PAST

Apuohjelmia eri tieteenaloille.

PAST

ViestiKirjoittaja Jaska » 16 Loka 2012 17:50

PAST on helppokäyttöinen, koodaustaitoa vaatimaton ohjelma, jolla saa tuotettua esimerkiksi sukupuita (Multivar > Cluster), MDS-kuvia (Multivar > non-metric MDS) ja prinsipaalikomponenttianalyyseja (Multivar > PCA).

Excel-taulukosta voi liittää taulukon suoraan PASTiin kopioi & liitä -toiminnoilla. Lisäksi tajusin juuri, että ohjelmaan voi kopioida rivi kerrallaan esim. Y-haplotyyppejä samoin Excel-taulukosta, ja niistä saa sitten puita ja kuvaajia. Testin perusteella tulokset ovat oikeita. HUOM! Oletuksena on vain 26 saraketta, mutta se kasvaa automaattisesti jos kopioi pitkän haplotyypin; myös Edit-valikosta saa lisää sarakkeita.

Jos kyseessä on matriisitaulukko, jossa riveillä ja sarakkeilla ovat samat henkilöt, valitaan parametriksi "User similarity"; jos sarakkeilla on eri muuttujia (esim. DYS-arvoja) kuin riveillä (henkilöt), valitaan yleensä "Gower".

Ohjelma:
http://folk.uio.no/ohammer/past/

Käyttöopas:
http://folk.uio.no/ohammer/past/past.pdf

Täällä ovat nämä Esan ryhmittelemät haplotyyppitaulukot muutamille Y-haploryhmille: jokainen löytyy lähiosumiensa kanssa samasta ryhmästä, joten siitä vain penkomaan omaa polveutumista:
http://www.sukujutut.fi/dna/index.htm
~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~

Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno)
mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)
Avatar
Jaska
Ylihärmiö
Ylihärmiö
 
Viestit: 10062
Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02

Paluu Tietotekniikka

Paikallaolijat

Käyttäjiä lukemassa tätä aluetta: Ei rekisteröityneitä käyttäjiä ja 1 vierailijaa

cron