Macleod et al. 2024: Rutto Baikalin metsästäjä-keräilijöissä

[merimaa]

Macleod, R., Seersholm, F., de Sanctis, B. et al. (preprint).
Lethal plague outbreaks in Lake Baikal hunter–gatherers 5500 years ago.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... 3.623490v1

Tuollainen tutkimus on tullut ulos ruttotartunnoista Baikal-järven muinaisten metsästäjä-keräilijöiden keskuudessa. Sen oheismateriaalissa on kerrottu esimerkiksi tutkimuksessa analysoitujen näytteiden isä- ja äitilinjoja (sivu 7, Figure S7) ja oheismateriaalissa on myös PCA-kuva, jossa kaikki näytteet sijoittuvat aiemmin julkaistujen Baikalin muinaisnäytteiden joukkoon (sivu 12, Figure S9).

Isälinjoissa on mukana N-haploryhmiä, mutta jos katson niille ISOGG:in taulukosta sellaiset tunnisteet, joilla ne löytää YFullista, jotkut haploryhmät vaikuttavat liian nuorilta siihen nähden, että tutkimuksessa analysoidut näytteet on ovat 5600-5000 vuotta vanhoja. Keksittekö, mikä mättää? Haploryhmät on määritetty aiemmassa tutkimuksessa kehitetyllä menetelmällä, jonka kuvaus on kohtalaisen tekninen (Seersholm et al. 2024: Supplementary Note 2, ks. alla).
https://isogg.org/tree/2019HaplogroupN.xlsx

N1a1a1a1a4 (N-M2019, formed 6200 ybp, TMRCA 4900 ybp): 4,8%
N1a1a1a1a1a2a~ (N-CTS9976:n alla, formed 3900 ybp, TMRCA 3900 ybp): 4,8%
N1a1a1a1a2a1a1a1... (N-Z1927:n alla, formed 2700 ybp, TMRCA 2400 ybp): 4,8%
N2~ (mikä tämä on YFullissa?): 4,8%

"Chromosome Y haplogroups were assigned using an in-house pipeline developed for this study. For each individual identified as male with a chromosome Y coverage over 0.002X, bam files were subset to reads mapping to the Y chromosome (samtools view) followed by SNP calling with bcftools mpileup and bcftools call. The resulting VCF file were then subset to ISOGG snps, and for each derived allele the corresponding ISOGG subgroup name (e.g. I2a1a1b1a1a3~) was saved. Followingly, for each sample, ISOGG subgroups were counted, and grouped into lists of subgroups that are not mutually exclusive. For example, for haplogroup I2a1a2a1a1a SNPs supporting the following ISOGG subgroups counts towards the total count of this haplogroups: I, I2, I2a, I2a1a, I2a1a2, I2a1a2a, I2a1a2a1a, I2a1a2a1a1, I2a1a2a1a1a, I2a1a2~, I2~. Lastly, chromosome Y haplogroups were simply assigned to individuals by selecting the haplogroup supported by the highest number of SNPs."

Äitilinjojen haploryhmät on määritetty eri menetelmällä, mutta niissäkin on ainakin yksi, jonka ajoitus YFullissa vaikuttaa liian nuorelta siihen nähden, että muinais-DNA-näytteistä on saatu aiemmin selvästi vanhempia ajoituksia. Näytteiden tiedot ovat peräisin tutkimuksesta Zeng et al. (2023: Data S1).

C4a1a3 (YFull: formed 2600 ybp, TMRCA 1600 ybp): 4,3%
FNO006 Russia Buryatia Fofonovo (Kitoi) 7800 ybp (6000-5700 BCE) C4a1a3
(vrt. FNO001 Russia Buryatia Fofonovo (Kitoi) 7881 ybp (5995-5844 calBCE, 7047±28 ybp) C4)
NEO232 Russia Ust'-Belaya possible (Glazkovo) 4812 ybp (3007-2697 calBCE, 4259±38 ybp) C4a1a3
I1526 Russia Ust'-Belaya (Glazkovo) 4755 ybp (2910-2700 calBCE, 4225±25 ybp) C4a1a3