Apuohjelmia DNA-tiedostoille

Apuohjelmia eri tieteenaloille.

Apuohjelmia DNA-tiedostoille

ViestiKirjoittaja Iiro R » 19 Loka 2019 00:35

Etsin helpointa keinoa poimia Autosomaalitiedostosta homotsykoottiset snipit ja tallentaa vain ne uudeksi tiedostoksi. Menetelmän pitäisi myös kyetä vertailemaan kahdesta tai useammasta tiedostosta samoja pareja ja lopulta yhdistää vain yhteiset homotsykoottiset snipit uudeksi tiedostoksi.

Tätä voisi varmasti käyttää myös populaatiotasolla tunnusmarkkereiden etsimiseen mutta oma tarpeeni syntyi ajatuksesta, että vanhempien FTDNA autosomaaleissa on varmasti yhteisiä snippejä ja niiden joukossa sellaisia jotka yhä puuttuvat yhdistetystä LivingDNA+MyHeritage-tiedostostani. Homotsykoottien kohdallahan ei ole epäilystä mitä olen perinyt joten ne voisi turvallisesti yhdistää ja tulos olisi yhä aito. Manuaalinen toteuttaminen tuntuu työläältä ja tähän löytyy varmasti jokin Windowsissa pyörivä valmis ohjelma.

En ole vielä katsonut onnistuuko uusimmalla DNAkitStudiolla.
Y: N-Z1941+/CTS9175+ -> N-Y21575+ -> N-Y52469+ -> N-Y52617+ (LivingDNA: N-M46, N-Z1927)
Y: C-M8+, E-M75+, E-M78+, G-GG362+, G-M324+, I-BY3778+, I-Y11887+, J-Z1853+, J-M102+, K-M2335+, O-PK4+, R1b+, R-S47+, R2+, R-YP4141+
mt: H1a (H1a7)
Iiro R
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen
 
Viestit: 409
Liittynyt: 30 Elo 2015 17:37

Paluu Tietotekniikka

Paikallaolijat

Käyttäjiä lukemassa tätä aluetta: Ei rekisteröityneitä käyttäjiä ja 1 vierailijaa

cron