 31-37% ja steppeä n. 35-40%. Hyvältä näyttää.


Nuo näyttävät siedettäviltä. Haak et al. 2015:n tarkin tulos:

Bedouin_B 0%
Farmer 31%
Nganasan 10%
WHG 8%
Yamnaya 50%

Siirtää vähän enemmän European_BA:sta Yamnaya-tyyppiin ja vähemmän farmariin, niin ollaan aika lähellä. European_BA sisältää myös pienen HG-osuuden. Pienen siksi, että HG-väestö ei ollut järin suuri alkuaankaan, ennen sekoittumista farmariin ja täällä pohjoisessa steppe-tyyppiin.

Tuhannen euron kysymys kuuluu: missä on se SU-kielen tuojaväestö, joka tuli siperia/itäaasia-lisineen ja N1c1-haploineen tännepäin, kun tulosten pohjalta selitykseksi kelpaisi jonin R1a-tyypin autosomaaliperimä siperia-lisällä? Millainen geenisekoitus toi SU-kielet Pohjois-Eurooppaan? Vastaus lienee yksinkertaisesti ydna:n pronssikautinen pullonkaula, joka ei jättänyt jälkeensä muuta kuin ydna-haplonsa ja siperia tuli lisänä täällä Suomessa.

_________________
Der Teufel steckt im Details


18 Syys 2017 14:05
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti

Liittynyt: 12 Elo 2013 12:41
Viestit: 3196
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Sigfrid kirjoitti:
Jegor kirjoitti:
Sigfrid kirjoitti:
Laske yhteen European Neolithic ja European_MNChL ja ehkä 33% European_BA:sta, niin saat neoliittisen farmarisumman, Steppe_ENBA:n ja 67% European_BA:sta, niin saat steppe-summan. Jokin osuus pieni European_BA:ta on WHG:ta. En osaa sanoamiten tapahtuisi Iran-Armenian neoliittisen osuuden jako juuriin.

Laskin taulukkosi pohjalta. Suomalaisilla farmaria n. 31-37% ja steppeä n. 35-40%. Hyvältä näyttää.


Nuo näyttävät siedettäviltä. Haak et al. 2015:n tarkin tulos:

Bedouin_B 0%
Farmer 31%
Nganasan 10%
WHG 8%
Yamnaya 50%

Siirtää vähän enemmän European_BA:sta Yamnaya-tyyppiin ja vähemmän farmariin, niin ollaan aika lähellä. European_BA sisältää myös pienen HG-osuuden. Pienen siksi, että HG-väestö ei ollut järin suuri alkuaankaan, ennen sekoittumista farmariin ja täällä pohjoisessa steppe-tyyppiin.

Tuhannen euron kysymys kuuluu: missä on se SU-kielen tuojaväestö, joka tuli siperia/itäaasia-lisineen ja N1c1-haploineen tännepäin, kun tulosten pohjalta selitykseksi kelpaisi jonin R1a-tyypin autosomaaliperimä siperia-lisällä? Millainen geenisekoitus toi SU-kielet Pohjois-Eurooppaan? Vastaus lienee yksinkertaisesti ydna:n pronssikautinen pullonkaula, joka ei jättänyt jälkeensä muuta kuin ydna-haplonsa ja siperia tuli lisänä täällä Suomessa.


Haplojen syntyaikojen perusteella N1c näyttää rautakautiselta pullonkaulalta. Tietenkään mitään miespainotteista itäistä muuttoa ei ole tänne vasarakirveen jälkeen näytä tulleen, koska silloin suomalaisten x-kromosomi olisi suhteellisesti läntisempi autosomeihin nähden (kuten sardinialaisilla joiden neoliittinen viljelijä on äitipainotteista ja kantaisät yamnaperimän takia itäisempiä roomalaisia), mutta niiden tasapaino on sama kuin englantilaisilla, espanjalaisilla ja italialaisilla.


18 Syys 2017 15:13
Profiili
Hiljainen hämäläinen
Hiljainen hämäläinen

Liittynyt: 14 Marras 2016 13:41
Viestit: 79
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Sigfrid kirjoitti:
Tuhannen euron kysymys kuuluu: missä on se SU-kielen tuojaväestö, joka tuli siperia/itäaasia-lisineen ja N1c1-haploineen tännepäin, kun tulosten pohjalta selitykseksi kelpaisi jonin R1a-tyypin autosomaaliperimä siperia-lisällä? Millainen geenisekoitus toi SU-kielet Pohjois-Eurooppaan? Vastaus lienee yksinkertaisesti ydna:n pronssikautinen pullonkaula, joka ei jättänyt jälkeensä muuta kuin ydna-haplonsa ja siperia tuli lisänä täällä Suomessa.

Oma veikkaukseni:
-SU-kieli levisi pronssikaudella Seima-Turbino-ilmiön kauppaverkoston myötä. Syynä esim. metallikaupan tms. lingua franca.
-Pohjois-Baltian ja Etelä-Suomen indoeurooppalaiset vaihtoivat kielensä. Tämä väestö merkittävin suomalaisten auDNA:n kannalta. Alueella puhuttiin pitkään useampaa kieltä rinnakkain, mutta SU tuli lopulta vallitsevaksi.
-N1c1-haplo levisi pronssikaudella osaksi Itä-Euroopan haplokirjoa, eikä se välttämättä ole sidottu pelkästään SU-kieleen. Ehkä myös IE-väestöt (esim. baltit) levittivät haploa. Suomalaisilla sen runsaus liittyy pronssi-/rautakautiseen pullonkaulaan.

_________________
Juuret: Keski-Suomi ja Laatokan Karjala
Y-DNA N1c1
mtDNA U5a


Viimeksi muokannut Jegor päivämäärä 18 Syys 2017 18:51, muokattu yhteensä 1 kerran



18 Syys 2017 16:57
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6027
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Jegor kirjoitti:
Sigfrid kirjoitti:
Tuhannen euron kysymys kuuluu: missä on se SU-kielen tuojaväestö, joka tuli siperia/itäaasia-lisineen ja N1c1-haploineen tännepäin, kun tulosten pohjalta selitykseksi kelpaisi jonin R1a-tyypin autosomaaliperimä siperia-lisällä? Millainen geenisekoitus toi SU-kielet Pohjois-Eurooppaan? Vastaus lienee yksinkertaisesti ydna:n pronssikautinen pullonkaula, joka ei jättänyt jälkeensä muuta kuin ydna-haplonsa ja siperia tuli lisänä täällä Suomessa.

Oma veikkaukseni:
-SU-kieli levisi pronssikauden loppupuolella Seima-Turbino-ilmiön kaltaisen (mutta myöhäisemmän) kauppaverkoston myötä länteen. Syynä esim. metallikaupan tms. lingua franca.
-Pohjois-Baltian ja Etelä-Suomen indoeurooppalaiset vaihtoivat kielensä. Tämä väestö merkittävin suomalaisten auDNA:n kannalta. Alueella puhuttiin pitkään useampaa kieltä rinnakkain, mutta SU tuli lopulta vallitsevaksi.
-N1c1-haplo levisi pronssikaudella esim. Seima-Turbino-ilmiön kautta ja tuli osaksi Itä-Euroopan haplokirjoa, eikä se välttämättä ole sidottu pelkästään SU-kieleen. Ehkä myös IE-väestöt (esim. baltit) levittivät haploa. Suomalaisilla sen runsaus liittyy pronssi-/rautakautiseen pullonkaulaan.


Ihan hyvä veikkaus. Tyydyn siihen mitä tutkimukset sanoo (paitsi venäläiset ja kiinalaiset tutkimukset PDT_Armataz_01_20 )

_________________
Der Teufel steckt im Details


18 Syys 2017 18:51
Profiili WWW
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 6599
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Rekonpoika kirjoitti:
Jaska kirjoitti:
Enhän minä tässä ole mitään kiistämässä vaan sinä.
Ja miten terve järki muka voisi kumota genetiikan tulokset? Se voi vain epäillä, ja odottaa toista menetelmää, joka tuottaa toisen tuloksen, ja valita sitten uskoa sen menetelmän tulokseen enemmän kuin tämän.



ADMIXTURE-tyyppiset työkalut näyttävät sekoittuneisuutta siellä missä sitä ei ole, joten se että jotain näkyy tässä tai muussa ADMIXTURE-tyyppisessä testissä ei tarkoita että sekoitusta oikeasti olisi.

Joo, näin muistelinkin. Pointtini oli, että Sigfrid esitti tuloksen ja sitten itse oli ensimmäisenä kiistämässä sitä. PDT_Armataz_01_01

_________________
"Jokainen elämä on uusi laiffi." (Nykäsestä sovittanut Häkkinen)

Y-DNA: N1c1 (Mikael Häkkinen, s. 1728 Nurmes)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä, s. 1757 Kittilä)


18 Syys 2017 21:15
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6027
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Jaska kirjoitti:
Rekonpoika kirjoitti:
Jaska kirjoitti:
Enhän minä tässä ole mitään kiistämässä vaan sinä.
Ja miten terve järki muka voisi kumota genetiikan tulokset? Se voi vain epäillä, ja odottaa toista menetelmää, joka tuottaa toisen tuloksen, ja valita sitten uskoa sen menetelmän tulokseen enemmän kuin tämän.



ADMIXTURE-tyyppiset työkalut näyttävät sekoittuneisuutta siellä missä sitä ei ole, joten se että jotain näkyy tässä tai muussa ADMIXTURE-tyyppisessä testissä ei tarkoita että sekoitusta oikeasti olisi.

Joo, näin muistelinkin. Pointtini oli, että Sigfrid esitti tuloksen ja sitten itse oli ensimmäisenä kiistämässä sitä. PDT_Armataz_01_01


Enhän ollut, vaan esitin, että pienet sekoitusosat voidaan tulkita eri tavoin. Yritin useamman viestin avulla selittää asiaa. Ja vielä. Jos pieni sekoitusosuus kattaa 5000 snippiä ja erotussignaali kahden lähes samanlaisen sekoitusosuuden kesken on osa tästäkin, niin tapahtuu siirtymää. Tällä taas ei ole mitään tekemistä admixture-menetelmän laadun kanssa, johon Reko viittasi. Sulla on nyt taas änkyrävaihde päällä.

_________________
Der Teufel steckt im Details


Viimeksi muokannut Sigfrid päivämäärä 18 Syys 2017 21:56, muokattu yhteensä 2 kertaa



18 Syys 2017 21:40
Profiili WWW
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 6599
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Sigfrid kirjoitti:
Jaska kirjoitti:
Rekonpoika kirjoitti:

ADMIXTURE-tyyppiset työkalut näyttävät sekoittuneisuutta siellä missä sitä ei ole, joten se että jotain näkyy tässä tai muussa ADMIXTURE-tyyppisessä testissä ei tarkoita että sekoitusta oikeasti olisi.

Joo, näin muistelinkin. Pointtini oli, että Sigfrid esitti tuloksen ja sitten itse oli ensimmäisenä kiistämässä sitä. PDT_Armataz_01_01


Enhän ollut,

Sinä olet tyyppi, joka kiistää jopa omat kiistämisensä. PDT_Armataz_01_14

_________________
"Jokainen elämä on uusi laiffi." (Nykäsestä sovittanut Häkkinen)

Y-DNA: N1c1 (Mikael Häkkinen, s. 1728 Nurmes)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä, s. 1757 Kittilä)


18 Syys 2017 21:54
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6027
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Esittämäni todistus on oikea a priori, riippumatta siitä onko admixture hyvä menetelmä. Jos sinä et ymmärrä selvää tekstiä, niin en voi auttaa.

_________________
Der Teufel steckt im Details


18 Syys 2017 21:55
Profiili WWW
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 6599
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Sigfrid kirjoitti:
Esittämäni todistus on oikea a priori, riippumatta siitä onko admixture hyvä menetelmä. Jos sinä et ymmärrä selvää tekstiä, niin en voi auttaa.

Ymmärrän minä selvää tekstiä, mutta sinun selityksesi ovat joskus epäselviä. Nytkin taidat puhua edelleen ihan eri asiasta kuin minä.

_________________
"Jokainen elämä on uusi laiffi." (Nykäsestä sovittanut Häkkinen)

Y-DNA: N1c1 (Mikael Häkkinen, s. 1728 Nurmes)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä, s. 1757 Kittilä)


18 Syys 2017 22:08
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6027
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Jaska kirjoitti:
Sigfrid kirjoitti:
Esittämäni todistus on oikea a priori, riippumatta siitä onko admixture hyvä menetelmä. Jos sinä et ymmärrä selvää tekstiä, niin en voi auttaa.

Ymmärrän minä selvää tekstiä, mutta sinun selityksesi ovat joskus epäselviä. Nytkin taidat puhua edelleen ihan eri asiasta kuin minä.


Minä puhun asiasta, sinä asian vierestä, kuten tavallista. Vastasin kysymykseen miksi monella eurooppalaisella yksilöllä näkyy itäaasiaa. Mihinkään muuhun en ole vastannut. En tietenkään voi tietää mitä asioita päässäsi on, jos et osaa niitä ilmaista selkeästi.

_________________
Der Teufel steckt im Details


19 Syys 2017 09:48
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6027
Viesti Re: Tuloksia eri projekteista
Olen valmistellut laajaa yhteensopivaa aineistoa Chromopainter-ajoa varten. Valmistelu on hidasta, koska useamman lähteen aineiston snippimäärt ja -peitot eroavat ja joudun käyttämään imputointia peiton kasvattammiseksi. Onneksi kone tekee kaiken ajojonojen mukaan automaattisesti. Idea on muodostaa viiden eri lähteen unioni ja imputoida puuttuvat snipit. Imputointiin käytän tutkijoiden suosittelemaa prosessia, ensin haplotyypitys Shapeit-ohjelmalla ja toiseksi imputointi Impute2:lla. Referenssi molemmissa vaiheissa on 1000g-projektin viimeisin haplotyyppireferenssi. Tuloksena syntyvä aineisto käsittää lähes 80 miljoonaa snippiä (per näyte), josta leikkaan alkuperäisen unionin snipit. Seuraavassa vaiheessa ajan haplotyypityksen tälle imputoidulle unionille ja useita chromopainter-ajoja, joissa jokaisessa asetan vain yhden luovuttajaväestön (ruotsalaiset, baltit, Volgan "suomalaiset" jne) ja vastaanottajana itämerensuomalaiset kansat. Erillinen ajo kutakin luovittajaa kohti on tarpeellinen, koska Chromopainterin jälkeen ajettava raportointi Finestructurella muodostaa haplotyyppiblokit arvottamalla luovuttajaväestöjä keskenään, ts. jos blokien määräksi tulee noin 300 per näytepari, niin Finestructuren tulos riippuu luovuttajaväestöjen määrästä ja se arvottaa korkeimmalle suurimman sisäisen haplotyyppimäärän väestöt, koska analyysi tapahtuu näytetasolla (yksittäisten näytteiden MCMC-ketjutusprosessi, vähän vaikea selittää). Tämän vuoksi jos esimerkiksi luovuttajina ovat ruotsalaiset ja saamet ja vastaanottajina suomalaiset ja virolaiset, niin karkeasti kuvaten suomalaisille kohdistettu blokimäärä jaetaan kahteen osaan, jossa saamelaisten kanssa jaettu blokimäärä vähentää ruotsalaisten kanssa jaettua blokimäärää. Näin ei kävisi, jos Chromopainter identifioisi haplotyyppiblokit, ei pelkästään laskisi niiden määrää. Tuloksen pitäisi osoittaa kuinka paljon eri ims-väestöt jakavat yhteistä perimää valittujen luovuttajaväestöjen kanssa.

Tämä teksti vain menetelmäkuvaukseksi, jos tänne onnekkaasti sattuisi poikkeamaan asiaan perehtyneitä.

_________________
Der Teufel steckt im Details


12 Loka 2017 13:30
Profiili WWW
Näytä viestit ajalta:  Järjestä  
Vastaa viestiin   [ 7451 viestiä ]  Mene sivulle Edellinen  1 ... 359, 360, 361, 362, 363, 364, 365 ... 373  Seuraava

Paikallaolijat

Käyttäjiä lukemassa tätä aluetta: Ei rekisteröityneitä käyttäjiä ja 2 vierailijaa


Et voi kirjoittaa uusia viestejä
Et voi vastata viestiketjuihin
Et voi muokata omia viestejäsi
Et voi poistaa omia viestejäsi

Etsi tätä:
Hyppää:  
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group.
Designed by STSoftware.
Käännös, Lurttinen, www.phpbbsuomi.com uncommitted-decoy