PAST
Lähetetty: 16 Loka 2012 17:50PAST on helppokäyttöinen, koodaustaitoa vaatimaton ohjelma, jolla saa tuotettua esimerkiksi sukupuita (Multivar > Cluster), MDS-kuvia (Multivar > non-metric MDS) ja prinsipaalikomponenttianalyyseja (Multivar > PCA).
Excel-taulukosta voi liittää taulukon suoraan PASTiin kopioi & liitä -toiminnoilla. Lisäksi tajusin juuri, että ohjelmaan voi kopioida rivi kerrallaan esim. Y-haplotyyppejä samoin Excel-taulukosta, ja niistä saa sitten puita ja kuvaajia. Testin perusteella tulokset ovat oikeita. HUOM! Oletuksena on vain 26 saraketta, mutta se kasvaa automaattisesti jos kopioi pitkän haplotyypin; myös Edit-valikosta saa lisää sarakkeita.
Jos kyseessä on matriisitaulukko, jossa riveillä ja sarakkeilla ovat samat henkilöt, valitaan parametriksi "User similarity"; jos sarakkeilla on eri muuttujia (esim. DYS-arvoja) kuin riveillä (henkilöt), valitaan yleensä "Gower".
Ohjelma:
http://folk.uio.no/ohammer/past/
Käyttöopas:
http://folk.uio.no/ohammer/past/past.pdf
Täällä ovat nämä Esan ryhmittelemät haplotyyppitaulukot muutamille Y-haploryhmille: jokainen löytyy lähiosumiensa kanssa samasta ryhmästä, joten siitä vain penkomaan omaa polveutumista:
http://www.sukujutut.fi/dna/index.htm
Excel-taulukosta voi liittää taulukon suoraan PASTiin kopioi & liitä -toiminnoilla. Lisäksi tajusin juuri, että ohjelmaan voi kopioida rivi kerrallaan esim. Y-haplotyyppejä samoin Excel-taulukosta, ja niistä saa sitten puita ja kuvaajia. Testin perusteella tulokset ovat oikeita. HUOM! Oletuksena on vain 26 saraketta, mutta se kasvaa automaattisesti jos kopioi pitkän haplotyypin; myös Edit-valikosta saa lisää sarakkeita.
Jos kyseessä on matriisitaulukko, jossa riveillä ja sarakkeilla ovat samat henkilöt, valitaan parametriksi "User similarity"; jos sarakkeilla on eri muuttujia (esim. DYS-arvoja) kuin riveillä (henkilöt), valitaan yleensä "Gower".
Ohjelma:
http://folk.uio.no/ohammer/past/
Käyttöopas:
http://folk.uio.no/ohammer/past/past.pdf
Täällä ovat nämä Esan ryhmittelemät haplotyyppitaulukot muutamille Y-haploryhmille: jokainen löytyy lähiosumiensa kanssa samasta ryhmästä, joten siitä vain penkomaan omaa polveutumista:
http://www.sukujutut.fi/dna/index.htm