Tutkimuksia koronaviruksesta

Alkuperää koskeva uutisointi ja uudet tutkimukset.

Tutkimuksia koronaviruksesta

ViestiKirjoittaja Jaska » 30 Maalis 2020 17:56

Toisesta ketjusta:

Giösta kirjoitti:Asian sivusta ...

Danten fb-ryhmässä joku postasi tämmöisen https://www.nature.com/articles/s41421-020-0147-1 "Comparative genetic analysis of the novel coronavirus (2019-nCoV/SARS-CoV-2) receptor ACE2 in different populations".

Kuvassa on listattuna 15 rs-numeroa jotka liittyvät tähän ACE2-geeniin. Koska tajusin koko tekstistä hyvin vähän, mutta haluan silti ihmetellä asioita, niin kaivelin omasta bam-fileestä nuo kaikki. Minulla ne olivat kaikki ancestraleja, eli ei ollut mutaatioita.

Minulla on hg19 bam, joten kaivoin nuo bamista komennolla

for i in 15615453 15644220 15698046 15701060 15739312 15643279 15686299 15676417 15706830 15711209 16544401 14760392 15550829 15200779 15693550; do samtools mpileup minun.bam -r chrX:$i-$i; done

Uudemmilla bameilla pitää kai kirjoittaa -r X:$i-$i eli tuo chr jäisi pois.

Komento tulostaa 15 riviä tämmöistä

chrX 15615453 N 19 aaaaaaAaAaAAaAaAAaA FDFFFFGEFFhE>FEFFFF

ja esim tuo aaaaaaAaAaAAaAaAAaA tarkoittaa että isältä ja äidiltä molemmilta on peritty a-alleelit. Jos jommaltakummalta olisi tullut g, niin tuo rimpsu olisi jotakin agAgaG... tyylistä ja jos molemmilta tulee mutantti-alleeli niin sitten ripsussa on pelkkiä g-kirjaimia.

Ja sitten voi verrata allaolevaan listaan onko anc(estral) vai alt.

#rs hg19 hg38 anc alt
rs4646127 15615453 15597330 A G
rs2158082 15644220 15626097 G A,C
rs5936011 15698046 15679923 C T
rs4830983 15701060 15682937 A C
rs5936029 15739312 15721189 C G,T
rs6629110 15643279 15625156 T C
rs6632704 15686299 15668176 C A
rs4830974 15676417 15658294 G A
rs4060 15706830 15688707 C A
rs1996225 15711209 15693086 C T
rs143695310 16544401 16526278 T A
rs75979613 14760392 14742270 C T
rs112171234 15550829 15532706 T G
rs12010448 15200779 15182657 T C
rs200781818 15693550 15675427 G GGGCGCGGTCCTTACGTGT


Tämä Ace2-geeni on siis X-kromosomissa, mikä voi selittää miesten suurempaa sairastavuutta: meillä kun on vain yksi X-kromosomi, mutta naisilla on kaksi. Ehkä heillä on suurempi todennäköisyys, että toinen alleeli tietyssä kohdassa on hieman "suotuisampi".

Our findings indicated that no direct evidence was identified genetically supporting the existence of coronavirus S-protein binding-resistant ACE2 mutants in different populations (Fig. 1a). The data of variant distribution and AFs may contribute to the further investigations of ACE2, including its roles in acute lung injury and lung function. The East Asian populations have much higher AFs in the eQTL variants associated with higher ACE2 expression in tissues (Fig. 1c), which may suggest different susceptibility or response to 2019-nCoV/SARS-CoV-2 from different populations under the similar conditions.


Ei siis ole suoraa näyttöä siitä, että eri väestöissä esiintyisi eroja koronaviruksen S-proteiininsitomisresistanteissa ACE2-mutanteissa. (Tai jotain sinnepäin...) Jotain eroa on itäaasialaisten kudosten korkeammassa pläpläpläässä (en ole vielä tutustunut noihin lyhenteisiin).
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)
Avatar
Jaska
Ylihärmiö
Ylihärmiö
 
Viestit: 10977
Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02

Re: Tutkimuksia koronaviruksesta

ViestiKirjoittaja Fagus » 30 Maalis 2020 18:40

Tässä toinen tutkimus, joka kertoo, mistä voi johtua henkityskoneeseen joutuminen:
The neuroinvasive potential of SARS‐CoV2 may play a role in the respiratory failure of COVID‐19 patients https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1002/jmv.25728
Fagus
Sutki savolainen
Sutki savolainen
 
Viestit: 614
Liittynyt: 17 Tammi 2014 18:19

Re: Tutkimuksia koronaviruksesta

ViestiKirjoittaja Ilpo » 30 Maalis 2020 20:45

Tein tuon annetun komennon hs37d5-muotoiselle bam-tiedostolle.

$ for i in 15615453 15644220 15698046 15701060 15739312 15643279 15686299 15676417 15706830 15711209 16544401 14760392 15550829 15200779 15693550; do samtools mpileup XXX.bam -r X:$i-$i; done

Se antoi "fail to parse region" rivejä, jos oli se chr mukana. Tuo komento antoi sitten rivejä. En osaa niitä tulkita tai löytää niistä mitään koronaan liittyvää.

Antoi myös varoituksen "The index file is older than the data file XXX.bam.bai". Tuo .bai tiedosto on ladattu Dante Labsilta. Ilmeisesti kysymys ei ole suurista aikaeroista.

Samtoolsin "Set max per-file depth to 8000" on ilmeisesti ihan tarpeeksi. Ei taida ylittyä tuota noissa tiedostoissa.
Ilpo
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen
 
Viestit: 306
Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Paikkakunta: Helsinki, Finland

Re: Tutkimuksia koronaviruksesta

ViestiKirjoittaja Ilpo » 30 Maalis 2020 21:17

Katsoin myös rs2975033 ja se oli G, ei A. Ja 29822261 kromosomista 6.
Mutta hg38:llä lokus on 29854484 ja se on minulla A !!

Tämä testi viimeinen löytyi Dante Labsin FB-käyttäjäryhmästä viestinä "What's your genotype at rs2975033? Do you carry the "A" allele, which is the tag SNP for HLA-A*02:01?"
Viimeksi muokannut Ilpo päivämäärä 31 Maalis 2020 00:54, muokattu yhteensä 4 kertaa
Ilpo
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen
 
Viestit: 306
Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Paikkakunta: Helsinki, Finland

Re: Tutkimuksia koronaviruksesta

ViestiKirjoittaja Ilpo » 31 Maalis 2020 00:11

# https://www.nature.com/articles/s41421- ... /figures/1
$ for i in 4646127 2158082 5936011 4830983 5936029 6629110 6632704 4830974 4060 1996225 143695310 75979613 112171234 12010448 200781818; do samtools mpileup your.bam -r X:$i-$i; done

Tämä rimpsu on otettu tuon artikkelin kuvasta. En tiedä, onko siellä olevat lokukset hg38 vai kävisikö hs38d5 siihen myös. Enkä tiedä muutenkaan, olenko tajunnut mitään. :)
Ilpo
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen
 
Viestit: 306
Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Paikkakunta: Helsinki, Finland

Re: Tutkimuksia koronaviruksesta

ViestiKirjoittaja Giösta » 31 Maalis 2020 09:18

Samtoolsilla pitää laittaa hg19 positioita siihen -r (region) kohtaan, eikä rsid-numeroita. Esimerkissäni oli oikeat hg19 positiot.
Avatar
Giösta
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen
 
Viestit: 416
Liittynyt: 10 Touko 2013 04:50

Re: Tutkimuksia koronaviruksesta

ViestiKirjoittaja Ilpo » 31 Maalis 2020 11:55

Giösta kirjoitti:Samtoolsilla pitää laittaa hg19 positioita siihen -r (region) kohtaan, eikä rsid-numeroita. Esimerkissäni oli oikeat hg19 positiot.


Näin vähän arvelinkin, että tuossa kohdin meni pieleen. Onko olemassa menetelmää, jolla ne positiot saisi rsideistä?
Ilpo
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen
 
Viestit: 306
Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Paikkakunta: Helsinki, Finland

Re: Tutkimuksia koronaviruksesta

ViestiKirjoittaja Jola » 31 Maalis 2020 14:19

Voisko saada kansantajuisemman selityksen puheena olevien mutaatioiden merkityksestä koronavirukseen sairastuville. Onko kyseessä yksilölliset (satunnaiset) mutaatiot vai yleisimmin joissakin sukulinjoissa vakioina esiintyvät (periytyvät)? Ja onko näissäkin mutaatioissa kyse todennäköisyyksistä ei ehdottomista vaikutuksista?
Jola
YDNA: N-BY30452 Pre-Savo (YFullin mukaan N-YP6269), mtDNA: H45a. Juuret pääosin Savosta ja Kainuusta
Jola
Sutki savolainen
Sutki savolainen
 
Viestit: 502
Liittynyt: 16 Helmi 2011 21:58
Paikkakunta: Tampere

Re: Tutkimuksia koronaviruksesta

ViestiKirjoittaja Giösta » 31 Maalis 2020 17:20

Ihan tunnettuja mutaatioita, kun niille on rs-numerotkin olemassa. Ja jostakin syystä joku tutkija oli poiminut nuo ACE2-geenissä X-kromosomissa sijaitsevat 15 mutaatiota tutkimukseensa. Mutta ei tainnut löytää mitään vahvasti selkeää näyttöä niinkuin Jaska mainitsikin.

On ilmeisesti myös muita tutkimuksia ACE2-geenin ja muiden influenssojen yhteyksistä. Niillä on kai jonkinlainen yhteys jotenkin ...

Mutta siis tuosta omasta. Minä tein perustutkimuksen oloisesti katsauksen, että nuo 15 jostakin hyvästä syystä osaavan henkilön tutkimukseen valittua positiota, olivat minulla kaikki ancestraaleja. Onko se hyvä vai paha, en osaa sanoa.
Avatar
Giösta
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen
 
Viestit: 416
Liittynyt: 10 Touko 2013 04:50

Re: Tutkimuksia koronaviruksesta

ViestiKirjoittaja Ilpo » 31 Maalis 2020 18:31

Jolallekin tiedoksi. Nappasin tuon Nature-lehden artikkelista, jossa kerrotaan ACE2:n yhteydestä koronaan. Joko siinä tai jossain toisessa vastaavassa arikkelissa oli mainittu rs. Ja pitihän minun tutkia omaa genomiani. Jos sen (yksi) lokus oli hg38-järjestelmässä annettu, niin täytyy todeta, että minulla on alttiutta vaikeisiin koronaoireisiin. Mutta kun minäkään en tiedä asiaa kovin syvällisesti. Ja loput tuosta oli ihan arvailuja, Onneksi oli vähän suuntavaistoa, että missä menin metsään ja mihin suuntaan. Tässä pitää tutkia dna:ta taas uudelta syvyydeltä. Aiemmin on päätellyt asioita.
Ilpo
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen
 
Viestit: 306
Liittynyt: 13 Huhti 2016 14:40
Paikkakunta: Helsinki, Finland

Re: Tutkimuksia koronaviruksesta

ViestiKirjoittaja Giösta » 31 Maalis 2020 18:50

hg19 ja kromosomi x
Avatar
Giösta
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen
 
Viestit: 416
Liittynyt: 10 Touko 2013 04:50


Paluu Uutiset ja tutkimukset

Paikallaolijat

Käyttäjiä lukemassa tätä aluetta: Ei rekisteröityneitä käyttäjiä ja 17 vierailijaa