Mattila et al. 2023: Stone Age Central and Eastern Europe

[merimaa]

Vahaduo suostuu tekemään tällaisen mallin, jos sille antaa vain Jakutian ja Taka-Baikalin näytteitä (mutta ei Yakutia_LN:ää).

Target: Russia_Krasnoyarsk_BA.SG:kra001_noUDG.SG
Distance: 13.0536% / 0.13053607
76.6 Russia_LenaRiver_MiddleN.SG:N5a.SG
23.4 Russia_KadalinkaRiver_N.SG:brn003_noUDG.SG

Jos sille antaa myös Etu-Baikalin näytteitä, se käyttää mieluummin niitä.

Target: Russia_Krasnoyarsk_BA.SG:kra001_noUDG.SG
Distance: 12.9335% / 0.12933495
71.0 Russia_LenaRiver_MiddleN.SG:N5a.SG
29.0 Russia_LenaRiver_EN.SG:irk007_noUDG.SG

Kaikkein mieluiten se tekee tällaisen mallin, jossa on vain yksi Jakutian näyte (jos Yakutia_LN on vaihtoehto).

Target: Russia_Krasnoyarsk_BA.SG:kra001_noUDG.SG
Distance: 6.5988% / 0.06598800
100.0 Russia_CentralYakutia_LN.SG:N4b2_noUDG.SG

[Kristiina]

EDIT eli siis:

right = c('Congo_Mbuti.DG', 'Anatolia_Barcin_N.SG', 'Italy_GrottaContinenza_HG.SG', 'RUS_Arkhangelsk_HG.SG', 'Botai.SG', 'Tarim_EMBA1', 'Andaman_100BP.SG', 'Jomon.SG', 'RUS_Irkutsk_Shamanka_EN.SG', 'RUS_Primorsky_DevilsCave_N.SG', 'Mongolia_KutagOndor_N', 'RUS_Irkutsk_AngaraRiver_LN.SG', 'RUS_Krasnoyarsk_Bazaikha_EBA', 'RUS_ZabayKalsk_ArgunRiver_Meso.SG', 'RUS_Buryatia_Meso.SG', 'RUS_Yakutia_KolymaRiver_Meso.SG', 'Peru_RioUncallane_1800BP.SG')
allsnps=TRUE

RUS_Krasnoyarsk_Nefteprovod_BA.SG
RUS_Yakutia_MN.SG 0.514001 0.0518357 9.91597
RUS_ZabayKalsk_KadalinkaRiver_N.SG 0.485999 0.0518357 9.37576
Tail: 0.52

Tuo on kai Kalen qpAdm Anthrogenicasta. Miksi siinä on muuten oikealla niin paljon samantyyppisiä näytteitä eri aikakausilta?

RUS_Yakutia_MN.SG on Onnyos (N5a). Sen coverage on 0.0331779, kun kra001:n coverage on 13.6151 ja brn003:n (Kadalinka River) coverage on 3.84508. Ei kai noin huonoa genomia pitäisi käyttää kuin PC-kuvaan. Matta-1 eli Russia_LenaRiver_EN.SG on aavistuksen verran parempi, 0.052546. Lri:n mukaan Russia_LenaRiver_EN.SG sisältää näytteet N2a (Matta-1) ja irk007 eli käytännössä se on pääasiassa irk007, jonka coverage on selvästi parempi. irk007 on Popovski lug eli vanhimpia N-isälinjan haploja Etu-Baikalilta (7035-6690 cal BCE). Miksiköhän Yakutian Matta ja Etu-Baikalin irk007 on yhdistetty yhdeksi näytteeksi? Luulisi, että Matta-1:n ja Onnyosin yhdistäminen olisi hyödyllisempää malllinnusten kannalta.

[Kinaporin kalifi]

Joo, sama malli. "“Right” population list includes outgroup populations that are distantly but (potentially) differentially related to “left” populations.", ks. https://comppopgenworkshop2019.readthed ... qpadm.html.

G25- l. PCA-pohjaiset analyysit ovat erinomainen lähtökohta sekoitusanalyyseille, mutta formaali testi on kuitenkin tarkkuudeltaan eri tasolla, ks. esim. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3522152/. Näytteiden taso on tietysti oma ongelmansa, mutta näyttäisi kuitenkin siltä että qpAdm hyväksyy hypoteesin, jonka pohjalta kra001-perimätyyppi syntyy kun Amurin latvoilla asuva väestö sekoittuu Lenan latvojen väestöön.

[merimaa]

G25- l. PCA-pohjaiset analyysit ovat erinomainen lähtökohta sekoitusanalyyseille, mutta formaali testi on kuitenkin tarkkuudeltaan eri tasolla, ks. esim. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3522152/. Näytteiden taso on tietysti oma ongelmansa, mutta näyttäisi kuitenkin siltä että qpAdm hyväksyy hypoteesin, jonka pohjalta kra001-perimätyyppi syntyy kun Amurin latvoilla asuva väestö sekoittuu Lenan latvojen väestöön.

qpAdm näyttää tosiaan sisältävän ns. formaalin testin, joten sitä voi pitää varmempana menetelmänä:
”qpAdm harnesses the power of f-statistics to determine whether a population of interest (a target population) can be plausibly modeled as descending from a common ancestor of one or more source populations.”
https://academic.oup.com/genetics/artic ... ogin=false

Toisaalta qpAdm on tuottanut vaihtoehtoisia malleja jollekin tietylle näytteelle julkaistuissakin tutkimuksissa, joten olisi kiinnostava tietää, voiko sellaisia luoda myös näytteelle kra001.

[Kinaporin kalifi]

Toisaalta qpAdm on tuottanut vaihtoehtoisia malleja jollekin tietylle näytteelle julkaistuissakin tutkimuksissa, joten olisi kiinnostava tietää, voiko sellaisia luoda myös näytteelle kra001.

Yksittäisten näytteiden tasolla se on tietysti mahdollista, mutta esim. minkään Etu-Baikalista länteen tai Lenan latvoista pohjoiseen olevan lisääminen malliin todennäköisesti tuhoaa sen. Näin siksi että Länsi-Siperiassa lisääntyy Allentoft et al preprintin pohjalta pohjalta neoliittinen aro eli WSHG ja toisaalta, kuten edellä tuli esille, pohjoisessa kasvaa ANE-pohjainen arktinen inkkari. Liittymä Ymjahtah-kulttuuripiiriin on vielä oma lukunsa ja siihen sopii se, että tuon ilmiön arkeologiset-kin juuret löytyvät ylä-Amurilta.

[Kristiina]

Kyllä tuossa qpAdm:ssa voisi aivan hyvin käyttää myös Etu-Baikalin popovskij lugin näytettä eli irk007:ää Taka-Baikalin näytteiden sijasta.

qpAdm näyttää tosiaan sisältävän ns. formaalin testin, joten sitä voi pitää varmempana menetelmänä:
”qpAdm harnesses the power of f-statistics to determine whether a population of interest (a target population) can be plausibly modeled as descending from a common ancestor of one or more source populations.”
https://academic.oup.com/genetics/artic ... ogin=false

Toisaalta qpAdm on tuottanut vaihtoehtoisia malleja jollekin tietylle näytteelle julkaistuissakin tutkimuksissa, joten olisi kiinnostava tietää, voiko sellaisia luoda myös näytteelle kra001.

Pitäisi saada lisää näytteitä Siperiasta. Nykyisillä näytteillä mahdollisuudet ovat rajalliset, mutta toisaalta on ilmeistä, että nykyisten näytteiden ajallinen ja maantieteellinen kattavuus on huono. Vain Etu-Baikalilta ja Altailta on runsaasti näytteitä eri aikakausilta.

Flegontovin vuodelta 2019 olevassa paperissa olisi kiinnostavia näytteitä Angarajoelta (https://www.nature.com/articles/s41586- ... 1-y#MOESM3). Mos106:n kattavuus on hyvä. Myös Mos110, Mos82, Mos86 ja Mos117 ovat ok. Löytyisikö niistä geokoordinaatteja? Ei valitettavasti näytä siltä.

[merimaa]

Oliko näytteen kra001 hautaus liitetty johonkin tiettyyn kulttuuriin? Muistan vain, että venäläisessä paperissa mainittiin joku epämääräinen Anzhevin kompleksi.

[Kinaporin kalifi]

Oliko näytteen kra001 hautaus liitetty johonkin tiettyyn kulttuuriin? Muistan vain, että venäläisessä paperissa mainittiin joku epämääräinen Anzhevin kompleksi.

Muistaakseni ko. kompleksi on lähinnä sekalainen joukko erilaisia traditioita, kra001 ei selvästi liity mihinkään.

[merimaa]

Tämä tutkimus on vielä maksumuurin takana, mutta liitteenä oleva Excel-tiedosto sisältää sekin uutta tietoa (Dataset S01). Etenkin näytteiden haploryhmät välilehdellä 'Aln_Stats' olivat yllätys.

Blöcher, J., Brami, M., Feinauer, I.S. et al. (2023).
Descent, marriage, and residence practices of a 3,800-year-old pastoral community in Central Eurasia.
https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2303574120

"Here, we generated genome data from 32 individuals from an approximately 3,800-y-old burial mound attributed to the Bronze Age Srubnaya-Alakul cultural tradition at the site of Nepluyevsky, located in the Southern Ural region of Central Eurasia." (abstract)

"Based on qpAdm analysis and the PCA results, we hypothesized that the newly sequenced Srubnaya-Alakul individuals can be described as descendants of earlier populations of the wider area (67). We used D-statistics in the form D(Khomani, Sintashta, Pop, Test), with Test being one of our newly sequenced individuals and Pop being a population with an origin further to the east of the Urals. We chose the grouping of the populations in this form so that additional gene-flow would result in a positive D-value. When Eneolithic hunter-gatherer genomes from the lake Baikal area were used as Pop, all but five combinations resulted in positive D-values, although for only five an accompanying Z-score above two was found. This pattern changed only slightly, when genomes of early Bronze Age hunter-gatherers from lake Baikal were used as Pop instead, as the Z-score for one combination containing b17-1 fell slightly below 2 (see SI Dataset)." (Appendix 01, sivu 32)

"In order to model the ancestry of the new Nepluyevsky genomes as mixtures of other ancient sources we used qpAdm with Mbuti.DG, Russia_Ust_Ishim.DG, USA_Anzick_realigned.SG, Russia_Kostenki14.SG, Switzerland_Bichon.SG, Israel_Natufian and Russia_MA1_HG.SG used as right populations. First, a three population model was tested, consisting of Russia_Steppe_Eneolithic (68), Russian_MLBA_Sintashta (69,70) and Russia_Shamanka_Eneolithic.SG (71). To obtain standard errors for all mixture models, we re-ran calculations for all individuals whose two-component model yielded a better fit, omitting unused populations." (Appendix 01, sivu 33)

PCA-kuvassa suurin osa näytteistä sijoittuu srubnien ja sintashtalaisten joukkoon, mutta yksi sijoittuu myös jamnojen ja afanasievolaisten joukkoon ja yksi sarmatialaisten joukkoon (Appendix 01, sivu 30).

Laajempi PCA-kuva ja näytteiden qpAdm-mallinnukset löytyvät Googlen kuvahaulla, kun laittaa hakuun artikkelin nimen lainausmerkeissä. Kuvahaun tuloksista voi sitten klikata auki oikean kuvan, klikata sitä hiiren oikealla napilla ja valita "kopio kuva", ja lopuksi avata tämän kopioidun kuvan kuvankäsittelyohjelmassa todellisessa koossa.

[merimaa]

qpAdm-mallinnuksessa käytetyt Russia_Steppe_Eneolithic -näytteet ovat lähdeviitteen mukaan peräisin tutkimuksesta Wang et al. (2019), "Ancient human genome-wide data from a 3000-year interval in the Caucasus corresponds with eco-geographic regions", jossa Eneolithic Steppe -näytteet ovat EHG-CHG-jatkumolla ja muistuttavat perimäkomponenteiltaan jamnalaisia.

"Three individuals from the sites of Progress 2 and Vonyuchka 1 in the North Caucasus piedmont steppe (‘Eneolithic steppe’), which harbour EHG and CHG related ancestry, are genetically very similar to Eneolithic individuals from Khvalynsk II and the Samara region" (Wang et al., 2019).
https://www.nature.com/articles/s41467- ... /figures/4 (kuva)

PG2001 Russia Progress 2 4336-4178 calBCE mies I3a R1b1
PG2004 Russia Progress 2 4233-4047 calBCE mies H2 R1b1
VJ1001 Russia Vonyuchka 1 4332-4238 calBCE nainen T2a1b

Excel-taulukossa mainitut haploryhmät eivät toisaalta viittaa R1b-jamnalaisiin, vaan johonkin muuhun väestöön. Löysin esimerkiksi tällaisia Q1b2-alkuisia näytteitä haulla foorumin muista ketjuista.

Mesolithic Koshkino Mergen' 6 Tyumen region 6406 calBC NEO72 mtDNA R1b1 y-DNA Q1b (voisiko olla Q1b2?)
Mesolithic Vengerovo-2 Novosibirsk 5599 calBC NEO922 Q1b2
EN Vengerovo-2 Novosibirsk 4830 calBC NEO911 Q1b2
EN Verchne-Obskaya Protoka Novosibirsk region 3874 calBC NEO309 Q1b2
Okunevo Verhni Askiz Altai 2300-1500 BC RISE674 Q1b2b1-Y2679 (yfull)
Grishkin Log 1 DA4/Tagar (c. 800-100 BC) Q1b2b1a-L933
Neolithic Tajikistan Tutkaul Dashti-Mazar Burial n1 TTK001 8419-8026 calBP (7450 calBC) U7 (ANE cluster) Q1b2a-F4674/Y6774/Z19231; Q-Y6802 (Pribislav)

[merimaa]

Tutkitut Q-isälinjan miehet olivat näköjään kaikki läheistä sukua keskenään, joten tutkimus ei anna kattavaa kuvaa alueen isälinjoista. Tutkitut R1a-miehet eivät kuitenkaan olleet heille sukua.

”The kurgan (burial mound) investigated was the grave of six brothers, their wives, children and grandchildren. The presumably oldest brother had eight children with two wives, one of whom came from the Asian steppe regions in the east.”
https://press.uni-mainz.de/bronze-age-f ... ed-family/

[Kristiina]

Ne käyttää näköjään itäisenä referenssinä 'Eneolithic hunter-gatherer genomes from the lake Baikal' kuten tässä uudessa korealaispaperissa eli kyse ei ole pelkästä Amurin perimästä vaan perimästä, jossa on korealaispaperin mukaan 25 prosenttia Ukya (14054–13771 BP).

Kazakstanin aron nomadeistahan on julkaistu hyvä paperi, Fig. 1, 2 ja 3 , https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.abe4414#

Siitä näkee, että arolla liikkuu ensimmäisellä vuosituhannella ennen ajanlaskua aika paljon nomadeja, joilla on ensin ennen kaikkea Khovskhol-tyyppistä ENAa ja myöhemmin yhtä enemmän Amuria (varsin loogista, kun tuntee historiaa). Itäisiä äitilinjoja on paljon ja ENAa esiintyy kaikilla eri isälinjoilla (C, D, E, G, J,L, R). Sitä vastoin N-linjoja on vain Sargat-kulttuurin haploilla ja heillä kaikilla on 'yllätys yllätys' eskimoperimää, joka tarkoitta tietenkin tätä kra001-tyyppistä perimää. Tästä voi päätellä, että Srubno-Alakul-aikaista vähäistä Baikal Eneolithic -perimää Chelyabinskissa on vaikea suoraan yhdistää nimenomaan N-haploihin tai varsinkaan uralilaiseen kieleen. N-haploihin ne voitaisiin kytkeä, jos voidaan todeta, että perimä on nimenomaan kra001-tyyppistä.

[Kinaporin kalifi]

Sitä vastoin N-linjoja on vain Sargat-kulttuurin haploilla ja heillä kaikilla on 'yllätys yllätys' eskimoperimää, joka tarkoitta tietenkin tätä kra001-tyyppistä perimää.

Sargat jne. ei tietenkään periydy eskimoista, mutta jakaa kyllä Jakutia_MN-perimänsä pohjalta osin samaa perimää kuin eskimot. Eskimot ovat, kiintoisaa sinänsä, toisaalta ilmeisesti tämän perimänsä pohjalta kuitenkin hieman läntisempiä kuin kra001.

[Kristiina]

Davidski on ilmeisesti syskuussa julkaissut geokoordinaatteja Allentoft 2023:n tutkimuksen näytteille. Oletteko huomanneet, että NEO538 olisi julkaistu? NEO358 on N-haplo Vologdasta: Minino Vologda region 300 calBC: N1a1a1a1a2

[Kinaporin kalifi]

Davidski on ilmeisesti syskuussa julkaissut geokoordinaatteja Allentoft 2023:n tutkimuksen näytteille. Oletteko huomanneet, että NEO538 olisi julkaistu? NEO358 on N-haplo Vologdasta: Minino Vologda region 300 calBC: N1a1a1a1a2

Allentoft et al ei ilmeisesti vielä ole julkaissut kaikkia paperin näytteitä, ml. NEO538.

[merimaa]

Huomasin, että Genarchivist-foorumilla arvuutellaan Allentoftin uusien näytteiden isä- ja äitilinjoja. Yksi kiinnostava näyte on luolasta keskisen Uralin länsipuolelta ja Pribislav on analysoinut sen haploryhmäksi R1a2. Sama haploryhmä esiintyy Karjalassa yhdellä Yuzhny Oleny Ostrovin näytteellä tuhansia vuosia aiemmin.

NEO687; 3624-3361 BC; Kumyshanskaya Cave, Ural, Russia; Neolithic; R1a2-YP4141>YP5056* (xYP5018)

5773-17_Grave65 UOO012 Yuzhny Oleny Ostrov ‪8250-8000‬ calBP U4; R1a2-YP4141; R1a2-preYP5018

Luolan sijainti näkyy kartalla, kun sen koordinaatit laittaa karttahakuun tässä muodossa: 58.22, 58.15

[Jaska]

Huomasin, että Genarchivist-foorumilla arvuutellaan Allentoftin uusien näytteiden isä- ja äitilinjoja. Yksi kiinnostava näyte on luolasta keskisen Uralin länsipuolelta ja Pribislav on analysoinut sen haploryhmäksi R1a2. Sama haploryhmä esiintyy Karjalassa yhdellä Yuzhny Oleny Ostrovin näytteellä tuhansia vuosia aiemmin.

NEO687; 3624-3361 BC; Kumyshanskaya Cave, Ural, Russia; Neolithic; R1a2-YP4141>YP5056* (xYP5018)

5773-17_Grave65 UOO012 Yuzhny Oleny Ostrov ‪8250-8000‬ calBP U4; R1a2-YP4141; R1a2-preYP5018

Luolan sijainti näkyy kartalla, kun sen koordinaatit laittaa karttahakuun tässä muodossa: 58.22, 58.15

Erittäin mielenkiintoista, että R-YP4141:n vanhoja näytteitä löytyy noin idästä. Isoin jälkeläishaara R-YP4131 näyttää olevan suorastaan länsieurooppalainen, ja R-Y45596 on lähi-itäinen:
https://www.yfull.com/tree/R-YP4141/