Tässä on PCA G25:ssä olevista paperin näytteistä:
- Koodi: Valitse kaikki
library("tidyverse")
library("colorspace")
download.file("https://drive.google.com/uc?export=download&id=","ancientind")
t=read.csv("ancientind",header=T,row.names=1)
t2=t[startsWith(row.names(t),"VK2020"),]
k<-cutree(hclust(dist(t2)),k=6)
p=prcomp(t2)
p2=as.data.frame(p$x)
p2$cluster=as.vector(k)
pct=paste0(colnames(p$x)," (",sprintf("%.1f",p$sdev/sum(p$sdev)*100),"%)")
ggplot(p2,aes(x=PC1,y=PC2))+
geom_point(aes(color=as.factor(cluster)),size=.5)+
geom_polygon(data=p2%>%group_by(cluster)%>%slice(chull(PC1,PC2)),alpha=.2
,aes(color=as.factor(cluster),fill=as.factor(cluster)),size=.3)+
geom_text(label=rownames(p2),aes(color=as.factor(cluster)),size=2,vjust=-.7)+
theme(
aspect.ratio=3/4,
legend.position="none",
axis.ticks.x=element_blank(),
axis.ticks.y=element_blank(),
axis.ticks.length=unit(0,"pt"),
plot.background=element_rect(fill="gray50"),
panel.grid.major=element_line(color="gray50",size=.2),
panel.background=element_rect(fill="gray20"),
panel.grid.minor=element_blank(),
axis.text=element_text(color="black")
)+
scale_x_continuous(breaks=seq(-1,1,.05),expand=expansion(mult=.16))+
scale_y_continuous(breaks=seq(-1,1,.05),expand=expansion(mult=.04))+
xlab(pct[1])+ylab(pct[2])+
scale_color_discrete_qualitative(palette="Set 3")+
ggsave("/tmp/a.png")
system("/usr/local/bin/mogrify -trim -shave 5x5 /tmp/a.png")
VK2020_NOR_North_LN_HG:VK531 ei ole nimestäkään päätellen mikään viikinkiaikainen. Sille lähimpiin muinaisväestöjen keskiarvoihin kuuluvat EHG:t ja SHG:t:
Distance to: VK2020_NOR_North_LN_HG:VK531
.033 Baltic_LVA_MN
.035 NOR_Meso
.036 UKR_Meso
.041 NOR_N_HG
.058 UKR_N
.061 RUS_Veretye_Meso
.071 RUS_Sidelkino_HG
.084 RUS_Volga-Kama_N
.090 RUS_Karelia_HG
.092 RUS_Samara_HG
.097 SWE_Meso
.099 SWE_Motala_HG
Tässä on toinen PCA ilman tuota HG:tä ja ilman italialaisia. Aika ihmeellistä, että VK51 on jokaisella ensimmäisestä neljästä PC:stä niin kaukana muista.
VK2020_SWE_Gotland_VA_o:VK56 on suomalaisten keskiarvoa lähin muinaisnäyte G25:ssä:
$ mkdir g25;printf %s\\n ai\ 1UrhcfNMLW0oMXIbHGUE60v2taCM7PFw1 aa\ 1F2rKEVtu8nWSm7qFhxPU6UESQNsmA-sl mi\ 1HYrDwxEXv82DvDLoq736pS5ZTGJA4dn5 ma\ 1wZr-UOve0KUKo_Qbgeo27m-CQncZWb8y|while read l m;do curl "drive.google.com/uc?export=download&id=$m" -Lso g25/$l;done
$ dist(){ awk -F, 'NR==FNR{for(i=2;i<=NF;i++)a[i]=$i;next}$1{s=0;for(i=2;i<=NF;i++)s+=($i-a[i])^2;if(s)print s^.5,$1}' "$2" "$1" |sort -n|awk '{printf"%.3f %s\n",$1,$2}'|sed s,^0,,;}
$ dist g25/ai <(grep Finnish g25/ma)|head -n16
.025 VK2020_SWE_Gotland_VA_o:VK56
.039 SWE_Viking_Age_Sigtuna:vik_KAL006
.043 VK2020_RUS_Ladoga_VA:VK21
.046 VK2020_SWE_Skara_VA:VK395
.050 VK2020_RUS_Ladoga_VA:VK18
.050 Baltic_EST_IA:s19_VII4_1
.051 VK2020_SWE_Gotland_VA:VK51
.055 VK2020_SWE_Gotland_VA:VK461
.055 Baltic_EST_IA:s19_0LS10_1
.057 Baltic_EST_IA:s19_V10_2
.058 VK2020_SWE_Gotland_VA:VK457
.058 RUS_Ingria_IA:VIII9_1
.059 VK2020_UKR_Shestovitsa_VA:VK539
.059 VK2020_SWE_Gotland_VA:VK452
.060 SWE_Viking_Age_Sigtuna:vik_stg020
.060 Baltic_EST_IA:s19_V12_1VK56:
Kahdesta pohjois-Norjan outlierista VK518 on itäisempi:
$ dist <(cat g25/[am]a) <(grep VK2020_NOR_North_VA_o1:VK518 g25/ai)|head -n16
.053 RUS_Krasnoyarsk_MLBA_o
.059 FIN_Levanluhta_IA
.065 Saami
.076 Udmurt
.082 RUS_Chalmny-Varre
.085 RUS_Bolshoy_Oleni_Ostrov
.088 Bashkir
.088 Mari
.089 MNG_Pazyryk_EIA_6
.092 Besermyan
.095 Scythian_Aldy_Bel_IA
.097 MNG_EIA_2
.097 Chuvash
.100 RUS_Karasuk
.103 MNG_Sagly_EIA_4
.103 Scythian_RUS_Urals
$ dist <(cat g25/[am]a) <(grep VK2020_NOR_North_VA_o2:VK519 g25/ai)|head -n16
.035 Komi
.040 Saami_Kola
.056 Tatar_Mishar
.056 Russian_Pinega
.058 RUS_Mezhovskaya
.060 VK2020_SWE_Gotland_VA_o
.062 Tatar_Kazan
.062 Vepsian
.064 RUS_Chalmny-Varre
.064 Karelian
.065 Finnish_East
.071 Besermyan
.071 Mordovian
.074 Russian_Kostroma
.077 Ingrian
.077 Saami
Kun näytteitä mallinnetaan nykyväestöjen kanssa nMontella, VK518 saa aika paljon hanti-komponenttia:
Target: VK2020_NOR_North_VA_o1:VK518 (Distance: .026)
66.8 Saami
9.0 Khanty
7.6 Mari
6.4 Mansi
4.0 Ket
3.4 Nenets
2.8 Selkup
Target: VK2020_NOR_North_VA_o2:VK519 (Distance: .030)
22.6 Komi
18.6 Saami_Kola
15.2 Udmurt
13.8 Saami
7.8 Cossack_Kuban
7.6 Finnish
7.2 Karelian
7.2 Lithuanian_PA
Muinvaisväestöillä VK518 saa Levänluhtaa, BOO:ta, ja kra001:tä (RUS_Krasnoyarsk_BA):
Target: VK2020_NOR_North_VA_o1:VK518 (Distance: .024)
39.6 FIN_Levanluhta_IA
20.0 RUS_Bolshoy_Oleni_Ostrov
19.1 VK2020_NOR_North_VA_o2
13.2 RUS_Krasnoyarsk_MLBA_o
8.1 RUS_Krasnoyarsk_BA
Target: VK2020_NOR_North_VA_o2:VK519 (Distance: .024)
35.9 VK2020_NOR_North_VA_o1
23.3 Baltic_EST_MA
12.1 CZE_Early_Slav
9.8 RUS_Chalmny-Varre
8.6 RUS_Petrovka_MLBA
7.7 UZB_Kokcha_BA
2.6 VK2020_ISL_Ingiridarstadir_VA
Tässä on tiedot niistä outliereista taulukosta S1 (
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2688-8):
Sample;56;518;519;531
Sample;VK56;VK518;VK519;VK531
Laboratory_ID;Gotland_Frojel-001A98;Norway_Nordland 4689;Norway_Nordland 4691b;Norway_Troms 5001A
Museum_ID;Gotland_Frojel-001A98;Norway_Nordland 4689;Norway_Nordland 4691b;Norway_Troms 5001A
Country;Sweden;Norway;Norway;Norway
MajorDivision;Gotland;Nor_North;Nor_North;Nor_North
MinorDivision;Frojel;Nordland;Nordland;Troms
Lat;57.34;67.69;67.93;69.47
Lon;18.19;12.7;14.96;18
Age;Viking;Viking;Viking;LNBA
Finer_age;900-1050 CE;9th century CE;6-10th centuries CE;2400 BC
14C Cal. Date (1 sigma);;;;
SampleType;Tooth;Tooth;Tooth;Tooth
Relatedness;outlier;outlier;outlier;outlier_Neolithic
AvgDepth(X);1.064;0.438;0.217;1.399
Sex;Female;Female;Male;Male
Contam_mtDNA;1.2;0.05;0.3;2.36
Damage (%);14.88;5.61;5.34;5.64
DoC_X;1.05;0.44;0.11;0.73
Contam_X (%);;;0.52;1.32
Y_haplogroup;N/A;N/A;I1;R1b1a1
mtDNA_haplogroup;H6a1a;U5b1b1a;HV0a1;U2e2a
DoC_mtDNA;97.5;64.5;46.9;87.1
Tässä on suomalaisten keskiarvoa lähimpänä olevat näytteet:
$ dist <(grep VK2020 g25/ai) <(grep Finnish g25/ma)|head -n16
.025 VK2020_SWE_Gotland_VA_o:VK56
.043 VK2020_RUS_Ladoga_VA:VK21
.046 VK2020_SWE_Skara_VA:VK395
.050 VK2020_RUS_Ladoga_VA:VK18
.051 VK2020_SWE_Gotland_VA:VK51
.055 VK2020_SWE_Gotland_VA:VK461
.058 VK2020_SWE_Gotland_VA:VK457
.059 VK2020_UKR_Shestovitsa_VA:VK539
.059 VK2020_SWE_Gotland_VA:VK452
.060 VK2020_RUS_Ladoga_VA:VK17
.060 VK2020_SWE_Oland_VA:VK354
.061 VK2020_RUS_Gnezdovo_VA:VK224
.062 VK2020_SWE_Oland_VA:VK342
.062 VK2020_SWE_Oland_VA:VK334
.063 VK2020_DNK_Langeland_VA:VK367
.064 VK2020_RUS_Kurevanikha_VA:VK160