Rekonpoika kirjoitti:Jaska kirjoitti:Kinaporin kalifi kirjoitti:Toisaalta, Admixture todella myös luo ohjattuna (vs. haluttu K) itse näitä komponentteja ja voi siten tavallaan johtaa harhaan. Kysyin asiasta taannoin Tambetsilta ja hän vahvisti asian. Olettaen siis että osasin muotoilla kysymyksen oikein jne. Admixture ja qpAdm ovat siksi yhdessä parempi työkalu kuin pelkkä Admixture.
Toki niin, että mitä enemmän erilaisia menetelmiä hyödynnetään, sitä tarkempi kokonaiskuva saavutetaan.
Admixture-tuloksissa on kuitenkin helppo seurata K-tasoja ihan silmällä: mitkä tekijät eriytyvät mistäkin pääkomponentista ja milloin taas K on liian suuri antaakseen lisäarvoa tarkkuuteen (eli milloin pakottuu keksimään "omiaan"). Lisäksi eri tutkimuksissa eri otoksilla Admixture-kuvaajat ovat hyvin samankaltaisia ja keskenään yhteismitallisia.
En näe, miten qpAdm toisi esim. mitään enempää tai tarkempaa kuvaa kuin perinteisempi pareittainen FST-etäisyys.
Fst on ajautumamittari.
Se toki näyttää ajautuman/isolaation samoin kuin sekoittumisenkin.
Rekonpoika kirjoitti: QpAdm osoittaa että intiaaniheimot Etelä-Amerikassa polveutuvat samasta väestöstä ja ovat homogeenisiä. Fst:llä joidenkin väliset erot ovat suurempia kuin suomalaisten ja jemeniläisten jotka eroavat qpAdm-tasoilla ja muinaiskomponenteissa (WHG, Natufian ym) huomattavasti.
Hyvä pointti. Se tuo siis jotain lisäarvoa. Ehkä IBS on alleelilaskennallisesti samankaltaisempi qpAdmin kanssa kuin FST.
Rekonpoika kirjoitti:ADMIXTURE on myös ajautuma- ja näytemääräriippuvainen. Laita tarpeeksi papualaisia ja muutama ranskalainen niin ensimmäiset komponenttijaot ovat papualaisheimojen välillä ja ranskalaiset näyttävät papualaisten sekoitukselta.
Mahtaisiko se ihan niin mennä, että papualaisten väliltä löydettäisiin isompi ero kuin papualaisten ja ranskalaisten väliltä? Uskallan kyllä epäillä.
Kun otos ei ole vääristynyt, niin eri tutkimukset tuottavat hyvin samankaltaisia kuvaajia, vaikka otokset eroavatkin toisistaan. Samat suuralueihin liittyvät perimäosat löydetään, vaikka näyteväestöt, joissa ne ovat huipussaan, voivat olla erejä.