Allentoft 2023: Postglacial Western Eurasia

[Vastandus]

Kun joka tutkimus antaa erilaisen tuloksen, niin onko meillä riittävästi perusteita olettaa, että juuri WSHG:tä oli BOO:ssa? Näissähän on voinut aivan itsenäisesti tapahtua sekoittumista samoista komponenteista:
- WSHG = Länsi-Siperian vanha EHG + Jakutian perimä Krasnojarskin suunnalta
- BOO = Kuolan EHG + Jakutian perimä Taimyrin seudulta

Eli kuinka hyvin käytetyt metodit erottavat sen, milloin samojen komponenttien sekoittuminen on tapahtunut erikseen ja milloin sama sekoitusväestö on kummankin tulosväestön taustalla?

Täyden varmuuden asiasta voisi antaa vain IBD-yhteys jonka pitäisi ainakin teoriassa näkyä hyvin vahvana koska verrattain vähäisetkin yhteydet Samaran mutkaan näkyvät.
Kuitenkaan sellaista yhteyttä ei Ringbauerin tutkimuksessa havaittu, ehkäpä siksi että WSHG-näytteet ovat liian vanhoja tai yleensäkin vääriltä alueilta.
On kuitenkin mahdotonta että BOO:n alkuperä olisi täysin pohjoinen(Taymyr+Kuola) koska IBD-yhteys andronovoihin vaati myös eteläisempää perimää ja jos sellaista on, niin ei ole mitään olennaista syytä miksi myös WSHG:tä ei voisi olla.

[Jaska]

On kuitenkin mahdotonta että BOO:n alkuperä olisi täysin pohjoinen(Taymyr+Kuola) koska IBD-yhteys andronovoihin vaati myös eteläisempää perimää ja jos sellaista on, niin ei ole mitään olennaista syytä miksi myös WSHG:tä ei voisi olla.

Aivan. IBD-jaksot edellyttävät tietyllä aikasyvyydellä yhteistä esivanhempaa. Olettaen tietysti, että muinaisnäytteen luenta on riittävän resolutiivinen eli vähäaukkoinen ja ettei pseudohaploidisuus pääse vääristämään tuloksia. Toivotaan että kuva jatkaa tarkentumistaan ja ajan mittaan eri tutkimusten tulokset alkavat olla enemmän yhteensopivia.

Kyllähän tässä hiljattain todettiin, että Kuolan Bolshoy jakaa joitakin segmenttejä Sintashtan kanssa. Lisäksi Kuolasta löytyi se iranilainen äitilinja T2d1b1 tai siis T2d1b1 esiintyy hanteilla ja komeilla ja niiden edeltäjä T2d1b esim. Iranissa ja Punjabin brahmiineilla. Volga-Uralin Kushnarenkovo/ Karayakupovo oli täynnä T2d1b1:tä.

Toinen täysosuma on suomalaisilla edelleen esiintyvä Z1a1a.

Nämähän sinänsä eivät kuitenkaan todista asiasta suuntaan tai toiseen, koska kumpaakin äitilinjaa esiintyy Pohjois-Siperiassa, mistä se siperialaisen komponentin väestö on Kuolaan saapunut.

[Kinaporin kalifi]

Voi tietysti olla, että en osaa lukea tutkimusta, mutta minusta ryhmät ja pääryhmät ovat nimenomaan IBD-pohjaisia, esim.:

"Characterization of genetic clusters for 1,401 imputed ancient individuals from Eurasia (that is, excluding 91 individuals from Africa and Americas), inferred from pairwise IBD sharing." Voi sitten tietysti myös olla että NEO538:n yhteys esim. saka-ryhmään rakentuu Andronovon pohjalle, mutta miksi Andronovon pohjalta jaettu IBD ei siinä tapauksessa liitä NEO538:n ala- ja pääryhmään muita Andronovo-pohjaisia ryhmiä? Esim. TianShan_2000BP ryhmän saka, DA57 ryhmittyy G25 PCA:n pohjalta udmurttien sekaan. En siis esitä, että hän olisi udmurtti, vaan pointti on se että hänellä on itäistä-kin perimää jaettavaksi.

EDIT vielä ryhmien muodostamiseen liittyen:

"We first performed community detection on a network constructed from pairwise identityby-descent (IBD)-sharing similarities between ancient individuals to group them into hierarchically related clusters of similar genetic ancestry (Extended Data Fig. 3 and Supplementary Note 3c). At higher levels of the hierarchy, the resulting clusters represented previously described ancestry groups reflecting broad genetic structure, such as EHGs and WHGs (‘HG_EuropeE’ and ‘HG_EuropeW’; Extended Data Fig. 3). Clusters at the lowest level resolved fine-scale genetic structure, grouping individuals within restricted spatiotemporal ranges and/or archaeological contexts but also revealing previously unknown connections across broader geographical areas (Extended Data Fig. 3 and Supplementary Note 3f)."

[Kinaporin kalifi]

Vielä toinen G25-PCA, voi olla että PCA johtaa tässä harhaan luodessaan vaikutelman siitä, että varhaiset uralilaiset ryhmät selittäisivät edes osin sakan itävetoa. BOO on NEO538 yläpuolella oleva harmaa ryhmä, lähestyen neoliittista länsisiperian aroa.



https://i.imgur.com/cDMrGHd.jpg

[Kristiina]

Vastandus, perttimp tai kuka tahansa, kiinnostaisiko teitä katsoa, ottaako Kuolan NEO062 /CGG_2_015779 mieluummin kra001:tä vai Ymjahtahia (N4b2)?
Korealaispaperissa parempi sovitus Bolshoylle saatiin tietenkin Yakutia_MN:n avulla, mutta jos nimenomaan yritetään etsiä vastausta Jaakon esittämään malliin, pitäisi käyttää korealaispaperin vaihtoehtoista mallia:
Yakutia_LN+Estonia_MN_CCC+Tarim_EMBA1 (p=0.217; 39% contribution from 228 Yakutia_LN, 16% contribution from Tarim_EMBA1, and 45% contribution from 229 Estonia_MN_CCC)

Kuolastahan on nyt saatu tämä parempilaatuinen näyte, jonka pitäisi antaa luotettavampia tuloksia kuin edelliset. Käyttivätköhän korealaiset vielä niitä aiempia vähemmän hyviä näytteitä...

Minun puolesta voitte tietenkin käyttää mitä tahansa mallia, mutta Ymjahtah-perimän yhdessä Viron MN:n ja Tarimin kanssa pitäisi siis ainakin toimia.

On tietysti silmiinpistävää, että korealaiset eivät käyttäneet eteläsiperialaisia näytteitä Bolshoyn mallintamiseen ja ehkä Tyumen ei toimi. Toisaalta jos eteläsiperia tuli Bolshoyhin vasta metallikaudella, se oli jo varsin sekoittunutta. Kun ”Postglacial genomes from foragers across Northern Eurasia reveal prehistoric mobility associated with the spread of the Uralic and Yeniseian languages” julkaistaan, voimme käyttää Satygaa (I32552) mallinnuksissa ja se on oikein kiinnostavaa. Tässä uudemmassa paperissa on muitakin hyviä näytteitä kuten Tatarkan ja Chernoozeron näytteet.

[Vastandus]

Vastandus, perttimp tai kuka tahansa, kiinnostaisiko teitä katsoa, ottaako Kuolan NEO062 /CGG_2_015779 mieluummin kra001:tä vai Ymjahtahia (N4b2)?

Minulla on ollut kordinaatit noille uusille BOO-näytteille jo muutaman kuukauden mutta ajattelin että ne ovat samoja vanhoja näytteitä eri nimillä.
Muita tietoa näistä näytteistä ei ole paitsi se että NEO60:n mainitaan olevan lähisukulainen BOO005:lle, mutta muilla vanhoilla BOO näytteillä ei ole samaa U5a1d2-äitilinjaa kuin näillä kahdella. Vanhoissa näytteissä ei myöskään ole naispuolista Z1a1a:ta joten NEO62 lienee myös uusi.

Tarimin Xiaohe toimii ANE:n lähteenä yllättävän hyvin mutta Jakutia ja CCC eivät. Tosin jos LakeBaikal otetaan pois Jakutia nousee hiukan.


https://i.imgur.com/xLsqMA2.png

Edit: YFull muuten sijoittaa NEO538:n äitilinjan tähän haaraan jossa on pari suomalaista ja yksi venäläinen.
https://www.yfull.com/mtree/U5a1d2b1b/
Eräs kiinalainen sivusto nimeltä theytree väittää, että Karagash_MLBA:n I4263 olisi ollut myös U5a1d2b1b. Jos näin, tämä tuskin olisi sattumaa.

[Kristiina]

Tosi mielenkiintoista. Kiitos paljon!

Satygan näyte tulee olemaan siitä hyvä, että siinä yhdistyy arolta Länsi-Siperian kautta saapunut R1a1a1b2a2-Z2122 linja ja paikallinen siperia-perimä, jota edustaa Z1a1a.

Konda EBA/Seima-Turbino necropolis Satyga-16 Khanty-Mansi Autonomous Okrug Kondinskiy Raion Yagodny TOM102 burial 6 I32552 2571-2348 calBCE:
Zeng et altri -paperissa saatiin alla oleva mallinnus:
46% Yakutia BA + 17% EHG +
16% Steppe MLBA + 10% Tarim + 8% Altai NE
2% ? +1% ?

Satygan luulisi kelpaavan myös Bolshoylle. Satygassa ANEa on 18% ja MLBA:ta 16%. Bolshoyssa ANEa on selvästi enemmän kuin MLBA:ta. Tästä voisi alustavasti päätellä, että kaikki ANE ei voinut tulla Länsi-Siperian Seima-Turbinon kautta, mutta toisaalta yhdestä näytteestä ei kannata tehdä liikaa päätelmiä. Tästä huolimatta spekuloin vielä sillä, että Kondalla saattoi siis metallikauden kynnyksellä olla väestöä, jolla oli kra001-perimää, EHG:tä ja hieman ANEa.

[perttimp]

-
Tuolla on myös PCA, jossa NEO538 mukana.
https://drive.google.com/file/d/1Gu4BlZWn80lFv0PQv6poqoWCCVyz_M0H/view?usp=sharing
-

[merimaa]

NEO538 on nyt YFullissa: U5a1d2b1b, N-SK1485*.
https://www.yfull.com/tree/N-SK1485*/
https://www.yfull.com/ancient/

[Kristiina]

Laitan tähän alle kaikki tietämäni U5a1d2b1-näytteet:

Vanhimmat:
CCC Viro Tamula22 3600 BC U5a1d2b/ U5a1d2b1a* (yfull), CCC Viro Tamula1/ MG429018.1 3500 BC U5a1d2b/ U5a1d2b1a* (yfull), Afanasievo EMBA I3388 2750 BCE U5a1d2b1* (yfull), Afanasievo EMBA Altai I6714 2617-2472 calBCE U5a1d2b1* (yfull), Afanasievo EMBA Yenisey left bank of Karasuk Altai I3949 2650 BCE U5a1d2b1* (yfull)

Ennen ajanlaskun alkua:
NW Russia Minino I burial 16 300 calBC with midpoint rescorr NEO538 /CGG_2_018396 U5a1d2b/ U5a1d2b1b (yfull),
IA Xinjiang W Tangbalesayi Nilka County 2305-2064 calBP NLKTBSY_M1/ TBLSY_M1/ C628 (W_HE) U5a1d2b/ U5a1d2b1a1 (yfull)

Ajanlaskun jälkeen:
Hun Conq Balatonújlak-Erdődűlő Unkari BAL4.10B U5a1d2b (145A 256 270 399), Conq. commoner Nagytarcsa-Homokbánya NTHper1/NTH-1 10. sec (2nd half) U5a1d2b1* (yfull), Medieval Hungarian (late Avar) cemetery Vörs-Papkert-B/51 900-1100 AD VPBper51 U5a1d2b/ U5a1d2b1a (yfull), Medieval Hungarian village cemetery Homokmégy-Székes/215 900-1000 AD HMSZper215 U5a1d2b/ U5a1d2b1a (yfull)

Xinjiangissa ja Unkarissa on siis U5a1d2b1a, kun taas NEO538:lla on U5a1d2b1b

Nykyväestöistä U5a1d2b:tä on Venäjällä, erityisesti tataareilla ja tubalareilla. Tätä linjaa on myös harvinaisena saamelaisilla. Länsi-Suomessa ja Lapissa on U5a1d2b1b-linjaa.

Yfullilla on ongelmia TMRCA:n kanssa. Ne ovat usein pahasti alakantissa. U5a1d2b1:n TMRCA on 2900 ybp, mutta vanhimmat näytteet, jotka yfull on itse määritellyt U5a1d2b1:ksi ovat 5600 vuotta vanhoja ja ajoittuvat kampakeramiikan aikaan. Muotoutumisajankohtakin, eli 3800 vuotta, on lähes 2000 vuotta liian vähän kuin pitäisi. Heidän laskukaavassa on jotain pielessä, koska se tuottaa tietyissä tapauksissa liian alhaisia TMRCA:ita.