Näytä vastaamattomat viestit | Näytä aktiiviset viestiketjut Tänään on 14 Joulu 2018 09:35



Vastaa viestiin  [ 29 viestiä ]  Mene sivulle Edellinen  1, 2
 Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finland 
Kirjoittaja Viesti
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7849
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Sigfrid kirjoitti:
Ensi noista aluejaoista. Miksi käyttää lauejakoa, kun se ei ole edes tarpeellista. Muinaisia migraatiojälkiä voi seurata yksilötasolla. Esimerkiksi Siperiassa asuu siperialaisia ja migraato tuloksena eurooppalaisia. Jos haluaa päästä perille mihin eurooppalaisten migraatiot kulkivat, niin ei kannata ottaa keskiarvoa koko Siperiasta.

Jokaikisessä geenitutkimuksessa yksilöt jaetaan ryhmiin - se tehdään sen takia, että saataisiin yksilöllisen vaihtelun taustalle jokin pysyvä jakauma perimän eri osille.

Sigfrid kirjoitti:
Haplotyyppen kohdalla havaittavissa ajatuksen kasvua. Englannin kielessä haplotyyppi tarkoittaa koko kromosomin alleeliparien jaottelua perimätyyppeihin eli haplotyyppeihin. Se ei tarkoita diploidin jakamista tyypillisiin perimäjaksoihin. Siksi Chromopainterin tulostuksessa puhutaan blokeista tai chunkeista, erotuksena koko kromosomin mittaiseen haplotyyppijakoon. Kun määritelmän mukainen haplotyyppi jaksotetaan yksilöiden yhteisten IBD-segmenttien mukaan, niin lopputulos itäsuomalaisten (ja muiden nuorten kasvukeskusten kohdalla) on lähes sama kuin IBD-tilasto ilman haplotyyppijakoa.

Okei, kiitos selvennyksestä.

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


17 Loka 2017 20:51
Profiili WWW
Mettänpeikko
Mettänpeikko

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6534
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Jaska kirjoitti:
Sigfrid kirjoitti:
Ensi noista aluejaoista. Miksi käyttää lauejakoa, kun se ei ole edes tarpeellista. Muinaisia migraatiojälkiä voi seurata yksilötasolla. Esimerkiksi Siperiassa asuu siperialaisia ja migraato tuloksena eurooppalaisia. Jos haluaa päästä perille mihin eurooppalaisten migraatiot kulkivat, niin ei kannata ottaa keskiarvoa koko Siperiasta.

Jokaikisessä geenitutkimuksessa yksilöt jaetaan ryhmiin - se tehdään sen takia, että saataisiin yksilöllisen vaihtelun taustalle jokin pysyvä jakauma perimän eri osille.



Ei pidä paikkaansa. Ryhmittely on tekijästä ja menetelmästä kiinni, esimerkiksi PCA ei ryhmittele väestöjä, vaan klusterit syntyvät tulosteelle jos ovat syntyäkseen. Sama koskee Finestructurea. Ja tottakai näytteet nimetään ryhmänimillä, mutta tulosten klusterointi tapahtuu laadukkaissa tutkimuksissa itse menetelmällä. Esimerkiksi ruotsalaiseksi oman ilmoituksen mukaan nimetty näyte saattaa joutua saksalaisklusteriin. Jos tulos kerrotaan etukäteen, niin kysymys on mielivallasta, ei tieteestä.


Viimeksi muokannut Sigfrid päivämäärä 17 Loka 2017 22:00, muokattu yhteensä 1 kerran



17 Loka 2017 21:12
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7849
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Sigfrid kirjoitti:
Jaska kirjoitti:
Sigfrid kirjoitti:
Ensi noista aluejaoista. Miksi käyttää lauejakoa, kun se ei ole edes tarpeellista. Muinaisia migraatiojälkiä voi seurata yksilötasolla. Esimerkiksi Siperiassa asuu siperialaisia ja migraato tuloksena eurooppalaisia. Jos haluaa päästä perille mihin eurooppalaisten migraatiot kulkivat, niin ei kannata ottaa keskiarvoa koko Siperiasta.

Jokaikisessä geenitutkimuksessa yksilöt jaetaan ryhmiin - se tehdään sen takia, että saataisiin yksilöllisen vaihtelun taustalle jokin pysyvä jakauma perimän eri osille.



Ei pidä paikkaansa. Ryhmittely on tekijästä ja menetelmästä kiinni, esimerkiksi PCA ei ryhmittele väestöjä, vaan klusterit syntyvät tulosteelle jos ovat syntyäkseen. Sama koskee Finestructurea.

Tässä puhutaan kai nyt taas eri asioista? PCA:llakin ne yksilöt on AINA väritetty oman väestönsä mukaan.

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


17 Loka 2017 21:47
Profiili WWW
Mettänpeikko
Mettänpeikko

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6534
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Jaska kirjoitti:
Sigfrid kirjoitti:
Jaska kirjoitti:
Jokaikisessä geenitutkimuksessa yksilöt jaetaan ryhmiin - se tehdään sen takia, että saataisiin yksilöllisen vaihtelun taustalle jokin pysyvä jakauma perimän eri osille.



Ei pidä paikkaansa. Ryhmittely on tekijästä ja menetelmästä kiinni, esimerkiksi PCA ei ryhmittele väestöjä, vaan klusterit syntyvät tulosteelle jos ovat syntyäkseen. Sama koskee Finestructurea.

Tässä puhutaan kai nyt taas eri asioista? PCA:llakin ne yksilöt on AINA väritetty oman väestönsä mukaan.


PCA:lla näkyy jokaisen yksilön paikka, joka takaa "audit trailin". Ilman jäljitysmahdollisuutta tiedon alkulähteelle ei voi puhua tieteestä, vaan uskosta. Maantieteellisellä jaollla pitäisi näkyä näytteiden geenitestin tulos, ei pelkästään paikkakoordinaatit. Kiinteitä ryhmiä tehdään viiteryhmistä. Esimerkiksi kotieläinten ryhmä olisi hevonen, nauta, sika, koira, kana ja kissa. Kun sitten annetaan kotieläimen genomi, niin verrataan viiteryhmään.


17 Loka 2017 22:38
Profiili
Paikalla
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18
Viestit: 5446
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Sipi, paljon pulinaa mutta mitään ilmeistä virhettä (kuten odottaa saattoikin) et ole siis voinut osoittaa? Esim. tulosten tulkinta halutun aluejaon pohjaltahan ei ole virhe sinänsä ja jos näin saavutettu tieto ei kiinnosta, sen voi tietysti sivuuttaa. Nämä heitot Siperiasta ja eurooppalaisista ovat vailla pohjaa (sinänsä tietysti hauska freudilainen lipsahdus), sillä nimenomaan ja tarkoituksella aluepohjalta Suomea tarkasteltaessa samanlaiset väestöt per alue tulevat joka tapauksessa esille Fst-tarkastelussa, vaikka väestöpohja perustuisi alueilla sekoituksiin.

Tämä sivuaa vanhaa keskustelua Local-ryhmästäsi, jonka ongelma on edelleen mielestäni se että sille ei ole olemassa intuitiivista tulkintaa, esim. juuri aluejaon pohjalta.


18 Loka 2017 10:23
Profiili
Mettänpeikko
Mettänpeikko

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6534
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Järkevä ja ainoa oikea tapa tutkia Suomen historiaa geeneistä on luoda ensin viiteryhmät (lounaissuomalaiset, karjalaiset, pohjalaiset, savolaset, pohjoissuomalaiset, saamet jne), jos sellaisia datasta löytyy. Senjälkeen voi ryhmitellä nämä tuhannet näytteet tämän jaon mukaan. Isovanhempien kotipaikan pohjalta voi sitten tehdä faktatietoon perustuvia päätelmiä muinaisista migraatioista. Näin yksinkertaista se on!

Tieteen tekijöillä on kuitenkin usein tarve toistaa vanhoja tuloksia, jopa kyseenalaisia sellaisia, vain tullakseen hyväksytyksi omassa suppeassa viiteryhmässään, joka ei yleensä suinkaan ole pätevä arvioimaan useammalle tutkimusalalle ulottuvaa tietoa. Tämä tapa on oikeasti vahingollista. Lähestymiskulman tulisi analyysin ensimmäisessä vaiheessa olla oman tutkimusalan sisällä täysin teoreettinen ja vasta teorian mukaiset tulokset kelpaavat käytännön johtopäätöksiin.

Siperia-esimerkissä ei ollut mitään lipsahdusta, se on otettu todellisuudesta. Sinä vain kuvittelet. Jos kuviteltaisiin vähemmän, niin ymmärrettäisiin paremmin toistemme sanomia PDT_Armataz_01_01


18 Loka 2017 10:50
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7849
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Sigfrid kirjoitti:
Järkevä ja ainoa oikea tapa tutkia Suomen historiaa geeneistä on luoda ensin viiteryhmät (lounaissuomalaiset, karjalaiset, pohjalaiset, savolaset, pohjoissuomalaiset, saamet jne), jos sellaisia datasta löytyy. Senjälkeen voi ryhmitellä nämä tuhannet näytteet tämän jaon mukaan. Isovanhempien kotipaikan pohjalta voi sitten tehdä faktatietoon perustuvia päätelmiä muinaisista migraatioista. Näin yksinkertaista se on!

Eikös niin tehty tässäkin tutkimuksessa?
Tuntuu että vaihdat mielipidettäsi lennosta...

Sigfrid kirjoitti:
Tieteen tekijöillä on kuitenkin usein tarve toistaa vanhoja tuloksia, jopa kyseenalaisia sellaisia, vain tullakseen hyväksytyksi omassa suppeassa viiteryhmässään, joka ei yleensä suinkaan ole pätevä arvioimaan useammalle tutkimusalalle ulottuvaa tietoa. Tämä tapa on oikeasti vahingollista. Lähestymiskulman tulisi analyysin ensimmäisessä vaiheessa olla oman tutkimusalan sisällä täysin teoreettinen ja vasta teorian mukaiset tulokset kelpaavat käytännön johtopäätöksiin.

Tieteentekijänä uskallan olla eri mieltä. Luullakseni jokainen kouluttautuva tieteilijä haaveilee haastavansa valtavirtanäkemyksen tai löytävänsä vähintään parannuksia siihen: sillä laillahan tiede vain menee eteenpäin. Ei tule mieleen yhtään tieteilijää, joka tekisi uraa vain nuoleskelemalla aikaisempia tutkijasukupolvia ja pyrkien toistamaan heidän näkemyksiään - todella kaukaa haettu ajatus!

Olet taas vain ilman todisteita päättänyt tuomiosi, etkä kykene vastaanottamaan argumentteja. No, saathan sinä toki elää omassa erinomaisuuskuplassasi, jos saat siitä jonkinlaista nautintoa. PDT_Armataz_01_01

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


18 Loka 2017 12:55
Profiili WWW
Mettänpeikko
Mettänpeikko

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6534
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Jaska, minähän vasta pyrin valaistumaan, joten minulle sallitaan myös erehtyminen PDT_Armataz_01_01 Ole kyllä ollut töissä valtion herarkiassa, johon yliopistotkin kuuluvat. Budjettirahalla ja sitä kautta pätemismahdollisuuksilla on ihmeellinen vaikutus mielipiteisiin. Nimityspolitiikka ohjaa varsin tehokkaasti yksilöiden tehokkuutta (tai tehottomuutta).


18 Loka 2017 18:33
Profiili
Sutki savolainen
Sutki savolainen

Liittynyt: 17 Tammi 2014 18:19
Viestit: 544
Viesti Re: Martin 2017: Haplotype sharing..population history Finla
Sigfrid kirjoitti:
Budjettirahalla ja sitä kautta pätemismahdollisuuksilla on ihmeellinen vaikutus mielipiteisiin. Nimityspolitiikka ohjaa varsin tehokkaasti yksilöiden tehokkuutta (tai tehottomuutta).

Tutkimusrahoitus on nykyään kovin kilpailtua ja suora budjettirahoitus on pientä. Pätevöitymiseen ja virkojen hakuun on saatava riittävä määrä hyvätasoisia julkaisuja. Tutkimusrahoitushauissa ainakin tuntemillani aloilla käytetään ulkomaalaisia arvioijia, koska kotimaiset piirit ovat pienet.


18 Loka 2017 23:43
Profiili
Näytä viestit ajalta:  Järjestä  
Vastaa viestiin   [ 29 viestiä ]  Mene sivulle Edellinen  1, 2

Paikallaolijat

Käyttäjiä lukemassa tätä aluetta: Ei rekisteröityneitä käyttäjiä ja 1 vierailijaa


Et voi kirjoittaa uusia viestejä
Et voi vastata viestiketjuihin
Et voi muokata omia viestejäsi
Et voi poistaa omia viestejäsi

Etsi tätä:
Hyppää:  
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group.
Designed by STSoftware.
Käännös, Lurttinen, www.phpbbsuomi.com uncommitted-decoy

Muuta yksityisyysasetuksia