Näytä vastaamattomat viestit | Näytä aktiiviset viestiketjut Tänään on 13 Joulu 2017 21:34



Vastaa viestiin  [ 2 viestiä ] 
 YFull STR-mätsien vertailu 
Kirjoittaja Viesti
Pohtiva pohjalainen
Pohtiva pohjalainen

Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Viestit: 178
Paikkakunta: Helsinki, Finland
Viesti YFull STR-mätsien vertailu
Koodasin YFull STR-mätsien vertailuohjelman kun huomasin kahdella tunnuksella samoja mätsien vanhimpia tunnettuja esi-isiä. Mätsejä molemmilla on noin 380. Käsin niiden vertailu olisi ollut erittäin hidasta ja varsinkin virhealtista. Heillä on yhteinen esi-isä 4000 - 2000 eKr. Toinen on toisen äidin veli (eno). Olen testannut tulosta pistokokein ja nämä muutamat testit ovat tuottaneet oikeat tulokset. Uskon ohjelman toimivan ok. Tuloksena sain, että 331 kpl samaa mätsiä näillä kahdella ihmisellä. Tulos yllätti minut. Mieleen tulee joskus lukemani toteamus, että ihmisillä on hyvin samanlaiset genomit.

Olen koodaamassa samanlaista vertailua SNP-mätseille. Näyttää vähän monimutkaisemmalta lukea CSV-tiedostosta.

Tuota STR-vertailuohjelmaa voi aika helposti laajentaa useammalle id:lle. Sitten tekisi mieli tutkia esimerkiksi kaikkia N-Y34063 haplon seitsemää ihmistä, heidän keskinäisiä mätsejä. Ovatko he "suljettu" oma ryhmänsä vai onko heillä omia mätsejä haplon ulkopuolelle, joita ei ole muilla saman haplon ihmisillä.


06 Loka 2017 23:07
Profiili
Pohtiva pohjalainen
Pohtiva pohjalainen

Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Viestit: 178
Paikkakunta: Helsinki, Finland
Viesti Re: YFull STR-mätsien vertailu
Nyt kun nuo tiedostojen luvut ovat kunnossa (STR, SNP on vielä ihan alkutekijöissään) voi helposti kehitellä muitakin asioita, joita ohjelmalla voi tutkia. Esimerkiksi onko yhteinen mätsi enemmän mätsi toiselle kuin toiselle. Ja tuo monen ihmisen vertailu. Sehän on kaksiulotteinen taulukko kahdenkeskisiä yhteisiä mätsejä.


06 Loka 2017 23:11
Profiili
Näytä viestit ajalta:  Järjestä  
Vastaa viestiin   [ 2 viestiä ] 

Paikallaolijat

Käyttäjiä lukemassa tätä aluetta: Ei rekisteröityneitä käyttäjiä ja 1 vierailijaa


Et voi kirjoittaa uusia viestejä
Et voi vastata viestiketjuihin
Et voi muokata omia viestejäsi
Et voi poistaa omia viestejäsi

Etsi tätä:
Hyppää:  
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group.
Designed by STSoftware.
Käännös, Lurttinen, www.phpbbsuomi.com uncommitted-decoy