Sikora et al. 2023: Ancient human pathogens in Eurasia

[merimaa]

Sikora, M., Canteri, E., Fernandez-Guerra, A. et al. (2023, preprint).
The landscape of ancient human pathogens in Eurasia from the Stone Age to historical times.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... 6.561165v1

"The Holocene saw significant changes in global lifestyles, with agriculture, husbandry, and pastoralism becoming key practices. These changes have long been hypothesised to have favoured the emergence and spread of infectious diseases in a so-called “first epidemiological transition”. In this study, we directly tested this hypothesis by carrying out the first large-scale characterization of the ancient pathogen landscape across Eurasia during the last ~12,500 years. Our results provide direct evidence of an epidemiological transition, with a first occurrence of zoonotic pathogens around 6,500 years ago, and consistent detection after 6,000 years ago [...] Although zoonotic cases also existed before the transition, the risk and extent of zoonotic pathogen transmission likely increased with the adoption of more widespread husbandry practices and pastoralism. Today, zoonoses are estimated to account for over 60% of newly emerging infectious diseases."

"Strikingly, some of the highest detection rates were seen around ~5,000 BP, a period which saw major demographic turnover in Europe due to the migrations of Steppe pastoralist populations. The observed association between zoonotic disease incidence and the CHG/EHG ancestry characteristic of those populations, but not with the LVN ancestry characteristic of the first agriculturists, indicates that the Neolithic to Bronze Age transition possibly played a pivotal role in the emergence and spread of zoonotic diseases in humans. It is possible that the Steppe pastoralists, through their long-term continuous exposure to animals, might have developed some immunity to certain zoonoses and that their dispersals carried these diseases westward and eastwards. Consequently, the genetic upheaval in Europe could have been facilitated by epidemic waves of zoonotic diseases sweeping through the continent. This may have caused significant population declines with depopulated areas repopulated by opportunistic settlers who intermixed with the remaining original population. Such a scenario would mirror the population decline of Indigenous people in the Americas following their exposure to Eurasian diseases introduced by European colonists."

[merimaa]

Tutkimuksessa on julkaistu uusia muinaisnäytteitä, joista annetaan aika vähän tietoja. Näytteiden raakadata pitäisi kai tulla saataville European Nucleotide Archiveen, mutta en onnistunut löytämään sitä artikkelissa mainitulla koodilla. Mukana on kuitenkin muun muassa nämä näytteet:

RISE524 Kapova Cave (Mezhovskaya) –
RISE526 Kapova Cave (Mezhovskaya) 3364-3176 BP
RISE387 Bulanovo (Sintashta, Seima-Turbino) 4405-4094 BP

NEO105 Bazaiha Yenisei Krasnoyarsk 516-334 BP
NEO71 Bazaiha Yenisei Krasnoyarsk 526-316 BP
NEO177 Sakhtish II Ivanovo Oblast 652-527 BP

RISE597 Lithuania Bronze Age Turlojiske –
RISE598 Lithuania Bronze Age Turlojiske –

Liittetiedostossa on lisäksi tietoja näytteistä, jotka julkaistaa pian. Niiden alkuperäksi on merkitty "Allentoft_2023_submitted" ja "Barrie_2023_Nature_accepted".

[merimaa]

Tein joitakin havaintoja Allentoftin vielä julkaisemattoman artikkelin PCA-kuvista (https://zenodo.org/records/8196990). Näytteiden tiedot otin tämän tuoreen Sikoran artikkelin liitetaulukosta.

NEO538 Russia Iron Age Minino 2347-2153 BP (59.70 N, 39.50 E)

Mininon näyte NEO538 asettuu PCA-kuvassa melko hyvin jatkumolle, joka lähtee Siperiassa nganasaneista ja päättyy Pohjois-Euroopassa suomalaisiin/karjalaisiin/luoteisvenäläisiin. Tällä jatkumolla näyte sijoittuu kohtalaisen lähelle keskimääräistä mansia, mutta kuitenkin hieman lähemmäs pohjoiseurooppalaisia.

NEO76 Siberia Bronze Age Ostrov 2 4154-3980 BP (56.93 N, 66.47 E)
NEO72 Siberia Neolithic Koshinskaya Mergen' 6 8521-8191 BP (56.02 N, 69.31 E)
NEO73 Siberia Neolithic Koshinskaya Mergen' 6 7789-7572 BP (56.02 N, 69.31 E)
NEO75 Siberia Neolithic Sredneirtyshkaya Omskaya Stoyanka II 7160-6955 BP (54.97 N, 73.37 E)

Nuorempi NEO76 sekä vanhemmat NEO72 ja NEO73 sijoittuvat kaikki Länsi-Siperiaan Tjumenin alueelle, missä nuoremman ja kahden vanhemman näytteen löytöpaikat sijaitsevat noin 250 kilometrin päässä toisistaan. Vaikka näytteiden ikäero on noin 4000 vuotta, kaikki kolme näytettä sijoittuvat PCA-kuvassa lähelle toisiaan.

Nuorempi NEO76 sijoittuu EHG-tyyppisten näytteiden ja länsisiperialaisen Irtyshin näytteen NEO75 väliin, suunnilleen yhtä kauas molemmista, ja vanhemmat näytteet NEO72 ja NEO73 sijoittuvat siitä hieman oikealle yläviistoon.

NEO687 Russia Neolithic Cis-Urals Kumyshanskaya Cave 5574-5311 BP (57.58 N, 58.20 E)

Tämä keskisen Ural-vuoriston luolasta löydetty näyte sijoittuu PCA-kuvassa karkeasti ottaen keskelle EHG-tyyppisten näytteiden pilveä. Siinä näytteitä on niin tiheässä, että on mahdoton sanoa, mitkä muut näytteet ovat kaikkein lähimpänä.