Näytä vastaamattomat viestit | Näytä aktiiviset viestiketjut Tänään on 17 Loka 2018 00:38



Vastaa viestiin  [ 23 viestiä ]  Mene sivulle 1, 2  Seuraava
 R-ohjelma 
Kirjoittaja Viesti
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7583
Viesti R-ohjelma
Onkohan joku jo jossain täällä foorumilla laittanut ohjeita siihen, miten R-ohjelmalla ajetaan oma DNA-tiedosto eri DIY-laskureissa? (Kuten Sigfridin erinomaisessa Kalevassa.) "R" on liian lyhyt hakutoimintoon (minimi 3 kirjainta), ja "R-ohjelma" ei tuota tuloksia.

Jaksaisiko joku noita pyöritellyt laatia lyhyen ohjeistuksen tänne?

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


19 Tammi 2015 20:33
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18
Viestit: 5311
Viesti Re: R-ohjelma
Sipin paketin mukana tuleva README sisältää aika hyvät ohjeet, katsoitko jo sitä?


19 Tammi 2015 21:36
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen
Avatar

Liittynyt: 10 Touko 2013 04:50
Viestit: 279
Viesti Re: R-ohjelma
Imuroin R:än ja asensin
Imuroin DIYKALEVA.zip ja DIYDodecad2.1.rar ja purkasin ne tyhjään kansioon
Kopioin 23andme ja ftdna rawdatat tuonne samaan kansioon ja nimesin ne lyhyeksi
käynnistin R:än ja annoin nuo muutamat komennot:
setwd('c:\\users\\xxx\\Tyhjakansio')
source('standardize.r')

standardize('henkilo1.txt', company='23andMe')
system('DIYDodecadWin dv3.par')
ja copy-pastesin ikkunasta tulokset talteen

sitten seuraava henkilö
standardize('henkilo2.csv', company='ftdna')
system('DIYDodecadWin dv3.par')
jne

Onko tämä sellainen lopputulos kuin pitääkin? Eli tällaisia voisi postailla tuonne tuloksia eri projekteista -ketjuun?

----------------------------
FINAL ADMIXTURE PROPORTIONS:
----------------------------

30.15% East_European
48.07% West_European
13.09% Mediterranean
0.00% Neo_African
1.47% West_Asian
1.06% South_Asian
5.06% Northeast_Asian
1.09% Southeast_Asian
0.00% East_African
0.00% Southwest_Asian
0.00% Northwest_African
0.00% Palaeo_African


20 Tammi 2015 01:04
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7583
Viesti Re: R-ohjelma
Kinaporin kalifi kirjoitti:
Sipin paketin mukana tuleva README sisältää aika hyvät ohjeet, katsoitko jo sitä?

Ymmärsin, että nuo DIY-dodecad-ohjeet ovat niille, jotka tekevät niitä laskureita... Ilmeisesti Giösta löysi sieltä sopivat kohdat niille, jotka haluavat ajattaa tulostiedostonsa.

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


20 Tammi 2015 01:49
Profiili WWW
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7583
Viesti Re: R-ohjelma
Giösta kirjoitti:
Imuroin R:än ja asensin
Imuroin DIYKALEVA.zip ja DIYDodecad2.1.rar ja purkasin ne tyhjään kansioon
Kopioin 23andme ja ftdna rawdatat tuonne samaan kansioon ja nimesin ne lyhyeksi
käynnistin R:än ja annoin nuo muutamat komennot:
setwd('c:\\users\\xxx\\Tyhjakansio')
source('standardize.r')

standardize('henkilo1.txt', company='23andMe')
system('DIYDodecadWin dv3.par')
ja copy-pastesin ikkunasta tulokset talteen

sitten seuraava henkilö
standardize('henkilo2.csv', company='ftdna')
system('DIYDodecadWin dv3.par')
jne

Onko tämä sellainen lopputulos kuin pitääkin? Eli tällaisia voisi postailla tuonne tuloksia eri projekteista -ketjuun?

----------------------------
FINAL ADMIXTURE PROPORTIONS:
----------------------------

30.15% East_European
48.07% West_European
13.09% Mediterranean
0.00% Neo_African
1.47% West_Asian
1.06% South_Asian
5.06% Northeast_Asian
1.09% Southeast_Asian
0.00% East_African
0.00% Southwest_Asian
0.00% Northwest_African
0.00% Palaeo_African

Sinulla se toimi! Meni siis oikein. Minulla ei toimi. Kolme ensimmäistä käskyä toimi:

1: setwd('c:\\Jaska\\Geenilaskurit\\Kaleva\\Kaleva2')
(se hakemisto, mihin diykaleva2.zip on purettu)

2: source('standardize.r')

3: standardize('Jaska.csv', company='ftdna')
(oma Family Finder -datatiedosto lyhyeksi nimettynä)

4: system('DIYDodecadWin') -- EI TOIMI
system('DIYDodecadWin.par') -- EI TOIMI
system('DIYDodecadWin dv3.par') -- EI TOIMI
system('K7a.par') -- EI TOIMI

"Warning message:
running command 'K7a.par' [tai 'DIYDodecadWin.par'] had status 127"

Eli mikä tässä menee pieleen? Tiedoston nimi kansiossa on kuten ekalla ja neljännellä rivillä. README-tiedosto ei auta tässä, sen mukaan noiden käskyjen pitäisi toimia.

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


20 Tammi 2015 02:38
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18
Viestit: 5311
Viesti Re: R-ohjelma
Jaska kirjoitti:
system('DIYDodecadWin dv3.par') -- EI TOIMI

Eli mikä tässä menee pieleen? Tiedoston nimi kansiossa on kuten ekalla ja neljännellä rivillä. README-tiedosto ei auta tässä, sen mukaan noiden käskyjen pitäisi toimia.

system('DIYDodecadWin k5a.par') ainakin näyttää ihan oikealta käskyltä? .... ja sitten system('DIYDodecadWin k6a.par') jne. Par-tiedoston pitää siis olla se par-tiedosto, jota haluat tutkia.


20 Tammi 2015 10:06
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen
Avatar

Liittynyt: 10 Touko 2013 04:50
Viestit: 279
Viesti Re: R-ohjelma
Jaska kirjoitti:
Giösta kirjoitti:
Imuroin R:än ja asensin
Imuroin DIYKALEVA.zip ja DIYDodecad2.1.rar ja purkasin ne tyhjään kansioon


Sinulla se toimi! Meni siis oikein. Minulla ei toimi. Kolme ensimmäistä käskyä toimi:

1: setwd('c:\\Jaska\\Geenilaskurit\\Kaleva\\Kaleva2')
(se hakemisto, mihin diykaleva2.zip on purettu)

2: source('standardize.r')

3: standardize('Jaska.csv', company='ftdna')
(oma Family Finder -datatiedosto lyhyeksi nimettynä)

4: system('DIYDodecadWin') -- EI TOIMI
system('DIYDodecadWin.par') -- EI TOIMI
system('DIYDodecadWin dv3.par') -- EI TOIMI
system('K7a.par') -- EI TOIMI

"Warning message:
running command 'K7a.par' [tai 'DIYDodecadWin.par'] had status 127"

Eli mikä tässä menee pieleen? Tiedoston nimi kansiossa on kuten ekalla ja neljännellä rivillä. README-tiedosto ei auta tässä, sen mukaan noiden käskyjen pitäisi toimia.


Kai otit sen DIYDodecad2.1.rar fileen myös ja purit senkin sinne hakemistoon, koska tuon rarrin sisällä on se DIYDodecadWin sekä dv3.par ja muutakin sälää


20 Tammi 2015 12:47
Profiili
Sutki savolainen
Sutki savolainen

Liittynyt: 08 Tammi 2012 22:13
Viestit: 671
Viesti Re: R-ohjelma
Ei kai kyse ole taas comma tai dot ongelmasta.


20 Tammi 2015 15:54
Profiili
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen

Liittynyt: 31 Heinä 2012 00:05
Viestit: 418
Viesti Re: R-ohjelma
Eikö komennon pitänyt olla esim.
system('DIYDodecadWin k7a.par')
?

Minun läppärilläni varsinkin k7a -ajo kesti törkeän kauan. Olisin ollut varma että ohjelma jumiutui, ellei k5a olisi kestänyt vain jotain yhdeksisen minuuttia (mikä sekin tietysti herätti epäilyksiä).


20 Tammi 2015 16:28
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7583
Viesti Re: R-ohjelma
Giösta kirjoitti:
Kai otit sen DIYDodecad2.1.rar fileen myös ja purit senkin sinne hakemistoon, koska tuon rarrin sisällä on se DIYDodecadWin sekä dv3.par ja muutakin sälää

En ottanut, kun Sigun sivulla sanottiin, että hänen pakettinsa sisältää kaiken tarvittavan. Jos haluaisin ajaa jonkin Dodecad-laskurin, sitten pitäisi varmaan ladata niitä.

Eskous kirjoitti:
Eikö komennon pitänyt olla esim.
system('DIYDodecadWin k7a.par')

Tuonnimistä sovellusta ei Sigun paketissa ole, on vain joko DIYDodecadWin tai k7a.par jne.

Tuohikirje kirjoitti:
Ei kai kyse ole taas comma tai dot ongelmasta.

Ei luulisi, koska tiedostojen nimissä on aina piste. Ja genotype-tiedoston se luo niin kuin luo, se onnistui, eikä siinä itse säädetty mitään pisteitä tai pilkkuja.

Eskous kirjoitti:
Minun läppärilläni varsinkin k7a -ajo kesti törkeän kauan. Olisin ollut varma että ohjelma jumiutui, ellei k5a olisi kestänyt vain jotain yhdeksisen minuuttia (mikä sekin tietysti herätti epäilyksiä).

Tämä olisi muuten yksi vaihtoehto, mutta kun tuli heti se virheilmoitus.

Pitänee odottaa, onko itse pääpaholaisella asiaan ratkaisua. PDT_Armataz_01_01

Muokkelbergs: Google löysi tällaisen: "If the command could not be run for any reason, the value is 127."
http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/li ... ystem.html

Voisiko kyse olla siitä, ettei vanhassa varaläppärissä riitä puhti ajamaan tuota, ja se herjaa siksi?

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


20 Tammi 2015 17:49
Profiili WWW
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen

Liittynyt: 31 Heinä 2012 00:05
Viestit: 418
Viesti Re: R-ohjelma
Jaska kirjoitti:
Eskous kirjoitti:
Eikö komennon pitänyt olla esim.
system('DIYDodecadWin k7a.par')

Tuonnimistä sovellusta ei Sigun paketissa ole, on vain joko DIYDodecadWin tai k7a.par jne.

Kokeilitko edes? DIYDodecadWin(.exe) on se sovellus, joka saa syötteekseen parametritiedoston nimen.


20 Tammi 2015 18:30
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18
Viestit: 5311
Viesti Re: R-ohjelma
Jaska kirjoitti:
system('DIYDodecadWin k7a.par')...Tuonnimistä sovellusta ei Sigun paketissa ole, on vain joko DIYDodecadWin tai k7a.par jne.

Komennossa viitataan kahteen tiedostoon, jotka molemmat löytyvät Sipin paketista.


20 Tammi 2015 18:48
Profiili
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen
Avatar

Liittynyt: 10 Touko 2013 04:50
Viestit: 279
Viesti Re: R-ohjelma
Ok se paketti on näköjään diykaleva8.zip, mistä löytyy nuo k5a k6a k7a.par fileet

K7a kesti täällä ajaa 153-370 sekuntia. Alla hieman lyhennelty tuloste mitä tuli tehtyä:

Koodi:
Type 'q()' to quit R.

> setwd('c:\\users\\Giosta\\Desktop\\R-kamat')
> source('standardize.r')
> standardize('henkilo1.txt', company='23andMe')
> system('DIYDodecadWin k5a.par')

 24.72%  West-Europe
 27.81%  North-Baltic
  8.14%  South-Europe
  9.77%  East-Europe&Volgaic
 29.56%  E-Cntral-Euro&S-Balt

> system('DIYDodecadWin k6a.par')

 24.11%  West-Europe
 27.47%  North-Baltic
  4.45%  South-Europe
  9.68%  East-Europe&Volgaic
 26.48%  E-Cntral-Euro&S-Balt
  7.81%  Southeast-Europe

> system('DIYDodecadWin k7a.par')

 23.33%  West-Europe
 26.06%  North-Baltic
  4.39%  South-Europe
 13.42%  North-Russia
  7.18%  East-Europe&Volgaic
 18.65%  E-Cntral-Euro&S-Balt
  6.97%  Southeast-Europe

>


20 Tammi 2015 19:44
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 7583
Viesti Re: R-ohjelma
Kinaporin kalifi kirjoitti:
Jaska kirjoitti:
system('DIYDodecadWin k7a.par')...Tuonnimistä sovellusta ei Sigun paketissa ole, on vain joko DIYDodecadWin tai k7a.par jne.

Komennossa viitataan kahteen tiedostoon, jotka molemmat löytyvät Sipin paketista.

Eli pitääkö ne molemmat laittaa samaan käskyyn? Testataanpa...

Joo, toimii! Hidasta, ja kone puuskuttaa, mutta toimii... PDT_Armataz_01_01
Kiitos kaikille neuvojille.

_________________
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)


21 Tammi 2015 03:11
Profiili WWW
Turiseva turkulainen
Turiseva turkulainen
Avatar

Liittynyt: 10 Touko 2013 04:50
Viestit: 279
Viesti Re: R-ohjelma
Tämmöinen osui silmiin

https://mran.microsoft.com/documents/rro/multithread/

Microsoftin versio R:stä joka saattaisi toimia nopeammin joillakin kuormilla, kunhan enabloi multithread-jutut käyttöön Linux- ja Windows-versioissa. Mac-versiossa ne ovat valmiiksi enabloitu.

https://mran.microsoft.com/open/

_________________

y= N-BY22080/Y35885 mt= X2b4a1


16 Huhti 2016 03:22
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6453
Viesti Re: R-ohjelma
Kiitos Giöstä. Hyvä vinkki, jolle voi joskus tulla tarvetta. Toistaiseksi ei ole ollut raskaita R-ajoja. Lähes kaikki geenianalyysit on tehty joko C:llä tai Java-tulkille ja toimivat multithreadissa. Toi Globetrotter taitaa olla R:llä. Se on vielä työjonossa.

_________________
Der Teufel steckt im Details:

Väinämöinen - R1a
Lemminkäinen - I1
Joukahainen - N


16 Huhti 2016 22:32
Profiili WWW
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen

Liittynyt: 30 Elo 2015 17:37
Viestit: 311
Viesti Re: R-ohjelma
Uusi mielenkiintoinen laskuri R:lle pitäisi löytyä tästä tutkimuksesta.
Fine-scale Inference of Ancestry Segments without Prior Knowledge of Admixing Groups
http://www.biorxiv.org/content/early/2018/07/25/376137

_________________
Y: N-Z1941+/CTS9175+ -> N-Y21575+ -> N-Y52469+ (N-Z1940-, N-Y31893-)
Y: C-M8+, E-M75+, E-M78+, G-GG362+, G-M324+, I-BY3778+, I-Y11887+, J-Z1853+, J-M102+, K-M2335+, O-PK4+, R1b+, R-S47+, R2+, R-YP4141+
mt: H1 (H1a7)


04 Elo 2018 12:28
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6453
Viesti Re: R-ohjelma
Iiro R kirjoitti:
Uusi mielenkiintoinen laskuri R:lle pitäisi löytyä tästä tutkimuksesta.
Fine-scale Inference of Ancestry Segments without Prior Knowledge of Admixing Groups
http://www.biorxiv.org/content/early/2018/07/25/376137


Mielenkiintoista. Pitääpä seurata tilannetta.

_________________
Der Teufel steckt im Details:

Väinämöinen - R1a
Lemminkäinen - I1
Joukahainen - N


04 Elo 2018 14:49
Profiili WWW
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen

Liittynyt: 30 Elo 2015 17:37
Viestit: 311
Viesti Re: R-ohjelma
Siellä oli interaktiivinen kartta jossa pystyi katsomaan HGDP vertailutuloksia kyseisellä ohjelmalla, eli klikkaus väestöpisteeseen ja saa tuloksia (muista vierittää sivun loppuun asti, itse en heti tajunnut koko listaa).
Vaikutti mielestäni siltä, että vastuu vaikutussuunnasta jää taas tutkijalle, eli suomalainen kelpaa x-läisen esivanhemmaksi siinä kuin x-läinen suomalaisellekin jos koko referenssiryhmä on nykynäytteistä. Tapahtuuko sama jos osa on muinaisnäytteitä? Ohjelmaa pitäisi varmaan jonkun asiantuntevan testata tarkemmin. [edit] ymmärsin ehkä väärin ja ohjelma sittenkin huomioi vaikutussuunnat?

https://maths.ucd.ie/~mst/MOSAIC/HGDP_browser/

_________________
Y: N-Z1941+/CTS9175+ -> N-Y21575+ -> N-Y52469+ (N-Z1940-, N-Y31893-)
Y: C-M8+, E-M75+, E-M78+, G-GG362+, G-M324+, I-BY3778+, I-Y11887+, J-Z1853+, J-M102+, K-M2335+, O-PK4+, R1b+, R-S47+, R2+, R-YP4141+
mt: H1 (H1a7)


04 Elo 2018 19:45
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 6453
Viesti Re: R-ohjelma
Onhan se R-ohjelmakin siellä.

_________________
Der Teufel steckt im Details:

Väinämöinen - R1a
Lemminkäinen - I1
Joukahainen - N


04 Elo 2018 21:34
Profiili WWW
Näytä viestit ajalta:  Järjestä  
Vastaa viestiin   [ 23 viestiä ]  Mene sivulle 1, 2  Seuraava

Paikallaolijat

Käyttäjiä lukemassa tätä aluetta: Ei rekisteröityneitä käyttäjiä ja 1 vierailijaa


Et voi kirjoittaa uusia viestejä
Et voi vastata viestiketjuihin
Et voi muokata omia viestejäsi
Et voi poistaa omia viestejäsi

Etsi tätä:
Hyppää:  
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group.
Designed by STSoftware.
Käännös, Lurttinen, www.phpbbsuomi.com uncommitted-decoy

Muuta yksityisyysasetuksia