Näytä vastaamattomat viestit | Näytä aktiiviset viestiketjut Tänään on 21 Huhti 2018 06:54



Vastaa viestiin  [ 437 viestiä ]  Mene sivulle Edellinen  1 ... 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 ... 22  Seuraava
 Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta 
Kirjoittaja Viesti
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6170
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
kostajamat kirjoitti:
Okei kiitos suosituksesta. Harmillisesti tuolta selviää vain mt-haplo, joka oli siis U8a1a1 eli muuten sama mutta tarjosi yhden ykkösen perään.

Olisiko Y-haplolle mitään vastaavaa? Ilmeisesti tosiaan haploryhmä on siinä tuo I1d aka I1-a1b aka L22=S142.

Tässä testatut mutaatiot:
M170+
M307+ P203+
U179+
M253+
M258+
M21-
M227-
P38+
P30+
P259-
P109-
L22+ S142+
"Haplogroup I1d* (Y-DNA) Likely match for Haplogroup I1d* (Y-DNA) subclade of Haplogroup I1 (Y-DNA) and Haplogroup I (Y-DNA). The * indicates negative for all subclades of the haplogroup."

Tarkoittaako tämä sitä, että en kuulu mihinkään alempaan ryhmään kuten L205, L287, L300 tai L813 vaan olen vain yleinen L22? PDT_Armataz_01_05


Eipä noista selviä muuta kuin päätemutaatio L22, joka on yleisin Skandinaaviassa ja Suomessa. Tilaa testi FamilyTreeDna:lta, jos haluat tarkempaa tietoa.

_________________
Der Teufel steckt im Details:

Väinämöinen - R1a
Lemminkäinen - I1
Joukahainen - N


14 Syys 2016 10:41
Profiili WWW
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen
Avatar

Liittynyt: 10 Touko 2013 04:50
Viestit: 249
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
kostajamat kirjoitti:
Olisiko Y-haplolle mitään vastaavaa? Ilmeisesti tosiaan haploryhmä on siinä tuo I1d aka I1-a1b aka L22=S142.


Tällainen vastaava y-predictor webbi-vempele on olemassa, mutta se ei taida olla nykypäivän tasalla ... Itse en I-ryhmästä tiedä mitään

https://ytree.morleydna.com/

Laitoin nuo mutaatiosi sinne: M170+, M307+, P203+, U179+, M253+, M258+, M21-, M227-, P38+, P30+, P259-, P109-, L22+, S142+

ja hyvinhän se näyttää I1a1b I-L22/S142, jonka alamutaatio P109 on punaisella samoin kuin L22:n rinnakkaismutaatio M227

_________________

y= N-BY22080/Y35885 mt= X2b4a1


14 Syys 2016 20:46
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen

Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Viestit: 200
Paikkakunta: Helsinki, Finland
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Jaska kirjoitti:
Minulla on täysi mtDNA, mutta ei se mitään auta kun Coding regionin mutaatiot on projekteissa piilotettu, koska niihin voi liittyä terveydellisiä kytkentöjä. Ja vaikka tiedot olisivat julkisiakin, niin Y-DNA:n tarkkuuteen ei silti päästäisi, koska mtDNA:ssa on vain snippejä eikä mikrosatelliitteja (STR), ja niitäkin niukasti johtuen mitokondriaalisen DNA:n pienuudesta. Aikatarkkuus jää siis väkisinkin satoihin tai tuhansiin vuosiin, eikä päästä muutaman sukupolven tarkkuuteen niin kuin parhaimmillaan Y-DNA:ssa.


Mt-dna kello (mutaatiot) tikittää 2000 vuoden välein ja Y-dna kello tikittää 130 vuoden välein. Tämä tieto Peter Sjölundin kirjasta Släktforska med DNA. Näin ollen Y-dnan mutaatioilla saadaan tarkempi aikahaarukka asioille. Ehkä sekin osaltaan vie ihmisiä testaamaan enemmän Y-dna:ta.

Toinen juttu on, että mt-dna:n tuloksissa on vähemmän lukuja, joita verrata toisiin näytteisiin. Ehkä tämäkin osasyy?


14 Syys 2016 22:04
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen

Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Viestit: 200
Paikkakunta: Helsinki, Finland
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
aikalainen kirjoitti:
"Kun vapaaehtoisilta jäseniltä geneettistä tietoa keräävät 23AndMe- ja Ancestry-palvelut aloittivat toimintansa, monet ilmaisivat huolensa siitä, että tulevaisuuden tietokannat ihmisten perimästä joutuisivat viranomaisten käsiin. Nyt nämä varoitukset näyttävät toteutuvan."


Kannattaa myös googlata hakusanoilla: 23andme selling data.


14 Syys 2016 22:08
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen

Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Viestit: 200
Paikkakunta: Helsinki, Finland
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Fagus kirjoitti:
Kokeilin kuitenkin ajaa tiedoston BAM_Toolsilla ja sain kaikista kromosomeista ulos VCF-tiedoston.


Minä latasin netistä jonkun BAM Utils ohjelmapaketin ja käänsin sen koneellani. Sitten ajoin yhdellä summamutikalla valitulla testillä oman BAM-tiedostoni. Ja sehän sanoi, että EOF puuttuu! Puuttuvasta EOFista on useiatkin viestejä netissä.

Jostain syystä BAM-tiedostot ovat vaillinnaisia kun ei ole EOF:fia. Silti esim. YFull antaa tulokset siitäkin tiedostosta. Testin teettäjä ei edes tiedä ilman omaa testausta tuosta EOFin eli tiedoston (tietojen) lopetusmerkin puuttumisesta. Tästä minulla oli tarkoitus tehdä toinenkin tarkempi testaus ja kysellä foorumeilla (englanninkielisillä) asiasta. Nyt se tuli sopivasti täällä esille.

Kysymys kuuluu: Onko puuttuva EOF tarpeellista hoksata ja reklamoida?


14 Syys 2016 22:14
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen

Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Viestit: 200
Paikkakunta: Helsinki, Finland
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
kostajamat kirjoitti:
Okei kiitos suosituksesta. Harmillisesti tuolta selviää vain mt-haplo, joka oli siis U8a1a1 eli muuten sama mutta tarjosi yhden ykkösen perään.


Meillä on sitten läheiset haplot.


14 Syys 2016 22:21
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6170
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Ilpo kirjoitti:
Fagus kirjoitti:
Kokeilin kuitenkin ajaa tiedoston BAM_Toolsilla ja sain kaikista kromosomeista ulos VCF-tiedoston.


Minä latasin netistä jonkun BAM Utils ohjelmapaketin ja käänsin sen koneellani. Sitten ajoin yhdellä summamutikalla valitulla testillä oman BAM-tiedostoni. Ja sehän sanoi, että EOF puuttuu! Puuttuvasta EOFista on useiatkin viestejä netissä.

Jostain syystä BAM-tiedostot ovat vaillinnaisia kun ei ole EOF:fia. Silti esim. YFull antaa tulokset siitäkin tiedostosta. Testin teettäjä ei edes tiedä ilman omaa testausta tuosta EOFin eli tiedoston (tietojen) lopetusmerkin puuttumisesta. Tästä minulla oli tarkoitus tehdä toinenkin tarkempi testaus ja kysellä foorumeilla (englanninkielisillä) asiasta. Nyt se tuli sopivasti täällä esille.

Kysymys kuuluu: Onko puuttuva EOF tarpeellista hoksata ja reklamoida?


Tiedoston eof ei voi puuttua, jos se on jotai standardimuotoa, Dos, Winows, Linux jne. Kyseessä lienee jokin ohjelmistokohtainen viritys. Onko bamisi pakattu, *.bz tms? Voi olla, että pakkausformaatti ei toimi. Bam on itsessään binäärinen, mutta voi silti olla pakattu.

edit. Google-haun perusteella on ehkä kyseessä Bam-headerin formaattivirhe. Sen voi ehkä korjata samtools-pakettiin kuuluvilla kilkkeillä, tai toisen paietin, toimii Javalla, mutta en nyt muista nimeä. Näitä ongelmia tulee, koska osa ohjelmistoista ei noudata tarkasti standardia, ja toinen noudattaa.

edit. Se toinen korjauskilkkeitä sisältävä paketti on Picard tools.

_________________
Der Teufel steckt im Details:

Väinämöinen - R1a
Lemminkäinen - I1
Joukahainen - N


14 Syys 2016 23:51
Profiili WWW
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen

Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Viestit: 200
Paikkakunta: Helsinki, Finland
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Sigfrid kirjoitti:
Tiedoston eof ei voi puuttua, jos se on jotai standardimuotoa, Dos, Winows, Linux jne. Kyseessä lienee jokin ohjelmistokohtainen viritys. Onko bamisi pakattu, *.bz tms? Voi olla, että pakkausformaatti ei toimi. Bam on itsessään binäärinen, mutta voi silti olla pakattu.


Löysin nyt yhden artikkelin netistä, josta tuota puuttuvaa EOF:ia ajattelin.

Question: EOF marker is absent in merged bam file

Tuollaisen uutisen takia siis tein sen testin omalle BAM-tiedostolleni. Tiedosto oli avatussa muodossa ja siellä oli toinenkin tiedosto. Joku .bai tiedosto tai joku sellainen.

Minun pointti on tässä, että jos BAM-tiedosto on jotenkin vaillinnainen, niin YFull saa vaillinnaiset tiedot. Pahimmillaan se voi tarkoittaa sitä, että YFullista saa tulokset ja ne näyttävät olevan oikein. Mutta niistä puuttuukin tietoa. Tämä on se pointti, miksi tätä asiaa toin tänne foorumille. YFull osumissa, snipeissä ja muissa tiedoissa on yllin kyllin selvitettävää. Ei selvitettävän vähyyden takia tätä tarvitse kysellä. :) Mutta vaillinnaisista tiedoista ei ehkä pystytä tekemään testissä kaikkia johtopäätöksiä. ja huolenani on ollut, että sitä vaillinnaisuutta on vaikea huomata. Voin olla toki väärässä ja niin toivonkin olevani.


16 Syys 2016 04:18
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen
Avatar

Liittynyt: 10 Touko 2013 04:50
Viestit: 249
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Genetics and genomics of musical abilities
https://helda.helsinki.fi/handle/10138/166725

Kaivoin tuosta kaikki rs-numerot läpi

rs9854612
rs2660180
rs2412501
rs9933639
rs13166268
rs6500963

ja hain onko 23andme tai geno2.0 datassa kyseisiä numeroita. Geno-datassa ei ollut mutta 23andme v3 datassa oli kaikki paitsi rs13166268.

Harmi kyllä, väitöskirjassa ei kerrota, miten näissä positioissa olevat AG GG tms. kirjaimet vaikuttavat.

_________________

y= N-BY22080/Y35885 mt= X2b4a1


28 Loka 2016 16:12
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen
Avatar

Liittynyt: 10 Touko 2013 04:50
Viestit: 249
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
YFullissa on uusi 4.10 puu, jos jotakuta kiinnostaa. En tiedä mitä uutta siellä on.

Y Elite 2.1 maksaa nyt alennettuna noin 551 euroa alennuskoodilla. En tiedä mihin saakka alennus on voimassa, mutta hyvällä säkällä vuoden loppuun.

_________________

y= N-BY22080/Y35885 mt= X2b4a1


07 Marras 2016 19:35
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen

Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Viestit: 200
Paikkakunta: Helsinki, Finland
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
FTDNA FF-testi kuulemma nyt joulutarjouksena $ 59. Ja postikulut päälle.


15 Marras 2016 02:07
Profiili
Sutki savolainen
Sutki savolainen

Liittynyt: 08 Tammi 2012 22:13
Viestit: 650
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Oliko kellään kokemusta kauanko mtFull Sequence voisi kestää prosessoida? Tilattu.


21 Marras 2016 14:41
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen

Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Viestit: 200
Paikkakunta: Helsinki, Finland
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Tuohikirje kirjoitti:
Oliko kellään kokemusta kauanko mtFull Sequence voisi kestää prosessoida? Tilattu.


Vuosi sitten minulla kesti noin kuukauden. Itseasiassa FTDNA tilaushistoriasta saa tarkat päivät. Tilaus 12.10.2015 ja tulokset tulivat 11.11.2015. Muistini mukaan siellä sanotaan kesken laboratoriotestienkin arvioitu valmistumispäivä. Se ei ole kuitenkaan mikään fakta. On viivästyksiä ollut ainakin Big Y -testin valmistumisarviossa. Tosin vain pari viikkoa heittoa.

Lisäys: Testipaketti oli jo siis FTDNA:lla kun FF-testi oli tehty. Eli siitä jää pois näytepaketin postituksiin menevä aika.


Viimeksi muokannut Ilpo päivämäärä 24 Marras 2016 08:55, muokattu yhteensä 1 kerran



21 Marras 2016 15:50
Profiili
Sutki savolainen
Sutki savolainen

Liittynyt: 08 Tammi 2012 22:13
Viestit: 650
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Arvio tulee ilmeisesti ajan kanssa...ei näy. Oletteko antaneet luvan tälle (FTDNA:n sivuilla)?:

Personal Surveys
mtDNA Full Sequence Release Survey

Lainaa:
Herein, I give my consent to use my complete mtDNA sequence for scientific studies. I am aware that my sequence will be submitted to NCBI as part of a future published paper. I understand that I can withdraw this decision at any moment. If my sequence will be made available in a scientific paper I will be made aware of the NCBI submission number which will allow me to withdraw my NCBI submission at my will by directly contacting NCBI staff. However, because scientific papers are made publicly available and because GenBank is a public database that is distributed and downloadable by users worldwide, I am aware that my sequence and any information present on the record will be publicly available. I understand that even if I withdraw the donation of my sequence from further scientific research and/or remove my sequence from the NCBI database after it has already been publicly released, it would still remain within the published papers and in any other third party databases and be retrievable in Entrez ( NCBI retrieval system designed for searching several linked databases) by searches for its accession or GI number.
In no event shall the staff and/or consultants of Gene by Gene, Ltd., be liable for any direct, indirect, incidental, special, exemplary, or consequential damages (including, but not limited to, procurement of substitute goods or services; loss of use, data, or profits; or business interruption) however caused and on any theory of liability, whether in contract, strict liability, or tort (including negligence or otherwise) arising in any way out of the use of your complete mtDNA sequence in scientific studies.

1. Are you the original test taker or the legal beneficiary of the original test taker’s DNA sample? Required.

2. We would like to avoid duplicated submissions to NCBI of the same sequence. Was your complete mtDNA sequence directly submitted to GenBank in the past? If so, what is the access number:

3. Ancestry information of maternal grandmother.

4. Ancestry information of maternal grandfather.

5. Ancestry information of paternal grandmother.

6. Ancestry information of paternal grandfather.

7. Please provide any additional information related to your maternal lineage (including any information that you have beyond your grandparents).

8. I consent to contribute my sequence to science. Required.

Please review your answers carefully before submitting this survey. Due to the large number of participants in this survey, the answers you submit are FINAL and the survey cannot be reset.


22 Marras 2016 18:20
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6170
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Tuohikirje kirjoitti:
Oletteko antaneet luvan tälle (FTDNA:n sivuilla)?:



En ole, enkä anna. Kyllä kai jenkin tulisi ymmärtää, että olen maksanut testituloksistani ja pidemmälle mentäessä olisi heidän vuoronsa löysätä rahapussin naruja PDT_Armataz_01_20 En ole antanut 23andme:llekään lupaa käyttää tietojani. Jos ovat käyttäneet, niin sitten ilman lupaani.

_________________
Der Teufel steckt im Details:

Väinämöinen - R1a
Lemminkäinen - I1
Joukahainen - N


22 Marras 2016 20:26
Profiili WWW
Sutki savolainen
Sutki savolainen

Liittynyt: 08 Tammi 2012 22:13
Viestit: 650
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Sigfrid kirjoitti:
Tuohikirje kirjoitti:
Oletteko antaneet luvan tälle (FTDNA:n sivuilla)?:



En ole, enkä anna. Kyllä kai jenkin tulisi ymmärtää, että olen maksanut testituloksistani ja pidemmälle mentäessä olisi heidän vuoronsa löysätä rahapussin naruja PDT_Armataz_01_20 En ole antanut 23andme:llekään lupaa käyttää tietojani. Jos ovat käyttäneet, niin sitten ilman lupaani.


Kiitos nihilistille kannasta. Minä annoin kyllä 23andMe:lle tämän

Lainaa:
Basic Research Consent

Giving consent means that your Genetic & Self-Reported Information may be used in an aggregated form, stripped of identifying registration information (such as name, email, address), by 23andMe for peer-reviewed scientific research. To learn more about how 23andMe safeguards your privacy, read our Privacy Statement.


Oliko Dna.landissa muuta kuin tämä? (En ruksannut)

Lainaa:
Yes, I am interested in helping breast cancer research!
Please contact me by email when the survey is ready.
Every DNA.Land participant - females and males - can help. Learn more about our Breast Cancer initiative .


22 Marras 2016 21:57
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6170
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Tuohikirje kirjoitti:
Sigfrid kirjoitti:
Tuohikirje kirjoitti:
Oletteko antaneet luvan tälle (FTDNA:n sivuilla)?:



En ole, enkä anna. Kyllä kai jenkin tulisi ymmärtää, että olen maksanut testituloksistani ja pidemmälle mentäessä olisi heidän vuoronsa löysätä rahapussin naruja PDT_Armataz_01_20 En ole antanut 23andme:llekään lupaa käyttää tietojani. Jos ovat käyttäneet, niin sitten ilman lupaani.


Kiitos nihilistille kannasta. Minä annoin kyllä 23andMe:lle tämän



Useat blogit ovat kirjoittaneet tästä samasta asiasta, enkä usko nihilistiksi haukutun. Ole kyllä valmis julkistamaan datani vaikkapa Genomes Unzipped -ryhmän tekemällä tavalla.

_________________
Der Teufel steckt im Details:

Väinämöinen - R1a
Lemminkäinen - I1
Joukahainen - N


23 Marras 2016 01:55
Profiili WWW
Sutki savolainen
Sutki savolainen

Liittynyt: 08 Tammi 2012 22:13
Viestit: 650
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Nihilismi ei käsittääkseni ole yksiselitteisesti kielteistä. Mutta viittaatko ilmainen-kaupallinen-aspektiin? En tiedä mitä ja missä asiasta on keskusteltu.


23 Marras 2016 02:42
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6170
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Tuohikirje kirjoitti:
Nihilismi ei käsittääkseni ole yksiselitteisesti kielteistä. Mutta viittaatko ilmainen-kaupallinen-aspektiin? En tiedä mitä ja missä asiasta on keskusteltu.


Asiasta on kilometreitäin tekstiä medassa ja blogeissa. Jos joku kysyy dataani tiettyyn tutkimukseen, niin annan sen mielihyvin, mutta jos kaupallinen toimija kysyy lupaa käyttää määrittelemättömään tutkimukseen, niin en anna. Kaupallinen toimija kun normaalisti pyrkii kaupalliseen hyötyyn, käyttämällä dataani esimerkiksi omiien patenttiensa hankinnassa. 23andme kysyy avointa lupaa, FtDna voi siirtää datan NCBI:lle "tulevaisuuden tutkimuksiin", mutta samalla data vapautuu myös heidän intresseilleen ilman ristiriitaa tekemäsi sopimuksen kanssa.

_________________
Der Teufel steckt im Details:

Väinämöinen - R1a
Lemminkäinen - I1
Joukahainen - N


23 Marras 2016 12:19
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18
Viestit: 4941
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Tuohikirje kirjoitti:
Nihilismi ei käsittääkseni ole yksiselitteisesti kielteistä.

Big Lebowski-elokuvan Karl Hungus(-kin?) on nihilisti ja teknisesti taitava salskea pohjoinen uros, haplotyyppiä ei mainita elokuvassa mutta arvaan hänen edustavan I-linjaa:

https://www.youtube.com/watch?v=MiJ7o5oftWs

Mutta, ei oikeuksistaan kiinni pitäminen ole oikeasti nihilismiä.


23 Marras 2016 12:57
Profiili
Näytä viestit ajalta:  Järjestä  
Vastaa viestiin   [ 437 viestiä ]  Mene sivulle Edellinen  1 ... 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 ... 22  Seuraava

Paikallaolijat

Käyttäjiä lukemassa tätä aluetta: Bing [Bot] ja 1 vierailijaa


Et voi kirjoittaa uusia viestejä
Et voi vastata viestiketjuihin
Et voi muokata omia viestejäsi
Et voi poistaa omia viestejäsi

Etsi tätä:
Hyppää:  
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group.
Designed by STSoftware.
Käännös, Lurttinen, www.phpbbsuomi.com uncommitted-decoy