Fatyanovon eli itäisen nuorakeramiikan geenit selvillä

[Kristiina]

Eilen on asetettu vertaisarvioitavaksi Fatyanovon eli itäisen nuorakeramiikan genetiikkaa koskeva tutkimus:
Genetic ancestry changes in Stone to Bronze Age transition in the East European plain

https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... y-material

Geneettisesti itäiset nuorakeraamikot muistuttavat keskieurooppalaisia nuorakeraamikkoja ja kantavat hieman maanviljelijäperimää yamnaya-tyyppisen perimän lisäksi. Tällä perusteella heidän oletetaan saapuneen Ukrainan suunnalta luoteesta, eikä heidän oleteta olleen yamnaya-kulttuurin suoria jatkajia. Isälinjoiltaan kaikki nuorakeraamikot ovat R1a-Z93-linjaa tai sen yläpuolella. Fatyanovon väestö (2900-2200 ekr) kantaa siis samaa R1a1-päälinjaa kuin nykypäivän iranilaiset ja intialaiset. Kyseessä ei ole kuitenkaan intialaisille ominainen alatyyppi L657.

Tutimuksessa on analysoitu myös kolme vanhempaa metsästäjänäytettä. Vanhin edustaa veretye-kulttuuria, 10785–10626 ekr. Veretyen kulttuuri luetaan Kunda-Maglemose -tyypin kulttuureihin ja sen tyypillinen esiintymisalue on Äänisen ympäristö. Tämä näyte on Peschanitsasta, Äänisestä kaakkoon sijaitsevalta alueelta. Veretyen kulttuuri on ensimmäisiä jääkauden jälkeisiä kulttuureja Koillis-Euroopassa. Autosomaalisesti tämä näyte on melko tavanomainen EHG-genomi.

Toinen mielenkiintoinen näyte on Volosovon/Lyalovon keraamista kulttuuria edustava näyte Berendeyevostä läheltä nykyistä Moskovaa. Miehen isälinja on Q1-L54. Autosomaalisesti keraamisen ajan väestö ei näyttäisi poikkeavan aikaisemmasta esikeraamisesta väestöstä.

Uralilaisille kansoille tyyppillistä N-isälinjaa ei siis löydy tästäkään tutkimuksesta.

Volgan mutka sijaitsee jonkin verran itään tässä tutkituista alueista, joten tämä tutkimus ei siis suoraan paljasta, millaista väestöä oli Volgan mutkassa noin 2500 ekr.

[Jaska]

Eilen on asetettu vertaisarvioitavaksi Fatyanovon eli itäisen nuorakeramiikan genetiikkaa koskeva tutkimus:
Genetic ancestry changes in Stone to Bronze Age transition in the East European plain

https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... y-material

Geneettisesti itäiset nuorakeraamikot muistuttavat keskieurooppalaisia nuorakeraamikkoja ja kantavat hieman maanviljelijäperimää yamnaya-tyyppisen perimän lisäksi. Tällä perusteella heidän oletetaan saapuneen Ukrainan suunnalta luoteesta, eikä heidän oleteta olleen yamnaya-kulttuurin suoria jatkajia. Isälinjoiltaan kaikki nuorakeraamikot ovat R1a-Z93-linjaa tai sen yläpuolella. Fatyanovon väestö (2900-2200 ekr) kantaa siis samaa R1a1-päälinjaa kuin nykypäivän iranilaiset ja intialaiset. Kyseessä ei ole kuitenkaan intialaisille ominainen alatyyppi L657.

Tutimuksessa on analysoitu myös kolme vanhempaa metsästäjänäytettä. Vanhin edustaa veretye-kulttuuria, 10785–10626 ekr. Veretyen kulttuuri luetaan Kunda-Maglemose -tyypin kulttuureihin ja sen tyypillinen esiintymisalue on Äänisen ympäristö. Tämä näyte on Peschanitsasta, Äänisestä kaakkoon sijaitsevalta alueelta. Veretyen kulttuuri on ensimmäisiä jääkauden jälkeisiä kulttuureja Koillis-Euroopassa. Autosomaalisesti tämä näyte on melko tavanomainen EHG-genomi.

Toinen mielenkiintoinen näyte on Volosovon/Lyalovon keraamista kulttuuria edustava näyte Berendeyevostä läheltä nykyistä Moskovaa. Miehen isälinja on Q1-L54. Autosomaalisesti keraamisen ajan väestö ei näyttäisi poikkeavan aikaisemmasta esikeraamisesta väestöstä.

Uralilaisille kansoille tyyppillistä N-isälinjaa ei siis löydy tästäkään tutkimuksesta.

Volgan mutka sijaitsee jonkin verran itään tässä tutkituista alueista, joten tämä tutkimus ei siis suoraan paljasta, millaista väestöä oli Volgan mutkassa noin 2500 ekr.

Kiitos, mielenkiintoista!
Admixture-kuvaajassa Fatyanovo asettuu oikein nätisti muiden nuorakeraamikkojen seuraan, eli poikkeavat aron Yamnaya-väestöstä vain saman verran kuin muutkin nuorakeraamikot.

Länsi-Venäjän varhaiset metsästäjät (varhaisin yli 12 000 vuoden takaa) ovat puolestaan hyvin samanlaisia kampakeraamikkojen kanssa, mikä viittaa siihen, että keramiikka ei levinnyt Venäjälle suuren väestöliikkeen mukana vaan kulttuurisena ilmiönä.

[Jaska]

Poimintoja esijulkaisutiedoston lopussa olevista kuvaajista ja taulukoista.
- Vaaleatukkaisia oli Fatyanovossakin viidennes, eli jopa vähän useampi kuin Baltian nuorakeraamikoista. Vaaleasilmäisiä oli neljäsosa, eli vähän harvempi kuin Baltian nuorakeraamikoista.
- Ihonväriasteikko tuossa on vähän harhaanjohtava, koska kauttaaltaan itäisessä Euroopassa on suhteellisen tummaa tuon asteikon perusteella. Aiempien tutkimusten perusteella ei pitäisi olla kuitenkaan läheskään niin tummaa (eli oikeasti tummaihoista) kuin Länsi-Euroopassa oli.

[Kristiina]

Yleisesti ottaenhan WHG oli hyvinkin sinisilmäistä väkeä, mutta tummaihoisia. Idässä puolestaan oli vähemmän sinisilmäisyyttä, mutta varsinkin vaaleatukkaisuus tuli sieltä.

Fatyanovo-paperin keskiaikaisten virolaisten fenotyypin kuvauksessa on virhe. Paperissa väitetään, että kaikkein vaaleaihoisimpia ei ole lainkaan, puolet on melko vaaleaihoisia, neljäsosa melko tummia ja neljäsosa tummaihoisia. Virolaispaperissa itsessään on tällaiset tiedot:
Medieval Estonia Karja Saare 1230-1300 AD IIa Intermediate skin, N3a3a H3h1
Medieval Estonia Karja Saare 1230-1300 AD IIf very pale skin, N3a3a T2b
Medieval Estonia Pada Lääne-Viru IIg 1210-1240 AD IIg Intermediate skin, U4a2b
Post-Medieval Estonia Mäletjärve Tartu 1570-1600 AD IVLS09KT Pale/Intermediate skin, J2b2 H2a1
Kyseisen paperin Excel-taulukosta löytyy siis vain nämä neljä keskiaikaista tai keskiajan jälkeistä näytettä.

Ei noilla R1a-intoilijoilla ole toistaiseksi syytä pitää esi-isiään erityisen vaaleina. Nuorakeraamikot olivat aika tummaverisiä, ja nyt tässä uusimmassa Fatyanovo-paperissa on myös kaksi vanhaa P-linjan genomia eli:
Veretye Mesolithic Peschanitsa Arkhangelsk oblast 10785–10626 calBC PES001 R1a5-YP1301 (under YP1272); R1a1b-YP1301
Volosovo/Lyalovo Neolithic Berendeyevo Yaroslavl 4447–4259 calBC BER001 Q1-L54

Fenotyyppitulokset osoittavat, että näillä Länsi-Venäjän metsästäjillä oli ruskeat silmät, tummanruskea/musta tukka ja tumma iho (suurimmaksi osaksi hyvin tumma iho).
Muistuttivat varmaankin väreiltään nykyinuiitteja.

[Jaska]

Yleisesti ottaenhan WHG oli hyvinkin sinisilmäistä väkeä, mutta tummaihoisia. Idässä puolestaan oli vähemmän sinisilmäisyyttä, mutta varsinkin vaaleatukkaisuus tuli sieltä.

Ei vaan vaaleaihoisuus tuli idästä: itäisillä metsästäjillä oli tummat silmät ja hiukset.

Fatyanovo-paperin keskiaikaisten virolaisten fenotyypin kuvauksessa on virhe. Paperissa väitetään, että kaikkein vaaleaihoisimpia ei ole lainkaan, puolet on melko vaaleaihoisia, neljäsosa melko tummia ja neljäsosa tummaihoisia. Virolaispaperissa itsessään on tällaiset tiedot:
Medieval Estonia Karja Saare 1230-1300 AD IIa Intermediate, N3a3a H3h1
Medieval Estonia Karja Saare 1230-1300 AD IIf very pale, N3a3a T2b
Medieval Estonia Pada Lääne-Viru IIg 1210-1240 AD IIg Intermediate, U4a2b
Post-Medieval Estonia Mäletjärve Tartu 1570-1600 AD IVLS09KT Pale/Intermediate, J2b2 H2a1
Kyseisen paperin Excel-taulukosta löytyy siis vain nämä neljä keskiaikaista tai keskiajan jälkeistä näytettä.

Eihän tuossa vaaleaihoisuudesta edes puhuta mitään.

Ei noilla R1a-intoilijoilla ole toistaiseksi syytä pitää esi-isiään erityisen vaaleina. Nuorakeraamikot olivat aika tummaverisiä, ja nyt tässä uusimmassa Fatyanovo-paperissa on myös kaksi vanhaa P-linjan genomia eli:
Veretye Mesolithic Peschanitsa Arkhangelsk oblast 10785–10626 calBC PES001 R1a5-YP1301 (under YP1272); R1a1b-YP1301
Volosovo/Lyalovo Neolithic Berendeyevo Yaroslavl 4447–4259 calBC BER001 Q1-L54

Fenotyyppitulokset osoittavat, että näillä Länsi-Venäjän metsästäjillä oli ruskeat silmät, tummanruskea/musta tukka ja tumma iho (suurimmaksi osaksi hyvin tumma iho).
Muistuttivat varmaankin väreiltään nykyinuiitteja.

Kaikilla aiemmilla itäisillä metsästäjillä oli tummat hiukset ja silmät mutta vaalea iho. Siksi vaikuttaa siltä, että tässä "tumma iho" tarkoittaa vain tumminta vaaleaa ihoa eikä oikeasti tummaa ihoa, jollainen oli läntisillä metsästäjillä.

[Kristiina]

Lisäsin sarakkeen otsikon "skin" määritteen jälkeen.

Tässä uudessa paperissa ihon värin luokittelu on tämä:
Very Pale + Pale skin
Mixed/Unpredictable Pale-Intermediate skin
Intermediate skin Mixed/Unpredictable
Intermediate-Dark + Dark + Black skin

Jos luokitteluun lisätään vielä noiden itäisten metsästäjien ja Latvian metsästäjien sekä Baltian nuorakeraamikkojen arvot, tulos on tämä:
Very Pale + Pale skin 00.00 00.00 00.00
Mixed/Unpredictable Pale-Intermediate skin 00.00 00.00 00.00
Intermediate skin Mixed/Unpredictable 0.33 0.60 0.71
Intermediate-Dark + Dark + Black skin 0.67 0.40 0.43

Tosin on kyllä mahdollista, että tuon Fatyanovo-paperin listassa on enemmänkin virheitä, koska tulokset eivät täsmää Viro-paperin kanssa.

Vanhin vaaleatukkaisuuden geeniä kantanut genomi on Afontova Gora 3, Yenisei, 16 130-15 749 BP, female.
Seuraavaksi vanhimmat ovat kai nämä mesoliittiset metsästäjät: Samara (I0124), Motala (I0014) ja Ukraina (I1763).

[Kristiina]

Fatyanovo-paperissa sanotaan näin:

"Although the results should be interpreted with due caution because of the small sample size, we inferred that the examined WeRuHG individuals carried alleles connected to brown eyes, dark brown to black hair and intermediate or dark skin pigmentation while around a third of the Fatyanovo individuals had blue eyes and/or blond hair."

https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... 1.full.pdf

Ei tuossa tuloksessa varmaan ole paljon jossittelun varaa.

[Jaska]

Fatyanovo-paperissa sanotaan näin:

"Although the results should be interpreted with due caution because of the small sample size, we inferred that the examined WeRuHG individuals carried alleles connected to brown eyes, dark brown to black hair and intermediate or dark skin pigmentation while around a third of the Fatyanovo individuals had blue eyes and/or blond hair."

https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... 1.full.pdf

Ei tuossa tuloksessa varmaan ole paljon jossittelun varaa.

Jossittelun varaa on siinä, mitä he tarkoittavat määritteellä "keskimääräisestä tummaan ihonväri". Kuten sanottu, aiemmat tutkimukset ovat kaikki siinä linjassa, että läntisillä metsästäjillä oli tumma iho ja itäisillä metsästäjillä vaalea iho. Nyt tämä tutkimus löytää tummaa ihoa runsaasti eriaikaisilta itäisiltä väestöiltä, joista monia on jo aiemmissa tutkimuksissa käsitelty, mikä jo selvästi osoittaa, että heidän tummansa ei ole sama tumma kuin aiempien tutkimusten tumma.

Ymmärrätkö, mitä olen nyt toistuvasti yrittänyt sinulle sanoa?

[Kristiina]

Sinun näkemyksesi perustuu ilmeisesti kahteen metsästäjägenomiin:

Butovo ME Yuzhnyy Oleni Ostrov Karelia I0061 R1a-M459, C1g
Lebyazhinka NE Samara I0124/SVP44 5600 BC R1b1a1a1-M73, U5a1d1

"Hirisplexskin and hair color predictions suggest some opposing pigmentation patterns for the EHG individuals. The Karelian individual presents high probabilities of being brown-eyed (0.99), and having a dark hair (0.96). Without speculating about the genetic architecture of skin pigmentation, we suggest an intermediate skin-pigmentation phenotype for the Karelia individual, as it carried the ancestral allele at rs16891982 and the derived allele at rs1426654 (S1 Table). The presence of the rs1426654 light-skin allele, in addition to five additional C11-associated alleles at haplotype defining SNPs (S1 Table) suggests that the Karelian individual carried the C11 light-skin haplotype. The Samaran individual exhibits high probabilities of being blue-eyed (0.88), light hair shade (0.99); most likely being blond (0.75). The two skin pigmentation SNPs suggest that the Samaran individual was light-skinned. In summary, the EHGs had high frequencies of the light-skin variants and intermediate frequencies of the blue-eye variants."

https://journals.plos.org/plosbiology/a ... 03703.s013

C11-haplotyypistä todetaan seuraavaa:
"Similarly, the C11 haplotype is present in hunter-gatherers (SHG, EHG and CHG but not WHG and PEHG) throughout Europe, as well as in at least two early farmers. This pattern is consistent with reports that the rs1426654 derived allele arose ~22,000-28,000 years ago [186,187], and that the light-pigmentation allele at rs16891982 arose only once in Eurasians [186,188]."

https://www.biorxiv.org/content/biorxiv ... 4400-1.pdf

Tästä voi päätellä, että Samaran metsästäjä on paljon kaikkia muita vaaleampi joka mittarilla, eikä hänen isälinjansa satu olemaan R1a1. Karjalan metsästäjän kaltaista väkeä löytyi myös Skandinaviasta ja muualtakin Euroopasta sekä myös viljelijöiden joukosta. Ukrainan I2, R1a1 ja R1b -haploja kantava väestö oli selvästi tummeverisempää:

"In contrast, we show that Mesolithic and Neolithic individuals from Ukraine, Latvia and the Iron Gates had, like Scandinavian and Eastern hunter-gatherers, intermediate to high frequencies of the derived skin pigmentation allele at SLC24A5. Unlike Scandinavian and Eastern hunter-gatherers, however, they have low frequency of the derived SLC45A2 allele. The derived OCA2/HERC2 allele associated with light (particularly blue) eye color is common in WHG, SHG, and hunter-gatherers from Latvia, but at low frequency in hunter-gatherers from Ukraineand the Iron Gates."

https://www.biorxiv.org/content/biorxiv ... 5616-1.pdf

Kyllähän kuva tarkentuu koko ajan, kun saadaan lisää näytteitä.

[Jaska]

Sinun näkemyksesi perustuu ilmeisesti kahteen metsästäjägenomiin:

Butovo ME Yuzhnyy Oleni Ostrov Karelia I0061 R1a-M459, C1g
Lebyazhinka NE Samara I0124/SVP44 5600 BC R1b1a1a1-M73, U5a1d1

"Hirisplexskin and hair color predictions suggest some opposing pigmentation patterns for the EHG individuals. The Karelian individual presents high probabilities of being brown-eyed (0.99), and having a dark hair (0.96). Without speculating about the genetic architecture of skin pigmentation, we suggest an intermediate skin-pigmentation phenotype for the Karelia individual, as it carried the ancestral allele at rs16891982 and the derived allele at rs1426654 (S1 Table). The presence of the rs1426654 light-skin allele, in addition to five additional C11-associated alleles at haplotype defining SNPs (S1 Table) suggests that the Karelian individual carried the C11 light-skin haplotype. The Samaran individual exhibits high probabilities of being blue-eyed (0.88), light hair shade (0.99); most likely being blond (0.75). The two skin pigmentation SNPs suggest that the Samaran individual was light-skinned. In summary, the EHGs had high frequencies of the light-skin variants and intermediate frequencies of the blue-eye variants."

https://journals.plos.org/plosbiology/a ... 03703.s013

C11-haplotyypistä todetaan seuraavaa:
"Similarly, the C11 haplotype is present in hunter-gatherers (SHG, EHG and CHG but not WHG and PEHG) throughout Europe, as well as in at least two early farmers. This pattern is consistent with reports that the rs1426654 derived allele arose ~22,000-28,000 years ago [186,187], and that the light-pigmentation allele at rs16891982 arose only once in Eurasians [186,188]."

https://www.biorxiv.org/content/biorxiv ... 4400-1.pdf

Tästä voi päätellä, että Samaran metsästäjä on paljon kaikkia muita vaaleampi joka mittarilla, eikä hänen isälinjansa satu olemaan R1a1. Karjalan metsästäjän kaltaista väkeä löytyi myös Skandinaviasta ja muualtakin Euroopasta sekä myös viljelijöiden joukosta. Ukrainan I2, R1a1 ja R1b -haploja kantava väestö oli selvästi tummeverisempää:

Ihan turhaan roikotat mukana toisvanhempaisia haploryhmiä, koska niillä ei voi olla mitään todellista yhteyttä ihonväriin: kaikki ihonvärigeenit sijaitsevat autosomeissa, eivät Y-kromosomissa eivätkä mitokondrioissa. Kaikki yhteydet ovat vain hetkellisiä ja täysin satunnaisia.

Et siis mitenkään voi saman isälinjan perusteella tehdä minkäänlaisia oletuksia ihonväristä!

[Kristiina]

Minulla on tapana kirjata kustakin näytteestä maantieteellinen paikka, arkeologinen kulttuuri, ajoitus, ID, isälinja ja äitilinja. Niillä on kaikilla oma informaatioarvonsa, ja niiden avulla voi laatia eri tyyppisiä analyyseja tilanteesta riippuen. Haploryhmät ovat hyödyllisiä muinaisväestöjen liikkumissuuntien arvioinnissa, ja niiden perusteella voi seurata leviämisuuntia joko makrohaploryhmien laajasta perspektiivistä tai mikrohaplotyyppien suppeammasta perspektiivistä.

[Jaska]

Minulla on tapana kirjata kustakin näytteestä maantieteellinen paikka, arkeologinen kulttuuri, ajoitus, ID, isälinja ja äitilinja. Niillä on kaikilla oma informaatioarvonsa, ja niiden avulla voi laatia eri tyyppisiä analyyseja tilanteesta riippuen. Haploryhmät ovat hyödyllisiä muinaisväestöjen liikkumissuuntien arvioinnissa, ja niiden perusteella voi seurata leviämisuuntia joko makrohaploryhmien laajasta perspektiivistä tai mikrohaplotyyppien suppeammasta perspektiivistä.

Tiedon keruu on hyvä asia. Mutta tuolla edellä selvästi implikoit, että R1a-haploryhmään jotenkin liittyisi tummempi ihonväri - sellainen oletus ei ole tieteellisesti perusteltu.

[Kristiina]

Kyllähän aineisto tällä hetkellä viittaa siihen, että koska nykyihminen on peräisin lämpimiltä leveysasteilta, varhaiset ihmiset olivat varsin tummia sekä iholtaan ja hiuksiltaan. Myöhäispaleoliittiset genomit, kuten Ust Ishim, Tianyuan, Yana ja Malta ovat tietääkseni kaikki varsin tummia. Totean vain, että tämä toistaiseksi vanhin R1a-genomi (10785–10626 calBC) on edelleen joka suhteessa hyvin tummaverinen. Myös Volosovon kulttuurin piirissä väestö on tämän uusimman genomin perusteella ainakin osaksi hyvin tummaveristä. Oletin, että Volosovon väestö olisi ollut vaaleampaa.

Iho vaalentui joka tapauksessa sekä Euraasian läntisessä että itäisessä osassa, mutta eri mutaatioiden kautta. Vaalentuminen näyttää yleistyneen pikkuhiljaa.

[Jaska]

Kyllähän aineisto tällä hetkellä viittaa siihen, että koska nykyihminen on peräisin lämpimiltä leveysasteilta, varhaiset ihmiset olivat varsin tummia sekä iholtaan ja hiuksiltaan. Myöhäispaleoliittiset genomit, kuten Ust Ishim, Tianyuan, Yana ja Malta ovat tietääkseni kaikki varsin tummia. Totean vain, että tämä toistaiseksi vanhin R1a-genomi (10785–10626 calBC) on edelleen joka suhteessa hyvin tummaverinen. Myös Volosovon kulttuurin piirissä väestö on tämän uusimman genomin perusteella ainakin osaksi hyvin tummaveristä. Oletin, että Volosovon väestö olisi ollut vaaleampaa.

Iho vaalentui joka tapauksessa sekä Euraasian läntisessä että itäisessä osassa, mutta eri mutaatioiden kautta. Vaalentuminen näyttää yleistyneen pikkuhiljaa.

Ongelman ydin on siinä, että mehän emme edelleenkään tiedä, mihin mutaatioihin tuon tutkimuksen "tumma" oikeastaan viittaa ja miten tumma se on suhteessa aiempien tutkimusten "tummaan". Saman sanan perusteella ei mitenkään voida olettaa, että kyse on automaattisesti samasta värisävystä ja samoista mutaatioista. Sen kuitenkin tiedämme aiemmista tutkimuksista, että tänne pohjolaan lännestä tulleilla oli tummempi iho ja idästä tulleilla vaaleampi iho.

Mutta sinä olet näkemyksesi lukinnut ja haluat uskoa niin kuin uskot, viis perusteluista.