Sivu 5/5

Re: "Suomalaiset eivät ole perimältään eurooppalaisia"

ViestiLähetetty: 29 Marras 2016 13:32
Kirjoittaja Rekonpoika
Sigfrid kirjoitti:
Rekonpoika kirjoitti:Joo mutta fst-ero on se mikä antaa eniten paisuneen kuvan. Italiassa on osaväestöjä joiden fst:t ovat paljon suuremmat (Esko et al 2012) ja ja IBS-eroa löytyy vähän.


IBS on erinomaisen huono tapa selittää historiaa. Yksilöt/etniset ryhmät voivat osoittaa erinomaista samankaltaisuutta ilman tunnettua esihistoriaa. Esimerkiksi baltit saavat monen muun kansallisuuden kanssa korkeampia arvoja kuin nämä muut ryhmät sisäisesti. Fst:n ongelma on pieni näytekohtainen alleeliotanta, josta syystä tarvitaan muiluummin 100 näytettä per väestö.

Hairahduin juuri Rarecoal-ohjelmiston sivuille ja vaikutti kiinnostavalta. Ehkä perehdyn siihen tarkemmin.


Rarecoal ja haplotyyppidatapohjaiset sovellukset kuten GLOBETROTTER tai Broushakin ja van Dorpin metodit voivat olla toimivia, mutta fst pysyy samana näytekoosta riippumatta. Lazaridisilla on 7 suomalaista 1000genomin setistä ja etäisyys engelsmanneihin (myös kourallinen) on 0,007. 1000genomin paperissa molempia on päälle sata ja fst yhtä desimaalia suuremmalla tarkkuudella kuin Lazaridisin paperissa on 0,0068 (pyöristyy samaan kuin Lazaridisilla).

Fst:hen vaikuttaa eniten käytettyjen snippien määrä, ja sekin vain kun puhutaan hyvin pienistä snippiseteistä joita tuskin kukaan nykyään käyttää.

http://journals.plos.org/plosone/articl ... ne.0160413

Re: "Suomalaiset eivät ole perimältään eurooppalaisia"

ViestiLähetetty: 29 Marras 2016 14:56
Kirjoittaja Sigfrid
Fst vaatii sen toimintatavasta johtuen suuren näytemäärän, muuten tarkkuus huononee. On tuosta pieniä tutkimuksiakn, vaikka asia on yksinkertainen, sen tietää Wikikin

However, this estimator is biased when sample sizes are small


https://en.wikipedia.org/wiki/Fixation_index

Tämän voi todea yhtälailla käytännössä. Erkokoiset näytemäärät myös biasoi tulosta. Snp-määrää kasvattamalla, riippuen menetelmästä, voi tulosta tarkentaa, mutta esimerkiksi 300000 snippiämvaatii kymmeniä näytteitä.

http://journals.plos.org/plosone/articl ... ne.0042649

Re: "Suomalaiset eivät ole perimältään eurooppalaisia"

ViestiLähetetty: 29 Marras 2016 15:09
Kirjoittaja Rekonpoika
Sigfrid kirjoitti:Fst vaatii sen toimintatavasta johtuen suuren näytemäärän, muuten tarkkuus huononee. On tuosta pieniä tutkimuksiakn, vaikka asia on yksinkertainen, sen tietää Wikikin

However, this estimator is biased when sample sizes are small


https://en.wikipedia.org/wiki/Fixation_index

Tämän voi todea yhtälailla käytännössä. Erkokoiset näytemäärät myös biasoi tulosta.


SNP-määrä biasoi tässä suomalaisten tapauksessa enemmän kuin yksilöiden määrä. Tämän voimme nähdä käytännössä: 1000genomin kaikkien suomalaisten ja brittien välinen fst on sama kuin Lazaridisin suomalaisten ja brittien (1000genomin näytteitä mutta vähemmän). Yksilöiden määrä ei biasoi automaattisesti elleivät yksilöt pienessä näytteessä ole selvästi poikkeava otos, jos esim. ottaisimme viisi itäisintä 1000genomin suomalaista ja vertaisimme niitä britteihin fst olisi suurempi.

Jos joukon A sadan näytteen keskiarvo on X, ja osajoukon A/10 keskiarvo on myös X niin ongelmaa ei synny.