Wang:The Genomic Formation of Human Populations in East Asia

Alkuperää koskeva uutisointi ja uudet tutkimukset.

Wang:The Genomic Formation of Human Populations in East Asia

ViestiKirjoittaja perttimp » 04 Huhti 2020 10:31

Wang: The Genomic Formation of Human Populations in East Asia

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.25.004606v1

Abstract:
The deep population history of East Asia remains poorly understood due to a lack of ancient DNA data and sparse sampling of present-day people. We report genome-wide data from 191 individuals from Mongolia, northern China, Taiwan, the Amur River Basin and Japan dating to 6000 BCE – 1000 CE, many from contexts never previously analyzed with ancient DNA. We also report 383 present-day individuals from 46 groups mostly from the Tibetan Plateau and southern China.
We document how 6000-3600 BCE people of Mongolia and the Amur River Basin were from populations that expanded over Northeast Asia, likely dispersing the ancestors of Mongolic and Tungusic languages. In a time transect of 89 Mongolians, we reveal how Yamnaya steppe pastoralist spread from the west by 3300-2900 BCE in association with the Afanasievo culture, although we also document a boy buried in an Afanasievo barrow with ancestry entirely from local Mongolian hunter-gatherers, representing a unique case of someone of entirely non-Yamnaya ancestry interred in this way.
The second spread of Yamnaya-derived ancestry came via groups that harbored about a third of their ancestry from European farmers, which nearly completely displaced unmixed Yamnaya-related lineages in Mongolia in the second millennium BCE, but did not replace Afanasievo lineages in western China where Afanasievo ancestry persisted, plausibly acting as the source of the early-splitting Tocharian branch of Indo-European languages.
Analyzing 20 Yellow River Basin farmers dating to ∼3000 BCE, we document a population that was a plausible vector for the spread of Sino-Tibetan languages both to the Tibetan Plateau and to the central plain where they mixed with southern agriculturalists to form the ancestors of Han Chinese. We show that the individuals in a time transect of 52 ancient Taiwan individuals spanning at least 1400 BCE to 600 CE were consistent with being nearly direct descendants of Yangtze Valley first farmers who likely spread Austronesian, Tai-Kadai and Austroasiatic languages across Southeast and South Asia and mixing with the people they encountered, contributing to a four-fold reduction of genetic differentiation during the emergence of complex societies.
We finally report data from Jomon hunter-gatherers from Japan who harbored one of the earliest splitting branches of East Eurasian variation, and show an affinity among Jomon, Amur River Basin, ancient Taiwan, and Austronesian-speakers, as expected for ancestry if they all had contributions from a Late Pleistocene coastal route migration to East Asia.
perttimp
Pohtiva pohjalainen
Pohtiva pohjalainen
 
Viestit: 181
Liittynyt: 30 Joulu 2011 12:21

Re: Wang:The Genomic Formation of Human Populations in East

ViestiKirjoittaja perttimp » 04 Huhti 2020 10:42

perttimp
Pohtiva pohjalainen
Pohtiva pohjalainen
 
Viestit: 181
Liittynyt: 30 Joulu 2011 12:21

Re: Wang:The Genomic Formation of Human Populations in East

ViestiKirjoittaja Kristiina » 09 Huhti 2020 08:47

Paitsi otsikkona oleva tutkimus, samaan aikaan julkaistiin myös toinen Aasiaa kartoittava tutkimus: A dynamic 6,000-year genetic history of Eurasia's Eastern steppe (https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... 1.full.pdf)

Näistä tuoreista Itä-Aasia ja Mongolia -tutkimuksista löytyy yksi uralilaisten ja suomalaisten kannalta kiinnostava linja (https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... y-material). Isälinjat on merkitty ilman mutaatiota, mutta näyttää siltä, että käytössä on pääasiassa ISOGG 2016.

Kiinnostava näyte on tämä: Mongolia LBA/IA, Unclassified Khoit Tsenkher (Tarvagatain Am) Khovd 1056-905 BCE KHI001 N1c2b2

Linjaa esiintyy keskiajalla mongolien keskuudessa:
Medieval Mongol Burgaldain Khundii Selenge BRG005 N1c2b2
Medieval Mongol Khavtsal II Khuvsgul KHV002 N1c2b2

N1c2b2 on ISOGG 2016:n mukaan N-L665, jota esiintyy nykyään vain Suomessa. Uusimman ISOGGin mukaan linja on N1a2b2a1c-L665

Yfullissa siitä annetaan seuraava tieto: N-L665 A18697 * A18691 * A18692+8 SNPs formed 2800 ybp, TMRCA 1200 ybp. Linja on muodostunut samoihin aikoihin kuin tuo Khovdin vanhin näyte. Khovd sijaitsee Mongolian länsiosassa lähellä Altaita.

Olisi hyvä, jos joku osaisi/pystyisi tarkistamaan, onko tämä määritys oikea/todennäköinen.

All newly reported sequencing data are available from the European Nucleotide Archive, accession number PRJEB35748. 1240K genotype data are available on the Edmond Max Planck Data Repository under the link: https://edmond.mpdl.mpg.de/imeji/collec ... 5ZTTa18jEo

Tuolla ei ilmeisesti ole mitään, ja alla on toimiva linkki:
BAM Files are Available
A dynamic 6,000-year genetic history of Eurasia's Eastern Steppe
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB35748
Viimeksi muokannut Kristiina päivämäärä 28 Loka 2020 13:32, muokattu yhteensä 5 kertaa
Kristiina
SuuBaltti
SuuBaltti
 
Viestit: 1373
Liittynyt: 18 Maalis 2015 12:24

Re: Wang:The Genomic Formation of Human Populations in East

ViestiKirjoittaja Kristiina » 09 Huhti 2020 09:13

Lisäksi Mönkhkhairkhan-haploista puolet on Q-haploja ja toinen puoli N-haploja, mutta määritykset ovat aika epätarkkoja:
Mongolia MBA Munkhkhairkhan Zavkhan Bayantes sum 1948-1777 calBCE I12955 N1c1a-M178
Mongolia MBA Khovd Munkhkhairkhan sum 1879-1694 calBCE I13173 N
Mongolia MLBA Ulaan Goviin Uzuur Khovd UAA001 1874-1631 BCE NO1 (NO-M214)

Tutkimuksessa tämän kauden näytteistä kerrotaan seuraavaa:

In the Altai-Sayan region, dairy pastoralists associated with the Mönkhkhairkhan, Deer Stone-Khirigsuur Complex (DSKC), and Baitag cultures (Altai_MLBA, n=7), all show clear genetic evidence of admixture between a Khövsgöl_LBA-related ancestry and a Sintashta-related WSH ancestry (Fig. 3b). Overall,they form an “Altai_MLBA” cline on PCA between Western Steppe groups and the Baikal_EBA/Khövsgöl_LBA cluster (Fig. 2), with their position varying on PC1 according to their level of Western ancestry (Table S16) ...

This is the first appearance on the Eastern Steppe of a Sintashta-like ancestry (frequently referred to as “steppe_MLBA” in previous studies), which is distinct from prior Western ancestries present in the Afanasievo and Chemurchek populations, and which instead shows a close affinity to European Corded-Ware populations and later Andronovo-associated groups ...

Three MLBA individuals in our dataset present genetic profiles that cannot be fully explained by the Altai_MLBA cline. The Altai Mönkhkhairkhan individual UAA001 matches with 3-way admixture models using Khövsgöl_LBA/Baikal_EBA as the eastern Eurasian source, Afanasievo as the WSH source (but not Sintashta), and adding Gonur1_BA as a third source (Table S16). Thus, a minor Iranian-related ancestry component is necessary to model this individual’s genetic profile, as reflected by his displacement along PC2 in Fig. 2. We also find that the culturally unclassified Altai individual KHI001 may need additional ancestry from Gonur1_BA to improve the existing 2-way admixture model.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... 1.full.pdf
Kristiina
SuuBaltti
SuuBaltti
 
Viestit: 1373
Liittynyt: 18 Maalis 2015 12:24

Re: Wang:The Genomic Formation of Human Populations in East

ViestiKirjoittaja Kristiina » 28 Loka 2020 13:26

Anthrogenicassa kukaan ei ole yrittänyt avata N-haploja, joten kysäisenpä, löytyisikö suomalaisten joukosta ketään, joka osaa lukea BAM-tiedostoja.

N-haplojen ID:t ovat nämä:
FNO001 Neolithic hunter
UAA001 Mönkhkhairkhan
BER002 DSKC
KHI001 Unclassified
YUR001 Xiongnu
IMA005 Xiongnu
SON001 Xiongnu
TUM001 Türk
GUN003 Mongol
TSA005 Mongol
SHG002 Mongol
KHV002 Mongol
BRG005 Mongol

A dynamic 6,000-year genetic history of Eurasia's Eastern Steppe
BAM Files Available: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB35748
Kristiina
SuuBaltti
SuuBaltti
 
Viestit: 1373
Liittynyt: 18 Maalis 2015 12:24

Re: Wang:The Genomic Formation of Human Populations in East

ViestiKirjoittaja Kristiina » 28 Loka 2020 16:15

Näköjään heti, kun ajattelin, ettei Fofonovo kiinnosta ketään, eräs harrastaja julkistikin analyysinsa Anthrogenicassa, eli

FNO001; 5000-3000 BC*; Fofonovo, Buryatia; Russia; Fofonovo_LN; N2-pre-Y6503

Y6503 level: 20 derived, 5 ancestral SNPs

Y6503>P189.2 level: 15 ancestral SNPs, one derived: BY29068+ G>A (5A)

Y6503>Y147565 level: Y147658- A>G (5A)

Kyseessä on siis sama kuin Botain ja Ir1:n linja.
Kristiina
SuuBaltti
SuuBaltti
 
Viestit: 1373
Liittynyt: 18 Maalis 2015 12:24

Re: Wang:The Genomic Formation of Human Populations in East

ViestiKirjoittaja Kristiina » 28 Loka 2020 18:30

Pribislav siis analysoi, että näytteessä on 20 muuntunutta ja 5 alkuperäistä SNP:tä, joten kyseessä ei ole varsinainen Y6503 vaan pre-Y6503. Mitä merkitystä on tässä tapauksessa sillä, että yfullin mukaan Y6503:n TMRCA on peräti 12400 vuotta, kun taas Fofonovon näyte on vain noin 5000-7000 vuotta vanha? Tässä tapauksessa pre-linja on siis ollut olemassa vielä 5000-7000 vuotta Y6503:n TMRCA:n jälkeen. Lopputulema lienee, että FN001 on yksi Y6503:n sammuneista edeltäjistä. Mielipiteitä?

Mielestäni muinaisDNA on joka tapauksessa osoittanut, että meidän on yleisesti ottaen vaikea hahmottaa sitä, kuinka paljon isälinjadiversiteettiä on aikojen saatossa kadonnut ja kuinka vähän siitä jää jäljelle kunakin ajankohtana.
Viimeksi muokannut Kristiina päivämäärä 29 Loka 2020 14:21, muokattu yhteensä 1 kerran
Kristiina
SuuBaltti
SuuBaltti
 
Viestit: 1373
Liittynyt: 18 Maalis 2015 12:24

Re: Wang:The Genomic Formation of Human Populations in East

ViestiKirjoittaja Jaska » 28 Loka 2020 21:38

Kristiina kirjoitti:Pribislav siis analysoi, että näytteessä on 20 muuntunutta ja 5 alkuperäistä SNP:tä, joten kyseessä ei ole varsinainen Y6503 vaan pre-Y6503. Mitä merkitystä on tässä tapauksessa sillä, että yfullin mukaan Y6503:n TMRCA on peräti 12400 vuotta, kun taas Fofonovon näyte on vain noin 5000-7000 vuotta vanha? Tässä tapauksessa pre-linja on siis ollut olemassa vielä 5000-7000 vuotta Y6503:n TMRCA:n jälkeen? Lopputulema lienee, että FN001 on yksi Y6503:n sammuneista edeltäjistä. Mielipiteitä?

Mielestäni muinaisDNA on joka tapauksessa osoittanut, että meidän on yleisesti ottaen vaikea hahmottaa sitä, kuinka paljon isälinjadiversiteettiä on aikojen saatossa kadonnut ja kuinka vähän siitä jää jäljelle kunakin ajankohtana.

Joo, varmaankin iso osa kaikista mahdollisista haarautumista on kadonnut nopeasti syntymisensä jälkeen. Mitä pidempään ne säilyivät, sitä laajemmalle ne levisivät ja sitä todennäköisemmin säilyivät myöhempiin aikoihin. Silti näistäkin moni on ehtinyt jo kadota.

Metsästäjä-keräilijä-kaudella väkiluku oli "vakio", eli ei ollut tilaa eikä resursseja väestönkasvulle. Esimerkiksi Suomen Lapissa tämä kausi jatkui 1600-luvulle saakka. Isälinjoissa on tietysti aina ja kaikkialla tapahtunut mutaatioita, mutta seuraavaan sukupolveen suvunjatkamisvaiheeseen on aina päässyt vain se sama määrä miehiä; loppujen linja on katkennut alkuunsa.
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)
Avatar
Jaska
Ylihärmiö
Ylihärmiö
 
Viestit: 10982
Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02

Re: Wang:The Genomic Formation of Human Populations in East

ViestiKirjoittaja perttimp » 30 Loka 2020 10:34

Kristiina kirjoitti:
Three MLBA individuals in our dataset present genetic profiles that cannot be fully explained by the Altai_MLBA cline. The Altai Mönkhkhairkhan individual UAA001 matches with 3-way admixture models using Khövsgöl_LBA/Baikal_EBA as the eastern Eurasian source, Afanasievo as the WSH source (but not Sintashta), and adding Gonur1_BA as a third source (Table S16). Thus, a minor Iranian-related ancestry component is necessary to model this individual’s genetic profile, as reflected by his displacement along PC2 in Fig. 2. We also find that the culturally unclassified Altai individual KHI001 may need additional ancestry from Gonur1_BA to improve the existing 2-way admixture model.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... 1.full.pdf

Tämä on samanlainen kuin Baikaljärven Shamankat, joissa myös useita Y-dna N-haploja.
Target: RUS_Fofonovo_En:FNO001
Distance: 3.2270% / 0.03227026
94.2 RUS_Shamanka_N_DA247
4.2 RUS_Sakhalin_HG:I15926
1.6 CHN_Xitoucun_N:L5700

Tämä sekoittuneempi- mukana Länsi-Siperiaa (Tyumen) ja Irania.
Target: MNG_UAA001:UAA001
Distance: 3.7191% / 0.03719114
45.8 RUS_Shamanka_N_DA247
21.8 RUS_Tyumen_HG_I1960
11.0 IRN_HotuIIIb_Meso:I1293
7.6 Yamnaya_RUS_Samara:I0438
4.8 LAO_Hoabinhian:La368
4.6 CHN_Xitoucun_N:L5700
3.6 GEO_CHG:KK1
0.8 Baltic_LVA_BA:Kivutkalns207

Tässä vähän enemmän Eurooppaakin.
Target: MNG_KHI001:KHI001
Distance: 2.6907% / 0.02690676
52.6 RUS_Shamanka_N_DA247
20.4 Yamnaya_RUS_Samara:I0438
8.6 RUS_Tyumen_HG_I1960
8.4 IRN_HotuIIIb_Meso:I1293
8.2 Bell_Beaker_Iberia:I0461
0.8 CHN_Xitoucun_N:L5700
0.6 Baltic_LVA_BA:Kivutkalns207
0.4 SRB_Iron_Gates_HG:I5240
perttimp
Pohtiva pohjalainen
Pohtiva pohjalainen
 
Viestit: 181
Liittynyt: 30 Joulu 2011 12:21

Re: Wang:The Genomic Formation of Human Populations in East

ViestiKirjoittaja Kristiina » 12 Marras 2020 13:22

Pribislav Anthrogenicasta näköjään analysoi KHI001:n:

KHI001; 1056-905 BC; Khoit Tsenkher (Tarvagatain Am), Khovd Aimag; Mongolia; Middle/Late Bronze Age; N1c2-L666>F1101>pre-F1154

F1101 level: CTS11665+ G>A (1A); F801+ A>G (2G); Z19785+ C>T (1T); Y24201+ C>T (1T); Y150747- G>A (3G)

F1154 level: F1154+ T>C (1C); F4317+ T>G (2G); Y24189- A>G (1A); Y24205- C>T (1C)

Paperissa isälinjaksi ilmoitettiin N-L665 (https://haplotree.info/n/samples.php?order=Surname)
ISOGG 2019:n mukaan L665 on N1a2b2a1c, joka on kaiken lisäksi vain 1200 vuotta vanha umpisuomalainen linja.
ISOGG 2019:n mukaan F1154 on N1a2a eli vanha M128, jota esiintyy paljon Kiinassa.

Ebizur hämmentää soppaa väittämällä, että yfull on sijoittanut L665:n väärin ja että N-L665, jota Kutanan et al on löytänyt Thaimaasta, olisi tuoreita tulokkaita Kiinasta. Minun on vaikea ymmärtää, kuinka tällainen yhtälö voisi toimia. Minusta näyttäisi pikemminkin siltä, että L665 ja F1154 menevät helposti sekaisin ja Thaimaasta löydetyt haplot eivät ole L665 vaan F1154.

Oli miten oli, kovin kiinalaiselta tämä noin 3000 vuotta vanha pre-F1154 ei näytä:
KHI001 (unclassified culture) from the Altai, is well-fitted with 3-way admixture model using Sintatash, Baikal_EBA and Gonur1_BA (p-value=0.056, Table S16), presenting minor genetic component from Gonur1_BA.
Kristiina
SuuBaltti
SuuBaltti
 
Viestit: 1373
Liittynyt: 18 Maalis 2015 12:24


Paluu Uutiset ja tutkimukset

Paikallaolijat

Käyttäjiä lukemassa tätä aluetta: Ei rekisteröityneitä käyttäjiä ja 15 vierailijaa