Näytä vastaamattomat viestit | Näytä aktiiviset viestiketjut Tänään on 19 Marras 2017 17:08



Vastaa viestiin  [ 2 viestiä ] 
 SplitsTree4 ja muita kuvaajia tuottavia ohjelmia 
Kirjoittaja Viesti
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 6577
Viesti SplitsTree4 ja muita kuvaajia tuottavia ohjelmia
Täältä saa ladata ohjelman SplitsTree4, jolla voi tuottaa erilaisia sukupuu- ja verkostokuvaajia:
http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/splitstree4/

Tällä sivulla on lopussa esimerkkinä tiedostopohja:
http://www.languagesandpeoples.com/Eng/ ... borNet.htm

Sen kopioin Notepadille ja sitten vain muutin numeroarvot (esim. lukumäärä 22:ksi). Korvasin matriisin arvot Dodecad-samankaltaisuusarvoilla mutta käänteisesti eli 1 [arvo] (koska 0 = samanlainen ja 1 = erilainen) ja desimaaleiksi, eli esim. 92,5 --> 0,75.

SplitsTree-ohjelmassa:
Networks > NeighborNet > Splits > Use weights (ota pois!)

Tuloksena on tällainen naapuruusverkosto:

Kuva

HUOM!
Keskustellaan tässä ketjussa vain ohjelmista ja niiden tuotosten luotettavuudesta. Dodecad-ketjussa voidaan keskustella tuloksista.

_________________
"Jokainen elämä on uusi laiffi." (Nykäsestä sovittanut Häkkinen)

Y-DNA: N1c1 (Mikael Häkkinen, s. 1728 Nurmes)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä, s. 1757 Kittilä)


23 Heinä 2012 01:59
Profiili WWW
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 6577
Viesti 
Tein Sigfridin innoittamana kokeilun lähisukulaisuuden vääristävästä vaikutuksesta SplitsTree-ohjelmassa, nyt kun IBS-projektissa on 34 jäsentä ja mukana on jo neljä lähisukulaisten ryhmää:

Kuva

Hehe, pikkukuva näyttää ihan ilotulitukselta...

Joka tapauksessa tein erillisen tiedoston, jonka IBS-taulukossa muutin kaikki lähisukulaisten väliset arvot keskimääräiseksi 0,7635:ksi. Näin saadaan nollattua vetävä vaikutus: autosomithan peritään molemmilta vanhemmilta, joten esim. lähisukulaisuus Riikkaan (ja siitä johtuvat huippukorkeat arvot) veti toisilleen sukua olemattomat Karoisän ja Marjan lähekkäin.

Sukulaisuus poistettuna Marja ja Karoisä asettuvatkin täysin eri puolille kuvaajaa. Yhtä radikaali on muutos Loimo-perheessä. Sen sijaan Steve on edelleen äitinsä lähellä, koska he ovat toistaiseksi ainoat länsieurooppalaisperäiset. Venäläiset Albina ja ElenaCh hajosivat myös, mikä on yllättävää, koska Elenan isäkin on venäläinen. Toisaalta kaikki itäeurooppalaiset ovat lähimpänä liettualaista Tomasta, joten ehkä tämä seikka selittää miksi he asettuvat hänen eri puolilleen.

Joitain muutoksia tapahtuu muissakin kuin lähisukulaisissa:
- PekkaA ja Levanki siirtyvät kauemmas ytimestä Esko-Jani-Karoisä.
- Senyho, Marko, JAX, Saikkala ja Pettersisko "vaihtavat puolta".

Toinen muutos jonka tein on erillisen "juuren" ottaminen mukaan. Cladogrammithan kusivat sen vuoksi, että ohjelma valitsi automaattisesti listan ensimmäisen henkilön juureksi. Juuri on kaukana kaikista, IBS-arvo jokaiseen on 0,7000. Cladogrammi on nyt mielekkäämpi, koska se korostaa olemassaolevia eroja oikeassa suhteessa: itä- ja länsieurooppalaiset eroavat nyt ensin kaikista muista.

Seuraavassa eroavassa ryhmässä ovat venäläiset ja PekkaP silloin kun sukulaisten arvot ovat ennallaan, mutta sukulaisuus neutraloituna vain PekkaP ja Albina, ElenaCh:n mennessä muiden eurooppalaisten ryhmään.

Sukulaisryhmät hajoavat oikeanpuoleisessa cladogrammissa, mutta muutakin tapahtuu. Suomalaiset näyttäisivät jakautuvan kahteen päähaaraan - yritetään löytää niille yhteiset nimittäjät.

1. ryhmä:
Kirmukarmu (Häme)
Marja (Keski-Suomi)
Jola (Kainuu / Pohjois-Savo)
Loimon äidinisä (Varsinais-Suomi)
PekkaA (Etelä-Pohjanmaa / Itä-Suomi) PekkaP (Pohjois-Pohjanmaa)
Levanki (Satakunta)
Loimoäiti (Varsinais-Suomi x3 / Satakunta)
Saikkala (Satakunta)
Pettersisko (V-Suomi / Häme / Uusimaa)

2. ryhmä:
Riikka (Keski-Suomi // Häme / Satak.)
Senyho (Helsinki)
Bertarido (Karjala // P-Savo / Lappi)
Esko (Etelä-Pohjanmaa / Pirkanmaa)
Jani (Häme / Kymenlaakso)
Jaska (Pohjois-Karjala / Keski-Lappi)
Karoisä (Häme // Satakunta / V-Suomi)
Knaapi (Lounais-Suomi)
Marjukka (Kanta-Häme // Uusimaa / E- Pohjanmaa)
Marko (Häme)
Pauli (Keski- ja Etelä-Pohjanmaa)
Äijälä (A-Tornio x2 / SWE / Satak. // E- Savo / Kainuu / Kemiö / Pohjanmaa)
Tapio (Pirkanmaa)
Marjukka (Kanta-Häme // Uusimaa / E- Pohjanmaa)
Kalifi (Pohjois-Savo)
Loimo (Varsinais-Suomi x3 / Satakunta // Pohjois-Karjala x3 / Etelä-Pohjanmaa)
Laurukainen (Itä-Lappi)

Kakkosryhmä kai painottuu idemmäs ja pohjoisemmas, mutta selvää eroa on vaikea hahmottaa.

_________________
"Jokainen elämä on uusi laiffi." (Nykäsestä sovittanut Häkkinen)

Y-DNA: N1c1 (Mikael Häkkinen, s. 1728 Nurmes)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä, s. 1757 Kittilä)


15 Elo 2012 02:40
Profiili WWW
Näytä viestit ajalta:  Järjestä  
Vastaa viestiin   [ 2 viestiä ] 

Paikallaolijat

Käyttäjiä lukemassa tätä aluetta: Ei rekisteröityneitä käyttäjiä ja 1 vierailijaa


Et voi kirjoittaa uusia viestejä
Et voi vastata viestiketjuihin
Et voi muokata omia viestejäsi
Et voi poistaa omia viestejäsi

Etsi tätä:
Hyppää:  
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group.
Designed by STSoftware.
Käännös, Lurttinen, www.phpbbsuomi.com uncommitted-decoy