Sivu 1/1

Uusia haploryhmiä ja alahaploryhmiä Y-kromosomiin

ViestiLähetetty: 27 Marras 2013 13:55
Kirjoittaja Jaska
Y-haploryhmiin uudistuksia:
http://biorxiv.org/content/biorxiv/earl ... 1.full.pdf

Mielenkiintoista on, että yhdeltä Intian tamililta (telugu) löytyi upouusi haploryhmä X, joka on sukua NO:lle.

Myös N1c1:n loppupäähän kerrotaan löytyneen uusia mutaatioita, mutta jutussa ei ole sukupuuta niiden osalta. Supporting information B:stä löytyy ASCII-puu:
http://biorxiv.org/content/early/2013/1 ... gures-only

Valitettavasti löytyy vain HG-numerot eikä haplotyyppejä mistään tai edes mutaatioiden nimiä, joten pitää jäädä odottamaan. Mutta näyttäisi siis löytyvän rinnakkainen haara Z1940:lle karjalaisesta ryhmästä, jos oikein ASCII-puuta tulkitsin ISOGGin puuhun verraten...

Re: Uusia haploryhmiä ja alahaploryhmiä Y-kromosomiin

ViestiLähetetty: 28 Marras 2013 09:21
Kirjoittaja Kirmu
Tuolta löytyy sukupuu, jossa snp:t. Selviääkö tästäkään vielä mitään tarkennusta.
Yläkulman download PDF http://arxiv.org/abs/1310.6590

Kuva
http://i40.tinypic.com/opp6s7.jpg

Re: Uusia haploryhmiä ja alahaploryhmiä Y-kromosomiin

ViestiLähetetty: 28 Marras 2013 14:04
Kirjoittaja Jaska
Kirmu kirjoitti:Tuolta löytyy sukupuu, jossa snp:t. Selviääkö tästäkään vielä mitään tarkennusta.
Yläkulman download PDF http://arxiv.org/abs/1310.6590

http://i40.tinypic.com/opp6s7.jpg

Kiitos erittäin paljon!
Oudolta kyllä näyttää, jos tuon mukaan Z1941 olisi ihan eri oksassa kuin Z1940, vaikka ne satavarmasti ovat peräkkäin samassa linjassa. Joko kyseessä on koneellisen vertailun tuottama virhe, tai sitten näytteiden perässä ei jostain syystä mainita kuin sattumanvarainen otos mutaatioista.

Re: Uusia haploryhmiä ja alahaploryhmiä Y-kromosomiin

ViestiLähetetty: 28 Marras 2013 20:00
Kirjoittaja Kirmu
Puusta saattaa puuttua olelliset arvot. Hg-numeroiden tietoja tarjolla, mutta vaikea selkoista. Odotellaan tarkennuksia.

Re: Uusia haploryhmiä ja alahaploryhmiä Y-kromosomiin

ViestiLähetetty: 30 Marras 2013 19:52
Kirjoittaja Jola
Hei. Vaikutti siltä, että em. puussa oli paljon toistoa, esim. Z1925 ja Z1935 monessa haarassa? Toisaalta siitä puuttui Z1927.

Re: Uusia haploryhmiä ja alahaploryhmiä Y-kromosomiin

ViestiLähetetty: 30 Marras 2013 22:13
Kirjoittaja Jaska
Jola kirjoitti:Hei. Vaikutti siltä, että em. puussa oli paljon toistoa, esim. Z1925 ja Z1935 monessa haarassa? Toisaalta siitä puuttui Z1927.

Niinpä. Aivan omituinen luokittelu, jos noita mutaatioita katsoo. En ymmärrä, mikä logiikka on taustalla. Pessimistille tulisi heti mieleen, että ohjelmaan on ajettu haplotyypit ja katsottu miten ne ryhmittyvät, viis SNP-mutaatioista, jolloin samaakin mutaatiota tavataan eri haaroista muttei kaikilta. Mutta toivon ettei ole kyse kuitenkaan tästä...