Näytä vastaamattomat viestit | Näytä aktiiviset viestiketjut Tänään on 15 Joulu 2018 14:21



Vastaa viestiin  [ 29 viestiä ]  Mene sivulle 1, 2  Seuraava
 Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finland 
Kirjoittaja Viesti
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18
Viestit: 5447
Viesti Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finland
Huomasin että Lazaridis oli tviitannut täman version ilmestyneen:

https://www.biorxiv.org/content/early/2017/10/13/200113


14 Loka 2017 22:14
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti

Liittynyt: 12 Elo 2013 12:41
Viestit: 4090
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Ihan kiva mutta saamelaiset puuttuvat verrokkiryhmistä.


15 Loka 2017 00:28
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7869
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Kinaporin kalifi kirjoitti:
Huomasin että Lazaridis oli tviitannut täman version ilmestyneen:

https://www.biorxiv.org/content/early/2017/10/13/200113


Martin ym. 2017: Haplotype sharing provides insights into fine-scale population history and disease in Finland

- No niin, Helsinki on nyt todistetusti savolaisten pääkaupunki. PDT_Armataz_01_18
- Turkulaiset jakavat aika tasaisesti muiden suomalaisten kanssa, vähiten etelä-
ja keskipohjalaisten kanssa.
- Tamperelaiset eivät jaa kenenkään kanssa, eivätkä vaasalaisetkaan juurikaan.
- Pohjois-Savo, Pohjois-Karjala ja Kainuu ovat geneettisesti läheisiä, mutta aika hyvin erillään Kuusamosta, Oulusta ja Rovaniemestä, jotka taas muodostavat oman pohjoisen kokonaisuutensa (paitsi Kainuu, joka tässä silloittaa näitä kahta erillistä ryhmää).

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


15 Loka 2017 00:39
Profiili WWW
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7869
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Erityisen mielenkiintoista on verrata maakuntaväestöjen suhdetta IBD- ja FST-tasolla. Väkersin artikkelin kuvaajien perusteella oman kuvaajan verratakseni noita tasoja.

Kuva
http://www.elisanet.fi/alkupera/Martin17b.png

IBD-tasolla suomalaiset jakautuvat kolmeen ryhmään:
1. Itäsuomalaiset (ESa, PSa, PKa, PPM [sis. Kainuu]), jotka jakavat keskenään paljon IBD-haplotyyppejä.
2. Välivyöhyke (EKa, KSu, Lap), jotka jakavat keskenään kohtalaisesti IBD-haplotyyppejä.
3. Länsisuomalaiset (LSu, EPM, Häm, Uus), jotka jakavat keskenään vähemmän IBD-haplotyyppejä.

FST-tasolla suomalaiset jakautuvat useampaan ryhmään:
1. Itäsuomalaiset (ESa, PSa, PKa) ovat sisäisesti tiivis ryhmä ja kaukana kaikista muista.
2. Välisuomalaiset (EKa, Ksu, Uus, Häm) ovat toinen sisäisesti tiivis ryhmä, joka kuitenkin jakautuu kahtia suhteessa itäsuomalaisiin: itäryhmä (EKa, KSu) on lähempänä itäsuomalaisia kuin länsiryhmä (Uus, Häm).
3. Pohjoissuomalaiset (PPM, Lap) ovat melko lähellä välisuomalaisia mutta myös itäsuomalaisia.
4. Länsisuomalaiset (LSu, EPM) ovat kauimpana itäsuomalaisista ja lähimpänä välisuomalaisten länsiryhmää.

Periaatteessa näiden kahden eri tason antama kuva on aika samantyyppinen. Jaettujen IBD-haplotyyppien suuri määrä todistaa isosta joukosta yhteisiä esivanhempia, kun taas FST-taso kertoo laskennallisesti alleelijakauman samankaltaisuuden ja siten se paljastaa yhtäältä eristäytymisen aiheuttaman geneettisen ajautumisen omaan suuntaansa, toisaalta vanhatkin väestöjen sekoittumiset (esim. Pohjanmaan ruotsinkieliset).

Ainoa merkittävä ero on, että vaikka Pohjois-Pohjanmaa (sisältää normaalistikin Kuusamon ja tässä myös Kainuun) IBD-tasolla on osa itäsuomalais/savolaisryhmää, on se FST-tasolla Lapin parina väliryhmässä. IBD-haplotyypit osoittavat siis maakuntaväestöön viime vuosisatojen aikana levinneet savolaiset esivanhemmat, kun taas FST näyttänee vielä "pohjatilanteen" eli pohjoissuomalaisen väestöpohjan.

IBD-haplotyypit silppuuntuvat rekombinaatiossa sukupolvien kuluessa aina pienemmiksi, eli ne edustavat todennäköisimmin nuorempaa historiaa, kun taas laskennallinen alleelijakauma muuttuu hitaammin. Tilanne kuvastanee sitä, että joka suvusta löytyy savolaisperäisiä esivanhempia, joilta IBD-haplotyypit on peritty, mutta väestön kokonaisuudessa heidän osuutensa ei ole riittänyt muuttamaan merkittävästi alleelien esiintymäjakaumaa.

Lisämateriaalissa on myös FST-värimatriisi, jossa on eri alueiden suomalaisia, ruotsalaisia ja virolaisia sekä Pietarin venäläisiä ja unkarilaisia.
- Ruotsin BD eli Norrbotten ryhmittyy FST-puussa välisuomalaisten ryhmään (Lap, PPM, KSu, EKa). Jossain määrin sama näkyy myös PCA-kuvaajassa 3B. Värin perusteella Norrbotten on lähempänä Lappia ja länsisuomalaisia sekä Ruotsin U:ta (Västmanland) kuin muita ruotsalaisia. (Västmanland on lähellä myös länsisuomalaisia ja välisuomalaisten länsiryhmää.)
- Venäjä ryhmittyy FST-puussa 22:n eli Viron Hiidenmaan kanssa, mutta ilmeisesti vain siksi, että kumpikin on kaukana muista virolaisista.
- Unkari ryhmittyy FST-puussa Kaakkois-Viron alueiden kanssa, vaikka värin perusteella se olisi lähimpänä Venäjää.
https://www.biorxiv.org/content/biorxiv ... 0113-1.pdf

P.S. En tiedä, miksi kartasta puuttuu numero 3. Kyseessä tuskin on taikausko; luultavimmin esim. Lounais-Suomi olisi ollut alustavasti jaettu kahtia alueisiin 3 ja 4, mutta jossain vaiheessa ehkä havaittiin, että geneettistä eroa ei olekaan, ja alueet olisi sitten yhdistetty. Tai sitten alue 3 oli ruotsinkielinen Pohjanmaa, joka jostain syystä on jätetty pois lopullisesti artikkelista.

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


15 Loka 2017 02:34
Profiili WWW
Mettänpeikko
Mettänpeikko

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6534
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Tuossa kuvassasi on monta virhettä. Ensinnäkin sekä IBD ja FST ovat huonoja menetelmiä perimän asutushistorialliseen yksilöintiin, toiseksi poliitikkojen tappelema ja hallinnoima aluejako ei kuvaa asutushistoriaa. Aluejako perustuu Ruotsin kruunun valitsemiin tapulikaupinkistatuksiin 1600-luvulla. IBD tuottaa virheellisiä tuloksia, koska uusien itäsuomalaisten asuinalueiden IBD-jaksot ovat nopean kasvun vuoksi pitkiä, eikä jaksojen pilkkoutuminen ole ollenkaan tapahtunut oletetun statistiikan mukaisesti. FST ei huomioi sekoituksia, ts. se ei erota toisistaan sekoittumisen, eristäymisen ja asutusten etäisyyden luomia geneettisiä eroja.

Tämä sinänsä sinua innostava näkökulma on pettymys tutkimustasolla, koska tämä IBD-statistiikka on taas otettu tutkimuskohteeksi ja me jo tiedämme tämän suomalaisten IBD-jakauman tuoreeksi ja jaksot pitkiksi. IBD-jaksot eivät näinollen voi todistaa pitkien jaksojen vanhemmasta alkuperästä. Uutta tietoa ei tuotettu. Tämän sijaan toivoin näkeväni haplotyyppianalyysejä Suomen sisältä ja vertailuna naapurimaihin. Se edellinen postimerkkikuva oli parempi, koska perustui haplotyyppeihin. Itse pystyn tekemään vertailun naapureihin, mutta Suomen sisäistä vertailua en voi tehdä aineiston aluejajon puutteen vuoksi. Toinen lapsus tuossa tutkimuksessa oli ottaa taas kerran rare-alleelikatsauksessa kohteeksi perinnölliset sairaudet, joista meillä on jo runsaasti tietoa. Rare-alleelien pohjalta olisi saanut aikaiseksi myös laajemman asutushistorianäkymän.

Näin taas. Tältä osin tutkimus on toistoa "hauki on kala" tyyliin, vaikka kala ei ollutkaan hauki. Minut voi nyt haukkua. Tai voi jättää haukkumatta etten koe mielipiteitäni merkityksellisiksi PDT_Armataz_01_14 Mutta pieni haukku vähentäisi tämän tukimuksen vuoksi kokemaani masennusta PDT_Armataz_01_01


Viimeksi muokannut Sigfrid päivämäärä 15 Loka 2017 10:21, muokattu yhteensä 1 kerran



15 Loka 2017 10:07
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18
Viestit: 5447
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Jaska kirjoitti:
Värin perusteella Norrbotten on lähempänä Lappia ja länsisuomalaisia sekä Ruotsin U:ta (Västmanland) kuin muita ruotsalaisia. (Västmanland on lähellä myös länsisuomalaisia ja välisuomalaisten länsiryhmää.)

Geneettinen raja Norrbottenissa seurailee hämmästyttävän tarkasti Bygden kiven määrittelemää rajaa?

https://sv.wikipedia.org/wiki/Bygde_sten


15 Loka 2017 10:20
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7869
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Sigfrid kirjoitti:
Tuossa kuvassasi on monta virhettä.

Väärin: kuvassani ei ole yhden yhtä virhettä, koska se perustuu täysin uskollisesti kyseessä olevaan tutkimukseen.

Sigfrid kirjoitti:
Ensinnäkin sekä IBD ja FST ovat huonoja menetelmiä perimän asutushistorialliseen yksilöintiin,

Väärin, ellet osaa perustella väitettäsi. Nimenomaan niiden keskinäinen vertailu näyttää paljastavan asutushistoriasta kerrostumia.

Sigfrid kirjoitti:
toiseksi poliitikkojen tappelema ja hallinnoima aluejako ei kuvaa asutushistoriaa. Aluejako perustuu Ruotsin kruunun valitsemiin tapulikaupinkistatuksiin 1600-luvulla.

Näytealueiden rajaus on aina mielivaltainen valinta. On kuitenkin järkevämpää rajata alueet olemassaolevien yksikköjen perusteella kuin vielä mielivaltaisemmin - esim. niin, että yksi alue leikkaisi palasia neljästä eri maakunnasta.

Sigfrid kirjoitti:
IBD tuottaa virheellisiä tuloksia, koska uusien itäsuomalaisten asuinalueiden IBD-jaksot ovat nopean kasvun vuoksi pitkiä, eikä jaksojen pilkkoutuminen ole ollenkaan tapahtunut oletetun statistiikan mukaisesti. FST ei huomioi sekoituksia, ts. se ei erota toisistaan sekoittumisen, eristäymisen ja asutusten etäisyyden luomia geneettisiä eroja.

Mikä siinä muka on virheellistä, jos kerran selvitetään juuri sitä, mitä IBD kertoo? Miten niin pilkkoutuminen ei ole tapahtunut oletetun statistiikan mukaisesti? Väitätkö, että savolaisten supergeenit vastustavat rekombinaatiota? PDT_Armataz_01_14

FST todellakin huomioi sekoitukset! Olen selittänyt sinulle tämän jo monta kertaa, muttet tajua sitä jostain syystä. Lukemat itsessään eivät kerro mistä prosessista ne johtuvat, mutta juuri siksi FST-tasoa on aina verrattava johonkin toiseen tasoon: Jakkulalla 2008 sitä verrattiin IBS-tasoon, Salmelalla 2011 IBS- ja lambda-tasoon, tässä IBD-haplotyyppeihin. Sitten se kertoo, kun on jotain mihin verrata.

Sigfrid kirjoitti:
Tämä sinänsä sinua innostava näkökulma on pettymys tutkimustasolla, koska tämä IBD-statistiikka on taas otettu tutkimuskohteeksi ja me jo tiedämme tämän suomalaisten IBD-jakauman tuoreeksi ja jaksot pitkiksi.

Ja nyt me tiedämme tilanteen eri maakuntaväestöjen välillä, meidän ei enää tarvitse puhua vain "suomalaisista." Vai osaatko nimetä tutkimuksen, jossa tämä on selvitetty jo aikaisemmin?

Sigfrid kirjoitti:
IBD-jaksot eivät näinollen voi todistaa pitkien jaksojen vanhemmasta alkuperästä. Uutta tietoa ei tuotettu. Tämän sijaan toivoin näkeväni haplotyyppianalyysejä Suomen sisältä ja vertailuna naapurimaihin.

Et siis edes lukenut koko artikkelia?

Sigfrid kirjoitti:
Se edellinen postimerkkikuva oli parempi, koska perustui haplotyyppeihin.

Mikä postimerkkikuva?

Sigfrid kirjoitti:
Itse pystyn tekemään vertailun naapureihin, mutta Suomen sisäistä vertailua en voi tehdä aineiston aluejajon puutteen vuoksi. Toinen lapsus tuossa tutkimuksessa oli ottaa taas kerran rare-alleelikatsauksessa kohteeksi perinnölliset sairaudet, joista meillä on jo runsaasti tietoa. Rare-alleelien pohjalta olisi saanut aikaiseksi myös laajemman asutushistorianäkymän.

Hui kauheaa. Liekö koskaan missään edes vielä tehty täydellistä geenitutkimusta? Tuskin tullaan koskaan missään tekemäänkään, jos riman asetat sinä.

Sigfrid kirjoitti:
Näin taas. Tältä osin tutkimus on toistoa "hauki on kala" tyyliin, vaikka kala ei ollutkaan hauki. Minut voi nyt haukkua. Tai voi jättää haukkumatta etten koe mielipiteitäni merkityksellisiksi PDT_Armataz_01_14

En minä hauku, mutta ihmettelen taas suuresti asennettasi ja perustelemattomia lyttäyksiäsi. Jotenkin tuntuu kuin olisit mustasukkainen siitä, että geneetikot touhuavat sinun hiekkalaatikollasi, vaikka he leikkivät siellä ihan omilla leluillaan.
PDT_Armataz_01_33

P.S. Vai voisiko kyse olla jälleen siitä, että tutkimuksen perusteella saamme herran valitusta kansasta eli pohjoispohjalaisista sellaista tietoa, joka ei sovi uskonkappaleisiisi? PDT_Armataz_01_07

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


15 Loka 2017 10:31
Profiili WWW
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7869
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Kinaporin kalifi kirjoitti:
Jaska kirjoitti:
Värin perusteella Norrbotten on lähempänä Lappia ja länsisuomalaisia sekä Ruotsin U:ta (Västmanland) kuin muita ruotsalaisia. (Västmanland on lähellä myös länsisuomalaisia ja välisuomalaisten länsiryhmää.)

Geneettinen raja Norrbottenissa seurailee hämmästyttävän tarkasti Bygden kiven määrittelemää rajaa?

https://sv.wikipedia.org/wiki/Bygde_sten

Aika lähelle osuu, muttei täysin: Bygdeå jää juuri tuon Ruotsin vahvimman geenirajan itäpuolelle. Mutta Västerbottenin kaakkoiskulmasta se raja kyllä alkaa.

Kuva
http://www.elisanet.fi/alkupera/BygdeaGeeniraja.png

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


15 Loka 2017 10:44
Profiili WWW
Mettänpeikko
Mettänpeikko

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6534
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Jaska, tämä tutkimus

https://www.verkkouutiset.fi/suomalaise ... laryhmiin/

jonka grafiikkaan ei nyt näköjään pääse tämä linkin kautta

https://www.fimm.fi/fi/tutkimus/tutkimu ... finnpopgen

Menetelmä on järkevä, se perustuu haplotyyppeihin ja näytetasoiseen analyysiin. Miinusta siitä, että saamet puuttuvat. Tekijällä on kutenkin dynaaminen ote asiaan. Johtuisiko Martinin tutkimuksen surkeus sen ei-suomalaisuudesta. Ulkolaiset tekijät ovat tutkimushistoriallisestikin jumiutuneet näihin omiin ideoihinsa suomalaisista.

Lainausta uutistekstistä liittyen Kermisen työhön

Lainaa:
Tutkijat hyödynsivät moderneja genomitutkimuksen ja tilastotieteen menetelmiä ja ryhmittelivät yli tuhat eri puolelta Suomea kerättyä DNA-näytettä geeniperimältään mahdollisimman samankaltaisiin ryhmiin, erotuskykyä vähitellen lisäten. Ryhmittelyssä hyödynnettiin tietoa yli 230 000 geenimerkistä.

Suomen sisäisiä geneettisiä eroja on tutkittu aiemminkin, mutta geneettisten ja tilastollisten menetelmien nopea kehittyminen on mahdollistanut aiempaa huomattavasti tarkemmat analyysit.


Martinin tutkimus perustuu vanhoihin menetelmiin, muiden tilastivirheiden ohella.


15 Loka 2017 13:18
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18
Viestit: 5447
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Sigfrid kirjoitti:
Jaska, tämä tutkimus

https://www.verkkouutiset.fi/suomalaise ... laryhmiin/

jonka grafiikkaan ei nyt näköjään pääse tämä linkin kautta

https://www.fimm.fi/fi/tutkimus/tutkimu ... finnpopgen

Menetelmä on järkevä, se perustuu haplotyyppeihin ja näytetasoiseen analyysiin. Miinusta siitä, että saamet puuttuvat. Tekijällä on kutenkin dynaaminen ote asiaan. Johtuisiko Martinin tutkimuksen surkeus sen ei-suomalaisuudesta. Ulkolaiset tekijät ovat tutkimushistoriallisestikin jumiutuneet näihin omiin ideoihinsa suomalaisista.

Lainausta uutistekstistä liittyen Kermisen työhön

Lainaa:
Tutkijat hyödynsivät moderneja genomitutkimuksen ja tilastotieteen menetelmiä ja ryhmittelivät yli tuhat eri puolelta Suomea kerättyä DNA-näytettä geeniperimältään mahdollisimman samankaltaisiin ryhmiin, erotuskykyä vähitellen lisäten. Ryhmittelyssä hyödynnettiin tietoa yli 230 000 geenimerkistä.

Suomen sisäisiä geneettisiä eroja on tutkittu aiemminkin, mutta geneettisten ja tilastollisten menetelmien nopea kehittyminen on mahdollistanut aiempaa huomattavasti tarkemmat analyysit.


Martinin tutkimus perustuu vanhoihin menetelmiin, muiden tilastivirheiden ohella.

Samat suomalaiset tekijät ovat kuitenkin näissä? Ettei vaan olis happamia, kuten Jaska epäili.


15 Loka 2017 13:46
Profiili
Mettänpeikko
Mettänpeikko

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6534
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Kinaporin kalifi kirjoitti:
Sigfrid kirjoitti:
Jaska, tämä tutkimus

https://www.verkkouutiset.fi/suomalaise ... laryhmiin/

jonka grafiikkaan ei nyt näköjään pääse tämä linkin kautta

https://www.fimm.fi/fi/tutkimus/tutkimu ... finnpopgen

Menetelmä on järkevä, se perustuu haplotyyppeihin ja näytetasoiseen analyysiin. Miinusta siitä, että saamet puuttuvat. Tekijällä on kutenkin dynaaminen ote asiaan. Johtuisiko Martinin tutkimuksen surkeus sen ei-suomalaisuudesta. Ulkolaiset tekijät ovat tutkimushistoriallisestikin jumiutuneet näihin omiin ideoihinsa suomalaisista.

Lainausta uutistekstistä liittyen Kermisen työhön

Lainaa:
Tutkijat hyödynsivät moderneja genomitutkimuksen ja tilastotieteen menetelmiä ja ryhmittelivät yli tuhat eri puolelta Suomea kerättyä DNA-näytettä geeniperimältään mahdollisimman samankaltaisiin ryhmiin, erotuskykyä vähitellen lisäten. Ryhmittelyssä hyödynnettiin tietoa yli 230 000 geenimerkistä.

Suomen sisäisiä geneettisiä eroja on tutkittu aiemminkin, mutta geneettisten ja tilastollisten menetelmien nopea kehittyminen on mahdollistanut aiempaa huomattavasti tarkemmat analyysit.


Martinin tutkimus perustuu vanhoihin menetelmiin, muiden tilastivirheiden ohella.

Samat suomalaiset tekijät ovat kuitenkin näissä? Ettei vaan olis happamia, kuten Jaska epäili.


Kermisen väitöskirjan valmistelussa on käytetty järkeviä/moderneja menetelmiä ja tuossa ilmeisesti ulkomaalaisten ohjaamassa tutkimuksessa eenokinaikaisia. Se on se ero, joka vaikuttaa tulosten käyttökelposuuteen.


Linkki Kermisen erinomaiseen työhön ja luettelo muista tekijöistä:

Fine-Scale Genetic Structure in Finland
Sini Kerminen, Aki S. Havulinna, Garrett Hellenthal, Alicia R. Martin, Antti-Pekka Sarin, Markus Perola, Aarno Palotie, Veikko Salomaa, Mark J. Daly, Samuli Ripatti and Matti Pirinen

http://www.g3journal.org/content/7/10/3459

Kerropa jollain omalla logiikallasi miksi minä kehun toista työtä ja haukun toista. Onko syynä

a) pihlajanmarjat
b) erot tukimusten tuloksissa?

Vaihtoehto a ei tunnu luontevalta, jos ei oleteta pihlajanmarjoissa olevan maukkaitakin. Jos päädymme vaihtoehtoon b, niin esitätkö mitkä ovat ne erot, jotka ovat oikein Martinin tutkimuksessa ja väärin Kermisen työssä... Minä esitin jo oman näkemykseni näistä eroista.


15 Loka 2017 13:59
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7869
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Sigfrid kirjoitti:
Jaska, tämä tutkimus

https://www.verkkouutiset.fi/suomalaise ... laryhmiin/

jonka grafiikkaan ei nyt näköjään pääse tämä linkin kautta

https://www.fimm.fi/fi/tutkimus/tutkimu ... finnpopgen

Menetelmä on järkevä, se perustuu haplotyyppeihin ja näytetasoiseen analyysiin. Miinusta siitä, että saamet puuttuvat. Tekijällä on kutenkin dynaaminen ote asiaan. Johtuisiko Martinin tutkimuksen surkeus sen ei-suomalaisuudesta. Ulkolaiset tekijät ovat tutkimushistoriallisestikin jumiutuneet näihin omiin ideoihinsa suomalaisista.

1. IBD-haplotyyppeihin perustuu Martinin tutkimuskin.
2. Se, että on keksitty jokin uudempi menetelmä, ei automaattisesti tarkoita, etteivät vanhemmat menetelmät enää tuottaisi tuloksia.
3. Eri menetelmät ja tarkastelutasot kertovat eri asioita perimästä; ne kaikki ovat totta samanaikaisesti, vaikka tulokset poikkeaisivatkin toisistaan. Uudella menetelmällä saatu tulos ei siis kumoa vanhoilla saatuja; se vain voi tuoda uusia tasoja tai tarkennusta kuvaan.

Sigfrid kirjoitti:
Kerropa jollain omalla logiikallasi miksi minä kehun toista työtä ja haukun toista. Onko syynä

a) pihlajanmarjat
b) erot tukimusten tuloksissa?

Vaihtoehto a ei tunnu luontevalta, jos ei oleteta pihlajanmarjoissa olevan maukkaitakin. Jos päädymme vaihtoehtoon b, niin esitätkö mitkä ovat ne erot, jotka ovat oikein Martinin tutkimuksessa ja väärin Kermisen työssä... Minä esitin jo oman näkemykseni näistä eroista.

Et ole edelleenkään perustellut uskottavasti, mitä vikaa Martinin menetelmissä on. Se, ettei käytetä uusimpia menetelmiä, ei ole vika. Päinvastoin, tutkijaryhmän tarkoituksena on selvästikin saada kattavin mahdollinen kokonaiskuva pyörittämällä samaa aineistoa useilla eri menetelmillä. Kuten jo selitin, kaikkien menetelmien tulokset ovat samanaikaisesti totta.

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


15 Loka 2017 20:29
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti

Liittynyt: 12 Elo 2013 12:41
Viestit: 4090
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Mitä pohjoispohjalaisiin tulee ne on lyöty yhteen könttään maakunnan pohjalta, eikä edellisestä paperista poiketen finestructuren ole annettu erotella savolaistyyppistä ja länsisuomalaista ryhmää. Siksi koko PPM menee itäsuomalaisten seuraksi Oulun ja sisämaan vetämänä.


15 Loka 2017 21:08
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7869
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Rekonpoika kirjoitti:
Mitä pohjoispohjalaisiin tulee ne on lyöty yhteen könttään maakunnan pohjalta, eikä edellisestä paperista poiketen finestructuren ole annettu erotella savolaistyyppistä ja länsisuomalaista ryhmää. Siksi koko PPM menee itäsuomalaisten seuraksi Oulun ja sisämaan vetämänä.

Joo, sen alueen osalta tässä ei ole niin hyvä tarkkuus.

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


15 Loka 2017 21:53
Profiili WWW
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7869
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Ei tässä Martinin aineistossa ja käsittelyssä mitään virheitä taida olla, kun aivan samanlainen tulos tulee FST-etäisyyksien perusteella Kermiselläkin: itä- ja länsisuomalaisten väliin jää väliryhmä kaakosta Lappiin.
viewtopic.php?p=44616#p44616

Kuva
http://www.elisanet.fi/alkupera/Kerminen17FST

Martinilla on siis 11 maakunnallisesti rajattua väestöä, Kermisellä 17 perimän perusteella rajattua väestöä.

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


16 Loka 2017 23:54
Profiili WWW
Mettänpeikko
Mettänpeikko

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6534
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Fst-laskenta tuottaa tietenkin samanlaisia tuloksia samalla aluajaolla. Siltä varalta, että luulit juuri minun väittäneen aineiston olevan virheellinen: en kommentoinut sitä ollenkaan, vaan IBD-menetelmän käyttöä, läänijaon käyttöä ryhmittelyyn ja vain muutaman rarealleelin nostamista tutkimukseen. En ole väittänyt ainestossa olevan vikaa, vaan menetelmissä.


17 Loka 2017 10:05
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7869
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Sigfrid kirjoitti:
Fst-laskenta tuottaa tietenkin samanlaisia tuloksia samalla aluajaolla. Siltä varalta, että luulit juuri minun väittäneen aineiston olevan virheellinen: en kommentoinut sitä ollenkaan, vaan IBD-menetelmän käyttöä, läänijaon käyttöä ryhmittelyyn ja vain muutaman rarealleelin nostamista tutkimukseen. En ole väittänyt ainestossa olevan vikaa, vaan menetelmissä.

Mitäs vikaa on läänijaossa, jos se tavoittaa saman väestörakenteen kuin tarkempi, perimäpohjainen väestöjako?

Mitäs vikaa on menetelmässä, jos se tuottaa aivan samansuuntaisen tuloksen kuin "parempi" menetelmä?

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


17 Loka 2017 10:17
Profiili WWW
Mettänpeikko
Mettänpeikko

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6534
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Jaska kirjoitti:
Sigfrid kirjoitti:
Fst-laskenta tuottaa tietenkin samanlaisia tuloksia samalla aluajaolla. Siltä varalta, että luulit juuri minun väittäneen aineiston olevan virheellinen: en kommentoinut sitä ollenkaan, vaan IBD-menetelmän käyttöä, läänijaon käyttöä ryhmittelyyn ja vain muutaman rarealleelin nostamista tutkimukseen. En ole väittänyt ainestossa olevan vikaa, vaan menetelmissä.

Mitäs vikaa on läänijaossa, jos se tavoittaa saman väestörakenteen kuin tarkempi, perimäpohjainen väestöjako?



Se on menetelmänä väärä. Yhdistämällä erilaisia hallintojakoja tai jakamalla niitä saadaan erilaisia tuloksia. Varmasti joku muu ymmärtää tämän.

Lainaa:

Mitäs vikaa on menetelmässä, jos se tuottaa aivan samansuuntaisen tuloksen kuin "parempi" menetelmä?


IBD ja haplotyyppiblokki menetelmän perustana tuottaa erilaisia tuloksia. Asiaa ymmärtävä tietää eron, joka näkyy myös tuloksissa. En palaa tähän aiheeseen, koska se näyttää olevan hyödytöntä näissä olosuhteissa PDT_Armataz_01_01


17 Loka 2017 10:34
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7869
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Sigfrid kirjoitti:
Jaska kirjoitti:
Sigfrid kirjoitti:
Fst-laskenta tuottaa tietenkin samanlaisia tuloksia samalla aluajaolla. Siltä varalta, että luulit juuri minun väittäneen aineiston olevan virheellinen: en kommentoinut sitä ollenkaan, vaan IBD-menetelmän käyttöä, läänijaon käyttöä ryhmittelyyn ja vain muutaman rarealleelin nostamista tutkimukseen. En ole väittänyt ainestossa olevan vikaa, vaan menetelmissä.

Mitäs vikaa on läänijaossa, jos se tavoittaa saman väestörakenteen kuin tarkempi, perimäpohjainen väestöjako?

Se on menetelmänä väärä. Yhdistämällä erilaisia hallintojakoja tai jakamalla niitä saadaan erilaisia tuloksia. Varmasti joku muu ymmärtää tämän.

Miten se on menetelmänä väärä? Eri puolilla Suomea geenit eroavat toisistaan, se on selvä. Jokaikisellä erilaisella aluerajauksella saadaan hieman erilaisia väestökokonaisuuksia, mutta lopulliseen kuvaan erojen vaikutus on aika mitätön, kuten nyt nähtiin. Varmasti tämänkin moni ymmärtää.

Sigfrid kirjoitti:
Jaska kirjoitti:
Mitäs vikaa on menetelmässä, jos se tuottaa aivan samansuuntaisen tuloksen kuin "parempi" menetelmä?


IBD ja haplotyyppiblokki menetelmän perustana tuottaa erilaisia tuloksia. Asiaa ymmärtävä tietää eron, joka näkyy myös tuloksissa. En palaa tähän aiheeseen, koska se näyttää olevan hyödytöntä näissä olosuhteissa PDT_Armataz_01_01

Kysehän oli tässä tutkimuksessa IBD-haplotyypeistä, jos muistat.
Eikä tuloksissa aina ole eroa: joskus eri tasot tuottavat samanlaisen tuloksen.

Jos joskus keksit, mitä vikaa menetelmässä oikeasti on, niin kerro toki.

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


17 Loka 2017 10:44
Profiili WWW
Mettänpeikko
Mettänpeikko

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6534
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Ensi noista aluejaoista. Miksi käyttää lauejakoa, kun se ei ole edes tarpeellista. Muinaisia migraatiojälkiä voi seurata yksilötasolla. Esimerkiksi Siperiassa asuu siperialaisia ja migraato tuloksena eurooppalaisia. Jos haluaa päästä perille mihin eurooppalaisten migraatiot kulkivat, niin ei kannata ottaa keskiarvoa koko Siperiasta.

Haplotyyppen kohdalla havaittavissa ajatuksen kasvua. Englannin kielessä haplotyyppi tarkoittaa koko kromosomin alleeliparien jaottelua perimätyyppeihin eli haplotyyppeihin. Se ei tarkoita diploidin jakamista tyypillisiin perimäjaksoihin. Siksi Chromopainterin tulostuksessa puhutaan blokeista tai chunkeista, erotuksena koko kromosomin mittaiseen haplotyyppijakoon. Kun määritelmän mukainen haplotyyppi jaksotetaan yksilöiden yhteisten IBD-segmenttien mukaan, niin lopputulos itäsuomalaisten (ja muiden nuorten kasvukeskusten kohdalla) on lähes sama kuin IBD-tilasto ilman haplotyyppijakoa.


17 Loka 2017 10:58
Profiili
Näytä viestit ajalta:  Järjestä  
Vastaa viestiin   [ 29 viestiä ]  Mene sivulle 1, 2  Seuraava

Paikallaolijat

Käyttäjiä lukemassa tätä aluetta: Ei rekisteröityneitä käyttäjiä ja 1 vierailijaa


Et voi kirjoittaa uusia viestejä
Et voi vastata viestiketjuihin
Et voi muokata omia viestejäsi
Et voi poistaa omia viestejäsi

Etsi tätä:
Hyppää:  
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group.
Designed by STSoftware.
Käännös, Lurttinen, www.phpbbsuomi.com uncommitted-decoy

Muuta yksityisyysasetuksia