Tässä on lämpökartta FST-arvoista Kermisen paperin taulukosta S2:
https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1009347#sec027.
Tässä arvot on kerrottu 10 000:lla eikä 100 000:lla.
Pisin etäisyys on itälappilaisten ja pohjanmaalaisten välillä. Länsilappilaiset puolestaan ovat kauimpana kainuulaisista. Evakot ovat vähän lähempänä keskisuomalaisia kuin savo-karjalaisia. Lounaissuomalaiset ovat paljon lähempänä länsilappilaisia kuin kainuulaisia tai kuusamolaisia.
- Koodi: Valitse kaikki
library(pheatmap)
library(colorspace)
download.file("https://pastebin.com/raw/QRkUDupj","fst")
t=read.csv("fst",header=T,row.names=1,check.names=F)
g=grep("^R",row.names(t))
t=t[g,g]
t[upper.tri(t)]=0
t=t+t(t)
k=hclust(as.dist(t))
pheatmap(
t/10,
filename="output.png",
clustering_callback=function(...){c(k)},
legend=F,
cellwidth=16,
cellheight=16,
fontsize=8,
border_color=NA,
display_numbers=T,
number_format="%.0f",
fontsize_number=7,
number_color="black",
colorRampPalette(hex(HSV(c(210,180,150,120,90,60,30,0),.5,1)))(256)
)
R:n saa asennettua macOS:ssä ajamalla `brew install R`. Koodin saa sen jälkeen ajettua R:n komentotulkissa kun ajaa `R` ja ajaa `install.packages(c("pheatmap","colorspace"))`.
Tässä on FST-taulukko CSV-muodossa (missä yläkolmion arvot ovat keskihajontia):
,A-Southwest,A-West_Lapland,A-N_Karelia,A-Kainuu,A-Bothnia,A-Kuusamo,A-Evacuated,R10-Southwest,R10-East_Lapland,R10-West_Lapland,R10-Savo-Karelia,R10-Kainuu,R10-Bothnia,R10-Kuusamo,R10-Evacuated,R10-Kokkola,R10-Central_Finland
A-Southwest,,4,4,6,6,7,6,1,11,6,5,8,5,7,4,5,6
A-West_Lapland,271,,5,7,9,7,8,5,11,6,6,8,7,7,6,8,8
A-N_Karelia,366,262,,3,8,5,5,4,10,6,1,5,7,5,3,7,5
A-Kainuu,530,383,209,,10,6,8,7,12,8,4,4,9,6,6,8,7
A-Bothnia,227,333,406,565,,11,10,7,14,10,9,11,7,11,8,8,10
A-Kuusamo,531,367,305,326,570,,9,8,12,9,6,8,9,5,7,10,9
A-Evacuated,282,308,242,428,396,471,,7,14,9,6,9,9,10,6,9,9
R10-Southwest,6,266,360,522,222,524,278,,12,6,5,8,5,8,5,5,6
R10-East_Lapland,554,229,490,596,615,523,572,557,,13,11,13,14,12,11,14,14
R10-West_Lapland,379,162,466,605,457,589,472,369,497,,7,10,8,9,7,9,9
R10-Savo-Karelia,409,286,26,201,440,302,296,404,514,497,,5,8,6,4,7,6
R10-Kainuu,558,408,235,8,579,358,453,546,618,632,219,,10,8,7,10,8
R10-Bothnia,255,385,462,619,33,624,425,251,661,505,498,637,,9,7,8,8
R10-Kuusamo,545,374,305,336,574,57,481,538,538,602,302,363,639,,7,10,9
R10-Evacuated,248,254,150,338,333,385,118,238,503,415,185,362,371,392,,7,6
R10-Kokkola,269,328,384,526,214,534,390,267,582,472,405,542,338,544,343,,9
R10-Central_Finland,275,299,212,357,356,414,300,268,545,454,226,380,397,423,160,367,Alta näkyy, että pohjanmaalaiset ovat suunnilleen yhtä kaukana lounaissuomalaisista kuin keskisuomalaiset. Itälappilaiset, länsilappilaiset, ja pohjanmaalaiset ovat suunnilleen yhtä kaukana savo-karjalaisista.
- Koodi: Valitse kaikki
library(tidyverse)
download.file("https://pastebin.com/raw/QRkUDupj","fst")
x="R10-Savo-Karelia"
y="R10-Southwest"
t=read.csv("fst",header=T,row.names=1,check.names=F)
g=grep("^R",row.names(t))
t=t[g,g]
t[upper.tri(t)]=0
t=t+t(t)
t[is.na(t)]=0
xy=as.data.frame(t[,c(x,y)])
names(xy)=c("x","y")
ggplot(xy,aes(x,y))+
geom_hline(yintercept=0,color="gray60")+
geom_vline(xintercept=0,color="gray60")+
geom_abline(linetype="dashed",color="gray70")+
geom_point(size=1)+
geom_text(label=rownames(xy),size=3.5,vjust=-.7)+
theme(
legend.position="none",
axis.ticks.x=element_blank(),
axis.ticks.y=element_blank(),
axis.ticks.length=unit(0,"pt"),
plot.background=element_rect(fill="white"),
panel.background=element_rect(fill="white"),
panel.grid.major=element_line(color="gray80",size=.25),
panel.grid.minor=element_blank(),
axis.text=element_text(color="black")
)+
coord_fixed()+
scale_x_continuous(breaks=seq(0,1000,100),expand=expansion(mult=.12))+
scale_y_continuous(breaks=seq(0,1000,100),expand=expansion(mult=.05))+
xlab(paste("FST distance to",x))+
ylab(paste("FST distance to",y))+
ggsave("output.png")
system("/usr/local/bin/mogrify -trim -bordercolor white -border 16x16 output.png")
Lähetetty: 05 Maalis 2021 07:28