Kinaporin kalifi kirjoitti:Sipin paketin mukana tuleva README sisältää aika hyvät ohjeet, katsoitko jo sitä?
Giösta kirjoitti:Imuroin R:än ja asensin
Imuroin DIYKALEVA.zip ja DIYDodecad2.1.rar ja purkasin ne tyhjään kansioon
Kopioin 23andme ja ftdna rawdatat tuonne samaan kansioon ja nimesin ne lyhyeksi
käynnistin R:än ja annoin nuo muutamat komennot:
setwd('c:\\users\\xxx\\Tyhjakansio')
source('standardize.r')
standardize('henkilo1.txt', company='23andMe')
system('DIYDodecadWin dv3.par')
ja copy-pastesin ikkunasta tulokset talteen
sitten seuraava henkilö
standardize('henkilo2.csv', company='ftdna')
system('DIYDodecadWin dv3.par')
jne
Onko tämä sellainen lopputulos kuin pitääkin? Eli tällaisia voisi postailla tuonne tuloksia eri projekteista -ketjuun?
----------------------------
FINAL ADMIXTURE PROPORTIONS:
----------------------------
30.15% East_European
48.07% West_European
13.09% Mediterranean
0.00% Neo_African
1.47% West_Asian
1.06% South_Asian
5.06% Northeast_Asian
1.09% Southeast_Asian
0.00% East_African
0.00% Southwest_Asian
0.00% Northwest_African
0.00% Palaeo_African
Jaska kirjoitti:system('DIYDodecadWin dv3.par') -- EI TOIMI
Eli mikä tässä menee pieleen? Tiedoston nimi kansiossa on kuten ekalla ja neljännellä rivillä. README-tiedosto ei auta tässä, sen mukaan noiden käskyjen pitäisi toimia.
Jaska kirjoitti:Giösta kirjoitti:Imuroin R:än ja asensin
Imuroin DIYKALEVA.zip ja DIYDodecad2.1.rar ja purkasin ne tyhjään kansioon
Sinulla se toimi! Meni siis oikein. Minulla ei toimi. Kolme ensimmäistä käskyä toimi:
1: setwd('c:\\Jaska\\Geenilaskurit\\Kaleva\\Kaleva2')
(se hakemisto, mihin diykaleva2.zip on purettu)
2: source('standardize.r')
3: standardize('Jaska.csv', company='ftdna')
(oma Family Finder -datatiedosto lyhyeksi nimettynä)
4: system('DIYDodecadWin') -- EI TOIMI
system('DIYDodecadWin.par') -- EI TOIMI
system('DIYDodecadWin dv3.par') -- EI TOIMI
system('K7a.par') -- EI TOIMI
"Warning message:
running command 'K7a.par' [tai 'DIYDodecadWin.par'] had status 127"
Eli mikä tässä menee pieleen? Tiedoston nimi kansiossa on kuten ekalla ja neljännellä rivillä. README-tiedosto ei auta tässä, sen mukaan noiden käskyjen pitäisi toimia.
Giösta kirjoitti:Kai otit sen DIYDodecad2.1.rar fileen myös ja purit senkin sinne hakemistoon, koska tuon rarrin sisällä on se DIYDodecadWin sekä dv3.par ja muutakin sälää
Eskous kirjoitti:Eikö komennon pitänyt olla esim.
system('DIYDodecadWin k7a.par')
Tuohikirje kirjoitti:Ei kai kyse ole taas comma tai dot ongelmasta.
Eskous kirjoitti:Minun läppärilläni varsinkin k7a -ajo kesti törkeän kauan. Olisin ollut varma että ohjelma jumiutui, ellei k5a olisi kestänyt vain jotain yhdeksisen minuuttia (mikä sekin tietysti herätti epäilyksiä).
Jaska kirjoitti:Eskous kirjoitti:Eikö komennon pitänyt olla esim.
system('DIYDodecadWin k7a.par')
Tuonnimistä sovellusta ei Sigun paketissa ole, on vain joko DIYDodecadWin tai k7a.par jne.
Jaska kirjoitti:system('DIYDodecadWin k7a.par')...Tuonnimistä sovellusta ei Sigun paketissa ole, on vain joko DIYDodecadWin tai k7a.par jne.
Type 'q()' to quit R.
> setwd('c:\\users\\Giosta\\Desktop\\R-kamat')
> source('standardize.r')
> standardize('henkilo1.txt', company='23andMe')
> system('DIYDodecadWin k5a.par')
24.72% West-Europe
27.81% North-Baltic
8.14% South-Europe
9.77% East-Europe&Volgaic
29.56% E-Cntral-Euro&S-Balt
> system('DIYDodecadWin k6a.par')
24.11% West-Europe
27.47% North-Baltic
4.45% South-Europe
9.68% East-Europe&Volgaic
26.48% E-Cntral-Euro&S-Balt
7.81% Southeast-Europe
> system('DIYDodecadWin k7a.par')
23.33% West-Europe
26.06% North-Baltic
4.39% South-Europe
13.42% North-Russia
7.18% East-Europe&Volgaic
18.65% E-Cntral-Euro&S-Balt
6.97% Southeast-Europe
>
Kinaporin kalifi kirjoitti:Jaska kirjoitti:system('DIYDodecadWin k7a.par')...Tuonnimistä sovellusta ei Sigun paketissa ole, on vain joko DIYDodecadWin tai k7a.par jne.
Komennossa viitataan kahteen tiedostoon, jotka molemmat löytyvät Sipin paketista.
Iiro R kirjoitti:Uusi mielenkiintoinen laskuri R:lle pitäisi löytyä tästä tutkimuksesta.
Fine-scale Inference of Ancestry Segments without Prior Knowledge of Admixing Groups
http://www.biorxiv.org/content/early/2018/07/25/376137
Käyttäjiä lukemassa tätä aluetta: Ei rekisteröityneitä käyttäjiä ja 5 vierailijaa