Isälinjojen ja tubibakteerin leviämisreitit Itä-Euraasiaan

[merimaa]

Aika raflaava väite esitetään tässä tutkimuksessa N- ja O-isälinjojen leviämisreitistä itäiseen Euraasiaan.

Silcocks, Matthew & Dunstan, Sarah J. (2023).
Parallel signatures of Mycobacterium tuberculosis and human Y-chromosome phylogeography support the Two Layer model of East Asian population history.
https://www.nature.com/articles/s42003-023-05388-8

”We have conducted a joint analysis of the spatial and temporal dynamics of human Y-chromosome and [Mycobacterium tuberculosis] Mtb sequences in East Asia, and synthesised a coevolutionary model compatible with the Two Layer hypothesis. Under this model, we propose Y-chromosome lineages C, D and K2b1 to have arrived in East Asia via an initial southern coastal route migration, by human populations which also carried Mtb lineage 1 (Fig. 7). We suggest the Y-chromosome NO clade to have arrived via a northern route expansion across Eurasia, carried by human populations carrying Mtb lineage 2 (Fig. 7).”

Figure 7: isälinjojen ja tuberkuloosibakteerin leviämisreitit kartalla
https://www.nature.com/articles/s42003- ... /figures/7

[Kristiina]

Mielenkiintoista. Tässä alla on lisää linkkejä tähän aiheeseen liittyviin tutkimuksiin:

Humans Used Northern Migration Routes to Reach Eastern Asia, 2019
https://www.shh.mpg.de/1328778/asia-dispersals

Heading north: Late Pleistocene environments and human dispersals in central and eastern Asia, 2019
https://journals.plos.org/plosone/artic ... ne.0216433

Craniometrics Reveal “Two Layers” of Prehistoric Human Dispersal in Eastern Eurasia, 2019
https://www.nature.com/articles/s41598-018-35426-z

The Northern Route for Human dispersal in Central and Northeast Asia: New evidence from the site of Tolbor-16, Mongolia, 2019
https://www.nature.com/articles/s41598-019-47972-1

Dispersal Barriers into Southeast Asia during the Late Pleistocene, 2020
https://www.sciencedirect.com/science/a ... 822030584X

A demographic history of late Pleistocene China, 2020
https://eprints.whiterose.ac.uk/158765/ ... 0China.pdf

Pidän kovasti tässä artikkelissa esitetystä kartasta:
A population Hub out of Africa explains East Asian lineages in Europe 45,000 years ago
https://phys.org/news/2022-04-populatio ... asian.html

Itse paperi on täällä:
Genetics and Material Culture Support Repeated Expansions into Paleolithic Eurasia from a Population Hub Out of Africa
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9021735/

Kannatan tätä väitettä:
The scenario inferred by genetic data and supported by material culture, would then explain Ust’Ishim as the result of early IUP movements toward Siberia (Zwyns et al. 2019; Zwyns 2021), and the presence of Bacho Kiro-like populations in Europe at least from 45 ka as part of a broader peopling event that reached as far East as Tianyuan ∼40 ka with little or no interaction with preexisting Zlatý Kůň-like groups

Nykyiset näytteet Kiinasta ja etelämmästä eivät joka tapauksessa riitä tämän kysymyksen käsittelyyn, koska ne ovat vain noin reilu 10 kya vanhoja. Vanhin lienee tämä: Malu Dong Yunnan MZR 14.0 kya. Tarvittaisiin mieluiten 25-40 kya vanhoja näytteitä kuten Länsi-Euraasiasta. Vanhimmat Indonesian alueen näytteet ovat muistaakseni alle 10 kya vanhoja.

Aiheelle on luotu oma Wikipedia-sivustokin: https://en.wikipedia.org/wiki/Two_layer_hypothesis

Ei ole varmaan mikään yllätys, että olen itse kannattanut pohjoista reittiä N-haploille jo kymmenen vuotta.

[merimaa]

Hyvä nähdä, että väite ei olekaan kovin raflaava, jos tuntee aiheesta tehtyä arkeologista tutkimusta. Ehkä väite on myös yhteensovitettavissa Ilumäen artikkelissa (2016) tehtyjen havaintojen kanssa, mikäli NO-isälinja on levinnyt Kiinaan pohjoista reittiä jo ennen kuin se on haarautunut N- ja O-alalinjoihin.

Ilumäen artikkelissa eteläistä reittiä perusteltiin NO-haplojen nykyisellä esiintymisellä Kaakkois-Aasiassa. Sehän ei kuitenkaan sulje pois pohjoista reittiä, jos leviäminen sitä kautta tapahtui jo kymmeniä tuhansia vuosia aiemmin ja NO-haplot eivät selvinneet pohjoisessa nykypäivään asti.

”The basal NO-M214* lineage, the predecessor of N and O, co-distributes with hg O in continental Southeast Asia, albeit at a low frequency.”

[Jaska]

”The basal NO-M214* lineage, the predecessor of N and O, co-distributes with hg O in continental Southeast Asia, albeit at a low frequency.”

Samoin NO:n esimuotojen veljeslinjoja kuten K-Y28299 löytyy Intiasta, Pakistanista ja Singaporesta; itse esimuotoa K-M2335:tä ei ainakaan YFullista löydy mistään. Nykynäytteet siis tukisivat kyllä edelleen eteläistä reittiä. Näin ollen pohjoinen reitti nousisi eteläistä uskottavammaksi vain, jos näitä välimuotoja löytyisi pohjoisista muinais-DNA-näytteistä. Tietääkseni ei kuitenkaan ole löytynyt.

[Kristiina]

Vanhoissa tutkimuksissa monia itäaasialaisia näytteitä pidettiin basaaleina, mutta vuonna 2014 N-puuta uudistettiin perusteellisesti, kun LLY22g:ta ei enää pidetty haploryhmää määräävänä mutaationa. Tämän muutoksen jälkeen pääosa noista basaaleista näytteistä lakkasi olemasta basaaleja. Kannattaa mieluummin tutkia yfullin N-puuta ja kiinalaisten theytreetä. Yfullisssa NO:n alla ei ole ainuttakaan näytettä, eikä N1:n tai N:n juuressa ole mitään kaakkoisaasialaisia näytteitä. Eikä noita kaakkoisaasialaisia linjoja näy myöskään Theytreessä N:n tai N1:n juuressa, mistä niiden pitäisi löytyä. Yfullin puussa kaakkoisaasialaisia löytyy N-M1812:n alta.

Alkuvuodesta julkaistusta Tiibet-paperista näkyy, miten N-haploja leviää etelään kohti Indo-kiinaa alkaen 3000 eaa. Ne ovat kaikki N-CTS12473:n alla (https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.add5582).

Wikipedian artikkelit eivät ole ollenkaan ajan tasalla. Ennen vuotta 2014 julkaistuissa tutkimuksissa N-M231*-juuressa olevat linjat eivät ole nykyisen N-puun tasalla.

Ei muinaisDNA tue mitenkään sitä, että N-haploja ei ole säilynyt pohjoisessa. Viime viikolla tuli ilmi 9000 vuotta vanha N-näyte pohjoiselta Jäämereltä. Muinaisdatan valossa Taka-Baikal on N-haplojen kehto, josta niitä on levinnyt eri suuntiin.

Sitaatti Ilumäen tutkimuksessa on ikivanhaa tietoa. Se perustuu Karafetin tutkimukseen vuodelta 2006 ja Rootsin tutkimukseen vuodelta 2007:
https://www.researchgate.net/publicatio ... e_Families

[Kristiina]

”The basal NO-M214* lineage, the predecessor of N and O, co-distributes with hg O in continental Southeast Asia, albeit at a low frequency.”

Samoin NO:n esimuotojen veljeslinjoja kuten K-Y28299 löytyy Intiasta, Pakistanista ja Singaporesta; itse esimuotoa K-M2335:tä ei ainakaan YFullista löydy mistään. Nykynäytteet siis tukisivat kyllä edelleen eteläistä reittiä. Näin ollen pohjoinen reitti nousisi eteläistä uskottavammaksi vain, jos näitä välimuotoja löytyisi pohjoisista muinais-DNA-näytteistä. Tietääkseni ei kuitenkaan ole löytynyt.

Minun mielestä on loogista olettaa, että K-M2335 levisi Intiaan suoraan Keski-Aasiasta eikä olettaa mitään ylimääräisiä kierroksia Indo-Kiinan kautta. K-M2335:n ikä on 41500 vuotta, joten se on melkein yhtä vanha kuin Ust Ishim. K-M2335 on sitä paitsi rinnakkainen linja Ust Ishimille, joka liikkui Länsi-Siperiassa, joka on selkeästi lähempänä Intiaa kuin Indo-Kiinaa.

[merimaa]

Sitaatti Ilumäen tutkimuksessa on ikivanhaa tietoa. Se perustuu Karafetin tutkimukseen vuodelta 2006 ja Rootsin tutkimukseen vuodelta 2007:

Hyvä tietää. En tiennyt myöskään vuonna 2014 tehdystä N-puun uudistuksesta.

Singaporessahan on tunnetusti intialaistaustaista väestöä, mikä varmaan vaikuttaa siellä nykyisin esiintyviin y-haploryhmiin.

[Jaska]

Samoin NO:n esimuotojen veljeslinjoja kuten K-Y28299 löytyy Intiasta, Pakistanista ja Singaporesta; itse esimuotoa K-M2335:tä ei ainakaan YFullista löydy mistään. Nykynäytteet siis tukisivat kyllä edelleen eteläistä reittiä. Näin ollen pohjoinen reitti nousisi eteläistä uskottavammaksi vain, jos näitä välimuotoja löytyisi pohjoisista muinais-DNA-näytteistä. Tietääkseni ei kuitenkaan ole löytynyt.

Minun mielestä on loogista olettaa, että K-M2335 levisi Intiaan suoraan Keski-Aasiasta eikä olettaa mitään ylimääräisiä kierroksia Indo-Kiinan kautta. K-M2335:n ikä on 41500 vuotta, joten se on melkein yhtä vanha kuin Ust Ishim. K-M2335 on sitä paitsi rinnakkainen linja Ust Ishimille, joka liikkui Länsi-Siperiassa, joka on selkeästi lähempänä Intiaa kuin Indo-Kiinaa.

Kuka olettaa ylimääräisiä kierroksia Indo-Kiinan kautta? K-M2335 on välimuoto matkalla NO:hon, joten tietysti sen sijainti on läntisempi kuin NO:n. Pointtini on, että näiden välimuotojen lähilinjoja löytyy Etelä-Aasiasta muttei pohjoisempaa. Se on fakta, ellet pysty osoittamaan, että niitä löytyy myös pohjoisempaa. Nykyinen todistusaineisto siis tukee eteläistä reittiä eikä pohjoista.

Myös YFullin N-puussa juuriversot keskittyvät kyllä Kiinaan.

Ei muinaisDNA tue mitenkään sitä, että N-haploja ei ole säilynyt pohjoisessa. Viime viikolla tuli ilmi 9000 vuotta vanha N-näyte pohjoiselta Jäämereltä. Muinaisdatan valossa Taka-Baikal on N-haplojen kehto, josta niitä on levinnyt eri suuntiin.

Minä puhuinkin niistä välimuodoista, jotka johtivat NO:hon. N:ää oli toki pohjoisessa jo varhain, mutta sehän ei tue yhtä reittiä (K > NO) enempää kuin toistakaan.

[Kristiina]

N-haploja levisi paitsi tätä tiibetiläiskulttuurin luomaa käytävää pitkin kohti etelää myös Etelä-tai Kaakkois-Kiinasta thai-kulttuurin myötä. Thai-näytteitä ajanjaksolta 2300-1000BP kartoittava tutkimus julkaistaneen pian, mutta näytteet ovat olleet jo pari kuukautta theytreen puussa. 14:stä näytteestä kymmenen on O-haploja, yksi C2b-haplo ja kolme N-haploja. N-haplot ovat kaikki N1b1b1a-TY50367-linjaa (https://www.theytree.com/?snp=TY50367). Tämä linja on yfullissa ZS3189/Y321751:n alla: https://www.yfull.com/tree/N-Y321751/
Linjan TMRCA on vain 4810 vuotta ja se on aivan N1b-Z4784:n alla. Bianbian on Z4784/CTS582, joten nämä Thaimaan linjat lienevät tulleet Kiinan itärannikon kautta.

[Kristiina]

Myös YFullin N-puussa juuriversot keskittyvät kyllä Kiinaan.

Kaikkein vanhin jako on N1:n ja N2:n välillä ja N2:ta ei voi pitää kiinalaisena. N1b on tietysti kiinalainen, mutta pitää huomata, että sen vanhin edustaja on Bianbian Shandongista, mikä on Kiinaan pohjoisosassa eikä Indo-Kiinassa. N1a2-linjan vanhat näytteet löytyvät kaikki Baikalilta ja Etu-Baikalin Popovskij lug -näytteen ikä on lähellä koko N1a2-linjan TMRCA:ta. N1a1-linjalla on tietysti paljon itään suuntautuvia haaroja ja päähaarojen TMRCA on noin 12000-14000 vuotta. Jos puhutaan kaakkoisaasialaisesta alkukodista, Kiina ei ole sama kuin Indo-Kiina. Jos N-haplojen tyyssija jääkauden aikana oli Taka-Baikalilla, siitä on huomattavasti lyhyempi matka Kiinaan kuin Eurooppaan, joten ei ole mikään ihme, että alue olisi syöttänyt Kiinaan useita linjoja. Sitä paitsi linjoilla oli paljon paremmat edellytykset kukoistaa etelän lämmössä.

Minä puhuinkin niistä välimuodoista, jotka johtivat NO:hon. N:ää oli toki pohjoisessa jo varhain, mutta sehän ei tue yhtä reittiä (K > NO) enempää kuin toistakaan

Kuka olettaa ylimääräisiä kierroksia Indo-Kiinan kautta? K-M2335 on välimuoto matkalla NO:hon, joten tietysti sen sijainti on läntisempi kuin NO:n. Pointtini on, että näiden välimuotojen lähilinjoja löytyy Etelä-Aasiasta muttei pohjoisempaa. Se on fakta, ellet pysty osoittamaan, että niitä löytyy myös pohjoisempaa. Nykyinen todistusaineisto siis tukee eteläistä reittiä eikä pohjoista.

Ei niitä välimuotoja ole tällä hetkellä paljon tarjolla, mutta voin tarjota sinulle NO:ta. Se on N-Y28299:lle rinnakkainen pohjoisempi linja ja kaiken lisäksi sen ikä on valtavan paljon vanhempi kuin Intian linjan. NO:n ikä on 36800 vuotta, kun Intian linjan ikä on vain 9200 vuotta.

En näe pohjoisessa reitissä mitään ongelmaa. Ust Ishim kuljeskeli Länsi-Siperiassa 45 000 vuotta sitten. K-M2335:stä erosi Keski-Aasian käytävällä yksi haara eli K-Y28299, joka säilyi nykypäivään asti Intiassa. Sitä vastoin NO kulkeutui kohti itää. O löysi tiensä Kiinaan 30 000 vuotta sitten, kun taas N sinnitteli jossain Taka-baikalin läheisyydessä ja alkoi piristyä vasta jääkauden jälkeen.

[Jaska]

Minä puhuinkin niistä välimuodoista, jotka johtivat NO:hon. N:ää oli toki pohjoisessa jo varhain, mutta sehän ei tue yhtä reittiä (K > NO) enempää kuin toistakaan

Kuka olettaa ylimääräisiä kierroksia Indo-Kiinan kautta? K-M2335 on välimuoto matkalla NO:hon, joten tietysti sen sijainti on läntisempi kuin NO:n. Pointtini on, että näiden välimuotojen lähilinjoja löytyy Etelä-Aasiasta muttei pohjoisempaa. Se on fakta, ellet pysty osoittamaan, että niitä löytyy myös pohjoisempaa. Nykyinen todistusaineisto siis tukee eteläistä reittiä eikä pohjoista.

Ei niitä välimuotoja ole tällä hetkellä paljon tarjolla, mutta voin tarjota sinulle NO:ta. Se on N-Y28299:lle rinnakkainen pohjoisempi linja ja kaiken lisäksi sen ikä on valtavan paljon vanhempi kuin Intian linjan. NO:n ikä on 36800 vuotta, kun Intian linjan ikä on vain 9200 vuotta.

Niin millä alueella siis on NO:ta?

En näe pohjoisessa reitissä mitään ongelmaa. Ust Ishim kuljeskeli Länsi-Siperiassa 45 000 vuotta sitten. K-M2335:stä erosi Keski-Aasian käytävällä yksi haara eli K-Y28299, joka säilyi nykypäivään asti Intiassa. Sitä vastoin NO kulkeutui kohti itää. O löysi tiensä Kiinaan 30 000 vuotta sitten, kun taas N sinnitteli jossain Taka-baikalin läheisyydessä ja alkoi piristyä vasta jääkauden jälkeen.

Minä en näe missään reitissä ongelmaa. Katsotaan vain, mihin todisteet viittaavat, ja kannatetaan voittavaa näkemystä.

Mitä perusteita sinulla on olettaa, että intialainen haara tulee pohjoisesta eikä Intiasta? Jos ei ole todisteita muusta, taloudellisempaahan on olettaa sen syntyneen siellä, mistä näytteet ovat.

Mitä perusteita sinulla on olettaa, että N syntyi Taka-Baikalilla eikä Kiinassa? Kiinassahan on enemmän niitä aivan juuresta löytyviä näytteitä, ja Taka-Baikal sopii lähinnä sen yhden alahaploryhmän alkukodiksi.

Tässä nyt alkaa pahasti näyttää siltä, että sinä HALUAT uskoa pohjoiseen reittiin, vaikket pysty sitä todistamaan. Etkös juuri syyttänyt Zengin tutkijaryhmää objektiivisuuden puutteesta? Nyt näyttää, että syyllistyt siihen itse.

[Kristiina]

En näe pohjoisessa reitissä mitään ongelmaa. Ust Ishim kuljeskeli Länsi-Siperiassa 45 000 vuotta sitten. K-M2335:stä erosi Keski-Aasian käytävällä yksi haara eli K-Y28299, joka säilyi nykypäivään asti Intiassa. Sitä vastoin NO kulkeutui kohti itää. O löysi tiensä Kiinaan 30 000 vuotta sitten, kun taas N sinnitteli jossain Taka-baikalin läheisyydessä ja alkoi piristyä vasta jääkauden jälkeen.

Minä en näe missään reitissä ongelmaa. Katsotaan vain, mihin todisteet viittaavat, ja kannatetaan voittavaa näkemystä.

Mitä perusteita sinulla on olettaa, että intialainen haara tulee pohjoisesta eikä Intiasta? Jos ei ole todisteita muusta, taloudellisempaahan on olettaa sen syntyneen siellä, mistä näytteet ovat.

Se, että Ust Ishim on 45 000 vuotta sitten Länsi-Siperiassa ja Oase 1 on 37-42 000 vuotta sitten Romaniassa ja se, että tuoreen Buran Kaya -paperin tekijä olettaa GenArchivistissa, että Krimillä seikkaili todennäköisesti 37-42 000 vuotta sitten K2a. Ei muinaisDNA toimi niin, että Itämerellä esiintyvä VL29 on todiste siitä, että N-haplot ovat Itämereltä tai 9000 vuotta vanha linja Intiassa on todiste siitä, että K2a syntyi Intiassa eikä Länsi-Siperiassa. MuinaisDNA:ssa vanhemmalla näytteellä tai linjalla, jolla on vanhempi ikä, on aina enemmän painoa-arvoa.

Mitä perusteita sinulla on olettaa, että N syntyi Taka-Baikalilla eikä Kiinassa? Kiinassahan on enemmän niitä aivan juuresta löytyviä näytteitä, ja Taka-Baikal sopii lähinnä sen yhden alahaploryhmän alkukodiksi.

Se, että kaikki N-linjat säteilevät Taka-Baikalilta eri suuntiin. Kiinassa ei ole enemmän juuresta löytyviä näytteitä jo silläkin perusteella, että N2 ei ole kiinalainen linja. N1a2:n vanhin näyte on Länsi-Baikalilta.

Tässä nyt alkaa pahasti näyttää siltä, että sinä HALUAT uskoa pohjoiseen reittiin, vaikket pysty sitä todistamaan. Etkös juuri syyttänyt Zengin tutkijaryhmää objektiivisuuden puutteesta? Nyt näyttää, että syyllistyt siihen itse.

Olen esittänyt valtavan määrän hyvin perusteita, jotka ovat paitsi geneettisiä, myös arkeologisia. Sinun pitäisi nyt itse selittää, mikä se sinun eteläinen reittisi on eli oletko esim. sitä mieltä, että NO kulki Intiasta Indo-Kiinaan 30 000 vuotta sitten ja että N ja O erkanivat toisistaan Indo-Kiinassa? Jos näin olisi, miksi N-linjat ovat Kiinassa järjestään paljon nuorempia ja niitä on Kaakkois-Aasiassa paljon suppeammalla alueella ja muinaisDNA-papereissa ne ovat tähän mennessä liittyneet rautakautisiin väestöliikkeisiin. Jos N olisi saapunut Kiinasta Baikalille 10 000 eaa, miksi Songnenin tasangolta ei 20 miepuolisessa näytteessä löydetty yhtään N-haploa aikavälillä 20 000 - 5 000 vuotta sitten? Eikö niiden olisi pitänyt kulkea juuri sitä reittiä? Jos Kiina oli jääkaudella N-haplojen kehto, miksi Tiibetissä oli vain yhtä N1b:n alalinjaa? Esitä nyt se sinun vastateoriasi?

[Kristiina]

Katsotaanpa havainnollisuuden vuoksi yfullin R-puuta. Siinä löytyy yksi vanha linja Siperiasta, Malta1, jonka ikä on 24 kya. Samalla tavalla K2a:n puussa on yksi vanha linja Ust Ishim 45 kya. R-puu jakautuu kahteen linjaan: R1:een ja R2:een. Ensimmäisen ikä on 22800 ybp ja jälkimmäisen ikä 16300 ybp. Vanhin R1 lienee Villabruna Italiasta noin 16,5 kya. Vanhimmat R2-näytteet ovat Iranin Zagrosista ja niiden ikä on noin 10 kya. K-Y28299*-linjaa esiintyy nykyään Intiassa ja sen ikä on 9200, kun taas sille rinnakkaista NO-linjaa esiintyy Siperiassa ja Kaakkois-Aasiassa ja sen TMRCA on 36 800. Jos sovelletaan sinun esittämääsi logiikkaa, pitää kai väittää, että R syntyi Iranissa, koska R2 on samalla tavoin eteläisempi linja.

Tietenkin on järkevää väittää, että R1 syntyi Euroopassa ja R2 Iranissa ja K2a Länsi-Euraasiassa ja K-Y28299* Intiassa, mutta linjan alkuperä on kuitenkin todennäköisesti siellä, missä on vanhin TMRCA ja josta löytyy vanhimmat näytteet kyseisestä linjasta.

[Jaska]

Se, että Ust Ishim on 45 000 vuotta sitten Länsi-Siperiassa ja Oase 1 on 37-42 000 vuotta sitten Romaniassa ja se, että tuoreen Buran Kaya -paperin tekijä olettaa GenArchivistissa, että Krimillä seikkaili todennäköisesti 37-42 000 vuotta sitten K2a. Ei muinaisDNA toimi niin, että Itämerellä esiintyvä VL29 on todiste siitä, että N-haplot ovat Itämereltä tai 9000 vuotta vanha linja Intiassa on todiste siitä, että K2a syntyi Intiassa eikä Länsi-Siperiassa. MuinaisDNA:ssa vanhemmalla näytteellä tai linjalla, jolla on vanhempi ikä, on aina enemmän painoa-arvoa.

Vain relevanteilla näytteillä on painoarvoa: eli NO:lla ja sen suorilla edeltäjillä. Jos niitä ei löydy, veljes- ja setälinjoja voidaan pitää todisteina reitistä.

- Kuinka tarkasti Ust'-Ishimin näyte on sitten analysoitu?
- N2:n eli Y6503:n allahan on myös kiinalaisnäyte (itse Y6503:a ei edusta yksikään näyte).

Esittäisitkö vihdoinkin kokonaiskuvan todisteistasi, joiden perusteella kannatat pohjoista reittiä?

Olen esittänyt valtavan määrän hyvin perusteita, jotka ovat paitsi geneettisiä, myös arkeologisia.

Eihän arkeologia voi todistaa genetiikasta mitään.
Enkä kyllä ole nähnyt täällä valtavaa määrää todisteita siitä, että N:n esimuotoja löytyisi pohjoiselta reitiltä. Eli listaisitko ne konkreettiset todisteet näistä esimuodoista?