Ainash Childebayeva: Bronze Age Northern Eurasian Genetics

[Kristiina]

Kiitos tiedosta! Tuo Sumnagin on tosiaan jo aika vanha näyte. Se on tällä hetkellä kaikkein vanhin N-näyte (9634 calBP) eli se on karvan verran vanhempi kuin Kiinan itärannikon Bianbian: Bianbian Shandong Pottery Neolithic 9 545–9 480 BP N1b1-F4201.

Lisäksi Childebayevan tutkimuksesta löytyy Syalach-Belkachi-kulttuurin näyte Kangalassystä Jakutiasta (Yakutsk City) I15934 4354-4260 calBCE N. Ehkä saamme vielä tietää onko sekin N2 vai kenties N1.

[Palokärki]

BioArxiv -sivustoa koskeva kysymys. Luin sieltä pari artikkelia viime viikolla ja jäin niitä sulattelemaan. Kun sitten tänään päätin syventyä perusteellisemmin erääseen artikkeliin, en päässyt sivulle enää ollenkaan. Onko sivustolla joku rajoitus, että saat lukea x -artikkelia tietyssä ajassa vai mikähän aiheutti blokkauksen? En ole ladannut sieltä mitään tai edes yrittänyt ladata enkä kopioida itselleni osia sivustosta tms. Pelkästään lukenut. Onko sivusto tarkoitettu ainoastaan ammattilaisille, jotka esimerkiksi rekisteröityvät jonnekin tai paremminkin rekisteröivät IP -osoitteensa, osaako joku valistaa minua asiassa?

[Jaska]

BioArxiv -sivustoa koskeva kysymys. Luin sieltä pari artikkelia viime viikolla ja jäin niitä sulattelemaan. Kun sitten tänään päätin syventyä perusteellisemmin erääseen artikkeliin, en päässyt sivulle enää ollenkaan. Onko sivustolla joku rajoitus, että saat lukea x -artikkelia tietyssä ajassa vai mikähän aiheutti blokkauksen? En ole ladannut sieltä mitään tai edes yrittänyt ladata enkä kopioida itselleni osia sivustosta tms. Pelkästään lukenut. Onko sivusto tarkoitettu ainoastaan ammattilaisille, jotka esimerkiksi rekisteröityvät jonnekin tai paremminkin rekisteröivät IP -osoitteensa, osaako joku valistaa minua asiassa?

En minäkään näköjään nyt pääse sinne, eikä siellä tähän saakka mitään rajoituksia ole ollut: olen säännöllisesti kahlannut sitä hyvinkin perusteellisesti. Eli heidän omissa asetuksissaan vain kusee nyt jokin. Toivottavasti ihmiset raportoivat sinne ongelmasta, että he tajuaisivat korjata sen.

[Palokärki]

En minäkään näköjään nyt pääse sinne, eikä siellä tähän saakka mitään rajoituksia ole ollut: olen säännöllisesti kahlannut sitä hyvinkin perusteellisesti. Eli heidän omissa asetuksissaan vain kusee nyt jokin. Toivottavasti ihmiset raportoivat sinne ongelmasta, että he tajuaisivat korjata sen.

Siellä päässä se ongelma sitten on. Nyt sitten odotellaan.

[Jaska]

En minäkään näköjään nyt pääse sinne, eikä siellä tähän saakka mitään rajoituksia ole ollut: olen säännöllisesti kahlannut sitä hyvinkin perusteellisesti. Eli heidän omissa asetuksissaan vain kusee nyt jokin. Toivottavasti ihmiset raportoivat sinne ongelmasta, että he tajuaisivat korjata sen.

Siellä päässä se ongelma sitten on. Nyt sitten odotellaan.

Nyt ainakin minä pääsen taas sinne.

[Jaska]

Tässä tutkimuksessa on mielenkiintoista tietoa myös Seima-Turbino-esineistä (täydennystiedoston alussa). Osa esinetyypeistä on päälevinneisyydeltään eurooppalaisia, osa aasialaisia ja osa laajalle levinneitä. Tinapitoisuus on selvästi korkeampi aasialaisissa esineissä, mikä kertonee siitä, että Euroopan puolella, missä etäisyydet tinalähteisiin olivat paljon suuremmat, jouduttiin tulemaan toimeen vähemmällä tinapitoisuudella. Euroopan puolella on näin mitä ilmeisimmin ollut myös omat metallurginsa, luultavasti jossain suurimpien löytöpaikkojen lähellä (Turbino Kamajoella tai Seima Okajoella).

Esinetyypit eivät näytä suoraan jakautuvan hautoihin sen mukaan, mitä geneettistä alkuperää vainajat edustivat, vaan esineitä on yleisesti aika kirjavasti eri vainajilla.

[Kinaporin kalifi]

Tässä tutkimuksessa on mielenkiintoista tietoa myös Seima-Turbino-esineistä (täydennystiedoston alussa). Osa esinetyypeistä on päälevinneisyydeltään eurooppalaisia, osa aasialaisia ja osa laajalle levinneitä. Tinapitoisuus on selvästi korkeampi aasialaisissa esineissä, mikä kertonee siitä, että Euroopan puolella, missä etäisyydet tinalähteisiin olivat paljon suuremmat, jouduttiin tulemaan toimeen vähemmällä tinapitoisuudella. Euroopan puolella on näin mitä ilmeisimmin ollut myös omat metallurginsa, luultavasti jossain suurimpien löytöpaikkojen lähellä (Turbino Kamajoella tai Seima Okajoella).

Esinetyypit eivät näytä suoraan jakautuvan hautoihin sen mukaan, mitä geneettistä alkuperää vainajat edustivat, vaan esineitä on yleisesti aika kirjavasti eri vainajilla.

Huomasin Language Hat-sivustolla asiaa Dmitry Prussin asiaa sivuavan kommnentin:

"Yakutia_LNBA Ymyyakhtakh are reported to have produced tin bronzes, and perhaps it was their access to tin which gave them the competitive edge early on. Rich cassiterite deposits are out there in Eastern Yakutia, in Yana and Indigirka Basins. I wonder if their bronzes have been analyzed by metal admixture and isotope content to pinpoint the origin of their materials"

[merimaa]

Childebayevan tutkimuksessa mukana ollut Fabian Fricke on julkaissut Rüdiger Krausen kanssa analyysin, jossa he selvittävät Sintashtan ja Shaitanskoye Ozeron metallien alkuperää. Analyysin perusteella arsenikkipitoista pronssia olisi saatu ainakin Uralilta ja tinapronssia mahdollisesti Altailta sekä Itä- ja Koillis-Kazakstanista. Fricke ja Krause pitävät lisäksi mahdollisena, että Uralin pronssiin olisi voitu sekoittaa kassiteriittiä (engl. cassiterite), mutta jättävät arkeologien pohdittavaksi, löytyykö sellaiselle skenaariolle tukea arkeologisesta aineistosta.

Fricke, Fabian & Krause, Rüdiger. (2019).
Early Tin Metallurgy in Eurasia — Sintashta-Petrovka and Seima-Turbino.
https://www.academia.edu/41824280/ (vaatii kirjautumisen)
(Vaikka linkki näyttää vievän toiseen artikkeliin, Fricken ja Krausen artikkeli alkaa sivulta 216, joka on pdf-tiedoston sivu 230.)

[merimaa]

Childebayevan ja kumppaneiden artikkeli on julkaistu lehdessä Nature Communications Biology: https://www.nature.com/articles/s42003-024-06343-x

Uutena asiana tulee ainakin BOO:n näytteiden mallintaminen ROT002:n ja EHG:n yhdistelmänä. Vähän vastaava malli oli kyllä jo aiemmassa korealaispaperissa (Gill et al. 2023), mutta siinä LNBA-jakutialaiseen ja EHG:hen piti lisätä vielä erikseen WSHG:tä.

"Here, we successfully modeled the ROT individuals as a mix of three sources (Eastern_Siberia_LNBA, Sintashta_MLBA, and WSHG), except for ROT002, which we modeled instead as a two-source mixture of mainly Eastern_Siberia_LNBA ancestry and a smaller proportion of EEHG-like ancestry that could be represented by either Sintashta_MLBA, WSHG, or EEHG, and ROT003 which we modeled with Sintashta_MLBA as single source (Fig. 4b). [...] By contrast, BOO individuals could not be modeled using either the combination of all three ancestry sources (Eastern_Siberia_LNBA, Sintashta_MLBA, and WSHG), or just a two-way mixture (Fig. 4a, c, Supplementary Data 7). However, replacing WSHG with EEHG as the putative local hunter-gatherer ancestry substrate and using Eastern_Siberia_LNBA as a second source provided good model fits (Fig. 4d, Supplementary Data 8). Importantly, all BOO individuals, except for BOO001, could also be modeled as a mixture of ROT002 and EEHG (Fig. 4e, f, Supplementary Data 8) suggesting, together with the results from the outgroup f3-statistics (Supplementary Fig. 6), that BOO individuals may represent a subset of the diversity present in ROT."

Muitakin pikkujuttuja on, kuten se, että Rostovkan haudasta 34 löytynyt luupanssari yhdistetään Sintashtaan: "On an individual level, there is some evidence for a correlation between genetic ancestry of the screened individuals and the cultural/regional attribution of their grave goods. For example, the bone body armor from grave 34 (ROT016) has close parallels to similar pieces found in burial grounds of the Sintashta culture like Sintashta itself or Kamenjy Ambar 5."

Ongelma on vain se, että Ymyyakhtakhin Kyordyugen on Sintashtaa vanhempi ja silläkin oli luupanssari: "The Kyordyugen burial where a warrior with a shield of bone plates and armour of antler plates was buried provided vivid evidence to reconstruct the social structure and warfare of the ancient population of Yakutia in the Late Stone Age (Alekseyev et al.2006)." Voisiko luupanssari siis liittyä Sintashtan outliereihin, jotka lähentyvät PCA-kuvassa länsisiperialaisia?
https://www.researchgate.net/publicatio ... t#page=106 (sivu 104)

[Kinaporin kalifi]

Voisiko joku ystävällisesti selventää miksi ja miten kuvassa Fig 2 Baikal_LNBA vaihtaa paikkaa suhteessa Jakutia_LNBA-ryhmään. Jos esim. kuvassa b on mukana arktiset ryhmät, eskimot ja inkkarit, niin eikö Jakutia-LNBA-ryhmän sisältämä Jakutia_MN pitäisi vaikuttaa juuri päinvastoin, nostaen Jakutia_LNBA-ryhmää PCA-pohjoiseen, Baikal_LNBA-ryhmän jäädessä PCA-etelään? Nyt näyttäisi siltä, että kuva a rakentuu vain nganasaneissa tiivistyvän ajautuman pohjalta ja muistelen että vanha Wang et al taas rakensi Forest Tundra-jatkumon WSHG-perimään perustuen.

EDIT ja edelliseen liittyen:

"We find that ROT and BOO individuals carry excess affinity to ANE when compared to Eastern_Siberia_LNBA (Fig. 3a) and Russia MLBA Sintashta (Fig. 3c), except for ROT002 and ROT003. All BOO individuals are symmetrically related to the Okunevo Bronze Age group indicating no additional affinity to ANE (Fig. 3b). However, we see more heterogeneity in ROT, with some individuals having significantly more, and others significantly less genetic affinity to WSHG compared to Okunevo (Fig. 3b)."

Eli, onko kuvan b PCA:n v:n ylempi sivu Allentoft et al:n neoliittinen länsisiperia perustuen WSHG-perimään?

[Jaska]

Voisiko joku ystävällisesti selventää miksi ja miten kuvassa Fig 2 Baikal_LNBA vaihtaa paikkaa suhteessa Jakutia_LNBA-ryhmään. Jos esim. kuvassa b on mukana arktiset ryhmät, eskimot ja inkkarit, niin eikö Jakutia-LNBA-ryhmän sisältämä Jakutia_MN pitäisi vaikuttaa juuri päinvastoin, nostaen Jakutia_LNBA-ryhmää PCA-pohjoiseen, Baikal_LNBA-ryhmän jäädessä PCA-etelään? Nyt näyttäisi siltä, että kuva a rakentuu vain nganasaneissa tiivistyvän ajautuman pohjalta ja muistelen että vanha Wang et al taas rakensi Forest Tundra-jatkumon WSHG-perimään perustuen.

PCA-menetelmä käsittääkseni hakee niihin ensimmäisiin komponentteihin ne eniten variaatiota selittävät tekijät. Kuvassa b on komponentit 1 ja 2, ja kuvassa a on komponentit 1 ja 3. Eli komponentti 1 erottaa maajussiperimän ja itäsiperialaisen perimän kummassakin kuvassa, sitten sen peruslinjasta lähtien:
- oikealla b-kuvassa komponentti 2 nostaa siitä esiin Tarim/Botai/WSHG-perimän;
- vasemmalla a-kuvassa komponentti 3 puolestaan nostaa (tai tässä tapauksessa laskee) esiin Baikal/Okunevo-perimän.

Sinänsähän kuvissa Baikal-ryhmä ei paljonkaan vaihda paikkaa: se on vasemmalla kolmoskomponentissa vähän erillään peruslinjasta ja sitten oikealla kakkoskomponentissa vähän vähemmän erillään peruslinjasta eli ykköskomponentista.

[Kinaporin kalifi]

PCA-menetelmä käsittääkseni hakee niihin ensimmäisiin komponentteihin ne eniten variaatiota selittävät tekijät. Kuvassa b on komponentit 1 ja 2, ja kuvassa a on komponentit 1 ja 3. Eli komponentti 1 erottaa maajussiperimän ja itäsiperialaisen perimän kummassakin kuvassa, sitten sen peruslinjasta lähtien:
- oikealla b-kuvassa komponentti 2 nostaa siitä esiin Tarim/Botai/WSHG-perimän;
- vasemmalla a-kuvassa komponentti 3 puolestaan nostaa (tai tässä tapauksessa laskee) esiin Baikal/Okunevo-perimän.

Sinänsähän kuvissa Baikal-ryhmä ei paljonkaan vaihda paikkaa: se on vasemmalla kolmoskomponentissa vähän erillään peruslinjasta ja sitten oikealla kakkoskomponentissa vähän vähemmän erillään peruslinjasta eli ykköskomponentista.

O.K., eli kuvassa b. PCA-pohjoinen kuvaa ANE-pohjaista neoliittista länsisiperiaa ja ROT002 ei omaa sitä. Mutta: "ROT and BOO individuals fall on the Eurasian PCA (PC1 vs PC3), mainly along a genetic cline of present-day populations that occupy the ecological ‘forest-tundra’ zone (after Jeong et al. 31 ; Fig. 2a), which coincides with the distribution of modern-day Uralic speaking groups and represents the Siberian ancestry variation." Ilmeisesti siis muistelin Jeong et al-paperia, mutta niin tai näin, onko tässä forest-tundra zone kuitenkin käytännössä vain Ymyakhtakh-ajautuman jakaminen, siis suurin jako koillisessa jne.?

[merimaa]

ANE jäi minulle vähän hämäräksi tässä artikkelissa, mutta sitä on ilmeisesti jonkin verran Jakutian LNBA-näytteissä, koska tutkijat kirjoittavat niin oheismateriaalin sivuilla 33 ja 36 (Supplementary Note 4: Demographic modeling of BOO with momi2). He käyttävät näytteitä yak022 ja yak024 itäsiperialaisen perimän edustajina.

"EEHG, which is represented by Sidelkino, is primarily of Western Eurasian ancestry, and Eastern Siberia LNBA, which is represented by Eastern_Siberia_LNBA, is primarily of Eastern Eurasian ancestry, but there is no clear-cut split between two ancestry sources due to the shared Ancient North Eurasian (ANE) ancestry."

"[W]e modeled the ANE ancestry shared between the Sidelkino and Eastern_Siberia_LNBA lineages. For simplicity, we did not use specific samples such as MA1 to model the ANE ancestry. The shared ANE ancestry in Sidelkino and Eastern_Siberia_LNBA was modeled as gene flow between Western and Eastern Eurasians."

[Kristiina]

Se jää aina hämäräksi.

Kun katsoo Childebayeva sekoitusanalyysia (figure 2.), Ymjahtah ei paljon poikkea Baikalin LNBA:sta. Toisaalta Malta 1:llä on noin 14 prosenttia ENAa, mikä vastaa sekoitusanalyysin punaista ja osittain vaaleanvihreää komponenttia. Myös WSHG-genomeilla punaisen ja osan vihreästä täytyy liittyä ENA-osuuteen. Tällä perusteella ANE-genomeilla on enemmän ENA-sekoitusta kuin Ymjahtahilla läntistä sekoitusta, ja itse asiassa Amurihan ei yleensä laskureissa saa lainkaan läntistä perimää. Harmi, että kuvasta puuttuu Amur-näyte. McCollin germaanipaperissahan Ymjahtah oli peräti 98-prosenttisesti Amuria (viewtopic.php?f=21&t=3470).

[Kristiina]

Tämä kuva on minusta tosi valaiseva: https://www.nature.com/articles/s41586- ... /figures/3
Siitä näkee, että Länsi-Siperiassa ei ollut 18.5 kya vuotta kovinkaan paljon ENAa ja että natiiviamerikkalaiset ovat yli 50-prosenttisesti ENAa. Heidän ENA-osuus on kai 60-70 %. Kuvasta näkee myös, että Amur on kutakuinkin pelkkää ENAa ja neoliittisella Baikalilla on jonkin verran läntistä perimää. Noin 10 kya vanha Kolyma Aasian koillisnurkassa on enimmäkseen ENAa. Tuosta kuvasta voisi myös päätellä, että Childebayevan vaaleanvihreä on natiiviamerikkalaisia lähentyvää perimää ja punainen Amuria lähentyvää perimää.

Linkki koko paperiin: https://www.nature.com/articles/s41586-023-06035-2#Fig3

[Kristiina]

Tämä Ningin paperikin vuodelta 2020 on valaiseva

https://i.postimg.cc/vHp2MMxh/Ning-et-a ... -p-149.png



Siitä näkee, että natiiviamerikkalaisten ENA erosi sen jälkeen kun Atayal oli jo mennyt menojaan ja Amur ei ollut vielä eronnut nykysiperiasta eli varmaan 25 - 15 kya sitten. Kuvasta näkee myös, että natiiviamerikkalaisten ENA ei ole lähtenyt eroamaan Jomonista tai tiibetiläisestä perimästä, jotka olivat lähteneet omille teilleen jo aiemmin.

[Kristiina]

Luin oikein ajatuksella Kalifin aiemmat kommentit kuvien a ja b eroista. Minä näen kuvat niin, että PC1 kuvaa farmari versus ENA jakoa. Tämä jakohan on kaikissa puumalleissa syvin jako eli Basal versus Crown Eurasian (50 kya sitten ?). PC2 kuvaa jakoa natiiviamerikkalaiset versus muut. Natiiviamerikkalaisillehan on kertynyt hyvin paljon omaa ajautumaa, koska he eriytyivät muista jo noin 20 kya sitten ilman myöhempiä kontakteja. PC3 erottaa Ymjahtah-perimän muista ja on vähemmän merkityksellinen komponentti, koska nykysiperiahan on eriytynyt Amurista varmaan vasta jääkauden päättymisen aikoihin (12 kya). Kuva B osoittaa, että Afontova gora (17 kya) on natiiviamerikkalaisiin johtavalla 'läntisellä' linjalla. Kuvassa B LNBA on lähellä Ymjahtahia, koska sillä ei ole juurikaan enempää Amerikka-spesifiä ajautumaa. LNBAhan tuli Baikalille Altain/WSHG:n suunnasta neoliitiikin jälkeen. Kuvassa A LNBA ei ole niin lähellä Ymjahtahia, koska se on sekoitus Altaita ja Baikalin neoliitiikkia eikä Kolyma-tyyppistä pohjoista perimää / Nganasan-perimää.

Minun muistaakseni WSHG sisältää hieman lännestä jääkauden jälkeen levinnyttä WHG:tä, joten WSHG ei sellaisenaan ole mitenkään vanha perimä alueellaan (korjatkaa, jos muistan väärin). DCP1 (18,5 kya), johon viittasin aiemmassa viestissä, edustaa Länsi-Siperian vanhaa ANE-perimää.

Huomasin ilokseni, että Genearchivistissa joku amatööri (CowboyHG) on päätynyt Malta1:n ENA-osuuden osalta lähelle sitä, mitä olen itsekin arvioinut alkuperäisen paperin perusteella eli
MA1
56% NEO283 (Kotias) -tyyppistä
44% ANEa
ANE
72% Sunghir-tyyppistä
28% ENAa
Mistä seuraa, että MA1:ssä on ENAa 12,32 %
Tässäkin CowboyHG:n kuvassa Amur on pelkkää ENAa.
https://genarchivist.com/showthread.php?tid=919&page=4