Näytä vastaamattomat viestit | Näytä aktiiviset viestiketjut Tänään on 21 Huhti 2018 06:39



Vastaa viestiin  [ 437 viestiä ]  Mene sivulle Edellinen  1 ... 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 ... 22  Seuraava
 Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta 
Kirjoittaja Viesti
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6170
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
X-kromosomin haploryhmät ovat faktaa, jossain nettiryhmässä niitä tutkittiin 7-8 vuotta sitten. X-kromosomista löytyy kymmenien, jopa satojen tai tyhansien riippuen lukutarkkuudesta, snippien vakiojaksoja, jotka vaikuttavat Euroopassa tuhansia vuosia vanhoilta. Esimerkiksi Aasia ja Afrikka jakavat eurooppalaisten kanssa eri x-haploryhmiä, joka todistanee vastaavista migraatioista.

_________________
Der Teufel steckt im Details:

Väinämöinen - R1a
Lemminkäinen - I1
Joukahainen - N


06 Syys 2017 00:17
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6170
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Jos sattuisi kiinnostamaan, niin onnistuin löytämään viimeksi v. 2011 päivitetyn datan harrastelijavoimin kerätyistä x-haplotyypeistä. Kaksi ensimmäistä tyyppiä ovat hyvin kiinnittyneitä: Euro-Asian Majority ja Non-Asian minority. Jälkimmäisestä on useita variaatioita. Kaksi viimeistä saraketta ovat yksilötuloksia, omani viimeisenä. Itse olen Non-Asian "arkkityyppiä", joka edustaa pientä osaa eurooppalaisista.

http://www.elisanet.fi/mauri_my/xchrom-ht.gif

_________________
Der Teufel steckt im Details:

Väinämöinen - R1a
Lemminkäinen - I1
Joukahainen - N


06 Syys 2017 17:09
Profiili WWW
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen
Avatar

Liittynyt: 30 Elo 2015 17:37
Viestit: 215
Paikkakunta: Turku
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Eskous kirjoitti:
Iiro R kirjoitti:
Puuttuvat kohdat ovat muuten niitä jotka on jätetty tarkoituksellisesti pois testistä koska ne sisältäisivät terveysdataa.
Y-kromosomista on niin vähän terveysdataa, että tuo kuulostaa epäuskottavalta. Väisteleekö Big-Y:kin koodaavia alueita?


Kyseisessä kohdassa kirjoitin FTDNA:n kromosominäkymästä, jossa usean kromosomin kohdalla näkyy harmaita alueita; nämä ovat niitä jotka testilastulta jätettiin tarkoituksellisesti pois, sitä dataa ei siis ole myöskään FTDNA:n raakadatassa, eli jos ne kohdat haluaisi näkyviin olisi tehtävä uusi DNA-testi jollakin toisella testilastulla. Tämä on faktaa ja luettavissa myös FTDNA:n omilta sivuilta. Y-testi on erillinen testi eikä välttämättä sisällä poistettuja kohtia, tämä tieto koskee vain muita kromosomeja sisältävää autosomaalitestiä.

On toki olemassa yhtiöitä jotka lukevat raakadataa ja myyvät maksullisia terveysraportteja, mutta on myös olemassa maksullisia puhelinlinjoja joissa luetaan soittajan aura tai tehdään hänelle henkilökohtainen horoskooppi. Jokainen voi käyttää rahansa kuinka haluaa.
LivingDNA:n testi sisältää myös ne alueet joissa on terveyskohtaista dataa mutta ilmoittaa myös, ettei tarkkuus ole lääketieteelliseen diagnostiikkaan tarvittavalla tasolla.
Myös Yseq.net ilmoittaa oman WGS-testinsä (Whole Genome Sequence, 15x Coverage n. 634€) olevan liian epätarkka terveysdiagnoosien tekemiseen, vaikka tulokset sisältävätkin koko genomin ja siis myös ne alueet joilla terveysdataakin olisi löydettävissä. Yseq.net tarjoaa myös tarkempia versioita lisähintaa vastaan (30x +436.46€ ja 50x +907.15€).

Uusia alueita ja haitallisia mutaatioita löydetään toki kaiken aikaa ja kaikkien jättäminen pois näkyviltä vaatisi jo ennustajan lahjoja testien suunnittelijoilta.

_________________
'Maallikkotutkijan tajunnanvirtaa Maailman Turuilta'
Y: N-Y21575* (N-Z1941+ ,N-Y31893-, N-Z1940-), DYS449: 32, DYS626: 29
Gustaf Adami * 8.10.1817 (Masia, Nakkila)
mtDNA: H1a7
Elin Jörensdotter (->Simsiö) * ? - +1743 Keuruu


06 Syys 2017 20:50
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen

Liittynyt: 29 Elo 2015 19:08
Viestit: 297
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Iiro R kirjoitti:
Eskous kirjoitti:
Iiro R kirjoitti:
Puuttuvat kohdat ovat muuten niitä jotka on jätetty tarkoituksellisesti pois testistä koska ne sisältäisivät terveysdataa.
Y-kromosomista on niin vähän terveysdataa, että tuo kuulostaa epäuskottavalta. Väisteleekö Big-Y:kin koodaavia alueita?


Kyseisessä kohdassa kirjoitin FTDNA:n kromosominäkymästä, jossa usean kromosomin kohdalla näkyy harmaita alueita; nämä ovat niitä jotka testilastulta jätettiin tarkoituksellisesti pois, sitä dataa ei siis ole myöskään FTDNA:n raakadatassa, eli jos ne kohdat haluaisi näkyviin olisi tehtävä uusi DNA-testi jollakin toisella testilastulla. Tämä on faktaa ja luettavissa myös FTDNA:n omilta sivuilta. Y-testi on erillinen testi eikä välttämättä sisällä poistettuja kohtia, tämä tieto koskee vain muita kromosomeja sisältävää autosomaalitestiä.

On toki olemassa yhtiöitä jotka lukevat raakadataa ja myyvät maksullisia terveysraportteja, mutta on myös olemassa maksullisia puhelinlinjoja joissa luetaan soittajan aura tai tehdään hänelle henkilökohtainen horoskooppi. Jokainen voi käyttää rahansa kuinka haluaa.
LivingDNA:n testi sisältää myös ne alueet joissa on terveyskohtaista dataa mutta ilmoittaa myös, ettei tarkkuus ole lääketieteelliseen diagnostiikkaan tarvittavalla tasolla.
Myös Yseq.net ilmoittaa oman WGS-testinsä (Whole Genome Sequence, 15x Coverage n. 634€) olevan liian epätarkka terveysdiagnoosien tekemiseen, vaikka tulokset sisältävätkin koko genomin ja siis myös ne alueet joilla terveysdataakin olisi löydettävissä. Yseq.net tarjoaa myös tarkempia versioita lisähintaa vastaan (30x +436.46€ ja 50x +907.15€).

Uusia alueita ja haitallisia mutaatioita löydetään toki kaiken aikaa ja kaikkien jättäminen pois näkyviltä vaatisi jo ennustajan lahjoja testien suunnittelijoilta.

FF-serkkutestin raakadatasta saa terveyteen ja myös sairauksiin liittyvää tietoa ja miten eri lääkkeisiin reagoi. Tietoa satamäärin. Hyvät, huonot ja ei terveyteen liittyvät asiat. Myös sen että montako prosenttia esim. Euroopan väestöstä kantaa tätä ominaisuutta. Rniten lääkeainetietotta. Kaikkiko huuhaata??? Lisäksi ainakin mtdnassa on tiettyjä terveyteen liittyviä mutaatioita. En oikeen jaksa uskoa että olisi pelkkää huuhata.


06 Syys 2017 21:29
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6170
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Iiro R kirjoitti:
Eskous kirjoitti:
Iiro R kirjoitti:
Puuttuvat kohdat ovat muuten niitä jotka on jätetty tarkoituksellisesti pois testistä koska ne sisältäisivät terveysdataa.
Y-kromosomista on niin vähän terveysdataa, että tuo kuulostaa epäuskottavalta. Väisteleekö Big-Y:kin koodaavia alueita?


Kyseisessä kohdassa kirjoitin FTDNA:n kromosominäkymästä, jossa usean kromosomin kohdalla näkyy harmaita alueita; nämä ovat niitä jotka testilastulta jätettiin tarkoituksellisesti pois, sitä dataa ei siis ole myöskään FTDNA:n raakadatassa, eli jos ne kohdat haluaisi näkyviin olisi tehtävä uusi DNA-testi jollakin toisella testilastulla. Tämä on faktaa ja luettavissa myös FTDNA:n omilta sivuilta. Y-testi on erillinen testi eikä välttämättä sisällä poistettuja kohtia, tämä tieto koskee vain muita kromosomeja sisältävää autosomaalitestiä.

On toki olemassa yhtiöitä jotka lukevat raakadataa ja myyvät maksullisia terveysraportteja, mutta on myös olemassa maksullisia puhelinlinjoja joissa luetaan soittajan aura tai tehdään hänelle henkilökohtainen horoskooppi. Jokainen voi käyttää rahansa kuinka haluaa.
LivingDNA:n testi sisältää myös ne alueet joissa on terveyskohtaista dataa mutta ilmoittaa myös, ettei tarkkuus ole lääketieteelliseen diagnostiikkaan tarvittavalla tasolla.
Myös Yseq.net ilmoittaa oman WGS-testinsä (Whole Genome Sequence, 15x Coverage n. 634€) olevan liian epätarkka terveysdiagnoosien tekemiseen, vaikka tulokset sisältävätkin koko genomin ja siis myös ne alueet joilla terveysdataakin olisi löydettävissä. Yseq.net tarjoaa myös tarkempia versioita lisähintaa vastaan (30x +436.46€ ja 50x +907.15€).

Uusia alueita ja haitallisia mutaatioita löydetään toki kaiken aikaa ja kaikkien jättäminen pois näkyviltä vaatisi jo ennustajan lahjoja testien suunnittelijoilta.


Ymmärtääkseni yksikään yhtiö ei tee terveydentilaa kuvaavia diagnooseja. Periaatteessa tällainen olisi mahdollista harvinaisten periytyvien sairauksienkohdalla ja 23andme teki jotain tällaista, johon FDA puuttui. Sensijaan erilaisia tutkimuksiin perustuvia ominaisuuksia testataan, kuten laktoosin sietokykyä ja keliakiaan liittyviä tuloksia. Näiden kohdalla, kuten silmien ja hiusten värinkin kohdalla on kysymys tutkimustuloksista, ei huuhaasta. Tutkimustulos kertoo millä todennäköisyyellä kyseinen ominaisuus on nykytiedoilla todennäköinen. Jos jonkin elintärkeän proteiinin koodaus on 100%:sti selvitetty, niin tuskin testaajat lähtevät tällaista koodausvikaa raportoimaan. Se on terveydenhuollon tehtävä. Mutta jos kysymys on jonkin terveyteen liittyvän ominaisuuden tutkitusta todennäköisyydesta, niin tällaista raportointia on ja saa tehdyksi saatavilla olevalla henkilökohtaisella datalla.

_________________
Der Teufel steckt im Details:

Väinämöinen - R1a
Lemminkäinen - I1
Joukahainen - N


06 Syys 2017 21:39
Profiili WWW
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen

Liittynyt: 07 Tammi 2015 01:30
Viestit: 296
Paikkakunta: Helsinki
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
jarmokap kirjoitti:
Johannes kirjoitti:
Iiro R kirjoitti:
Kiitos linkistä. LivingDNA.com vaikuttaa omiin tarpeisiin sopivimmalta. Oikeastaan nyt harmittaa, että 'tuhlasin' muutaman kympin Yseq.nettiin, nekin rahat olisi voinut säästää tuohon. Taidan ehdottaa isällenikin, ettei tuhlaa BigY-testiin ennen kuin olen saanut LivingDNA tulokset ja nähnyt niiden laadun.

Terveystiedoista Yseq.net muuten mainitsee, että heidän parhain 15x testi ei ole riittävän tarkka luotettaviin analyyseihin, eli käytännössä kaikki nuo yleisimmät DNA-palvelut lupaavat liikoja myydessään terveyteen liittyviä analyysejä. Harvalla firmalla taitaa nimittäin raakadata ylittää tuon 15x tarkkuuden.

LivingDNA:lla näyttää juuri nyt olevan jokin rajoitetun ajan voimassa oleva tarjouskampanja https://www.livingdna.com/en-eu.


Tilasin kesäkuun lopulla tuon LivingDNA-testin antamasi testivertailulinkin http://www.eupedia.com/europe/dna_project_faq.shtml#Company perusteella.

Hintaa tuli pikatoimituksella (kahdessa päivässä) 153,95€ . Palautin testin seuraava päivänä ja 26.7 ilmoittivat näytteen käsittelyn alkaneen (arvioitu valmistuminen 23.10).

Onnea testiin! Nyt voikin sitten jo odotella tuloksia.

Tuo heidän testipakettinsa vaikuttaa kyllä noin yleisesti ottaen ja näillä tiedoin hintaansa nähden varteenotettavalta vaihtoehdolta varsinkin kaikille sellaisille, jotka eivät ole mitään testejä aiemmin teettäneet. Sen pitäisi kuitenkin antaa vähintään kohtalainen käsitys niin äitilinjasta, isälinjasta kuin autosomaalisesta DNA:sta. Raakadatansa voi sitten myös ladata sivustolta ja jatkaa vertailuja muilla alustoilla (esimerkiksi Gedmatch).

On ehkä hyvä huomata, että Living DNA on myös hyvin uusi tekijä näillä markkinoilla (aloittanut 2016), vaikka sen taustalla on myös vanhempaa ja laajempaa kansainvälistä osaamista. Lainaan tähän laiskuuttani suoraan osan About Living DNA heidän verkkosivuiltaan:

Living DNA:n verkkosivut kirjoitti:
Living DNA is a collaboration of over 100 world-leading scientists, academic researchers and genetic experts.

The team is led by DNA Worldwide Group, a DNA testing company, whose services are used by every court in the UK. The company is run by David Nicholson and Hannah Morden who saw an opportunity to show humanity that we are all made up of all of us, dissolving the concept of race. Key academic partners of Living DNA include Dr Dan Lawson from the University of Bristol (author of The People of the British Isles Study: 2015) and collaborators Prof Simon Myers & Prof Jonathan Marchini from Oxford University, Prof Daniel Falush from University of Bath, Dr Garrett Hellenthal from University College London and Prof Bill Foley of Sydney University as well as 20 other leading experts. The chosen laboratory partner of Living DNA is Eurofins Scientific, the world leader of bio analytical testing with 25.000 staff in 39 countries, delivering secure and clinical grade testing.

It was launched in 2016 after two years of intensive development but its parent company DNA Worldwide Group has been operating since 2004, and employs over 35 people from its head office in Somerset, UK.

Toiminta, raportointi ja verkkosivut hakevat varmasti vielä muotojaan jo pelkästään siksi, että analysoituja tuloksiakin on vasta aika rajoitettu määrä ja rajoitetuilta alueilta (Tämä tulosten suhteellinen vähyys vaikuttaa siis lähinnä autosomaalitulosten vertailuun). Tälle testauspalvelulle kannattaa kuitenkin varmasti antaa mahdollisuus ja tehdä tarvittaessa, kuten Iiro yllä kertoi tehneensä, eli ottaa yhteyttä ja esittää toiveita esimerkiksi puutteellisiksi kokemiensa tietojen täydentämiskei. Living DNA:n sivustolta löytyy myös blogi-osio, jossa kerrotaan uudistuksista ja täydennyksistä.


06 Syys 2017 21:46
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen
Avatar

Liittynyt: 10 Touko 2013 04:50
Viestit: 249
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
399 eurolla 30x whole genome

https://www.dantelabs.com/collections/o ... sequencing

_________________

y= N-BY22080/Y35885 mt= X2b4a1


22 Syys 2017 12:16
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7120
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Giösta kirjoitti:

"Average 30X coverage (industry standard depth)"
Kumma ettei snippimäärää kerrota - mitä tuo 30X olevinaan tarkoittaa? Mistä laskettuna?

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


22 Syys 2017 18:51
Profiili WWW
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen
Avatar

Liittynyt: 10 Touko 2013 04:50
Viestit: 249
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Y Elitessä on 50x ja read length 150, kun tässä tarjouksessa on 30x ja read 100. Mutta tämä vain vertailun vuoksi, jos tätä tarjousta ajattelisi y-kromosomin selvittämiseen.

Tarjousaika on muuten vain tämän yhden päivän eli päättyy vielä tänään, ehkä amerikan ajan mukaan.

_________________

y= N-BY22080/Y35885 mt= X2b4a1


22 Syys 2017 20:32
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen

Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Viestit: 200
Paikkakunta: Helsinki, Finland
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Jaska kirjoitti:
"Average 30X coverage (industry standard depth)"


Se 30X on depth eli syvyys. Tarkoittaa lukukertoja. Paikkaa luetaan keskimäärin 30 kertaa. Se ei ole minulle vielä selvinnyt, tarkoittaako se digitaalisen tiedon lukukertoja vai fyysisen näytteen lukukertoja. Mielellään ajattelisin, että se on fyysisen näytteen lukukertoja.

Tuota lukukertajuttua olen miettinyt YFull-testin tuloksista kun sielläkin on tilastotietoja lukukerroista. Eiväthän he näytteitä analysoi vaan BAM-tiedostoa. Jos tuo aiempi ajatus fyysisen näytteen lukukerroista on totta, niin ne on sitten tallennettu BAM-tiedostoon tai lukukertatieto on tallennettu sinne. Sellainenkin juttu on YFull-tuloksista selvinnyt, että kun ottaa Hg ja SNP:t, niin suurennuslasista avautuu ikkuna, jossa kerrotaan lukukertojen arvot. Esim. 12T 1G 1DEL. Tämä tarkoittaa, että 12 kertaa lukiessa on tullut T (tymiini) ja 1G (guaniini). Tuo DEL on kaiketi Indel. Mutta joku saa selittää sen, mitä se tarkoittaa. PDT_Armataz_01_06


Viimeksi muokannut Ilpo päivämäärä 23 Syys 2017 00:09, muokattu yhteensä 2 kertaa



22 Syys 2017 23:57
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen

Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Viestit: 200
Paikkakunta: Helsinki, Finland
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Sigfrid kirjoitti:
Ymmärtääkseni yksikään yhtiö ei tee terveydentilaa kuvaavia diagnooseja.


Olen ollut vuosi pari sitten kuulemassa suomalaisen lääkärin arviota noista geeneistä tulkittuja terveystietoja. Firmat tutkivat muutamaa geeniä ja sen perusteella pättelevät asiat. Nekin ovat alttiuksia. Ja yleisesti jonkun taudin puhkeamiseen vaikuttaa tuhat tai tuhansia geenejä. Sitten on vielä sellainen juttu, että ympäristötekijät vaikuttavat paljon sairauksien puhkeamiseen.

Sain sellaisen kuvan, että kaupallisten tavallisille ihmisille suunnattuja terveystietotestauksia voi tehdä lähinnä hupimielessä. Muistelen, että FTDNA:n extra-testeissä sanotaankin, että tulokset soveltuvat pikkujouluissa käytäviin keskusteluihin. En muista, oliko se sanottu juuri noin vai suunnilleen noin.


23 Syys 2017 00:02
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7120
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Ilpo kirjoitti:
Jaska kirjoitti:
"Average 30X coverage (industry standard depth)"


Se 30X on depth eli syvyys. Tarkoittaa lukukertoja. Paikkaa luetaan keskimäärin 30 kertaa. Se ei ole minulle vielä selvinnyt, tarkoittaako se digitaalisen tiedon lukukertoja vai fyysisen näytteen lukukertoja. Mielellään ajattelisin, että se on fyysisen näytteen lukukertoja.

Ai se tarkoittaa sitä! Kiitoksia.

Ilpo kirjoitti:
Tuota lukukertajuttua olen miettinyt YFull-testin tuloksista kun sielläkin on tilastotietoja lukukerroista. Eiväthän he näytteitä analysoi vaan BAM-tiedostoa. Jos tuo aiempi ajatus fyysisen näytteen lukukerroista on totta, niin ne on sitten tallennettu BAM-tiedostoon tai lukukertatieto on tallennettu sinne. Sellainenkin juttu on YFull-tuloksista selvinnyt, että kun ottaa Hg ja SNP:t, niin suurennuslasista avautuu ikkuna, jossa kerrotaan lukukertojen arvot. Esim. 12T 1G 1DEL. Tämä tarkoittaa, että 12 kertaa lukiessa on tullut T (tymiini) ja 1G (guaniini). Tuo DEL on kaiketi Indel. Mutta joku saa selittää sen, mitä se tarkoittaa. PDT_Armataz_01_06

Luulisin että DEL on deleetio eli emäksen katoaminen, ja INS (tms.) olisi insertio eli ylimääräisen emäksen ilmaantuminen.

Enpä tiennyt, että eri lukukerroilla voi tulla noinkin poikkeavia tuloksia! PDT_Armataz_01_07 Olisi kiva nähdä tästä jokin kuva, joka auttaisi hahmottamaan, miten käytännössä on ylipäätään mahdollista sekoittaa kaksi eri emästä (tieteeksi: nukleotidia)... Siis että mitä/miten siinä oikeasti nähdään ja mitä prosessissa tapahtuu.

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


23 Syys 2017 05:53
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6170
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Del on emäksen katoaminen ja voi olla terveyshaittakin. Ins turha tuplaantuminen. Lukukerrat ovat näytteen lukukertoja, jota tallentuvat read-tiedostoon (fastq) kohdistamattomina. Bam-tiedostossa lukukerrat ovat kohdistettuina ja heikkolaatuiset luvut on poistettu. Tarvitaan vielä kolmas vaihe, kohdistettujen lukujen "summaus" ja vertailu referenssigenomin emässarjoihin, josta saadaan kromosomiosoitteet ja lopuksi tunnetut snippitunnisteet omasta referenssitiedostosta.

_________________
Der Teufel steckt im Details:

Väinämöinen - R1a
Lemminkäinen - I1
Joukahainen - N


23 Syys 2017 10:52
Profiili WWW
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen

Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Viestit: 200
Paikkakunta: Helsinki, Finland
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Jaska kirjoitti:
Enpä tiennyt, että eri lukukerroilla voi tulla noinkin poikkeavia tuloksia! PDT_Armataz_01_07 Olisi kiva nähdä tästä jokin kuva, joka auttaisi hahmottamaan, miten käytännössä on ylipäätään mahdollista sekoittaa kaksi eri emästä (tieteeksi: nukleotidia)... Siis että mitä/miten siinä oikeasti nähdään ja mitä prosessissa tapahtuu.


FTDNA käyttää Big Y -testissä Illuminate-tekniikkaa. Yritin löytää kirjanmerkeistäni linkkiä tuohon. Ei löytynyt tähän hätään. Olen katsonut YouTubesta muutaman videon, jossa kerrotaan siitä, miten sillä tekniikalla tehdään testejä. Se perustuu jotenkin valoon ja sen spektrien analysointiin. Illuminate-tekniikka on tarkkuudessaan epävarmempaa kuin jokin toinen paljon käytetty tekniikka. Mutta se on nopeaa analysointia ja ilmeisesti myös halpaa.


23 Syys 2017 13:08
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6170
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Ilpo kirjoitti:
Jaska kirjoitti:
Enpä tiennyt, että eri lukukerroilla voi tulla noinkin poikkeavia tuloksia! PDT_Armataz_01_07 Olisi kiva nähdä tästä jokin kuva, joka auttaisi hahmottamaan, miten käytännössä on ylipäätään mahdollista sekoittaa kaksi eri emästä (tieteeksi: nukleotidia)... Siis että mitä/miten siinä oikeasti nähdään ja mitä prosessissa tapahtuu.


FTDNA käyttää Big Y -testissä Illuminate-tekniikkaa. Yritin löytää kirjanmerkeistäni linkkiä tuohon. Ei löytynyt tähän hätään. Olen katsonut YouTubesta muutaman videon, jossa kerrotaan siitä, miten sillä tekniikalla tehdään testejä. Se perustuu jotenkin valoon ja sen spektrien analysointiin. Illuminate-tekniikka on tarkkuudessaan epävarmempaa kuin jokin toinen paljon käytetty tekniikka. Mutta se on nopeaa analysointia ja ilmeisesti myös halpaa.



Kuvaus yhdestä Illuminaatti-mallista, jos olet aikeissa hankkia sellaisen:

https://www.illumina.com/documents/prod ... scansq.pdf

Kerro jos hankit, olisi käyttöä.

_________________
Der Teufel steckt im Details:

Väinämöinen - R1a
Lemminkäinen - I1
Joukahainen - N


23 Syys 2017 16:34
Profiili WWW
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen

Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Viestit: 200
Paikkakunta: Helsinki, Finland
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Jaska kirjoitti:
Ai se tarkoittaa sitä! Kiitoksia.


En ole kyllä ollenkaan varma asiasta. Löytyi tällainenkin kirjoitus:

https://www.biostars.org/p/5165/

Pitäisi tutkia asiaa paljon syvällisemmin kuin olen tehnyt. Jostain vain luin, että se on lukukertoja.


24 Syys 2017 00:02
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen
Avatar

Liittynyt: 10 Touko 2013 04:50
Viestit: 249
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
https://en.wikipedia.org/wiki/Coverage_(genetics)

YFull statistics näyttää BigY-datasta jotakin tähän liittyen. Osa luettu vain kerran, joku 8011 kertaa, keskiarvo 79,57 ja ehkä kuvaavin vinojakautuneessa aineistossa on mediaani joka on 57 kertaa.

Min depth coverage: 1X
Max depth coverage: 8011X
Mean depth coverage: 79.57X
Median depth coverage: 57X

_________________

y= N-BY22080/Y35885 mt= X2b4a1


24 Syys 2017 00:56
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen
Avatar

Liittynyt: 10 Touko 2013 04:50
Viestit: 249
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Pakko hieman yömyöhään kritisoida str:ien luotettavuutta lähisukulaisen löytämisessä PDT_Armataz_01_05

YFull listaa str-matchejani. Alla listassa on str:ien perusteella 3., 4. ja 5. lähimmät. YF09952 ja minun välillä on vertailtu 377 str:ää joista erilaisia oli 35 (ja samanlaisia 377-35=342), 35/377=0,093 tai 9,3%. Hyvä, tämä on samaa haploryhmää Y34063 kuin minä. Samoin tuo toinen jonka etäisyys on 0,095.

Sen sijaan alin 0,098 on täysin eri haploryhmää minun kanssa, eikä voi olla lähisukua mitenkään !!? Hän on Z1939 joka on sijaitsee VL62-Z1939 kun taas Y34063 löytyy VL62-Z1941-Z1940-Z4770-Z5038-Y34063. VL62 on YFullin mukaan syntynyt 2247 ybp eli 230 vuotta ennen ajanlaskun alkua.

Jos 317 vertailtua str:ää joista mätsää 286 ja eroaa 31 tuo lähisukulaiseksi 2247 vuotta sitten eri oksalle haarautuneen henkilön, harha-mätsin, niin miten 67 tai 111 str:n tuloksiin voisi luottaa?

377 35 0.093 YF09952 N-Y34063
316 30 0.095 YF07897 N-Y34063
317 31 0.098 YF10041 N-Z1939

_________________

y= N-BY22080/Y35885 mt= X2b4a1


24 Syys 2017 01:28
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen

Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Viestit: 200
Paikkakunta: Helsinki, Finland
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Giösta kirjoitti:
Sen sijaan alin 0,098 on täysin eri haploryhmää minun kanssa, eikä voi olla lähisukua mitenkään !!?


Kyllä se voi mielestäni olla totta. Minulla on FTDNA:ssa mätsejä, jotka ovat pari oksaa aiemmin toiseen suuntaan menneitä haploryhmiä. Ja toiseksi vielä ne SNP-mätsit, jotka ovat SNP-mätsilistan kärjessä läheisyydellään, ovat STR-mätsilistalla ei niin läheisiä. Piti oikein käydä tarkistamassa, että ovatko YFullissa edes ollenkaan listalla. Olivat.

On vielä ajateltava, että ne haplopuitten kuvat ovat kuvitteellisia. Emme näe siitä todellisia oksien kaukaisuuksia tai läheisyyksiä.


24 Syys 2017 17:03
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen

Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Viestit: 200
Paikkakunta: Helsinki, Finland
Viesti Re: Geenejä testaamaan! Voit myös kysyä aiheesta
Giösta kirjoitti:
377 35 0.093 YF09952 N-Y34063
316 30 0.095 YF07897 N-Y34063
317 31 0.098 YF10041 N-Z1939


Olisiko ideaa pyytää YFullilta omaa ryhmää N-Y34063:lle? Siinä pääsisi näkemään muitten ryhmäläisten STR-arvoja. Ja haluaisin itse oppia niistä lisää. Mielelläni ottaisin administraattoriksi toisenkin ihmisen. Minä hallinnoin tuota YF07897:aa.


24 Syys 2017 17:06
Profiili
Näytä viestit ajalta:  Järjestä  
Vastaa viestiin   [ 437 viestiä ]  Mene sivulle Edellinen  1 ... 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 ... 22  Seuraava

Paikallaolijat

Käyttäjiä lukemassa tätä aluetta: Ei rekisteröityneitä käyttäjiä ja 2 vierailijaa


Et voi kirjoittaa uusia viestejä
Et voi vastata viestiketjuihin
Et voi muokata omia viestejäsi
Et voi poistaa omia viestejäsi

Etsi tätä:
Hyppää:  
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group.
Designed by STSoftware.
Käännös, Lurttinen, www.phpbbsuomi.com uncommitted-decoy