Kirjoittaja |
Viesti |
Jaska
Ylihärmiö
Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02 Viestit: 8150
|
 R-ohjelma
Onkohan joku jo jossain täällä foorumilla laittanut ohjeita siihen, miten R-ohjelmalla ajetaan oma DNA-tiedosto eri DIY-laskureissa? (Kuten Sigfridin erinomaisessa Kalevassa.) "R" on liian lyhyt hakutoimintoon (minimi 3 kirjainta), ja "R-ohjelma" ei tuota tuloksia.
Jaksaisiko joku noita pyöritellyt laatia lyhyen ohjeistuksen tänne?
_________________ ~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~
Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno) mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)
|
19 Tammi 2015 20:33 |
|
 |
Kinaporin kalifi
SuuBaltti
Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18 Viestit: 5579
|
 Re: R-ohjelma
Sipin paketin mukana tuleva README sisältää aika hyvät ohjeet, katsoitko jo sitä?
|
19 Tammi 2015 21:36 |
|
 |
Giösta
Lipevä lappilainen
Liittynyt: 10 Touko 2013 04:50 Viestit: 316
|
 Re: R-ohjelma
Imuroin R:än ja asensin Imuroin DIYKALEVA.zip ja DIYDodecad2.1.rar ja purkasin ne tyhjään kansioon Kopioin 23andme ja ftdna rawdatat tuonne samaan kansioon ja nimesin ne lyhyeksi käynnistin R:än ja annoin nuo muutamat komennot: setwd('c:\\users\\xxx\\Tyhjakansio') source('standardize.r')
standardize('henkilo1.txt', company='23andMe') system('DIYDodecadWin dv3.par') ja copy-pastesin ikkunasta tulokset talteen
sitten seuraava henkilö standardize('henkilo2.csv', company='ftdna') system('DIYDodecadWin dv3.par') jne
Onko tämä sellainen lopputulos kuin pitääkin? Eli tällaisia voisi postailla tuonne tuloksia eri projekteista -ketjuun?
---------------------------- FINAL ADMIXTURE PROPORTIONS: ----------------------------
30.15% East_European 48.07% West_European 13.09% Mediterranean 0.00% Neo_African 1.47% West_Asian 1.06% South_Asian 5.06% Northeast_Asian 1.09% Southeast_Asian 0.00% East_African 0.00% Southwest_Asian 0.00% Northwest_African 0.00% Palaeo_African
|
20 Tammi 2015 01:04 |
|
 |
Jaska
Ylihärmiö
Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02 Viestit: 8150
|
 Re: R-ohjelma
Kinaporin kalifi kirjoitti: Sipin paketin mukana tuleva README sisältää aika hyvät ohjeet, katsoitko jo sitä? Ymmärsin, että nuo DIY-dodecad-ohjeet ovat niille, jotka tekevät niitä laskureita... Ilmeisesti Giösta löysi sieltä sopivat kohdat niille, jotka haluavat ajattaa tulostiedostonsa.
_________________ ~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~
Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno) mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)
|
20 Tammi 2015 01:49 |
|
 |
Jaska
Ylihärmiö
Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02 Viestit: 8150
|
 Re: R-ohjelma
Giösta kirjoitti: Imuroin R:än ja asensin Imuroin DIYKALEVA.zip ja DIYDodecad2.1.rar ja purkasin ne tyhjään kansioon Kopioin 23andme ja ftdna rawdatat tuonne samaan kansioon ja nimesin ne lyhyeksi käynnistin R:än ja annoin nuo muutamat komennot: setwd('c:\\users\\xxx\\Tyhjakansio') source('standardize.r')
standardize('henkilo1.txt', company='23andMe') system('DIYDodecadWin dv3.par') ja copy-pastesin ikkunasta tulokset talteen
sitten seuraava henkilö standardize('henkilo2.csv', company='ftdna') system('DIYDodecadWin dv3.par') jne
Onko tämä sellainen lopputulos kuin pitääkin? Eli tällaisia voisi postailla tuonne tuloksia eri projekteista -ketjuun?
---------------------------- FINAL ADMIXTURE PROPORTIONS: ----------------------------
30.15% East_European 48.07% West_European 13.09% Mediterranean 0.00% Neo_African 1.47% West_Asian 1.06% South_Asian 5.06% Northeast_Asian 1.09% Southeast_Asian 0.00% East_African 0.00% Southwest_Asian 0.00% Northwest_African 0.00% Palaeo_African Sinulla se toimi! Meni siis oikein. Minulla ei toimi. Kolme ensimmäistä käskyä toimi: 1: setwd('c:\\Jaska\\Geenilaskurit\\Kaleva\\Kaleva2') (se hakemisto, mihin diykaleva2.zip on purettu) 2: source('standardize.r') 3: standardize('Jaska.csv', company='ftdna') (oma Family Finder -datatiedosto lyhyeksi nimettynä) 4: system('DIYDodecadWin') -- EI TOIMI system('DIYDodecadWin.par') -- EI TOIMI system('DIYDodecadWin dv3.par') -- EI TOIMI system('K7a.par') -- EI TOIMI "Warning message: running command 'K7a.par' [tai 'DIYDodecadWin.par'] had status 127" Eli mikä tässä menee pieleen? Tiedoston nimi kansiossa on kuten ekalla ja neljännellä rivillä. README-tiedosto ei auta tässä, sen mukaan noiden käskyjen pitäisi toimia.
_________________ ~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~
Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno) mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)
|
20 Tammi 2015 02:38 |
|
 |
Kinaporin kalifi
SuuBaltti
Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18 Viestit: 5579
|
 Re: R-ohjelma
Jaska kirjoitti: system('DIYDodecadWin dv3.par') -- EI TOIMI
Eli mikä tässä menee pieleen? Tiedoston nimi kansiossa on kuten ekalla ja neljännellä rivillä. README-tiedosto ei auta tässä, sen mukaan noiden käskyjen pitäisi toimia. system('DIYDodecadWin k5a.par') ainakin näyttää ihan oikealta käskyltä? .... ja sitten system('DIYDodecadWin k6a.par') jne. Par-tiedoston pitää siis olla se par-tiedosto, jota haluat tutkia.
|
20 Tammi 2015 10:06 |
|
 |
Giösta
Lipevä lappilainen
Liittynyt: 10 Touko 2013 04:50 Viestit: 316
|
 Re: R-ohjelma
Jaska kirjoitti: Giösta kirjoitti: Imuroin R:än ja asensin Imuroin DIYKALEVA.zip ja DIYDodecad2.1.rar ja purkasin ne tyhjään kansioon
Sinulla se toimi! Meni siis oikein. Minulla ei toimi. Kolme ensimmäistä käskyä toimi: 1: setwd('c:\\Jaska\\Geenilaskurit\\Kaleva\\Kaleva2') (se hakemisto, mihin diykaleva2.zip on purettu) 2: source('standardize.r') 3: standardize('Jaska.csv', company='ftdna') (oma Family Finder -datatiedosto lyhyeksi nimettynä) 4: system('DIYDodecadWin') -- EI TOIMI system('DIYDodecadWin.par') -- EI TOIMI system('DIYDodecadWin dv3.par') -- EI TOIMI system('K7a.par') -- EI TOIMI "Warning message: running command 'K7a.par' [tai 'DIYDodecadWin.par'] had status 127" Eli mikä tässä menee pieleen? Tiedoston nimi kansiossa on kuten ekalla ja neljännellä rivillä. README-tiedosto ei auta tässä, sen mukaan noiden käskyjen pitäisi toimia. Kai otit sen DIYDodecad2.1.rar fileen myös ja purit senkin sinne hakemistoon, koska tuon rarrin sisällä on se DIYDodecadWin sekä dv3.par ja muutakin sälää
|
20 Tammi 2015 12:47 |
|
 |
Tuohikirje
Kielevä karjalainen
Liittynyt: 08 Tammi 2012 22:13 Viestit: 708
|
 Re: R-ohjelma
Ei kai kyse ole taas comma tai dot ongelmasta.
|
20 Tammi 2015 15:54 |
|
 |
Eskous
Lipevä lappilainen
Liittynyt: 31 Heinä 2012 00:05 Viestit: 439
|
 Re: R-ohjelma
Eikö komennon pitänyt olla esim. system('DIYDodecadWin k7a.par') ?
Minun läppärilläni varsinkin k7a -ajo kesti törkeän kauan. Olisin ollut varma että ohjelma jumiutui, ellei k5a olisi kestänyt vain jotain yhdeksisen minuuttia (mikä sekin tietysti herätti epäilyksiä).
|
20 Tammi 2015 16:28 |
|
 |
Jaska
Ylihärmiö
Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02 Viestit: 8150
|
 Re: R-ohjelma
Giösta kirjoitti: Kai otit sen DIYDodecad2.1.rar fileen myös ja purit senkin sinne hakemistoon, koska tuon rarrin sisällä on se DIYDodecadWin sekä dv3.par ja muutakin sälää En ottanut, kun Sigun sivulla sanottiin, että hänen pakettinsa sisältää kaiken tarvittavan. Jos haluaisin ajaa jonkin Dodecad-laskurin, sitten pitäisi varmaan ladata niitä. Eskous kirjoitti: Eikö komennon pitänyt olla esim. system('DIYDodecadWin k7a.par') Tuonnimistä sovellusta ei Sigun paketissa ole, on vain joko DIYDodecadWin tai k7a.par jne. Tuohikirje kirjoitti: Ei kai kyse ole taas comma tai dot ongelmasta. Ei luulisi, koska tiedostojen nimissä on aina piste. Ja genotype-tiedoston se luo niin kuin luo, se onnistui, eikä siinä itse säädetty mitään pisteitä tai pilkkuja. Eskous kirjoitti: Minun läppärilläni varsinkin k7a -ajo kesti törkeän kauan. Olisin ollut varma että ohjelma jumiutui, ellei k5a olisi kestänyt vain jotain yhdeksisen minuuttia (mikä sekin tietysti herätti epäilyksiä). Tämä olisi muuten yksi vaihtoehto, mutta kun tuli heti se virheilmoitus. Pitänee odottaa, onko itse pääpaholaisella asiaan ratkaisua.  Muokkelbergs: Google löysi tällaisen: "If the command could not be run for any reason, the value is 127." http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/li ... ystem.htmlVoisiko kyse olla siitä, ettei vanhassa varaläppärissä riitä puhti ajamaan tuota, ja se herjaa siksi?
_________________ ~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~
Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno) mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)
|
20 Tammi 2015 17:49 |
|
 |
Eskous
Lipevä lappilainen
Liittynyt: 31 Heinä 2012 00:05 Viestit: 439
|
 Re: R-ohjelma
Jaska kirjoitti: Eskous kirjoitti: Eikö komennon pitänyt olla esim. system('DIYDodecadWin k7a.par') Tuonnimistä sovellusta ei Sigun paketissa ole, on vain joko DIYDodecadWin tai k7a.par jne. Kokeilitko edes? DIYDodecadWin(.exe) on se sovellus, joka saa syötteekseen parametritiedoston nimen.
|
20 Tammi 2015 18:30 |
|
 |
Kinaporin kalifi
SuuBaltti
Liittynyt: 14 Helmi 2011 19:18 Viestit: 5579
|
 Re: R-ohjelma
Jaska kirjoitti: system('DIYDodecadWin k7a.par')...Tuonnimistä sovellusta ei Sigun paketissa ole, on vain joko DIYDodecadWin tai k7a.par jne. Komennossa viitataan kahteen tiedostoon, jotka molemmat löytyvät Sipin paketista.
|
20 Tammi 2015 18:48 |
|
 |
Giösta
Lipevä lappilainen
Liittynyt: 10 Touko 2013 04:50 Viestit: 316
|
 Re: R-ohjelma
Ok se paketti on näköjään diykaleva8.zip, mistä löytyy nuo k5a k6a k7a.par fileet K7a kesti täällä ajaa 153-370 sekuntia. Alla hieman lyhennelty tuloste mitä tuli tehtyä: Koodi: Type 'q()' to quit R.
> setwd('c:\\users\\Giosta\\Desktop\\R-kamat') > source('standardize.r') > standardize('henkilo1.txt', company='23andMe') > system('DIYDodecadWin k5a.par')
24.72% West-Europe 27.81% North-Baltic 8.14% South-Europe 9.77% East-Europe&Volgaic 29.56% E-Cntral-Euro&S-Balt
> system('DIYDodecadWin k6a.par')
24.11% West-Europe 27.47% North-Baltic 4.45% South-Europe 9.68% East-Europe&Volgaic 26.48% E-Cntral-Euro&S-Balt 7.81% Southeast-Europe
> system('DIYDodecadWin k7a.par')
23.33% West-Europe 26.06% North-Baltic 4.39% South-Europe 13.42% North-Russia 7.18% East-Europe&Volgaic 18.65% E-Cntral-Euro&S-Balt 6.97% Southeast-Europe
>
|
20 Tammi 2015 19:44 |
|
 |
Jaska
Ylihärmiö
Liittynyt: 14 Helmi 2011 04:02 Viestit: 8150
|
 Re: R-ohjelma
Kinaporin kalifi kirjoitti: Jaska kirjoitti: system('DIYDodecadWin k7a.par')...Tuonnimistä sovellusta ei Sigun paketissa ole, on vain joko DIYDodecadWin tai k7a.par jne. Komennossa viitataan kahteen tiedostoon, jotka molemmat löytyvät Sipin paketista. Eli pitääkö ne molemmat laittaa samaan käskyyn? Testataanpa... Joo, toimii! Hidasta, ja kone puuskuttaa, mutta toimii... Kiitos kaikille neuvojille.
_________________ ~ "Per aspera ad hominem - vaikeuksien kautta henkilökohtaisuuksiin" ~
Y-DNA: N1c1-YP1143 (Olavi Häkkinen 1620 Kuhmo? >> Juhani Häkkinen 1816 Eno) mtDNA: H5a1e (Elina Mäkilä 1757 Kittilä >> Riitta Sassali 1843 Sodankylä)
|
21 Tammi 2015 03:11 |
|
 |
Giösta
Lipevä lappilainen
Liittynyt: 10 Touko 2013 04:50 Viestit: 316
|
 Re: R-ohjelma
Tämmöinen osui silmiin https://mran.microsoft.com/documents/rro/multithread/Microsoftin versio R:stä joka saattaisi toimia nopeammin joillakin kuormilla, kunhan enabloi multithread-jutut käyttöön Linux- ja Windows-versioissa. Mac-versiossa ne ovat valmiiksi enabloitu. https://mran.microsoft.com/open/
_________________
y= N-BY22080/Y35885 mt= X2b4a1
|
16 Huhti 2016 03:22 |
|
 |
Sigfrid
SuuBaltti
Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09 Viestit: 6534
|
 Re: R-ohjelma
Kiitos Giöstä. Hyvä vinkki, jolle voi joskus tulla tarvetta. Toistaiseksi ei ole ollut raskaita R-ajoja. Lähes kaikki geenianalyysit on tehty joko C:llä tai Java-tulkille ja toimivat multithreadissa. Toi Globetrotter taitaa olla R:llä. Se on vielä työjonossa.
|
16 Huhti 2016 22:32 |
|
 |
Iiro R
Lipevä lappilainen
Liittynyt: 30 Elo 2015 17:37 Viestit: 354
|
 Re: R-ohjelma
Uusi mielenkiintoinen laskuri R:lle pitäisi löytyä tästä tutkimuksesta. Fine-scale Inference of Ancestry Segments without Prior Knowledge of Admixing Groups http://www.biorxiv.org/content/early/2018/07/25/376137
_________________ Y: N-Z1941+/CTS9175+ -> N-Y21575+ -> N-Y52469+ (N-Z1940-, N-Y31893-) Y: C-M8+, E-M75+, E-M78+, G-GG362+, G-M324+, I-BY3778+, I-Y11887+, J-Z1853+, J-M102+, K-M2335+, O-PK4+, R1b+, R-S47+, R2+, R-YP4141+ mt: H1a (H1a7)
|
04 Elo 2018 12:28 |
|
 |
Sigfrid
SuuBaltti
Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09 Viestit: 6534
|
 Re: R-ohjelma
Mielenkiintoista. Pitääpä seurata tilannetta.
|
04 Elo 2018 14:49 |
|
 |
Iiro R
Lipevä lappilainen
Liittynyt: 30 Elo 2015 17:37 Viestit: 354
|
 Re: R-ohjelma
Siellä oli interaktiivinen kartta jossa pystyi katsomaan HGDP vertailutuloksia kyseisellä ohjelmalla, eli klikkaus väestöpisteeseen ja saa tuloksia (muista vierittää sivun loppuun asti, itse en heti tajunnut koko listaa). Vaikutti mielestäni siltä, että vastuu vaikutussuunnasta jää taas tutkijalle, eli suomalainen kelpaa x-läisen esivanhemmaksi siinä kuin x-läinen suomalaisellekin jos koko referenssiryhmä on nykynäytteistä. Tapahtuuko sama jos osa on muinaisnäytteitä? Ohjelmaa pitäisi varmaan jonkun asiantuntevan testata tarkemmin. [edit] ymmärsin ehkä väärin ja ohjelma sittenkin huomioi vaikutussuunnat? https://maths.ucd.ie/~mst/MOSAIC/HGDP_browser/
_________________ Y: N-Z1941+/CTS9175+ -> N-Y21575+ -> N-Y52469+ (N-Z1940-, N-Y31893-) Y: C-M8+, E-M75+, E-M78+, G-GG362+, G-M324+, I-BY3778+, I-Y11887+, J-Z1853+, J-M102+, K-M2335+, O-PK4+, R1b+, R-S47+, R2+, R-YP4141+ mt: H1a (H1a7)
|
04 Elo 2018 19:45 |
|
 |
Sigfrid
SuuBaltti
Liittynyt: 16 Helmi 2011 12:09 Viestit: 6534
|
 Re: R-ohjelma
Onhan se R-ohjelmakin siellä.
|
04 Elo 2018 21:34 |
|
 |
|