Näytä vastaamattomat viestit | Näytä aktiiviset viestiketjut Tänään on 19 Marras 2017 17:09



Vastaa viestiin  [ 21 viestiä ]  Mene sivulle 1, 2  Seuraava
 IBS-excelöintiä 
Kirjoittaja Viesti
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen

Liittynyt: 31 Heinä 2012 00:05
Viestit: 408
Viesti 
Analysoituani taulukon dataa minusta näyttää siltä, että jonkinlainen sukulaisuussignaali alkaa erottua taustasta noin arvosta 0,765 ylöspäin. Vanhempi-lapsi IBS keskiarvo puolestaan on aineistossa noin 0,851.

Hahmottelin seuraavanlaisen empiirisen kaavan datalle, liekö miten pätevä? Ainakin siinä on ennakoitu eksponentiaalisuus mukana.
Lainaa:
IBS[sukulainen1, sukulainen2] ~= 0,765 + (0,851 - 0,765) / 2^(n-k+1)

Jossa n (>0) on sukulaisuussuhteeseen vaadittujen hedelmöitymisten määrä, ja k (1 tai 2) on yhteisten lähimpien esivanhempien määrä.

Eli IBS[vanhempi, lapsi] (n = 1, k = 2; vanhemman vanhemmat ovat yhteisiä) olisi keskimäärin noin 0,765 + (0,851 - 0,765) / 2^(1-2+1) = 0,765 + 0,086 = 0,851.

IBS[isovanhempi, lapsenlapsi] (n = 2, k = 2) olisi keskimäärin noin 0,765 + 0,086/2 = 0,808. Tulosten ka on 0,8049. - Aika hyvä?

Toisinpäin sovellettuna: IBS = 0,7774. Vähennetään 0,765, jää 0,0124, jaetaan 0,086:lla, saadaan ~ 0,1442, otetaan käänteisluku ja käänteisluvusta 2-kantainen logaritmi, saadaan ~ 2,8. Lähin kokonaislukuarvoinen n - k + 1 on siis 3, eli n - k = 2. Oletetaan että k = 2, saadaan n = 4. Johtopäätös olisi että IBS on suuruusluokaltaan serkusten tasoa.

IBS 0,7651 vastaisi puolestaan noin 5th cousin once removed (n=11) tasoa.


18 Elo 2012 01:51
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 6577
Viesti 
Hei tuohan vaikuttaa pätevältä, Eskous!
Tosin logaritmien kohdalla putosin kärryiltä... Olisiko mahdollista saada taulukkomuotoisena tai listauksena aukikirjoitettuja esimerkkejä kaikista eri n-arvoista?

_________________
"Jokainen elämä on uusi laiffi." (Nykäsestä sovittanut Häkkinen)

Y-DNA: N1c1 (Mikael Häkkinen, s. 1728 Nurmes)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä, s. 1757 Kittilä)


18 Elo 2012 08:36
Profiili WWW
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen

Liittynyt: 31 Heinä 2012 00:05
Viestit: 408
Viesti 
Ehkä on kätevämpää, jos saat kaavan suoraan omaan Excel-taulukkoosi. Tässä kaava lausekkeelle n - k + 1, jos sinulla on IBS arvo Excelin ruudussa A1:

=LN((0.851-0.765)/(A1-0.765))/LN(2)

eli jos k = 1 ("sukulaispuoli"), niin tuosta tulee suoraan n, ja jos k = 2, niin tuohon lisätään 1. Pyöristys k=2 lausekkeelle:

=ROUND(LN((0.851-0.765)/(A1-0.765))/LN(2); 0)+1

Kaavat eivät toimi IBS-arvoilla <= 0,765 (Excel antaa #DIV/0!). Suuremmat IBS:t kuin 0,851 ovat myös tavallaan määrittelyalueen ulkopuolella, mutta ei kaava heti 0,851:n yläpuolella hajoa.


18 Elo 2012 10:41
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 6577
Viesti 
Eskous kirjoitti:
Ehkä on kätevämpää, jos saat kaavan suoraan omaan Excel-taulukkoosi. Tässä kaava lausekkeelle n - k + 1, jos sinulla on IBS arvo Excelin ruudussa A1:

=LN((0.851-0.765)/(A1-0.765))/LN(2)

eli jos k = 1 ("sukulaispuoli"), niin tuosta tulee suoraan n, ja jos k = 2, niin tuohon lisätään 1. Pyöristys k=2 lausekkeelle:

=ROUND(LN((0.851-0.765)/(A1-0.765))/LN(2); 0)+1

Kaavat eivät toimi IBS-arvoilla <= 0,765 (Excel antaa #DIV/0!). Suuremmat IBS:t kuin 0,851 ovat myös tavallaan määrittelyalueen ulkopuolella, mutta ei kaava heti 0,851:n yläpuolella hajoa.

Kuulostaa kätevältä, mutta minun Excelilläni tuo ensimmäinen kaava ei toimi: se herjaa että kaavassa on virhe, ja kun muutin pisteet pilkuiksi, ruutuun ilmestyi vain #NIMI?

_________________
"Jokainen elämä on uusi laiffi." (Nykäsestä sovittanut Häkkinen)

Y-DNA: N1c1 (Mikael Häkkinen, s. 1728 Nurmes)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä, s. 1757 Kittilä)


18 Elo 2012 12:45
Profiili WWW
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen

Liittynyt: 31 Heinä 2012 00:05
Viestit: 408
Viesti 
Excelisi on sitten kaiketi suomenkielinen? LN on vissiin suomenkielisessä versiossa LUONNLOG, eli

=LUONNLOG((0.851-0.765)/(A1-0.765))/LUONNLOG(2)

Kaksikantaista logaritmia käyttäen, myös suomiversiossa:

=LOG((0.851-0.765)/(A1-0.765);2)

mutta arvo on sama, matemaattisestikin.


18 Elo 2012 13:49
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 6577
Viesti 
Eskous kirjoitti:
Excelisi on sitten kaiketi suomenkielinen? LN on vissiin suomenkielisessä versiossa LUONNLOG, eli

=LUONNLOG((0.851-0.765)/(A1-0.765))/LUONNLOG(2)

Kaksikantaista logaritmia käyttäen, myös suomiversiossa:

=LOG((0.851-0.765)/(A1-0.765);2)

mutta arvo on sama, matemaattisestikin.

Suomenkielinen on, joo. Taas se herjaa virheeksi, mutta kun taas koitan muuttaa pisteet pilkuiksi, ruutuun ilmestyy #ARVO!

_________________
"Jokainen elämä on uusi laiffi." (Nykäsestä sovittanut Häkkinen)

Y-DNA: N1c1 (Mikael Häkkinen, s. 1728 Nurmes)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä, s. 1757 Kittilä)


18 Elo 2012 17:28
Profiili WWW
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen

Liittynyt: 31 Heinä 2012 00:05
Viestit: 408
Viesti 
No sinulla ei sitten ole numeerista IBS arvoa solussa A1?


18 Elo 2012 21:44
Profiili
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 5966
Viesti 
Solu A1 arvo suattaapi olla viärä.

_________________
Täällä saamani palautteen mukaan persoonassani yhdistyy nihilismi, autismi ja suuruudenhulluus. Tunnen onnistuneeni kohtalaisesti.


18 Elo 2012 21:46
Profiili WWW
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 6577
Viesti 
Kokeilin tietysti monella solulla joissa on numero. Kaava on vain väärä. Onkohan Excelistä eri versioita, joissa olisi eri koodilyhenteet tietyille funktioille?

_________________
"Jokainen elämä on uusi laiffi." (Nykäsestä sovittanut Häkkinen)

Y-DNA: N1c1 (Mikael Häkkinen, s. 1728 Nurmes)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä, s. 1757 Kittilä)


19 Elo 2012 00:44
Profiili WWW
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen

Liittynyt: 31 Heinä 2012 00:05
Viestit: 408
Viesti 
=LOG10((0,851-0,765)/(A1-0,765))/LOG10(2)

Jos tuokaan ei pelitä, niin sinulla on joku ihme funktioista riisuttu Excel.


19 Elo 2012 01:09
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 6577
Viesti 
Eskous kirjoitti:
=LOG10((0,851-0,765)/(A1-0,765))/LOG10(2)

Jos tuokaan ei pelitä, niin sinulla on joku ihme funktioista riisuttu Excel.

Ei anna enää virheilmoitusta, mutta ruutuun ilmestyy #LUKU! eikä lukua.

Kokeilin poistaa kamaa loppupäästä, ja tämä alkupätkä kyllä toimii:
=LOG10(0,851-0,765)
Se antaa tulokseksi -1,0655.

Eiköhän ohjelmani tunnista useampia sulkeita, vai mikä voi kusta noin pahasti?

_________________
"Jokainen elämä on uusi laiffi." (Nykäsestä sovittanut Häkkinen)

Y-DNA: N1c1 (Mikael Häkkinen, s. 1728 Nurmes)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä, s. 1757 Kittilä)


19 Elo 2012 14:38
Profiili WWW
SuuBaltti
SuuBaltti
Avatar

Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09
Viestit: 5966
Viesti 
Jaska kirjoitti:
Eskous kirjoitti:
=LOG10((0,851-0,765)/(A1-0,765))/LOG10(2)

Jos tuokaan ei pelitä, niin sinulla on joku ihme funktioista riisuttu Excel.

Ei anna enää virheilmoitusta, mutta ruutuun ilmestyy #LUKU! eikä lukua.

Kokeilin poistaa kamaa loppupäästä, ja tämä alkupätkä kyllä toimii:
=LOG10(0,851-0,765)
Se antaa tulokseksi -1,0655.

Eiköhän ohjelmani tunnista useampia sulkeita, vai mikä voi kusta noin pahasti?


Olisiko A1 kentän formaatti viärä?

_________________
Täällä saamani palautteen mukaan persoonassani yhdistyy nihilismi, autismi ja suuruudenhulluus. Tunnen onnistuneeni kohtalaisesti.


19 Elo 2012 15:44
Profiili WWW
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen

Liittynyt: 31 Heinä 2012 00:05
Viestit: 408
Viesti 
Sigfrid lienee oikeilla jäljillä. Sulkuja samassa lausekkeessa Excel kyllä handlaa vaikka kuinka paljon.

Kokeilun vuoksi kaavaan voi tietty kirjoittaa A1-soluviitteen sijaan suoraan vaikka arvon 0,8. Mutta pakkohan sen on toimia.


19 Elo 2012 19:17
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 6577
Viesti 
Eskous kirjoitti:
Sigfrid lienee oikeilla jäljillä. Sulkuja samassa lausekkeessa Excel kyllä handlaa vaikka kuinka paljon.

Kokeilun vuoksi kaavaan voi tietty kirjoittaa A1-soluviitteen sijaan suoraan vaikka arvon 0,8. Mutta pakkohan sen on toimia.

Kokeilin muuttaa numerosolun luvuksi ja laskennaksi, ei muutosta: virheilmoitus edelleen.

Myöskään soluviitteen korvaaminen 0,8:lla ei auta: virheilmoitus. Eli jostain syystä Excelini ei vain hyväksy tuollaista kaavaa. Kun poistan lopun, se toimii korvattuna:

=LOG10((0,851-0,765)/(0,8-0,765)) = 0,39043

Mutta typistettynäkään se ei hyväksy numerosoluviitteitä.

_________________
"Jokainen elämä on uusi laiffi." (Nykäsestä sovittanut Häkkinen)

Y-DNA: N1c1 (Mikael Häkkinen, s. 1728 Nurmes)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä, s. 1757 Kittilä)


19 Elo 2012 19:27
Profiili WWW
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen

Liittynyt: 31 Heinä 2012 00:05
Viestit: 408
Viesti 
Minä luovutan. Tämä on ihan ufoa. "There is a great disturbance in the Force", tai jotain.

Chuck Norris pitäisi nyt saada apuun. Sehän pystyy jakamaan jopa nollalla, niin että kaihan se nyt saisi vaikka kierrepotkulla sun Excelin jakamaan LOG10(2):llä!


19 Elo 2012 22:42
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 6577
Viesti 
Eskous kirjoitti:
Minä luovutan. Tämä on ihan ufoa. "There is a great disturbance in the Force", tai jotain.

Chuck Norris pitäisi nyt saada apuun. Sehän pystyy jakamaan jopa nollalla, niin että kaihan se nyt saisi vaikka kierrepotkulla sun Excelin jakamaan LOG10(2):llä!

Chuck auttoi, sain suomenkieliseen Exceliin valmiiksi kaavoitetun taulukon. Tuo on kyllä erittäin lupaava kaava joka selittää sukulaisten arvojen sitä suuremman nousun mitä läheisempi sukulaisuus, ja näyttää siltä, että kynnys 0,7650 on juuri se, jonka yläpuolella todellista sukulaisuutta alkaa ilmetä. Tosin jotkut yksilöt ovat lähellä lähes kaikkia ja toiset kaukana kaikista; epäilen tämän liittyvän homotsygoottisuuteen.

Eskous, minulla olisi lisätoive.

X-kromosomissa on sellainen mielenkiintoinen ilmiö, että kaikilla naisilla keskenään sen IBS on suurempi kuin miehillä keskenään, ihan kansallisuuteen katsomatta. Tämä johtunee jotenkin siitä, että miehillä genotyyppi on kahdennettu, koska heillä on vain yksi X-kromosomi, eli miehet ovat 100 % homotsygoottisia (molemmat alleelit aina samat). Kuitenkaan miesten ja naisten välisissä arvoissa ei ole havaittavissa mitään vääristymää, vaan arvot ovat samalla tasolla kuin miehillä keskenään.

Saisitko jotain tolkkua/kaavaa näiden pohjalta, kun X-kromosomi periytyy eri lailla miehillä ja naisilla:
http://freepages.genealogy.rootsweb.anc ... ration.pdf

Ongelmaksi voi tosin muodostua se, että naisilla X-kromosomi joko rekombinoituu tai sitten ei...
http://dnamatches.blogspot.fi/2012/07/u ... tance.html

Esimerkkidatasta olennaisia arvoja:

0,8694 äiti-tytär
0,8681 isän äiti-pojantytär
0,7844 suurin ei-sukulaisten naisten välinen arvo
0,7723 pienin naisten välinen arvo
(hajonta 0,0121)

0,7456 suurin miesten välinen arvo
0,7193 pienin miesten välinen arvo
(hajonta 0,0265)

Miesten hajonta on siis kaksinkertainen naisten hajontaan verrattuna, vaikka molemmissa ryhmissä on suomalaisia eri puolilta sekä muita eurooppalaisia.

_________________
"Jokainen elämä on uusi laiffi." (Nykäsestä sovittanut Häkkinen)

Y-DNA: N1c1 (Mikael Häkkinen, s. 1728 Nurmes)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä, s. 1757 Kittilä)


23 Elo 2012 19:36
Profiili WWW
Lipevä lappilainen
Lipevä lappilainen

Liittynyt: 31 Heinä 2012 00:05
Viestit: 408
Viesti 
Mainiota että Chuck Norriskin tiedostaa miten tärkeää näitä juttuja on tutkia. ;)

Jep, olen jo vähän pohdiskellut noita X-kromosomituloksia ja niihin liittyviä laskuja. Ensimmäiset laskelmani näyttivät tuottavan ihan järjellisen oloisia tuloksia, mutta niistä on vielä matkaa johonkin yleisluontoisempaan kaavaan.

Muuten, hoksasin että autosomaaleissa minulle tuli sormillalaskufiba, kun väitin: "IBS 0,7651 vastaisi puolestaan noin 5th cousin once removed (n=11) tasoa". Eihän se oikeasti vastaa kuin 4th cousin once removed -tasoa.


25 Elo 2012 01:42
Profiili
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 6577
Viesti 
Millaisia tuloksia saisi jos lähtisi kaivelemaan alle 0,7650:n olevia arvoja; uusi kaava kaiketi pitäisi vääntää, mutta jos säilyisi sama suhde, niin voisi lähteä arvailemaan väestöjen erkaantumisaikoja. Tosin keksin heti pari ongelmakohtaa:

1. Myöhemmät geenivirrat sotkevat kuvaa;
2. Geneettinen ajautuminen saattaa nopeuttaa eriytymistä myös IBS-tasolla.

_________________
"Jokainen elämä on uusi laiffi." (Nykäsestä sovittanut Häkkinen)

Y-DNA: N1c1 (Mikael Häkkinen, s. 1728 Nurmes)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä, s. 1757 Kittilä)


28 Elo 2012 02:37
Profiili WWW
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 6577
Viesti 
Saatiin ensimmäinen serkusten välinen IBS-arvo: 0,7826.
Eskouksen laskuri antaa N=3 kun K=2, eli se olettaa näin korkeaa arvoa esim. sedän ja veljenpojan välille; serkusten eli N=4 arvo olisi sen mukaan 0,7802 ja sen alle.

Pienen hienosäädön voisi ehkä kaavaan tehdä tällä perusteella? Lupaavaa kyllä muuten, että oletettu serkkuraja oli kuitenkin noin lähellä. :)

Sisaruspareja on kaksi, ja hyvin tasaista on: yhden parin välinen arvo on 0,8511, toisen 0,8512. Mutta tätä lienee hankala ympätä kaavaan?

_________________
"Jokainen elämä on uusi laiffi." (Nykäsestä sovittanut Häkkinen)

Y-DNA: N1c1 (Mikael Häkkinen, s. 1728 Nurmes)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä, s. 1757 Kittilä)


09 Syys 2012 01:25
Profiili WWW
Ylihärmiö
Ylihärmiö
Avatar

Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02
Viestit: 6577
Viesti 
Sattuisiko kellään olemaan hajua, voiko sellaisen kuin "Wards minimum variance" laskea Excelin avulla?

_________________
"Jokainen elämä on uusi laiffi." (Nykäsestä sovittanut Häkkinen)

Y-DNA: N1c1 (Mikael Häkkinen, s. 1728 Nurmes)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä, s. 1757 Kittilä)


25 Syys 2012 19:12
Profiili WWW
Näytä viestit ajalta:  Järjestä  
Vastaa viestiin   [ 21 viestiä ]  Mene sivulle 1, 2  Seuraava

Paikallaolijat

Käyttäjiä lukemassa tätä aluetta: Ei rekisteröityneitä käyttäjiä ja 1 vierailijaa


Et voi kirjoittaa uusia viestejä
Et voi vastata viestiketjuihin
Et voi muokata omia viestejäsi
Et voi poistaa omia viestejäsi

Etsi tätä:
Hyppää:  
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group.
Designed by STSoftware.
Käännös, Lurttinen, www.phpbbsuomi.com uncommitted-decoy