Näytä vastaamattomat viestit | Näytä aktiiviset viestiketjut Tänään on 24 Huhti 2018 02:12



Vastaa viestiin  [ 8 viestiä ] 
 Vanhempien sukulaisuus 
Kirjoittaja Viesti
Ujo ugri
Ujo ugri

Liittynyt: 01 Elo 2012 22:12
Viestit: 16
Viesti Vanhempien sukulaisuus
Oletteko kokeilleet gedmatchin kohtaa "Are your parents related"?

http://ww2.gedmatch.com:8006/autosomal/ ... ts_db1.php

Meitä yllätti se, että testi näytti nollaa (ei lainkaan läheisiä sukulaisia) kitissä, jonka haltijan isän molemmat vanhemmat ovat kotoisin samalta paikkakunnalta kuin äidin toinen vanhempi, ja molemmilla näyttää olevan pitkälti sukua samalla paikkakunnalla.

Sen sijaan kitille, jonka haltijan vanhemmat ovat eri puolilta Suomea, näkyi sentään jonkinlainen sukulaisuussuhde, joskaan ei läheinen.


14 Elo 2012 21:12
Profiili
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen

Liittynyt: 22 Helmi 2011 12:31
Viestit: 407
Paikkakunta: Pori
Viesti 
Eikö Harri Nevanlinna aikanaan esittänyt, että pienissä suomalaispitäjissä asukkaat ovat 4. serkkuja tai läheisempiä sukulaisia? Isommissa yläraja on 6. serkukset. Jos oikein muistan.

Omalta kohdaltani olen tutkimuksissani todennut, että anoppini on 6. serkkuni (iso pitäjä). Äitini puolestaan oli oman anoppinsa 3. serkku (pieni pitäjä). Näin siis olen oman isäni 4. serkku.

_________________
Kalevanserkku


14 Elo 2012 22:17
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7167
Viesti 
Kalevanserkku kirjoitti:
Eikö Harri Nevanlinna aikanaan esittänyt, että pienissä suomalaispitäjissä asukkaat ovat 4. serkkuja tai läheisempiä sukulaisia? Isommissa yläraja on 6. serkukset. Jos oikein muistan.

Omalta kohdaltani olen tutkimuksissani todennut, että anoppini on 6. serkkuni (iso pitäjä). Äitini puolestaan oli oman anoppinsa 3. serkku (pieni pitäjä). Näin siis olen oman isäni 4. serkku.

Mutkikasta! :D

En osaa sanoa tuosta laskurista, kun ei ole vanhempia testattuna...

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


15 Elo 2012 03:38
Profiili WWW
Ujo ugri
Ujo ugri

Liittynyt: 01 Elo 2012 22:12
Viestit: 16
Viesti 
Laskuri yrittää laskea vanhempien etäisyyden pelkästään lapsen kitistä. Mihin mahtaa perustua?


15 Elo 2012 17:54
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7167
Viesti 
loimo kirjoitti:
Laskuri yrittää laskea vanhempien etäisyyden pelkästään lapsen kitistä. Mihin mahtaa perustua?

No sitten se varmaan perustuu homotsygoottisuusasteeseen, eli se vertaa kaikkien niiden snippien, joissa on kaksi samaa alleelia, lukumäärää niiden snippien, joissa on eri alleelit eri vanhemmilta, lukumäärään. Tämä tulisi ensin mieleen. Eli jos henkilöllä olisi joka kohdassa kaksi samaa alleelia, hänen vanhempansa olisivat identtisiä kaksosia tai jotain...

Antaako se jonkin numeroarvon?

Käynpä itse kokeilemassa.

Lainaa:
Results:

Largest individual segment of SNPs with greater than 500 matches: 0

Total autosomal SNPs in segments with greater than 500 matches: 0

Largest Single-Block Genetic Distance = 0 cM

Total Genetic Distance = 0 cM

Interpreting your results:

I haven't analyzed enough data to make firm predictions about cousin relationships, but here are some guidelines based on my observations for Total genetic distance cM values:

Sibling 2350 cM
Half Sibling 1600 cM
First Cousin 800 cM
Second Cousin 200 cM
Third Cousin 100 cM
Fourth Cousin 50 cM
Fifth Cousin 25 cM

Generally, when the Largest Single-Block Genetic Distance is less than 1, it can be assumed that no relationship exists. If the Largest Single-Block Genetic Distance is greater than 10, then the relationship is probably within the past few generations.

Eli nollaa näyttää...

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


16 Elo 2012 23:29
Profiili WWW
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen

Liittynyt: 16 Helmi 2011 21:58
Viestit: 467
Paikkakunta: Tampere
Viesti 
Tässä tulokseni:

Largest individual segment of SNPs with greater than 500 matches: 820

Total autosomal SNPs in segments with greater than 500 matches: 3226

Largest Single-Block Genetic Distance = 3.5282 cM

Total Genetic Distance = 12.7717 cM

Eli jonkinlainen sukulaisuus löytyy eli kuudes serkku tai jotain sinnepäin.

t. Jola

_________________
Jola
YDNA: N-BY30452 Pre-Savo (YFullin mukaan N-YP6269), mtDNA: H45a. Juuret pääosin Savosta ja Kainuusta


19 Elo 2012 16:37
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7167
Viesti 
Täällä on muuten homotsygoottisuus- ja ROH-laskuri:
http://www.math.mun.ca/~dapike/FF23utils/roh.php
(Ylöslataa tiedostosi mutta älä muuta oletusasetuksia.)

Selvennystä:

Homotsygoottinen: esim. TT (sama alleeli peritty molemmilta vanhemmilta)
Heterotsygoottinen: esim. TC (vanhemmilta peritty eri alleelit)

Homotsygoottisuus merkitsee, että sama alleeli on peritty molemmilta vanhemmilta. Tämä ei kuitenkaan merkitse, että vanhemmat olisivat sukua - he voivat edustaa jopa aivan eri väestöjä. Nimittäin jo pohjoiseurooppalaisessa muinaisväestössä näyttää olleen koko joukko yksimuotoisia markkereja (sellaisia, joista harvinainen alleeli oli jo kadonnut ja koko väestössä oli enää yksi alleeli tietyssä kohdassa), ja vielä paljon enemmän sellaisia kohtia, joissa toinen alleeli oli jo paljon toista harvinaisempi.

Kun sitten Pohjois-Euroopassa on "aina" ollut vähän väkeä ja väestöt ovat olleet eristyneitä ja siksi ajautuneet geneettisesti, niin kaikissa ajautuneissa väestöissä ovat enimmäkseen kadonneet ne ihan samat harvinaiset alleelit (eli yhä useampi markkeri on muuttunut samalla tavoin yksimuotoiseksi eri väestöissä).

Koska sekä itäsuomalaiset että lappilaiset ovat olleet tällaisia aika pieniä ja eristyneitä väestöjä, minulla on todennäköisesti paljon kohtia, joissa molemmat vanhempani ovat saman alleelin osalta homotsygootteja: TT ja TT. Siksi minullakin on tietysti TT. Tällainen väestötason homotsygotia on siis muodollista homotsygoottisuutta (HBS = homozygosity by state) eikä sukulaisuudesta kertovaa homotsygoottisuutta (HBD = homozygosity by descent).

ROH eli "region/run of homozygosity" on sellainen genominpätkä, jonka kaikki SNP:t ovat homotsygoottisia (esim. TT GG AA CC GG TT jne.). Mitä pidempiä ROH-jaksoja löytyy, sitä läheisempää sukua vanhemmat ovat. Serkusten lapsilla on esim. tuon ohjelman aloitussivun mukaan jopa 50 Mb:n mittaisia ROH-jaksoja.

Minulla pisin ROH on vain reilut 3 Mb, mikä osoittaa että mitään sukulaisuutta vanhempien välillä ei ole, vaikka homotsygoottisuus saattaisikin olla suurta, johtuen pienistä ja eristyneistä väestöistä.

Sikäli hyvä, että ohjelma ilmoittaa sekä ROH-pätkät että yleisen homotsygoottisuuden. Näiden tasojen vertailusta voisi olla hyötyä väestörakenteiden selvittämisessä.

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


Viimeksi muokannut Jaska päivämäärä 19 Elo 2012 19:49, muokattu yhteensä 1 kerran



19 Elo 2012 19:48
Profiili WWW
Viesti 
Jos oikein ymmärsin, niin tuosta testistä ei kauheasti olisi meikäläiselle iloa, kun toiset isovanhempani ovat serkuksia keskenään. Tarkoitan siis, että se peittäisi kaikki muut mahdolliset sukulaisuudet, esim. vanhempieni väliset kaukaisimmat?


10 Loka 2012 21:59
Näytä viestit ajalta:  Järjestä  
Vastaa viestiin   [ 8 viestiä ] 

Paikallaolijat

Käyttäjiä lukemassa tätä aluetta: Ei rekisteröityneitä käyttäjiä ja 1 vierailijaa


Et voi kirjoittaa uusia viestejä
Et voi vastata viestiketjuihin
Et voi muokata omia viestejäsi
Et voi poistaa omia viestejäsi

Etsi tätä:
Hyppää:  
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group.
Designed by STSoftware.
Käännös, Lurttinen, www.phpbbsuomi.com uncommitted-decoy