Näytä vastaamattomat viestit | Näytä aktiiviset viestiketjut Tänään on 21 Huhti 2018 06:52



Vastaa viestiin  [ 20 viestiä ] 
 Geenisukututkimus 
Kirjoittaja Viesti
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7120
Viesti Geenisukututkimus
Suomalaiset ovat innostuneet testaamaan geenejään enemmän kuin vaikkapa ranskalaiset tai venäläiset; näitä projekteja voi katsella FamilyTreeDNA:n projektisivulta:

http://www.familytreedna.com/projects.aspx

Laadin hiljattain selventävän oppaan geenisukututkimuksesta kiinnostuneille, jossa oman esimerkkitapaukseni perusteella kerron mitä kaikkea geenisukututkimuksen avulla voi selvittää:

http://www.mv.helsinki.fi/home/jphakkin/Geenisukututkimus.pdf

Itse kuulun (kuten 60 % Suomen miehistä) Y-kromosomaaliseen haploryhmään N1c, jonka 67:n markkerin haplotyyppien sukupuuta päivitän hiljalleen aineiston analyysin edetessä:

http://www.mv.helsinki.fi/home/jphakkin/SukupuuN1c.pdf

Varsinaisesti isälinjoista ja äitilinjoista keskustellaan kuitenkin foorumin genetiikkaosiossa.


14 Helmi 2011 06:01
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18
Viestit: 4941
Viesti 
Onnea uudelle foorumille. On hieman sääli, että aiempi viestiketju geenisukututkimuksesta hävisi.

Onko jollakin tietoa N1c1:n SNP-tutkimuksesta, joka on ilmeisesti työn alla? Asia oli esillä venäläisellä Mollgen-palstalla mutta tilanne jäi hieman hämäräksi.


15 Helmi 2011 17:47
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7120
Viesti 
En tiedä siitä muuta kuin mitä täällä on mainittu:

http://dna-forums.org/index.php?/topic/13605-3-new-snps-under-n1c1/


16 Helmi 2011 13:42
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18
Viestit: 4941
Viesti 
Onkohan jollakin tietoa siitä, kuka hoitaa Suomi DNA-projektia? Yritin toisella foorumilla esittää mallia, jossa projektin tietokantaan olisi mahdollista perustaa tutkimustarkoituksia varten ns. esi-isätyyppi l. founder haplotype FHT joka siis olisi paras arvaus jonkin ryhmän esi-isän kuvitellusta tyypistä. Tämä siksi, että ySearch kattaa vain osan tuloksista, siellä menettely on muuten mahdollinen.

Jos FHT olisi mahdollista luoda, se nostaisi arvioni mukaan esille esim. sivuston karttahakuun liittyen osumia, jotka nyt jäävät piiloon suuremman ajautumisen takia.


17 Helmi 2011 15:32
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7120
Viesti 
Joo, tuo olisi hyvä idea. Rekonstruoitu perustajahaplotyyppi olisi sellainen, josta yksilölliset mutaatiot olisi karsittu pois. Koska FamilyTreeDNA:ssa yleensä näytetään vain GD 6:n sisään jäävät osumat, saattaa ajautuneella haplotyypillä (jolla on esim. 6 yksilöllistä mutaatiota viime vuosisadoilta) olla tilanne, ettei läheisimpiä osumia ole lainkaan tarjolla.

Minun tilanteeni on muuten aika lailla tällainen: muut samaan alaryhmään 8a1a kuuluvat haplotyypit eivät eroa alaryhmämme perustajahaplotyypistä läheskään niin paljon kuin oma haplotyyppini. Kasvanut mutaatiotiheys on yhdistetty vanhoihin isiin: jos mies siittää lapsen nelikymppisenä, hänen DNA:ssaan on ehtinyt tapahtua enemmän mutaatioita kuin hänen ollessaan kaksikymppinen.

Rekonstruoidulla perustajahaplotyypillä päästään siis yhden haaran verran lähemmäs sukupuun runkoa. Ja kun rekonstruoimista jatkaa sisällyttäen siihen uuden alaryhmän, pääsee jälleen yhden askeleen lähemmäs runkoa jne.


17 Helmi 2011 19:40
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18
Viestit: 4941
Viesti 
Näyttäisi siltä että N1c1-puu päivittyy, mikä on hieno asia. Itse olen kuitenkin sitä mieltä, että puuta pitäisi samalla hieman värittää, muuten sen muutoksien seuraaminen ei palvele kuin alan HC-harrastajia, vrt. maalin kuivuminen seinällä.

Voisimmeko siis esim. yhdessä toimien kytkeä eri ryhmiin sukunimiä, ehkä jopa liittäen mukaan Suomi DNA-projektin tapaan varhaisen tunnetun esi-isän kotipaikan tms.? Tämä antaisi palstaa seuraaville mahdollisuuden osallistua ja toisi tulokset lähemmäs heitä.

Yksi mahdollinen tapa edetä olisi perustaa eri ryhmille omat ketjut joilla itse kukin voisi tuoda esille omat havaintonsa asiaan liittyen?


26 Helmi 2011 22:12
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7120
Viesti 
Kinaporin kalifi kirjoitti:
Näyttäisi siltä että N1c1-puu päivittyy, mikä on hieno asia. Itse olen kuitenkin sitä mieltä, että puuta pitäisi samalla hieman värittää, muuten sen muutoksien seuraaminen ei palvele kuin alan HC-harrastajia, vrt. maalin kuivuminen seinällä.

Maali synnyttää kuivuessaan jänniä kuvioita... :wink:

Fingerporin faarao kirjoitti:
Voisimmeko siis esim. yhdessä toimien kytkeä eri ryhmiin sukunimiä, ehkä jopa liittäen mukaan Suomi DNA-projektin tapaan varhaisen tunnetun esi-isän kotipaikan tms.? Tämä antaisi palstaa seuraaville mahdollisuuden osallistua ja toisi tulokset lähemmäs heitä.

Yksi mahdollinen tapa edetä olisi perustaa eri ryhmille omat ketjut joilla itse kukin voisi tuoda esille omat havaintonsa asiaan liittyen?

Hyviä ideoita. Haaveissani siintäisi jonkinlainen sukupuu- tai verkostokuvaaja, jossa yksilöiden sukulaisuus ja polveutuminen näkyisi, samoin sukunimet (myös esi-isän). Graafisrajoitteisista käytännön syistä tämä pitäisi varmaankin pilkkoa juuri tuolla lailla ryhmiin.


27 Helmi 2011 04:37
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18
Viestit: 4941
Viesti 
Graafinen kuvaus on hyvä tavoite, mutta eikö itse aineistoa voisi alkaa luoda kömpelönkin formaatin pohjalta? Paras on usein hyvän vihollinen.


27 Helmi 2011 13:20
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7120
Viesti 
Kinaporin kalifi kirjoitti:
Graafinen kuvaus on hyvä tavoite, mutta eikö itse aineistoa voisi alkaa luoda kömpelönkin formaatin pohjalta? Paras on usein hyvän vihollinen.

Joo, jottan tarttis tehrä, mutta kirjoittaisitko vielä auki mitä tarkoitat lihavoidulla kohdalla? Se kun jää nyt täysin ymmärtymättä. :)


27 Helmi 2011 16:08
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18
Viestit: 4941
Viesti 
Menee hieman hakemisen puolelle mutta jospa eri ryhmien osalta vain olisi mahdollista kirjata omia huomioita. Esimerkkinä vaikkapa 7a1a1a1a. Voisin ilmoittaa ryhmään itseni, sukunimi Korhonen, ol. varhaisin esi-isä Pekka Korhonen, n. 1575-1635, Keyritty. Epäilen että monetkaan geneettiset osumani eivät itse jaksaisi vaivautua, joten sijoittaisin itse muihin ryhmiin myös tietoa niistä. Jos ja kun muut tekisivät samoin, olisi erittäin kiinnostavaa tutkia esim. omaa ryhmää edeltäviä ryhmiä, sukunimien ja asuinpaikkojen osalta. Sukunimien ja kauan sitten eläneiden ihmisten tietojen esille laittaminen tuskin häiritsee ketään.

Olisi aika tyylikästä, jos tämäntyyppisen tiedon voisi upottaa puussa olevan linkin taakse, ryhmäkohtaisesti. Linkin takana voisi olla jollain metodilla rakentuva dokumentti. Olisi hyvä, jos sitä voisi täydentää, esim. mahdollisten asutustarinoiden tms. pohjalta.

FTDNA ja SuomiDNA sisältää paljon saman kaltaista tietoa mutta kumpikaan ei kytke lähiosumien ryhmää mielekkäällä tavalla muihin ryhmiin. Esim. osumien kronologinen ulottuvuus puuttuu. Taitaa olla vain niin, että esim. FTDNA ei voittoa tavoittelevana yrityksenä ole altis prosessinsa säätämiselle. Siksi näitä asioita on kai pakko tehdä muulta pohjalta.


27 Helmi 2011 18:32
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7120
Viesti 
Kerrassaan erinomaisia ideoita. Perustetaan vaikka aluksi ketjuja omille ryhmillemme, tai muille kiinnostaville ryhmille. Foorumilla tällainen prosessointi lienee helpointa, ja sitten "valmiimpi" tulos (maalin jo kuivuttua) laitettaisiin muualle.

Tuollaiset linkin taakse kätketyt lisätietosivut onnistuisivat varmaan ihan kotisivupohjalta, ja sitten sukunimellään googlaavatkin osuisivat niihin ja saataisiin ehkä taas lisää tietoa.


27 Helmi 2011 21:45
Profiili WWW
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen

Liittynyt: 14 Helmi 2011 23:41
Viestit: 491
Viesti 
Sori, mutta muistatko, mikä olikaan poikani oksa tuossa N1c-puussa?

Meillähän isoisoisä oli lehtolapsi, jonka isästä ei ole mitään tietoa (tunnemme vain tummat silmät, kiharan tukan ja iloisen luonteen), ja siksi olisi tosi jännää löytää jokin sukunimi samasta oksasta.


06 Maalis 2011 13:26
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7120
Viesti 
Sees2011 kirjoitti:
Sori, mutta muistatko, mikä olikaan poikani oksa tuossa N1c-puussa?

Meillähän isoisoisä oli lehtolapsi, jonka isästä ei ole mitään tietoa (tunnemme vain tummat silmät, kiharan tukan ja iloisen luonteen), ja siksi olisi tosi jännää löytää jokin sukunimi samasta oksasta.

7a1a toistaiseksi. Sekin voi tosin siirtyä kohti oksankärkeä jos yksilömutaatioita paljastuukin ryhmämutaatioiksi ja tarvitaan uusia alaryhmiä. 7 ja 9 ovat kuitenkin Suomen yleisimmät ryhmät, joten niiden läpikäynti vaatii työlään rykäyksen, joka toistaiseksi antaa odotuttaa itseään...


06 Maalis 2011 17:13
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18
Viestit: 4941
Viesti 
Tämä N1c-sukupuu on mielenkiintoinen, mutta eräs asia kiusaa hieman, asia liittyy mm. FTDNA:n tuoreeseen N1c-projektiin ja sen luokitteluun.

Lokukset esitetään tietyssä järjestyksessä ja olen ollut ymmärtävinäni että järjestys on harkittu. Se kuvastaisi mutatoitumisherkkyyttä, alkaen hitaista markkereista ja päätyen nopeisiin. Jos näin on, osumille pitäisi oikeastaan antaa vastaava kerroin joka kuvaa osuman merkitystä tms.

Jaska, miten näet tämän asetelman suhteessa luomasi sukupuuhun?

Toinen asia on se, että sain FTDNA:n mainoksen jossa todettiin että suomalaisesta N-haplosta on tekeillä 67-lokukseen perustuva uusi analyysi. Kenen ja millainen, onko kenelläkään tietoa asiasta?


15 Huhti 2011 12:11
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7120
Viesti 
Kinaporin kalifi kirjoitti:
Tämä N1c-sukupuu on mielenkiintoinen, mutta eräs asia kiusaa hieman, asia liittyy mm. FTDNA:n tuoreeseen N1c-projektiin ja sen luokitteluun.

Lokukset esitetään tietyssä järjestyksessä ja olen ollut ymmärtävinäni että järjestys on harkittu. Se kuvastaisi mutatoitumisherkkyyttä, alkaen hitaista markkereista ja päätyen nopeisiin. Jos näin on, osumille pitäisi oikeastaan antaa vastaava kerroin joka kuvaa osuman merkitystä tms.

Jaska, miten näet tämän asetelman suhteessa luomasi sukupuuhun?

Ei järjestys kyllä missään nimessä niin mene - yleensä 37 markkeria olisi riittävästi, koska sen jälkeiset 30 markkeria ovat enimmäkseen äärimmäisen hitaita, tosin joukossa on keskinopeitakin, jotka tarkentavat analyysiä.

Alkupuolella (ekat 37 markkeria) vaihtelevat nopeat, keskinopeat ja keskihitaat, mutta on niissäkin äärihitaita (siis sellaisia joissa ei olisi yhdessäkään näkemässäni N1c-miehessä tapahtunut mutaatiota).

Mutaatioherkkyys otetaan toki huomioon siten, että sama arvo nopeissa markkereissa voi todennäköisemmin olla seurausta rinnakkaisista mutaatioista, kun taas hitaammissa se todennäköisemmin kertoo yhteisestä polveutumisesta.

Sen sijaan mutaatioherkkyyttä ei voine laskennallisesti sitoa mihinkään kaavaan sukupuuta rakennettaessa.

Kinaporin kalifi kirjoitti:
Toinen asia on se, että sain FTDNA:n mainoksen jossa todettiin että suomalaisesta N-haplosta on tekeillä 67-lokukseen perustuva uusi analyysi. Kenen ja millainen, onko kenelläkään tietoa asiasta?

67:ään? Näin maininnan jostain 111-analyysistä tai jostain sen kaltaisesta; eli Y-kromosomin markkerimäärää nostettaisiin noin neljälläkymmenellä. Olen hieman skeptinen sen hyödyllisyyden (ja kalleuden) suhteen, koska 37:stä markkerista 67:ään siirtyminenkään ei tuonut paljonkaan lisäarvoa, lähinnä se vain helpottaa epäselvissä tapauksissa ryhmän valintaa

Toki jos uudessa paketissa olisi sopivasti keskihitaita ja keskinopeita, se voisi parantaa analyysin luotettavuutta.


15 Huhti 2011 13:03
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18
Viestit: 4941
Viesti 
Jaha, siis ryhmittely on siis juuri päivastainen kuin esitin. Ensimmäiset ovat muuttuneet, jos ovat muuttuneet.

Lause "Sen sijaan mutaatioherkkyyttä ei voine laskennallisesti sitoa mihinkään kaavaan sukupuuta rakennettaessa" liittyy kuitenkin juuri asiaan jota pyörittelin mielessä. Tavallaanhan painotus on silti esillä juuri siinä, mitkä markkerit esim. 37-lokuksen analyysiin valitaan?


15 Huhti 2011 13:48
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18
Viestit: 4941
Viesti 
Voisiko yksi 7a1a1-ryhmän, jossa DYS449=30->31, perillislinja rakentua siten, että siinä tapahtuu mutaatio DYS393=14->13?


06 Heinä 2011 11:37
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7120
Viesti 
Kinaporin kalifi kirjoitti:
Voisiko yksi 7a1a1-ryhmän, jossa DYS449=30->31, perillislinja rakentua siten, että siinä tapahtuu mutaatio DYS393=14->13?

Kyllä voisi, jos tuo ryhmä on GD:n osalta lähempänä 7a1a1-ryhmää kuin mitään muuta ja voidaan juurruttaa siihen askel askeleelta.


06 Heinä 2011 16:24
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6170
Viesti 
Havaitsin Gedmatchin toiminnon People who match one person, but not the other ...and people who match the same 2 people toimivaksi etsittäessä maantieteellis-genealoogisia yhteyksiä. Toiminnon avulla pystyin muutamalla rajauksella eristämään itäiset ja eteläiset sukuhaarani erilleen Gedmatchissä saatavilla olevien henkilöiden suhteen. Tämä on mahdollista, koska Lounais-Suomi näytää olevan isolaatti siinä missä Itä-Suomikin. Lounais-Suomen pullonkaula on IBD-tasoa vanhempi, joten Itä-Suomea vastaavaa pienten yhteisten segmenttien ilmiötä ei siellä esiinny.

Todella, sain nämä kaksi ryhmää geneettisiä sukulaisiani jaettua Gedmatch-hauilla kahteen toisensa poissulkevaan ryhmään. Olisi mielenkiintoista nähdä lisätuloksia, jos lounaiset ja itäiset foorumilaiset selvittäisivät asiaa omalta osaltaan, ja miksei voisi vaihtaa myös tietoja.

_________________
Der Teufel steckt im Details:

Väinämöinen - R1a
Lemminkäinen - I1
Joukahainen - N


23 Heinä 2012 12:55
Profiili WWW
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7120
Viesti 
Sigfrid kirjoitti:
Havaitsin Gedmatchin toiminnon People who match one person, but not the other ...and people who match the same 2 people toimivaksi etsittäessä maantieteellis-genealoogisia yhteyksiä. Toiminnon avulla pystyin muutamalla rajauksella eristämään itäiset ja eteläiset sukuhaarani erilleen Gedmatchissä saatavilla olevien henkilöiden suhteen. Tämä on mahdollista, koska Lounais-Suomi näytää olevan isolaatti siinä missä Itä-Suomikin. Lounais-Suomen pullonkaula on IBD-tasoa vanhempi, joten Itä-Suomea vastaavaa pienten yhteisten segmenttien ilmiötä ei siellä esiinny.

Todella, sain nämä kaksi ryhmää geneettisiä sukulaisiani jaettua Gedmatch-hauilla kahteen toisensa poissulkevaan ryhmään. Olisi mielenkiintoista nähdä lisätuloksia, jos lounaiset ja itäiset foorumilaiset selvittäisivät asiaa omalta osaltaan, ja miksei voisi vaihtaa myös tietoja.

Kiitos, kuulostaa erittäin hyödylliseltä toiminnolta! Täytyypä vilkaista.

Hmmm... GEDmatch ei hyväksy match-tiedostoani. Pitääkö sitä muokata jotenkin?

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


23 Heinä 2012 18:05
Profiili WWW
Näytä viestit ajalta:  Järjestä  
Vastaa viestiin   [ 20 viestiä ] 

Paikallaolijat

Käyttäjiä lukemassa tätä aluetta: Ei rekisteröityneitä käyttäjiä ja 1 vierailijaa


Et voi kirjoittaa uusia viestejä
Et voi vastata viestiketjuihin
Et voi muokata omia viestejäsi
Et voi poistaa omia viestejäsi

Etsi tätä:
Hyppää:  
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group.
Designed by STSoftware.
Käännös, Lurttinen, www.phpbbsuomi.com uncommitted-decoy