Onkohan joku jo jossain täällä foorumilla laittanut ohjeita siihen, miten R-ohjelmalla ajetaan oma DNA-tiedosto eri DIY-laskureissa? (Kuten Sigfridin erinomaisessa Kalevassa.) "R" on liian lyhyt hakutoimintoon (minimi 3 kirjainta), ja "R-ohjelma" ei tuota tuloksia.

Jaksaisiko joku noita pyöritellyt laatia lyhyen ohjeistuksen tänne?

Sipin paketin mukana tuleva README sisältää aika hyvät ohjeet, katsoitko jo sitä?

Imuroin R:än ja asensin
Imuroin DIYKALEVA.zip ja DIYDodecad2.1.rar ja purkasin ne tyhjään kansioon
Kopioin 23andme ja ftdna rawdatat tuonne samaan kansioon ja nimesin ne lyhyeksi
käynnistin R:än ja annoin nuo muutamat komennot:
setwd('c:\\users\\xxx\\Tyhjakansio')
source('standardize.r')

standardize('henkilo1.txt', company='23andMe')
system('DIYDodecadWin dv3.par')
ja copy-pastesin ikkunasta tulokset talteen

sitten seuraava henkilö
standardize('henkilo2.csv', company='ftdna')
system('DIYDodecadWin dv3.par')
jne

Onko tämä sellainen lopputulos kuin pitääkin? Eli tällaisia voisi postailla tuonne tuloksia eri projekteista -ketjuun?

----------------------------
FINAL ADMIXTURE PROPORTIONS:
----------------------------

30.15% East_European
48.07% West_European
13.09% Mediterranean
0.00% Neo_African
1.47% West_Asian
1.06% South_Asian
5.06% Northeast_Asian
1.09% Southeast_Asian
0.00% East_African
0.00% Southwest_Asian
0.00% Northwest_African
0.00% Palaeo_African

Ymmärsin, että nuo DIY-dodecad-ohjeet ovat niille, jotka tekevät niitä laskureita... Ilmeisesti Giösta löysi sieltä sopivat kohdat niille, jotka haluavat ajattaa tulostiedostonsa.

Sinulla se toimi! Meni siis oikein. Minulla ei toimi. Kolme ensimmäistä käskyä toimi:

1: setwd('c:\\Jaska\\Geenilaskurit\\Kaleva\\Kaleva2')
(se hakemisto, mihin diykaleva2.zip on purettu)

2: source('standardize.r')

3: standardize('Jaska.csv', company='ftdna')
(oma Family Finder -datatiedosto lyhyeksi nimettynä)

4: system('DIYDodecadWin') -- EI TOIMI
system('DIYDodecadWin.par') -- EI TOIMI
system('DIYDodecadWin dv3.par') -- EI TOIMI
system('K7a.par') -- EI TOIMI

"Warning message:
running command 'K7a.par' [tai 'DIYDodecadWin.par'] had status 127"

Eli mikä tässä menee pieleen? Tiedoston nimi kansiossa on kuten ekalla ja neljännellä rivillä. README-tiedosto ei auta tässä, sen mukaan noiden käskyjen pitäisi toimia.

system('DIYDodecadWin k5a.par') ainakin näyttää ihan oikealta käskyltä? .... ja sitten system('DIYDodecadWin k6a.par') jne. Par-tiedoston pitää siis olla se par-tiedosto, jota haluat tutkia.

Kai otit sen DIYDodecad2.1.rar fileen myös ja purit senkin sinne hakemistoon, koska tuon rarrin sisällä on se DIYDodecadWin sekä dv3.par ja muutakin sälää

Ei kai kyse ole taas comma tai dot ongelmasta.

Eikö komennon pitänyt olla esim.
system('DIYDodecadWin k7a.par')
?

Minun läppärilläni varsinkin k7a -ajo kesti törkeän kauan. Olisin ollut varma että ohjelma jumiutui, ellei k5a olisi kestänyt vain jotain yhdeksisen minuuttia (mikä sekin tietysti herätti epäilyksiä).

En ottanut, kun Sigun sivulla sanottiin, että hänen pakettinsa sisältää kaiken tarvittavan. Jos haluaisin ajaa jonkin Dodecad-laskurin, sitten pitäisi varmaan ladata niitä.


Tuonnimistä sovellusta ei Sigun paketissa ole, on vain joko DIYDodecadWin tai k7a.par jne.


Ei luulisi, koska tiedostojen nimissä on aina piste. Ja genotype-tiedoston se luo niin kuin luo, se onnistui, eikä siinä itse säädetty mitään pisteitä tai pilkkuja.


Tämä olisi muuten yksi vaihtoehto, mutta kun tuli heti se virheilmoitus.

Pitänee odottaa, onko itse pääpaholaisella asiaan ratkaisua.

Muokkelbergs: Google löysi tällaisen: "If the command could not be run for any reason, the value is 127."
http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/li ... ystem.html

Voisiko kyse olla siitä, ettei vanhassa varaläppärissä riitä puhti ajamaan tuota, ja se herjaa siksi?

Kokeilitko edes? DIYDodecadWin(.exe) on se sovellus, joka saa syötteekseen parametritiedoston nimen.

Komennossa viitataan kahteen tiedostoon, jotka molemmat löytyvät Sipin paketista.

Ok se paketti on näköjään diykaleva8.zip, mistä löytyy nuo k5a k6a k7a.par fileet

K7a kesti täällä ajaa 153-370 sekuntia. Alla hieman lyhennelty tuloste mitä tuli tehtyä:

Eli pitääkö ne molemmat laittaa samaan käskyyn? Testataanpa...

Joo, toimii! Hidasta, ja kone puuskuttaa, mutta toimii...
Kiitos kaikille neuvojille.

Tämmöinen osui silmiin

https://mran.microsoft.com/documents/rro/multithread/

Microsoftin versio R:stä joka saattaisi toimia nopeammin joillakin kuormilla, kunhan enabloi multithread-jutut käyttöön Linux- ja Windows-versioissa. Mac-versiossa ne ovat valmiiksi enabloitu.

https://mran.microsoft.com/open/

Kiitos Giöstä. Hyvä vinkki, jolle voi joskus tulla tarvetta. Toistaiseksi ei ole ollut raskaita R-ajoja. Lähes kaikki geenianalyysit on tehty joko C:llä tai Java-tulkille ja toimivat multithreadissa. Toi Globetrotter taitaa olla R:llä. Se on vielä työjonossa.

Uusi mielenkiintoinen laskuri R:lle pitäisi löytyä tästä tutkimuksesta.
Fine-scale Inference of Ancestry Segments without Prior Knowledge of Admixing Groups
http://www.biorxiv.org/content/early/2018/07/25/376137

Mielenkiintoista. Pitääpä seurata tilannetta.

Siellä oli interaktiivinen kartta jossa pystyi katsomaan HGDP vertailutuloksia kyseisellä ohjelmalla, eli klikkaus väestöpisteeseen ja saa tuloksia (muista vierittää sivun loppuun asti, itse en heti tajunnut koko listaa).
Vaikutti mielestäni siltä, että vastuu vaikutussuunnasta jää taas tutkijalle, eli suomalainen kelpaa x-läisen esivanhemmaksi siinä kuin x-läinen suomalaisellekin jos koko referenssiryhmä on nykynäytteistä. Tapahtuuko sama jos osa on muinaisnäytteitä? Ohjelmaa pitäisi varmaan jonkun asiantuntevan testata tarkemmin. [edit] ymmärsin ehkä väärin ja ohjelma sittenkin huomioi vaikutussuunnat?

https://maths.ucd.ie/~mst/MOSAIC/HGDP_browser/

Onhan se R-ohjelmakin siellä.