Saag 2019 Arrival of Siberian Ancestry...

Alkuperää koskeva uutisointi ja uudet tutkimukset.

Re: Saag et al The Arrival of Siberian Ancestry...

ViestiKirjoittaja Kinaporin kalifi » 20 Syys 2019 19:38

Jaska kirjoitti:Nämä sovitukset ovat kuitenkin "toisen asteen" tulos, verrattuna esim. suoriin Admixture-ajoihin, missä ohjelma etsii itse komponentit eikä tarvitse testailla, sovitella ja arvailla.

Toisaalta, Admixture todella myös luo ohjattuna (vs. haluttu K) itse näitä komponentteja ja voi siten tavallaan johtaa harhaan. Kysyin asiasta taannoin Tambetsilta ja hän vahvisti asian. Olettaen siis että osasin muotoilla kysymyksen oikein jne. Admixture ja qpAdm ovat siksi yhdessä parempi työkalu kuin pelkkä Admixture.
Avatar
Kinaporin kalifi
SuuBaltti
SuuBaltti
 
Viestit: 6925
Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18

Re: Saag et al The Arrival of Siberian Ancestry...

ViestiKirjoittaja Jaska » 20 Syys 2019 19:43

Kinaporin kalifi kirjoitti:
Jaska kirjoitti:Nämä sovitukset ovat kuitenkin "toisen asteen" tulos, verrattuna esim. suoriin Admixture-ajoihin, missä ohjelma etsii itse komponentit eikä tarvitse testailla, sovitella ja arvailla.

Toisaalta, Admixture todella myös luo ohjattuna (vs. haluttu K) itse näitä komponentteja ja voi siten tavallaan johtaa harhaan. Kysyin asiasta taannoin Tambetsilta ja hän vahvisti asian. Olettaen siis että osasin muotoilla kysymyksen oikein jne. Admixture ja qpAdm ovat siksi yhdessä parempi työkalu kuin pelkkä Admixture.

Toki niin, että mitä enemmän erilaisia menetelmiä hyödynnetään, sitä tarkempi kokonaiskuva saavutetaan.

Admixture-tuloksissa on kuitenkin helppo seurata K-tasoja ihan silmällä: mitkä tekijät eriytyvät mistäkin pääkomponentista ja milloin taas K on liian suuri antaakseen lisäarvoa tarkkuuteen (eli milloin pakottuu keksimään "omiaan"). Lisäksi eri tutkimuksissa eri otoksilla Admixture-kuvaajat ovat hyvin samankaltaisia ja keskenään yhteismitallisia.

En näe, miten qpAdm toisi esim. mitään enempää tai tarkempaa kuvaa kuin perinteisempi pareittainen FST-etäisyys.
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)
Avatar
Jaska
Ylihärmiö
Ylihärmiö
 
Viestit: 10976
Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02

Re: Saag et al The Arrival of Siberian Ancestry...

ViestiKirjoittaja Rekonpoika » 20 Syys 2019 22:35

Jaska kirjoitti:
Kinaporin kalifi kirjoitti:
Jaska kirjoitti:Nämä sovitukset ovat kuitenkin "toisen asteen" tulos, verrattuna esim. suoriin Admixture-ajoihin, missä ohjelma etsii itse komponentit eikä tarvitse testailla, sovitella ja arvailla.

Toisaalta, Admixture todella myös luo ohjattuna (vs. haluttu K) itse näitä komponentteja ja voi siten tavallaan johtaa harhaan. Kysyin asiasta taannoin Tambetsilta ja hän vahvisti asian. Olettaen siis että osasin muotoilla kysymyksen oikein jne. Admixture ja qpAdm ovat siksi yhdessä parempi työkalu kuin pelkkä Admixture.

Toki niin, että mitä enemmän erilaisia menetelmiä hyödynnetään, sitä tarkempi kokonaiskuva saavutetaan.

Admixture-tuloksissa on kuitenkin helppo seurata K-tasoja ihan silmällä: mitkä tekijät eriytyvät mistäkin pääkomponentista ja milloin taas K on liian suuri antaakseen lisäarvoa tarkkuuteen (eli milloin pakottuu keksimään "omiaan"). Lisäksi eri tutkimuksissa eri otoksilla Admixture-kuvaajat ovat hyvin samankaltaisia ja keskenään yhteismitallisia.

En näe, miten qpAdm toisi esim. mitään enempää tai tarkempaa kuvaa kuin perinteisempi pareittainen FST-etäisyys.


Fst on ajautumamittari. QpAdm osoittaa että intiaaniheimot Etelä-Amerikassa polveutuvat samasta väestöstä ja ovat homogeenisiä. Fst:llä joidenkin väliset erot ovat suurempia kuin suomalaisten ja jemeniläisten jotka eroavat qpAdm-tasoilla ja muinaiskomponenteissa (WHG, Natufian ym) huomattavasti.

ADMIXTURE on myös ajautuma- ja näytemääräriippuvainen. Laita tarpeeksi papualaisia ja muutama ranskalainen niin ensimmäiset komponenttijaot ovat papualaisheimojen välillä ja ranskalaiset näyttävät papualaisten sekoitukselta.
Rekonpoika
SuuBaltti
SuuBaltti
 
Viestit: 4295
Liittynyt: 12 Elo 2013 12:41

Re: Saag et al The Arrival of Siberian Ancestry...

ViestiKirjoittaja Jaska » 22 Syys 2019 02:19

Rekonpoika kirjoitti:
Jaska kirjoitti:
Kinaporin kalifi kirjoitti:Toisaalta, Admixture todella myös luo ohjattuna (vs. haluttu K) itse näitä komponentteja ja voi siten tavallaan johtaa harhaan. Kysyin asiasta taannoin Tambetsilta ja hän vahvisti asian. Olettaen siis että osasin muotoilla kysymyksen oikein jne. Admixture ja qpAdm ovat siksi yhdessä parempi työkalu kuin pelkkä Admixture.

Toki niin, että mitä enemmän erilaisia menetelmiä hyödynnetään, sitä tarkempi kokonaiskuva saavutetaan.

Admixture-tuloksissa on kuitenkin helppo seurata K-tasoja ihan silmällä: mitkä tekijät eriytyvät mistäkin pääkomponentista ja milloin taas K on liian suuri antaakseen lisäarvoa tarkkuuteen (eli milloin pakottuu keksimään "omiaan"). Lisäksi eri tutkimuksissa eri otoksilla Admixture-kuvaajat ovat hyvin samankaltaisia ja keskenään yhteismitallisia.

En näe, miten qpAdm toisi esim. mitään enempää tai tarkempaa kuvaa kuin perinteisempi pareittainen FST-etäisyys.


Fst on ajautumamittari.

Se toki näyttää ajautuman/isolaation samoin kuin sekoittumisenkin.

Rekonpoika kirjoitti: QpAdm osoittaa että intiaaniheimot Etelä-Amerikassa polveutuvat samasta väestöstä ja ovat homogeenisiä. Fst:llä joidenkin väliset erot ovat suurempia kuin suomalaisten ja jemeniläisten jotka eroavat qpAdm-tasoilla ja muinaiskomponenteissa (WHG, Natufian ym) huomattavasti.

Hyvä pointti. Se tuo siis jotain lisäarvoa. Ehkä IBS on alleelilaskennallisesti samankaltaisempi qpAdmin kanssa kuin FST.

Rekonpoika kirjoitti:ADMIXTURE on myös ajautuma- ja näytemääräriippuvainen. Laita tarpeeksi papualaisia ja muutama ranskalainen niin ensimmäiset komponenttijaot ovat papualaisheimojen välillä ja ranskalaiset näyttävät papualaisten sekoitukselta.

Mahtaisiko se ihan niin mennä, että papualaisten väliltä löydettäisiin isompi ero kuin papualaisten ja ranskalaisten väliltä? Uskallan kyllä epäillä.

Kun otos ei ole vääristynyt, niin eri tutkimukset tuottavat hyvin samankaltaisia kuvaajia, vaikka otokset eroavatkin toisistaan. Samat suuralueihin liittyvät perimäosat löydetään, vaikka näyteväestöt, joissa ne ovat huipussaan, voivat olla erejä.
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)
Avatar
Jaska
Ylihärmiö
Ylihärmiö
 
Viestit: 10976
Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02

Re: Saag 2019 Arrival of Siberian Ancestry...

ViestiKirjoittaja Jaska » 22 Syys 2019 02:29

Jaettu keskustelu eri tutkimuksesta omaan ketjuunsa:

viewtopic.php?f=21&t=2817

---------------
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)
Avatar
Jaska
Ylihärmiö
Ylihärmiö
 
Viestit: 10976
Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02

Edellinen

Paluu Uutiset ja tutkimukset

Paikallaolijat

Käyttäjiä lukemassa tätä aluetta: Ei rekisteröityneitä käyttäjiä ja 24 vierailijaa