Gill et al. 2023: ancient and present-day Siberian ...

[merimaa]

Huomaan, että Rekonpoika on joskus kommentoinut p-arvoa:
Siis jos outgroupeissa ovat sardinialaiset, kiinalaiset ja yorubat ja p-arvo on hyvä (akateemiset paperit hyväksyvät jo >0.05 mutta suurempi parempi, 1 on maksimi ja yli 0.7 voi pitää täysosumana) onnistunut tulos tarkoittaa että sekoitus jakaa outgroupien kanssa yhtä paljon ajautumaa kuin näyte.

Harney et al. (2021) ovat p-arvosta sitä mieltä, että sen perusteella ei kannata laittaa malleja paremmuusjärjestykseen, jos useampi malli ylittää arvolle yleisesti hyväksytyn alarajan.

”in cases where multiple models are assigned plausible P-values (i.e., P ≥ 0.05), we caution that P-value ranking (i.e., selecting the model that is assigned the highest P-value) should not be used to identify the best model.”

Harney, E., Patterson, N., Reich, D., Wakeley, J. (2021).
Assessing the performance of qpAdm: a statistical tool for studying population admixture.
https://academic.oup.com/genetics/artic ... ogin=false

Toisaalta Yüncü et al. (2023) ovat sitä mieltä, että p-arvon perusteella voi kohtalaisen hyvin arvioida, mikä malli on oikea, jos useampi malli näyttää hyväksyttävältä.

”Of 1,201 instances when both false and true feasible qpAdm models were found for the same target group on the same data [...], a model having the highest p-value was an FP [false positive] in 463 (38.6%) cases, and the difference in maximal p-values between the TP [true positive] and FP model classes was significant according to the paired two-sided Wilcoxon test (TP > FP, p-value = 2.2 x 10-16). Thus, our limited analysis suggests that the approach of ranking qpAdm models by p-values is justified (see also related results in Fig. S6 and Table S2), but it generates noisy results.”

Yüncü, E., Işıldak, U., Williams, M., ... Flegontov, P. (2023, preprint).
False discovery rates of qpAdm-based screens for genetic admixture.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... 339v1.full

[Kinaporin kalifi]

Lueskelin läpi tutkimusta ja vertailin sitä perttimpin taulukkoon, kra001 vaikuttaa edelleenkin jakavan jakutialaisryhmien kanssa samaa juuriväestöä mutta kra001 on selvästi eteläisempi, - tai ehkä oikeastaan kaakkoisempi. Missähän määrin itäbaikalin perimään sekoittuva Jakutia_MN-tyyppinen perimä voisikin liittyä Seima Turbino-ilmiön varhaisimpaan muodostumiseen Baikalin länsipuolella? Eli, onko niin että Elunino, Krotovo ja vastaavat ryhmät muodostuivat jonkin suuruisen länsisiperialisen WSHG-komponentin pohjalta, jos sitä ei kattavasti uralinpuhujista löydy?

[perttimp]

-
Kokeilin vielä kra001:n mallinnusta ilman mitään virtuaalikomponenttia. Tuloksena Distance 0.21. Tämä on niin korkea, että mallinnuksen voi sanoa toimimattomaksi. Lähteenä on käytetty n. 10000-20000 v. vanhoja näytteitä. No selitys on tietenkin se, että tärkeä muinaisnäyte kyseiseltä aikaväliltä puuttuu.

Target: Russia_Krasnoyarsk_BA.SG:kra001_noUDG.SG
Distance: 21.5421% / 0.21542052
56.6 China_AmurRiver_LPaleolithic:NE5_noUDG
27.2 Russia_Siberia_UP:UKY001
12.2 USA_AK_PaleoAleut:I0712
4.0 Russia_LenaRiver_LUP.SG:yak025_noUDG.SG
0.0 Chile_LosRieles_12000BP:I11974
0.0 IRN_HotuIIIb_Meso
0.0 TUR_Pinarbasi_HG:ZBC_IPB001
0.0 ITA_Villabruna:Villabruna
0.0 GEO_CHG:KK1
0.0 RUS_AfontovaGora3:AfontovaGora3
0.0 Levant_Natufian_EpiP:I0861
0.0 MAR_Taforalt:TAF011
0.0 China_AmurRiver_LPaleolithic:NE56_noUDG

[Kristiina]

Tosin kyllä paperin kirjoittajat toteavat vielä seuraavaa:
Russia_Bolshoy has high outgroup-f₃ values with Tarim_EMBA1, Yakutia populations, and EHG (Figure S4, Table S6). We found that a parsimonious two-way
admixture model, Yakutia_MN+Middle Neolithic Combed Ceramic Culture (Estonia_MN_CCC), is feasible (p=0.453; 52% contribution from Yakutia_MN), as well as a more complex three-way admixture model of Yakutia_LN+Estonia_MN_CCC+Tarim_EMBA1 (p=0.217; 39% contribution from Yakutia_LN, 16% contribution from Tarim_EMBA1, and 45% contribution from Estonia_MN_CCC). Although less parsimonious, we still present the latter model for Y haplogroup information: Yakutia_LN and Russia_Bolshoy share haplogroup N, while Yakutia_MN belongs to Y haplogroup Q. Since only one individual is
available, we cannot ignore the possibility that Y haplogroup N existed in the Middle Neolithic
Yakutia population. Thus, further sampling on Middle Neolithic Yakutia is required to clarify
the origin of Y haplogroup N in Russia_Bolshoy.

Tässä korealaispaperissa esitetään myös se mahdollisuus, että uralilaisiinkin johtavia N-haploja leviää Baikalin länsipuolelta Jakutiaan jo Belkachi-kaudella, koska kra001 ja nganasanit ovat kauempana Amurista kuin Yakutia LN. Näin sitäkin kautta, että Jakutia MN muodostuu Dzhylindasta ja West-Baikal Eneolithicista, joista jälkimmäisen isälinjoista puolet on N-haploja ja puolet C-haploja.

Lisään tähän samaan ketjuun myöhemmän Postglacial genomes from foragers across Northern Eurasia reveal prehistoric mobility associated with the spread of the Uralic and Yeniseian languages -tutkimuksen tuloksia (https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... 1.560332v1) liittyen siihen, oliko Jakutiassa N-haploja ennen Ymjahtahia. Tässä tuoreessa paperissa on N-haplo, joka edustaa Syalach-kulttuuria:
Syalach-Belkachi culture Kangalassy Republic of Sakha (Yakutia), Yakutsk City SAK-015 single burial I15934 4354-4260 calBCE D4b1c N

Sen ajoitus on aika lähellä Onnyoksen ajoitusta:
Belkachi culture Middle Neolithic SW Yakutia Onnyos N5a 4340-4235 cal BCE D4b1c/D3, Q1b1b-pre-YP3961

Matta on vähän vanhempi:
Early Neolithic SW Yakutia Matta-1 N2a 4895-4725 calBCE F1d,

Ne ovat kaikki aika samantapaisia autosomaalisesti ja itse asiassa kaikilla on tuota ns. Ymjahtah-perimää, jolloin Kolyma-Mesoon verrattuna kaikki ovat saaneet ikään kuin uutena komponenttina tätä Ymjahtahia. Sitä on vähän myös mesoliittisella irk00x/Dzhylinda-näytteellä.

[Jaska]

Lopullinen tuotos on nyt vapaasti luettavissa:
https://academic.oup.com/gbe/article/16 ... 63/7634480

Jakutia_LateNeolithic = 50 % Itä-Baikalia + 50 % Jakutia_MiddleNeolithic
< Jakutia_MN = 70 % Dzhylinda + 30 % Länsi-Baikalia

Nganasaneja ei sanota suoriksi Jakutia_LN:n jälkeläisiksi vaan kerrotaan, että heissä on vähemmän Itä-Baikal-perimää ja enemmän Jakutia_MN-perimää kuin Jakutia_LN:ssä. Eli nganasanit ja Jakutia_LN ovat ikään kuin "veljeksiä".

Myös kaikki siperianuralilaiset näyttävät selittyvän paremmin Jakutia_MN:n kuin Jakutia_LN:n pohjalta, jos verrataan qpAdm-analyysin P-arvoja. Tämähän on suoraan ristiriidassa Zeng et al. kanssa, joiden mielestä juuri Jakutia_LN selittää uralilaiset väestöt parhaiten. Lopputulos: homma on edelleen levällään, eikä selvää kuvaa ole saatu muodostettua. Jokainen uusi vertailu ja tulkinta saattaa olla parempi kuin tähänastiset.

"While Yakutia_LN does not provide fitting models for the above-listed present-day Siberian populations, all present- day Siberian populations have higher outgroup-f3 values with Yakutia_LN/Nganasan than with the sources in the model, Yakutia_MN and Krasnoyarsk_MLBA (supplementary fig. S4and tables S8 and S9, Supplementary Material online). Based on our results, we hypothesize that the true source of the Siberian ancestry in these populations likely stemmed from an unsampled population more closely related to Yakutia_LN/Nganasan than the sampled Yakutia_MN is, but not sharing the ANA gene flow with Yakutia_LN/ Nganasan."

[Kinaporin kalifi]

Yhteys tökkii, mutta alustavasti tilanne näyttäisi siltä että tässä paperissa kra001 eli Krasnoyarsk_BA (- ja sama vaikutus olisi ilmeisesti Tatarkan näytteillä) ei ole ryhmässä Jakutia_LN(-BA), toisin kuin paperissa Zeng et al. Supplementin Fig 4 mukaan ainakin manseja selittää parhaiten kra001, EDIT ml. nganasan ja tämä voisi liittyä siihen että he eivät ole samassa mittakaavassa kuin esim. samojedit sekaantuneet muihin siperialaisryhmiin uralilaisiin liittyvän siperialaisen perustajaryhmän hajaantumisen jälkeen. EDIT Toisaalta liitteen taulukon 6 mukaan nganasan olisi noin kaksi kolmasosaa kra001 ja kolmasosa Jakutia_MN. Eli, kun kra001 vähenee, yhteys ainakin manseihin vähenee?

Hieman sekavaa kyllä silti, esim. Fig 4: mistä Krasnoyarsk_MLBA sitten tähän hyppää? Se ei näytä edes olevan taulukossa muiden näytteiden kanssa.

[Jaska]

Jännää on sekin, miten Grönlantiin on päässyt puhdasta Jakutia_MN-porukkaa sekoittumatta intiaaniperimään. Tai sitten paras P-arvo ei edustakaan todellisia juuria, tai sitten paras sekoitus klassikoita ja tyylikkäimpiä uutuuksia on vielä löytämättä.

[Kinaporin kalifi]

Jännää on sekin, miten Grönlantiin on päässyt puhdasta Jakutia_MN-porukkaa sekoittumatta intiaaniperimään. Tai sitten paras P-arvo ei edustakaan todellisia juuria, tai sitten paras sekoitus klassikoita ja tyylikkäimpiä uutuuksia on vielä löytämättä.

Voisin itse joka tapauksessa lyödä lantin vetoa sen puolesta, että kra001 ja Tatarkan näytteet ovat uralinpuhujien siperialainen juuri. Ihan fiksun oloisen nettiarkeologin mukaan kyse ei kuitenkaan olisi varsinaisesta Samus-ryhmästä, vaan jostain sitä edeltävästä tai siihen johtavasta ryhmästä. Samus tai Samus-Angara sopisivat kuitenkin ajoituksen ja arkeologian osalta varsin hyvin kuvaan.

[Kristiina]

Tähän minäkin voin uskoa:

While Yakutia_LN does not provide fitting models for the above-listed present-day Siberian populations, all present-day Siberian populations have higher outgroup-f3 values with Yakutia_LN/Nganasan than with the sources in the model, Yakutia_MN and Krasnoyarsk_MLBA ... . Based on our results, we hypothesize that the true source of the Siberian ancestry in these populations likely stemmed from an unsampled population more closely related to Yakutia_LN/Nganasan than the sampled Yakutia_MN is, but not sharing the ANA gene flow with Yakutia_LN/Nganasan.

Tuo väestö ei vaan tällä vauhdilla pääse minun elinaikana kirjoihin ja kansiin.

[Kinaporin kalifi]

...we hypothesize that the true source of the Siberian ancestry in these populations likely stemmed from an unsampled population more closely related to Yakutia_LN/Nganasan than the sampled Yakutia_MN is, [/b]but not sharing the ANA gene flow with Yakutia_LN/Nganasan[/b].

Eli, jos muistan oikein, näistä Jakutia_MN on ANE-vetoisin. Oletettu perustajaryhmä on lähempänä Jakutia_LN-ryhmää, mutta a. tämä ryhmä ei jaa kasvavaa ANA-altistusta Jakutia_LN-ryhmän kanssa vai b. on altistunut enemmän ANA-perimälle kuin Jakutia_LN?

EDIT edellisen Fig 4 pohjalta kra001-näytteellä on enemmän neoliittista itäbaikalia kuin nganasaneilla, joten b. eli uralilaisiin oletettavasti liittyvä siperialainen perustajaryhmä on enemmän itäaasialainen, vähemmän ANE-pohjainen kuin Jakutia_LN/Nganasan. Ilmeisesti siis käytännössä eteläisempi, mikä sopii kra001:n löytöpaikan sijaintiin Kanskin metsäaron vaiheilla ja Tatarka-vuoren näytteisiin hieman enemmän lounaassa. Kanskin metsäaro on itäisten Samus-tyypin kirveslöytöjen keskittymä, saattaa liittyä asiaan, vaikka eräs nettiarkeologi ei siis halunnutkaan kytkeä näitä näytteitä Samus-kultuuriin.

[Jaska]

Katselin taas arpajaisia täydennystaulukossa S6. Väestöille saadaan aivan erilaisia tuloksia riippuen siitä, mitä tavoitellaan:

1. Valitaan kaikille väestöille vahvin yksittäinen qpAdm-lukema. Tulos: eri väestöt koostuvat kirjavasti keskenään erilaisista komponenteista.
2. Valitaan validiuskynnyksen ylittävistä qpAdm-lukemista kokonaistaloudellisin, eli niin että yhteensä mahdollisimman vähistä perimäkomponenteista saadaan muodostettua kaikki väestöt.

Ei ole mitään keinoa arvioida etukäteen, kumpi metodi tuottaisi parhaiten muinaista todellisuutta vastaavia tuloksia. Oikea valinta saattaa olla myös jonkinlainen näiden hybridi.

Menetelmänä qpAdm on varmaan ihan kelvollinen, mutta sen tulosten uskottavuus riippuu täysin siitä, mihin väestöihin verrataan ja millä tavoitteella sitä käytetään. Vaihtelu on tuloksissa erittäin suurta, ja mahdollisia mallinnuksia voi löytää niin paljon kuin vain jaksaa pyöritellä eri väestöjä myllyssä.

Uskottavin tulos saataisiin varmaankin ankkuroimalla kehitys väliportaisiin eli eri-ikäisiin muinaisnäytteisiin, joista on jatkuvuus alueen myöhempiin väestöihin. Geneettisiä muutoksia on voinut tapahtua kaikkialla aivan jatkuvasti, joten on turha odottaakaan, että oikeaa vastausta voisi löytää pelkästään yksinkertaisella vertailulla nykyväestö vs. jokunen vuosituhansien takainen väestö.