Näytä vastaamattomat viestit | Näytä aktiiviset viestiketjut Tänään on 26 Syys 2018 06:12



Vastaa viestiin  [ 83 viestiä ]  Mene sivulle Edellinen  1, 2, 3, 4, 5
 "Suomalaiset eivät ole perimältään eurooppalaisia" 
Kirjoittaja Viesti
SuuBaltti
SuuBaltti

Liittynyt: 12 Elo 2013 12:41
Viestit: 3978
Viesti Re: "Suomalaiset eivät ole perimältään eurooppalaisia"
Sigfrid kirjoitti:
Rekonpoika kirjoitti:
Joo mutta fst-ero on se mikä antaa eniten paisuneen kuvan. Italiassa on osaväestöjä joiden fst:t ovat paljon suuremmat (Esko et al 2012) ja ja IBS-eroa löytyy vähän.


IBS on erinomaisen huono tapa selittää historiaa. Yksilöt/etniset ryhmät voivat osoittaa erinomaista samankaltaisuutta ilman tunnettua esihistoriaa. Esimerkiksi baltit saavat monen muun kansallisuuden kanssa korkeampia arvoja kuin nämä muut ryhmät sisäisesti. Fst:n ongelma on pieni näytekohtainen alleeliotanta, josta syystä tarvitaan muiluummin 100 näytettä per väestö.

Hairahduin juuri Rarecoal-ohjelmiston sivuille ja vaikutti kiinnostavalta. Ehkä perehdyn siihen tarkemmin.


Rarecoal ja haplotyyppidatapohjaiset sovellukset kuten GLOBETROTTER tai Broushakin ja van Dorpin metodit voivat olla toimivia, mutta fst pysyy samana näytekoosta riippumatta. Lazaridisilla on 7 suomalaista 1000genomin setistä ja etäisyys engelsmanneihin (myös kourallinen) on 0,007. 1000genomin paperissa molempia on päälle sata ja fst yhtä desimaalia suuremmalla tarkkuudella kuin Lazaridisin paperissa on 0,0068 (pyöristyy samaan kuin Lazaridisilla).

Fst:hen vaikuttaa eniten käytettyjen snippien määrä, ja sekin vain kun puhutaan hyvin pienistä snippiseteistä joita tuskin kukaan nykyään käyttää.

http://journals.plos.org/plosone/articl ... ne.0160413


29 Marras 2016 13:32
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6426
Viesti Re: "Suomalaiset eivät ole perimältään eurooppalaisia"
Fst vaatii sen toimintatavasta johtuen suuren näytemäärän, muuten tarkkuus huononee. On tuosta pieniä tutkimuksiakn, vaikka asia on yksinkertainen, sen tietää Wikikin

Lainaa:
However, this estimator is biased when sample sizes are small


https://en.wikipedia.org/wiki/Fixation_index

Tämän voi todea yhtälailla käytännössä. Erkokoiset näytemäärät myös biasoi tulosta. Snp-määrää kasvattamalla, riippuen menetelmästä, voi tulosta tarkentaa, mutta esimerkiksi 300000 snippiämvaatii kymmeniä näytteitä.

http://journals.plos.org/plosone/articl ... ne.0042649

_________________
Der Teufel steckt im Details:

Väinämöinen - R1a
Lemminkäinen - I1
Joukahainen - N


29 Marras 2016 14:56
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti

Liittynyt: 12 Elo 2013 12:41
Viestit: 3978
Viesti Re: "Suomalaiset eivät ole perimältään eurooppalaisia"
Sigfrid kirjoitti:
Fst vaatii sen toimintatavasta johtuen suuren näytemäärän, muuten tarkkuus huononee. On tuosta pieniä tutkimuksiakn, vaikka asia on yksinkertainen, sen tietää Wikikin

Lainaa:
However, this estimator is biased when sample sizes are small


https://en.wikipedia.org/wiki/Fixation_index

Tämän voi todea yhtälailla käytännössä. Erkokoiset näytemäärät myös biasoi tulosta.


SNP-määrä biasoi tässä suomalaisten tapauksessa enemmän kuin yksilöiden määrä. Tämän voimme nähdä käytännössä: 1000genomin kaikkien suomalaisten ja brittien välinen fst on sama kuin Lazaridisin suomalaisten ja brittien (1000genomin näytteitä mutta vähemmän). Yksilöiden määrä ei biasoi automaattisesti elleivät yksilöt pienessä näytteessä ole selvästi poikkeava otos, jos esim. ottaisimme viisi itäisintä 1000genomin suomalaista ja vertaisimme niitä britteihin fst olisi suurempi.

Jos joukon A sadan näytteen keskiarvo on X, ja osajoukon A/10 keskiarvo on myös X niin ongelmaa ei synny.


29 Marras 2016 15:09
Profiili
Näytä viestit ajalta:  Järjestä  
Vastaa viestiin   [ 83 viestiä ]  Mene sivulle Edellinen  1, 2, 3, 4, 5

Paikallaolijat

Käyttäjiä lukemassa tätä aluetta: Bing [Bot] ja 1 vierailijaa


Et voi kirjoittaa uusia viestejä
Et voi vastata viestiketjuihin
Et voi muokata omia viestejäsi
Et voi poistaa omia viestejäsi

Etsi tätä:
Hyppää:  
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group.
Designed by STSoftware.
Käännös, Lurttinen, www.phpbbsuomi.com uncommitted-decoy

Muuta yksityisyysasetuksia