Sigfrid kirjoitti:Rekonpoika kirjoitti:Joo mutta fst-ero on se mikä antaa eniten paisuneen kuvan. Italiassa on osaväestöjä joiden fst:t ovat paljon suuremmat (Esko et al 2012) ja ja IBS-eroa löytyy vähän.
IBS on erinomaisen huono tapa selittää historiaa. Yksilöt/etniset ryhmät voivat osoittaa erinomaista samankaltaisuutta ilman tunnettua esihistoriaa. Esimerkiksi baltit saavat monen muun kansallisuuden kanssa korkeampia arvoja kuin nämä muut ryhmät sisäisesti. Fst:n ongelma on pieni näytekohtainen alleeliotanta, josta syystä tarvitaan muiluummin 100 näytettä per väestö.
Hairahduin juuri Rarecoal-ohjelmiston sivuille ja vaikutti kiinnostavalta. Ehkä perehdyn siihen tarkemmin.
Rarecoal ja haplotyyppidatapohjaiset sovellukset kuten GLOBETROTTER tai Broushakin ja van Dorpin metodit voivat olla toimivia, mutta fst pysyy samana näytekoosta riippumatta. Lazaridisilla on 7 suomalaista 1000genomin setistä ja etäisyys engelsmanneihin (myös kourallinen) on 0,007. 1000genomin paperissa molempia on päälle sata ja fst yhtä desimaalia suuremmalla tarkkuudella kuin Lazaridisin paperissa on 0,0068 (pyöristyy samaan kuin Lazaridisilla).
Fst:hen vaikuttaa eniten käytettyjen snippien määrä, ja sekin vain kun puhutaan hyvin pienistä snippiseteistä joita tuskin kukaan nykyään käyttää.
http://journals.plos.org/plosone/articl ... ne.0160413