Muinais-DNA-tutkimuksissa on yleensä tapana luoda PCA-kuva niin, että kuvan pääkomponentit lasketaan ensin nykyaikaisten näytteiden perusteella ja sen jälkeen nykyaikaiset näytteet ja muinaisnäytteet projisoidaan näiden pääkomponenttien muodostamaan "kaksiulotteiseen avaruuteen" (ks.
Population list vs. Projection). Tässä tutkimuksessa Zeng et al. ovat kuitenkin tehneet erilaisen PCA-kuvan, koska he ovat laskeneet kuvan pääkomponentit muinaisnäytteiden perusteella, ja heillä on ollut niiden joukossa paljon ANE-perimää sisältäviä näytteitä. Sillä tavalla Zeng et al. ovat saaneet aikaan kuvan, jossa toinen pääkomponentti (PC2) erottelee hyvin näytteiden sisältämän ANE-perimän, jolloin paljon ANE-perimää sisältävät näytteet ovat kuvassa ylhäällä ja vähän ANE-perimää sisältävät näytteet alhaalla.
Extended Data Fig. 3: PCA with target populations projected onto ancient populations with an especially high fraction of ANE ancestry.
https://www.nature.com/articles/s41586- ... /figures/7To illuminate the role that levels of ANE ancestry plays in generating variation among the populations we analyze, we use as a basis for another projection 71 shotgun-sequenced ancient individuals from across Eurasia, of which a large proportion are enriched in ANE ancestry and fall outside the range of present-day variation (e.g. individuals from populations like Tyumen_HG.SG or Kazakhstan_Botai.SG; for full list, see Supplementary Information section 4). The North Eurasian Hunter-Gatherer cline forms a curved arc stretching from EHG populations to present-day East Asians; the center of the arc dominated by populations rich in ANE ancestry is moved toward the positive direction in PC2. The individual furthest along the positive direction in PC2 is AG3. Clines formed by later Inner Asian populations, such as present-day Uralic, Turkic, and Mongolic speakers, as well as Late Bronze Age and Iron Age steppe populations such as Scythians and Sarmatians, are distinguished from the NEAHG cline by their much lower values along PC2, suggesting a much lower level of ANE ancestry. This PCA shows that populations along the NEAHG cline, remaining stable for many millennia, were substantially outside the range of present-day genetic variation in Northern Eurasia.
PCA-kuvasta näkyy selvästi, että nykyajan uralinkieliset väestöt selkupeista itämerensuomalaisiin asettuvat samalle suoralle, mutta muut samojedit poikkeavat siltä suoralta ja muodostavat erillisen jatkumon, joka päättyy nganasaneihin. Sillä perusteella muilla samojedeilla näyttäisi olevan Yakutia_LNBA- ja ANE-perimää eri suhteessa kuin selkupeilla ja muilla uralinkielisillä väestöillä, mikä viittaa siihen, että muut samojedit ovat saaneet lisää Yakutia_LNBA- tai nganasan-tyyppistä perimää muuttaessaan pohjoiseen kantasamojedien aiemmilta asuinsijoilta.
Nimimerkki Ryukendo kommentoi tätä asiaa Anthrogenica-foorumilla jo alkuvuodesta 2021. Hän kiinnitti samalla huomiota siihen, että lähes kaikki uralinkieliset väestöt tarvitsevat Yakutia_LNBA-perimän lisäksi jonkin verran ANE-perimää. Ainoastaan nganasanit eivät tarvitse sitä ja itämerensuomalaisille ja mordvalaisillekin saattaa riittää pelkästään eurooppalaisen perimän sisältämä ANE-osuus. Heillä on joka tapauksessa niin vähän muuta kuin eurooppalaista perimää, että "uralilaisen ANE-perimän" vaikutus ei näy heillä PCA-kuvassa.
It's true that the Uralic cline ultimately terminates in Kets and Selkups and not Nganasans (Kristiina's "Ket-Uralic ancestry"), but that's because Kets and Selkups have the greatest quantity of a combination of Nganasan/Kra001 ancestry + ANE and it's this combination that increases as one moves from west to east in the Uralic cline, not just Nganasan/Kra001 ancestry itself. Overall the strong similarity between Kra001 and Uralics still stands, but the process that created this ANE+Kra001 combination that anchors one end of the cline is still unknown.
Selkuppien ja itämerensuomalaisten välisellä suoralla mistä tahansa itäuralilaisesta väestöstä voisi periaatteessa saada läntisemmän lisäämällä siihen eurooppalaistyylistä perimää (esimerkiksi Steppe_MLBA) ja länsiuralilaisesta väestöstä voisi saada itäisemmän lisäämällä siihen sopivassa suhteessa Yakutia_LNBA- ja ANE-perimää. Käytännössä olisi kuitenkin vaikea löytää sekoituksen toiseksi osapuoleksi väestöä, jolla olisi sopivassa suhteessa Yakutia_LNBA- ja ANE-perimää, koska sellaisen väestön pitäisi olla jo valmiiksi selkuppien ja itämerensuomalaisten kanssa samalla suoralla (tai paremmin sanottuna volganuralilaisten ja itämerensuomalaisten kautta kulkevan suoran jatkeella). Siksi olisi helpompi johtaa länsiuralilaiset väestöt selkuppien kaltaisesta väestöstä, elleivät sitten ketit ja Etu-Baikalin kaikkein ANE-pitoisin muinainen väestö ole sattumalta selkuppien ja itämerensuomalaisten kanssa samalla suoralla (kuvassa vaaleanharmaat kuviot selkuppien vieressä ja Cisbaikal_LNBA:n yläpuolella).
Asiaa voi tarkastella myös siltä kannalta, että katsoo, missä kohdassa nganasaneista lähtevä ja enetsien kautta kulkeva suora leikkaa selkuppien ja itämerensuomalaisten välisen suoran. Sellainen kohta näyttäisi olevan selkuppien oikealla puolella, mikä viittaisi siihen, että samojedien kantaväestö ei ollut vielä niin sekoittunut kettien kaltaisen väestön kanssa, vaan kantaväestö olisi ollut lähempänä hanteja tai manseja.
PCA-kuvasta näkyy myös, että kaikki nykyajan uralinkieliset väestöt, nganasaneja lukuun ottamatta, tarvitsevat Yakutia_LNBA-perimän lisäksi ANE-perimää ja eurooppalaistyylistä perimää (esimerkiksi Steppe_MLBA). Jos jollakin väestöllä olisi sen sijaan vaikka vain yhdistelmä Yakutia_LNBA- ja EHG-perimää, se sijoittuisi nykyajan uralinkielisten väestöjen vasemmalle puolelle, koska Yakutia_LNBA- ja EHG-väestöjen välille voi piirtää suoran, joka kuvaa kaikkia mahdollisia Yakutia_LNBA- ja EHG-perimän yhdistelmiä, ja se ohittaa nykyajan uralinkieliset väestöt vasemmalta puolelta. Sellainen suora on piirretty katkoviivalla
tässä muokatussa PCA-kuvassa.
Lopuksi voisin mainita mielenkiintoisen yksityiskohdan vanhasta Anthrogenica-foorumin keskustelusta: Nimimerkki Ryukendo valitteli loppuvuonna 2022, että Peltola et al. olivat tehneet artikkeliinsa PCA-kuvan sillä tavalla, että yksikään pääkomponentti ei erottele kunnolla näytteiden ANE- tai EHG-perimää. Hän sanoi, että paremmin erotteleva PCA-kuva olisi mahdollista tehdä, ja kuinka ollakaan Zeng et al. julkaisivat sellaisen kuvan jo seuraavana vuonna omassa artikkelissaan.
I think some of the analysis can be improved. First, if you look at the PCA analysis, none of the PCAs they run have a dimension among PCs 1 and 2 capturing variation caused by high levels of ANE or EHG ancestry. This causes Bolshoy Oleni Ostrov (they call them Kola_BA) samples to fall on a similar cline as other Uralic populations as part of a common "Uralic Cline", which we know they don't. There are ways of running PCA to produce high-ANE dimensions, but they don't do it.
