Sivu 1/5

Suomalaisten populaatiogenetiikkaa

ViestiLähetetty: 06 Loka 2017 10:58
Kirjoittaja Ilpo
Verkkouutisten artikkeli Suomalaiset jakautuvat kymmeniin geneettisiin alaryhmiin sisältää linkin tutkimukseen suomalaisesta genetiikasta. Kiinnostanee tämän foorumin seuraajia.

Re: Suomalaisten populaatiogenetiikkaa

ViestiLähetetty: 06 Loka 2017 12:17
Kirjoittaja Kinaporin kalifi
Kiitos, tämähän on jatkoa täällä jo sivutulle Kermisen gradulle. Sääli että osa linkeistä ei toimi, esim. tässä tekstissä eikä supp's aukea. Minusta P6 vaikuttaisi omien päätelmieni pohjalta olevan ilmiönä vanhempi kuin evakkovaihe ja se saattaisi liittyä viipurinkarjalais-inkeroisryhmän asutusliikkeeseen?

"In our analysis, the exceptionally dispersed P6 dominating the Southern Karelia region also spread out widely across Savonia, near the large southern cities of Helsinki and Turku as well as along the genetic East–West borderline of Figure 3 all the way to Oulu and even further north (Figure 4A). As a hint that this dispersal might be due to recent events, we noticed that individuals of P6 were clearly younger than the rest of our samples (median birth years 1957 and 1950, respectively; Mann-Whitney P-value 10−5). When we further split P6 into its three subpopulations (Figure S9 in File S1), we noticed that one of these remained stable across the birth years of our samples (orange population in Figure S9 in File S1) while the other two spread out from Karelia to Savonia (green population) and from the city of Vyborg (fin. Viipuri) throughout the country (yellow population) within this timeframe (1922–1972). During and after the Second World War (1939–1945), ∼400,000 Finns from the larger Karelia region southeast of the current borders of Finland were relocated throughout the other parts of Finland. Hence, the youngest third of our sample born after 1957 could, in principle, have such relocated Karelians among their grandparents. However, Figure S9 in File S1 also shows that the dispersal of P6 has started already among individuals born in 1941–1957, and therefore we cannot entirely explain the dispersal by relocations during and after the war (unless some parental birthplaces of these individuals were wrongly reported)."

Kerminen: Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-lukua

ViestiLähetetty: 06 Loka 2017 12:46
Kirjoittaja Thurisaz
Linkeissä ensin uutinen ja sitten tutkimus.



Uudessa tutkimuksessa suomalaiset pystyttiin jakamaan ennennäkemättömällä tarkkuudella geneettisiin ryhmiin.

https://www.verkkouutiset.fi/suomalaise ... laryhmiin/

Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-lukua

https://www.fimm.fi/fi/tutkimus/tutkimu ... finnpopgen

Re: Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-lukua

ViestiLähetetty: 06 Loka 2017 14:43
Kirjoittaja Sigfrid
Thurisaz kirjoitti:Linkeissä ensin uutinen ja sitten tutkimus.



Uudessa tutkimuksessa suomalaiset pystyttiin jakamaan ennennäkemättömällä tarkkuudella geneettisiin ryhmiin.

https://www.verkkouutiset.fi/suomalaise ... laryhmiin/

Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-lukua

https://www.fimm.fi/fi/tutkimus/tutkimu ... finnpopgen


Hyvä, että on älytty ottaa ennen vuotta 1950 syntyneitä kotipaikkakunnan mukaan, muuten tämän tuloksen arvo olisi kyseenalainen, nimenomaan 50-60-lukujen "talonpojan tappolinjan" vuoksi, näin Vennamoa lainaten. Pirkanmiesten perillisryhmä näkyy jo neljännellä tasolla erillään länsisuomalaisita, jossa Kalajoki-Pyhäjoki-Raahe yhdistyy Torniojokilaaksoon ja nämä kaksi eroavat vasta k:lla 10. Pohjoinen-itä on vanhempaa savolaisaaltoa, joka kulkeutui Pyhäjärvi-reittiä pitkin alueelle Siikajokilaaksosta pohjoiseen jo 1500-luvulla ja sieltä edelleen Oulunjärvelle ja Kemi-Tervola alueelle. Siinä vaiheessa Pohjois-Savon alue oli vielä suurelta osin vailla kiinteää asutusta.

Re: Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-lukua

ViestiLähetetty: 06 Loka 2017 22:58
Kirjoittaja Jaska
Tuloksissa on jotain uutta Sini Kermisen aiempaan tutkimukseen, johtunee uusista analyysimenetelmistä. Sukupuu ja linkki näkyvät täällä:
viewtopic.php?f=10&t=1067&p=24901&hilit=kerminen#p24901

Tässä uudessa maakuntaväestöt seuraavat oikein nätisti murrealueita. Erityisen mielenkiintoinen on pohjoispohjalaisten kahtalainen ryhmittyminen: eteläisemmät liittyvät lappilaisiin ja ovat länsisuomalaisia, kuten Sigfrid mainitsikin, mutta pohjoisemmat Oulun tienoilla ovat itäsuomalaisia. Tämä osoittaa, miten tärkeää on näytteiden kattava peitto halki maan. Toki menetelmätkin eroavat: FineStructuren perusteella pohjoispohjalaisten ryhmät olivat keskenään lähisukuisia (ks. linkki).

Mielenkiintoista on myös, ettei murteissa näkyvä "savolaiskiila" riitä vetämään keskipohjalaisia geneettisesti irti eteläpohjalaisten yhteydestä.

Lounaisen Suomen mitättömät geenierot johtunevat siitä, että alue oli jo varhain väkirikasta, asutus kompaktia ja kulkuyhteydet hyvät, eli keskinäistä sekoittumista on tapahtunut enemmän ja pidempään kuin myöhään ja harvaan (suomalaisilla) asutetuilla alueilla.

Savolaisalueen kohdalla mielenkiintoista on, että kun murteissa rajat ovat etelä-pohjois-suuntaisia (murrealueet lännestä itään: keskisuomalais-, savolais- ja pohjoiskarjalaismurteet), niin geeneissä jyrkempi raja menee itä-länsi-suunnassa (osaväestöt pohjoisesta etelään: Kuusamo/PPM, Kainuu, pohjoinen Savo ja PKar, eteläinen Savo ja PKar). Mistä tämä johtuu, siihen en osaa vastata.

P.S: Lisäsin ketjun nimeen Kermisen nimen, että löytyy helpommin hakutoiminnolla.

Re: Kerminen: Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-luk

ViestiLähetetty: 06 Loka 2017 23:20
Kirjoittaja Jaska
Yhdistetty nämäkin kaksi ketjua samasta aiheesta.

Re: Kerminen: Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-luk

ViestiLähetetty: 07 Loka 2017 00:06
Kirjoittaja Giösta
Kuvassa 5 ilmestyy hajaantunut itä -ryhmä, keltainen, kannaksen suunnalta jonnekin Oulua kohti. Sitten kuvassa 12 tulee mukaan Kymi-Keskisuomi, ehkä Kannakselta Vaasaan joka on samansuuntainen, Kannakselta luoteeseen.

Tämä sopii ehkä jotenkin siihen, että lähi-mätsinä on Kannaksen osumien lisäksi Poikonen (Vesulahti .. Karstula) ja olisivatko Haaparannan kautta koukanneet tai hiihtäneet jään yli Orsaan keski-Ruotsiin.

Re: Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-lukua

ViestiLähetetty: 07 Loka 2017 08:01
Kirjoittaja Kinaporin kalifi
Jaska kirjoitti:Savolaisalueen kohdalla mielenkiintoista on, että kun murteissa rajat ovat etelä-pohjois-suuntaisia (murrealueet lännestä itään: keskisuomalais-, savolais- ja pohjoiskarjalaismurteet), niin geeneissä jyrkempi raja menee pohjois-eteläsuunnassa (osaväestöt pohjoisesta etelään: Kuusamo/PPM, Kainuu, pohjoinen Savo ja PKar, eteläinen Savo ja PKar).

Tarkoitatko noin, ks korjaus? Mikä lienee tähän liittyen tämän Rekonpojan kommentin merkitys:"Suomalaisten "itäpää" kun isolaatit eivät ole edustettuina näkyy niissä olevan Pohjois-Savossa ja Pohjois-Karjalassa, ei Lapissa." Mikä ihmeen "itäpää", siis geneettisesti itäisin osa väestöstä vai mitä?

Re: Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-lukua

ViestiLähetetty: 07 Loka 2017 08:23
Kirjoittaja Jaska
Kinaporin kalifi kirjoitti:
Jaska kirjoitti:Savolaisalueen kohdalla mielenkiintoista on, että kun murteissa rajat ovat etelä-pohjois-suuntaisia (murrealueet lännestä itään: keskisuomalais-, savolais- ja pohjoiskarjalaismurteet), niin geeneissä jyrkempi raja menee pohjois-eteläsuunnassa (osaväestöt pohjoisesta etelään: Kuusamo/PPM, Kainuu, pohjoinen Savo ja PKar, eteläinen Savo ja PKar).

Tarkoitatko noin, ks korjaus? Mikä lienee tähän liittyen tämän Rekonpojan kommentin merkitys:"Suomalaisten "itäpää" kun isolaatit eivät ole edustettuina näkyy niissä olevan Pohjois-Savossa ja Pohjois-Karjalassa, ei Lapissa." Mikä ihmeen "itäpää", siis geneettisesti itäisin osa väestöstä vai mitä?

Tarkoitin kuten kirjoitin, eli rajat kulkevat 90 asteen kulmassa alueisiin nähden: jos alueet menevät idästä länteen, niin rajat niiden välillä menevät pohjoisesta etelään, ja päinvastoin. Ehkä sen teoriassa voisi mahdollisesti kenties yrittää jotenkin selvemminkin ilmaista...
PDT_Armataz_01_14

Re: Kerminen: Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-luk

ViestiLähetetty: 07 Loka 2017 10:48
Kirjoittaja Sigfrid
Giösta kirjoitti:Kuvassa 5 ilmestyy hajaantunut itä -ryhmä, keltainen, kannaksen suunnalta jonnekin Oulua kohti. Sitten kuvassa 12 tulee mukaan Kymi-Keskisuomi, ehkä Kannakselta Vaasaan joka on samansuuntainen, Kannakselta luoteeseen.

Tämä sopii ehkä jotenkin siihen, että lähi-mätsinä on Kannaksen osumien lisäksi Poikonen (Vesulahti .. Karstula) ja olisivatko Haaparannan kautta koukanneet tai hiihtäneet jään yli Orsaan keski-Ruotsiin.


En näe kuvassa 12 Kannakselta Vaasaan suuntautuvaa väriä. Autatko, kerro väri, niin löydän. Keskipohjalaisuus tulee jo aikasemmin kuvaan. Epäilen tekijöiden sotkeneen kaksi asiaa, keskipohjalaiset ja savolaiset savolaiskiilassa, joka suuntautuu Lappajärvelle. ja ulottuu Kokkolaan asti kaupunkimuuton jäljiltä.

Re: Kerminen: Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-luk

ViestiLähetetty: 07 Loka 2017 11:02
Kirjoittaja Arxhgos
Sigfrid kirjoitti:
Giösta kirjoitti:Kuvassa 5 ilmestyy hajaantunut itä -ryhmä, keltainen, kannaksen suunnalta jonnekin Oulua kohti. Sitten kuvassa 12 tulee mukaan
Kymi-Keskisuomi, ehkä Kannakselta Vaasaan joka on samansuuntainen, Kannakselta luoteeseen.
Tämä sopii ehkä jotenkin siihen, että lähi-mätsinä on Kannaksen osumien lisäksi Poikonen (Vesulahti .. Karstula) ja olisivatko Haaparannan
kautta koukanneet tai hiihtäneet jään yli Orsaan keski-Ruotsiin.

En näe kuvassa 12 Kannakselta Vaasaan suuntautuvaa väriä. Autatko, kerro väri, niin löydän. Keskipohjalaisuus tulee jo aikasemmin kuvaan.
Epäilen tekijöiden sotkeneen kaksi asiaa, keskipohjalaiset ja savolaiset savolaiskiilassa, joka suuntautuu Lappajärvelle. ja ulottuu Kokkolaan asti kaupunkimuuton jäljiltä.


Näkyykö keltainen Imatralta Kokkolaan

https://www.fimm.fi/fi/tutkimus/tutkimushankkeet/finnpopgen

alueille saisi helposti laskettua painopisteen, esimerkiksi Varsinais-Suomen
geenipainopiste olisi silmämääräisesti Himolankoskessa

https://www.google.fi/maps/@60.8235608,22.4796404,19z

Kuva

Re: Kerminen: Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-luk

ViestiLähetetty: 07 Loka 2017 11:14
Kirjoittaja Sigfrid
Keltainen tulee jo tasolla 5, ei 12. Kohdassa 12 tulee violetti ryhmä, joka ulottuu Kymijokilaakosta Jyväskylään. Kuvaisin sitä hämäläis-savolaiseksi sekoitusryhmäksi.

Re: Kerminen: Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-luk

ViestiLähetetty: 07 Loka 2017 14:29
Kirjoittaja Kirmu
Sigfrid kirjoitti:Keltainen tulee jo tasolla 5, ei 12. Kohdassa 12 tulee violetti ryhmä, joka ulottuu Kymijokilaakosta Jyväskylään. Kuvaisin sitä hämäläis-savolaiseksi sekoitusryhmäksi.


Tutkimus ei tuo esiin karjalaisia linjoja ja alueita. Kymi-Jyväskylä saattaa olla 1000-1300 luvun alue- ja vaikutuspiirirajaa. Tämän on vaiheen snippien ajoitusta kartalla on ihmetelty aikaisemmin.

Tutkimus on tervetullut pohja vaikkakin Jaskan toimesta pienellä otannalla tämä tehtiin jo vuosia aikaisemmin.

Re: Kerminen: Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-luk

ViestiLähetetty: 07 Loka 2017 14:55
Kirjoittaja Sigfrid
Kirmu kirjoitti:
Sigfrid kirjoitti:Keltainen tulee jo tasolla 5, ei 12. Kohdassa 12 tulee violetti ryhmä, joka ulottuu Kymijokilaakosta Jyväskylään. Kuvaisin sitä hämäläis-savolaiseksi sekoitusryhmäksi.


Tutkimus ei tuo esiin karjalaisia linjoja ja alueita. Kymi-Jyväskylä saattaa olla 1000-1300 luvun alue- ja vaikutuspiirirajaa. Tämän on vaiheen snippien ajoitusta kartalla on ihmetelty aikaisemmin.

Tutkimus on tervetullut pohja vaikkakin Jaskan toimesta pienellä otannalla tämä tehtiin jo vuosia aikaisemmin.


Todennäköisimmin kuitenkin hämäläissavolainen rajapinta. On vaikea kuvitella jotain migraatiota noin kapealle alueelle. Mutta uskoa saa muihinkin selityksiin, tämä on minun.

Re: Kerminen: Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-luk

ViestiLähetetty: 07 Loka 2017 15:49
Kirjoittaja Tomppa
Savolaiskiila muodostui Järviseudulle Etelä- ja Keski-Pohjanmaan välille vasta 1500-luvulla. Sitä ennen oli alueella ollut proto-suomalaisten metsästäjä-keräilijöiden l. "lappalaisten" melko tiheää asutusta hyvien kalavesien takia, uudisasukkaita viljavimmilta Etelä-Pohjanmaan rintamailta aivan Keski-Pohjanmaalle saakka, pirkkalaisia jokia pitkin ja unohtamatta ruotsia puhuvia asujia, joita taloja oli ainakin Alajärvelle asti rannikolta jokea ylöspäin.

Vaikka savolaiset oli vähemmistönä populaatiossa ja kirkonkirjoissakin, heidän murre tuli vallalle. Aivan arvelen, että ruotsin ja muunkieliset tai murteiset vaihtoivat jostain syystä tulokasmurteeseen. Mutta Järviseudun murre on aika kaukana Savon sydänmaiden kielestä ja siinä on naapurimurteita sekä sekaantuneena ruotsinkieltä.

Kerrotun perusteella tutkimus sai varmaan toisenlaisia tuloksia juuri tällä nykyisen savolaiskiilan alueella.

Re: Kerminen: Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-luk

ViestiLähetetty: 07 Loka 2017 16:05
Kirjoittaja aikalainen
Sigfrid kirjoitti:
Kirmu kirjoitti:
Sigfrid kirjoitti:Keltainen tulee jo tasolla 5, ei 12. Kohdassa 12 tulee violetti ryhmä, joka ulottuu Kymijokilaakosta Jyväskylään. Kuvaisin sitä hämäläis-savolaiseksi sekoitusryhmäksi.
Tutkimus ei tuo esiin karjalaisia linjoja ja alueita. Kymi-Jyväskylä saattaa olla 1000-1300 luvun alue- ja vaikutuspiirirajaa. Tämän on vaiheen snippien ajoitusta kartalla on ihmetelty aikaisemmin.

Tutkimus on tervetullut pohja vaikkakin Jaskan toimesta pienellä otannalla tämä tehtiin jo vuosia aikaisemmin.
Todennäköisimmin kuitenkin hämäläissavolainen rajapinta. On vaikea kuvitella jotain migraatiota noin kapealle alueelle. Mutta uskoa saa muihinkin selityksiin, tämä on minun.

Kymi-Jyväskylä saattaa selittyä myös luontaisella vesiliikenneväylällä, joka on yhdistänyt alueen ihmisiä. Näin ajatellen alueen nimi olisi Kymijoen vesistö tai Kymijoki-Päijänne.

Vastaavia vesialueita näkyy kartalla muitakin. Itägeenien alue on lähinnä Vuoksen vesistö (plus 1500-luvun savolaisekspansio sen ulkopuolelle). Pohjois-Karjala on käytännössä Pielisen liikennealue. Kainuu on Oulujärvi ja sen latvavesistö. Pudasjärvi-Kuusamo on Iijoen liikennealue. Vastaavasti hankalien kulkuyhteyksien vedenjakajat erottavat geenialueita, kuten Eteläpohjanmaata Pirkanmaasta.

Re: Kerminen: Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-luk

ViestiLähetetty: 07 Loka 2017 21:01
Kirjoittaja Jaska
Tomppa kirjoitti:Savolaiskiila muodostui Järviseudulle Etelä- ja Keski-Pohjanmaan välille vasta 1500-luvulla. Sitä ennen oli alueella ollut proto-suomalaisten metsästäjä-keräilijöiden l. "lappalaisten" melko tiheää asutusta hyvien kalavesien takia, uudisasukkaita viljavimmilta Etelä-Pohjanmaan rintamailta aivan Keski-Pohjanmaalle saakka, pirkkalaisia jokia pitkin ja unohtamatta ruotsia puhuvia asujia, joita taloja oli ainakin Alajärvelle asti rannikolta jokea ylöspäin.

Vaikka savolaiset oli vähemmistönä populaatiossa ja kirkonkirjoissakin, heidän murre tuli vallalle. Aivan arvelen, että ruotsin ja muunkieliset tai murteiset vaihtoivat jostain syystä tulokasmurteeseen. Mutta Järviseudun murre on aika kaukana Savon sydänmaiden kielestä ja siinä on naapurimurteita sekä sekaantuneena ruotsinkieltä.

Kerrotun perusteella tutkimus sai varmaan toisenlaisia tuloksia juuri tällä nykyisen savolaiskiilan alueella.

Suomen murteet populaatioina -tutkimuksessa savolaiskiila oli Kainuun murteen yhteydessä. Joka tapauksessa se on niitä harvoja alueita, joissa geeni- ja murrerajat eroavat:
- Savolaiskiila: murteena lasketaan itämurteisiin, väestönä länsisuomalaisiin.
- Keskinen Pohjois-Pohjanmaa: murteena lasketaan länsimurteisiin, väestönä itäsuomalaisiin.
- Geneettinen Lappi alkaa jo Oulusta!

Re: Kerminen: Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-luk

ViestiLähetetty: 07 Loka 2017 21:06
Kirjoittaja Jaska
Sigfrid kirjoitti:
Kirmu kirjoitti:
Sigfrid kirjoitti:Keltainen tulee jo tasolla 5, ei 12. Kohdassa 12 tulee violetti ryhmä, joka ulottuu Kymijokilaakosta Jyväskylään. Kuvaisin sitä hämäläis-savolaiseksi sekoitusryhmäksi.


Tutkimus ei tuo esiin karjalaisia linjoja ja alueita. Kymi-Jyväskylä saattaa olla 1000-1300 luvun alue- ja vaikutuspiirirajaa. Tämän on vaiheen snippien ajoitusta kartalla on ihmetelty aikaisemmin.

Tutkimus on tervetullut pohja vaikkakin Jaskan toimesta pienellä otannalla tämä tehtiin jo vuosia aikaisemmin.


Todennäköisimmin kuitenkin hämäläissavolainen rajapinta. On vaikea kuvitella jotain migraatiota noin kapealle alueelle. Mutta uskoa saa muihinkin selityksiin, tämä on minun.

Kallistun tässä Sigfridin kannalle, koska tuo "osaväestö" tulee esiin niin myöhään ja koska asutushistoriasta ei löydy alueellisesti sopivaa muuttoaaltoa. Ja jos osaväestöjen FST-arvot tms. laskettaisiin, tämä ryhmä varmaankin olisi jotakuinkin idän ja lännen välissä, vaikka binaarisessa sukupuukuvaajassa se pakottuukin itäsuomalaisten ryhmään.

Kymenkartanon lääni rajautui suunnilleen tuolle alueelle, eli eräs hypoteesi voisi olla, että hallintokeskuksen vaikutuspiirissä aiemmin itäistä ja läntistä väestöä edustavat alkoivat tehokkaammin sekoittua.
https://fi.wikipedia.org/wiki/Kymenkart ... A4%C3%A4ni

Re: Kerminen: Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-luk

ViestiLähetetty: 08 Loka 2017 00:00
Kirjoittaja rcislandlake
Dosentti tietää, ettei ole olemassa suomigeeniä... https://suomenkuvalehti.fi/jutut/kotima ... u-yhteiso/

:)

Re: Kerminen: Suomen geneettinen hienorakenne ennen 1950-luk

ViestiLähetetty: 08 Loka 2017 02:55
Kirjoittaja Jaska
rcislandlake kirjoitti:Dosentti tietää, ettei ole olemassa suomigeeniä... https://suomenkuvalehti.fi/jutut/kotima ... u-yhteiso/

:)

Maksumuuri, harmi kyllä. Alku vaikutti viihdyttävän provosoivalta... PDT_Armataz_01_14