Muinainen Suomi

Veriryhmään vaikuttava ABO-geeni vaikuttaa myös muihin terveysjuttuihin. Näyttäisi siltä, että me muinaisten metsästäjä-keräilijöiden O-veriryhmää kantavat, joilla ei tuossa kohdassa ole mutaatiota tapahtunut, olemme joiltain osin edullisemmassa asemassa.
https://www.pennmedicine.org/updates/bl ... lood-types

Veriryhmien periytyminen:
"ABO-veriryhmä riippuu yhdestä geenistä, joka sijaitsee yhdeksännessä kromosomissa. Tästä geenistä esiintyy kolme alleelia, joista käytetään myös merkintöjä O, A ja B. Näistä O on väistyvä, molemmat muut dominoivia. Jokainen lapsi perii tästä geenistä molemmilta vanhemmiltaan jonkin alleelin. Jos hän perii molemmilta vanhemmiltaan alleelin O, veriryhmäksi tulee O. Jos hän perii toiselta vanhemmaltaan alleelin A, toiselta alleelin B, veriryhmäksi tulee AB. Muussa tapauksessa jos hän perii ainakin jommaltakummalta vanhemmaltaan alleelin A, veriryhmäksi tulee A, ja vastaavasti jos hän perii ainakin jommaltakummalta vanhemmaltaan alleelin B, veriryhmäksi tulee B."
https://fi.wikipedia.org/wiki/AB0-verir ... riytyminen

Jaska kirjoitti:Veriryhmään vaikuttava ABO-geeni vaikuttaa myös muihin terveysjuttuihin. Näyttäisi siltä, että me muinaisten metsästäjä-keräilijöiden O-veriryhmää kantavat, joilla ei tuossa kohdassa ole mutaatiota tapahtunut, olemme joiltain osin edullisemmassa asemassa.
https://www.pennmedicine.org/updates/bl ... lood-types

Veriryhmien periytyminen:
"ABO-veriryhmä riippuu yhdestä geenistä, joka sijaitsee yhdeksännessä kromosomissa. Tästä geenistä esiintyy kolme alleelia, joista käytetään myös merkintöjä O, A ja B. Näistä O on väistyvä, molemmat muut dominoivia. Jokainen lapsi perii tästä geenistä molemmilta vanhemmiltaan jonkin alleelin. Jos hän perii molemmilta vanhemmiltaan alleelin O, veriryhmäksi tulee O. Jos hän perii toiselta vanhemmaltaan alleelin A, toiselta alleelin B, veriryhmäksi tulee AB. Muussa tapauksessa jos hän perii ainakin jommaltakummalta vanhemmaltaan alleelin A, veriryhmäksi tulee A, ja vastaavasti jos hän perii ainakin jommaltakummalta vanhemmaltaan alleelin B, veriryhmäksi tulee B."
https://fi.wikipedia.org/wiki/AB0-verir ... riytyminen

O:ta täälläkin koko suvun voimin.

Toisella vanhemmalla O. Mistähän muualta kuin verenluovutuksessa veriryhmänsä saa. Oliko 23andme:lla Health-osiossa jotain, muistaako joku.

Tuohikirje kirjoitti:Toisella vanhemmalla O. Mistähän muualta kuin verenluovutuksessa veriryhmänsä saa. Oliko 23andme:lla Health-osiossa jotain, muistaako joku.

Ainakin raskaus ja neuvola selvittää veriryhmän. Minulla ja kaikilla sukulaisilla 0-veri.

Tuohikirje kirjoitti:Toisella vanhemmalla O. Mistähän muualta kuin verenluovutuksessa veriryhmänsä saa. Oliko 23andme:lla Health-osiossa jotain, muistaako joku.

SNPedia kertoo:
"SNPs in the ABO gene determine the alleles present and thereby predict ABO blood group type.
23andMe checks these 11 snps
rs8176719
rs1053878
rs7853989
rs8176740
rs8176743
rs8176746
rs41302905
rs8176747
i4000504
rs8176749
i4000505"

Ekaa snippiä klikkaamalla:

"rs8176719 represents a site in the ABO gene, often referred to as either c.261delG or, less commonly, c.260_262insG, and it is a key SNP in determining blood group type O status. [PMID 2333095]

An allele that encodes either a blood group type A or type B will have a (G) at this SNP site, i.e. such an allele will be rs8176719(G). If a one-base deletion has occured at this site, removing this nucleotide all together, the corresponding allele is considered to be rs8176719(-) and encodes the most common blood group type O allele. However, an individual will typically only be blood group type O if they are carry two copies of (are homozygous) for this deletion, in other words, if their genotype is rs8176719(-;-). If they carry one copy, they could be blood type A, or blood type B (but are unlikely to be type O). A person who is rs8176719(G;G) is likely to be of blood type A, B, or AB, but due to the existence of (rare) nonfunctional O alleles brought about by (nondeletional) mutations at other positions than rs8176719, they could at least theoretically still be phenotyped as type O."

Family Finderissa ei tuota kohtaa ole, mutta siis 23andMe:ssä on. Notepad++ avaa niin isot tiedostot, Excel tökkii.

O+ olen muistaakseni. Ainakin O. Vanhempani ovat siis olleet molemmat O:ta.

samtools mpileup my.bam -r 9:133257521-133257521
9 133257521 N 28 g$GGGGGGGGgGGggGGgggGGGgGgGgg AF<7FAKKKFKK/KKK<FKK<KFK/K/F

Onko tuossa nyt jotain ristiriitaa SNPedian rs8176719:n kanssa?

Ilpo kirjoitti:O+ olen muistaakseni. Ainakin O. Vanhempani ovat siis olleet molemmat O:ta.

Ei aivan, vaan he voivat olla genotyypiltään esim. AO ja BO; sinä olet O, koska olet saanut kummaltakin O-alleelin.

Ilpo kirjoitti:samtools mpileup my.bam -r 9:133257521-133257521
9 133257521 N 28 g$GGGGGGGGgGGggGGgggGGGgGgGgg AF<7FAKKKFKK/KKK<FKK<KFK/K/F

Onko tuossa nyt jotain ristiriitaa SNPedian rs8176719:n kanssa?

Tarkoittaako tuo pitkä G-rimpsu G-alleelia? G tosiaan on ei-O:n alleeli SNPedian mukaan.

Jaska kirjoitti:

Ilpo kirjoitti:Onko tuossa nyt jotain ristiriitaa SNPedian rs8176719:n kanssa?

Tarkoittaako tuo pitkä G-rimpsu G-alleelia? G tosiaan on ei-O:n alleeli SNPedian mukaan.

Näytteeni on hs37d5, joka on hg19 enemmän kuin hg38. Jos tuo SNPedian osoite on hg38, niin siinä on se ristiriita. Ja onhan se näköjään 38.1. Viime yönä mietinkin tuota asiaa, mutta en tarkistanut sitä silloin.

Jaska kirjoitti:

Tuohikirje kirjoitti:Toisella vanhemmalla O. Mistähän muualta kuin verenluovutuksessa veriryhmänsä saa. Oliko 23andme:lla Health-osiossa jotain, muistaako joku.

SNPedia kertoo:
"SNPs in the ABO gene determine the alleles present and thereby predict ABO blood group type.
23andMe checks these 11 snps
rs8176719
rs1053878
rs7853989
rs8176740
rs8176743
rs8176746
rs41302905
rs8176747
i4000504
rs8176749
i4000505"

Ekaa snippiä klikkaamalla:

"rs8176719 represents a site in the ABO gene, often referred to as either c.261delG or, less commonly, c.260_262insG, and it is a key SNP in determining blood group type O status. [PMID 2333095]

An allele that encodes either a blood group type A or type B will have a (G) at this SNP site, i.e. such an allele will be rs8176719(G). If a one-base deletion has occured at this site, removing this nucleotide all together, the corresponding allele is considered to be rs8176719(-) and encodes the most common blood group type O allele. However, an individual will typically only be blood group type O if they are carry two copies of (are homozygous) for this deletion, in other words, if their genotype is rs8176719(-;-). If they carry one copy, they could be blood type A, or blood type B (but are unlikely to be type O). A person who is rs8176719(G;G) is likely to be of blood type A, B, or AB, but due to the existence of (rare) nonfunctional O alleles brought about by (nondeletional) mutations at other positions than rs8176719, they could at least theoretically still be phenotyped as type O."

Family Finderissa ei tuota kohtaa ole, mutta siis 23andMe:ssä on. Notepad++ avaa niin isot tiedostot, Excel tökkii.

rs8176719 kohdassa olisi merkintä DI (tarkoittaen ilmeisesti deletion/insertions).

23andme sivulta

"Occasionally, for some SNPs on the 23andMe platform, your genotype may be reported as an insertion or deletion (--) of DNA bases instead of just a simple variant pair. Depending on the genomic location, either an insertion or deletion could represent the typical version of the SNP. In other words, there are some markers in which having an extra base (insertion) is the typical variant and having a deletion is the less common variant. Conversely, there are some places in the genome where an insertion is rare, making a deletion the typical variant at that location.

23andMe does not report on all possible insertions or deletions. In general, the ones reported on are small, spanning only one or a few bases."

Tulin lopputulokseen AO seuraavin ohjein. Olisiko näin yksinkertaista?
Mitä teillä on 23andme esim., jotka olette muualta vahvistaneet AA, AO tai OO.

Eli minun kitilläni
rs7853989 GG
rs8176746 GG
rs8176719 ID

rs7853989:
1. If you have CC here, you are probably type BB. Goto 4.
2. If you have CG here, you are probably type AB or BO. Goto 5.
3. If you have GG, here, you are probably type AA or AO or OO. Goto 6.

rs8176746:
4. If you have CC at rs7853989, you should have TT here confirming type BB. If so goto 8
5. If you have CG at rs7853989, you should have TG here. If so goto 9
6. If you had GG at rs7853989, you should have GG here . If so goto 10
7. If none of those, you have a very unusual case and can't use this guide

rs8176719: (I=insertion, D=deletion)
8. If you have CC at rs7853989, you should have II here confirming type BB. Done!
9. If you had CG at rs7853989, then you should have II or ID here:
—-If you have II here, you are type AB. Done!
—- If you have ID here, you are type BO. Done!
10. If you had GG at rs7853989, then you should have II or ID or DD here:
—-If you have II here, you are type AA. Done!
—-If you have ID you are type AO. Done!
—-If you have DD you are type OO. Done!
======================================

https://www.quora.com/What-are-the-RSID-numbers-of-the-human-genome-variants-that-give-rise-to-different-blood-types-A-B-and-Rh-I-want-to-try-predicting-my-blood-type-from-my-ancestry-com-DNA-results

23andme:n mukaan ei ole ihan noin yksinkertainen tuo veriryhmä kuin mikä Tuohikirjeen viestissä

We use a set of 11 SNPs in the ABO gene to determine your ABO blood type: rs8176719, rs1053878, rs7853989, rs8176740, rs8176743, rs8176746, rs41302905, rs8176747, i4000504, rs8176749, i4000505. However, there are many other mutations and deletions in the ABO gene that can affect blood type. If you have one of these more rare mutations, your actual blood type could be different than that predicted by these SNPs.

Giösta kirjoitti:23andme:n mukaan ei ole ihan noin yksinkertainen tuo veriryhmä kuin mikä Tuohikirjeen viestissä

We use a set of 11 SNPs in the ABO gene to determine your ABO blood type: rs8176719, rs1053878, rs7853989, rs8176740, rs8176743, rs8176746, rs41302905, rs8176747, i4000504, rs8176749, i4000505. However, there are many other mutations and deletions in the ABO gene that can affect blood type. If you have one of these more rare mutations, your actual blood type could be different than that predicted by these SNPs.

Näin epäilin myös koska sama on Jaskan viestissä, ei ole luotettava tulos tosiaan.

Tuohikirje kirjoitti:Mistähän muualta kuin verenluovutuksessa veriryhmänsä saa.

Meillä tehtiin lukion biologiassa aikanaan ABO-veriryhmätesti koko luokan voimin. Tulosta en tosin enää varmuudella muista… olisikohan vanha kurssivihko jossain tallella?

Pystynen kirjoitti:

Tuohikirje kirjoitti:Mistähän muualta kuin verenluovutuksessa veriryhmänsä saa.

Meillä tehtiin lukion biologiassa aikanaan ABO-veriryhmätesti koko luokan voimin. Tulosta en tosin enää varmuudella muista… olisikohan vanha kurssivihko jossain tallella?

Itse muistelin, että tehtiinkö meillä jo yläasteen biologiassa... Mutta ei riitä muistikuvan yksityiskohdat varmentamaan asiaa.

Jossain prujussa se kyllä sanotaan virallisestikin. Olikohan rokotustodistus tai varusmiespassi tai jokin sellainen joskus kauan sitten lompakossa lojunut hommeli?