Saag 2019 Arrival of Siberian Ancestry...

[perttimp]

V12 ja V11 ovat sellaisia, joissa ei siperiaa (Nganasan). V10 ja OLS10, näissä on siperiaa ja kuvasta näkyy, että lähisuvussa on karjalaa ja vepsää.
Vastaavasti V12:n ja V11:n lähisuvusta puuttuu karjala ja vepsä eli ovat täys baltteja ilman vepsän tai karjalan tuomaa siperia-maustetta.

[Jaska]

Mielenkiintoisinta tässä tutkimuksessa on erilaisten siperiaperimien erottelun tarkkuus. Se, mihin paperissa viitataan siperialaisena, on keskisiperialaista, huipussaan nganasaneissa. Se ilmestyy Viroon vasta rautakaudella.

Kuitenkin länsisiperialaista (huipussaan hanteissa) on jo Viron kampakeraamikoilla n. 25 %! Ja juuri tämä siperialainen on sitä samaa, jota on myös Kuolan varhaispronssikautisen BOO:n siperialaisen perimän enemmistö. BOO:ssa on lähes 40 % länsisiperialaista, n. 10 % keskisiperialaista, n. 7 % itäsiperialaista ja vielä muutama prosentti kaakkoisaasialaista ja itäaasialaista.

Näyttää myös ilmeiseltä, että Lapissakin länsisiperialaista perimää oli jo varhain, siis jo ennen BOO:ta. Muuten olisi vaikea selittää, miksi Ruotsin saamelaisilla on noin puolet perimästä metsästäjää ja puolet länsisiperialaista - siis enemmän kuin BOO:ssa!

Kuolan saamelaisissa länsisiperialaista on jo vähemmän, n. 33 %. Heissä on myös hajaprosentteja keski- ja itäsiperialaista, kuten BOO:ssakin. Sama pätee levänluhtalaisiin. Näyttääkin siltä, että vaikka BOO-perimä levisi Suomeen, niin Skandinaviaan asti se ei juurikaan levinnyt, koska siellä länsisiperialaisen perimän osuus on suurempi kuin BOO:ssa ja kaikki pienemmät siperialaisperimät puuttuvat.

Tietysti tuo länsisiperialainen voi olla alkuaan Volgan-Uralin alueen perimää. Se olisi vain Volgalla korvautunut myöhempien asutusaaltojen kerrostuessa sitä syrjäyttämään. Silti mareissa ja udmurteissa sitä on vielä n. 40-45 %.

Länsisiperialainen perimä olisi siis voinut levitä tänne joko heti jääkauden jälkeen (mikä on epätodennäköistä, koska Karjalan itäisellä metsästäjällä sitä ei juurikaan ole) tai sitten kampakeramiikan mukana. Virossa kampakeramiikan geneettinen vaikutus olisi ehkä jäänyt pienemmäksi, koska alueella oli jo tiivis asutus ja maataloutta kampakeramiikan levitessä. Suomi oli paljon harvemmin asuttu, samoin Lappi, joten alkuperäinen runsas länsisiperialaisuus olisi täällä säilynyt paremmin.

Ajatuksia?

[Kinaporin kalifi]

Ajatuksia?

Admixturen luoma moderni "länsisiperia" jne. saattaa olla harhaanjohtava käsite, jos siinä on eri alueilla osajuurina erilaisia muinaisryhmiä, ml. silti joku yhteinen juuriryhmä. Voi siis ehkä olla niin, että ANE, WSHG tai Sintashta_o-tyylinen yhteinen juuri näkyy länsisiperiana alueilla, jotka jakavat vain osan tiettyä yhteistä muinaisperimää ja eroavat muilta osin.

[Jaska]

Ajatuksia?

Admixturen luoma moderni "länsisiperia" jne. saattaa olla harhaanjohtava käsite, jos siinä on eri alueilla osajuurina erilaisia muinaisryhmiä, ml. silti joku yhteinen juuriryhmä. Voi siis ehkä olla niin, että ANE, WSHG tai Sintashta_o-tyylinen yhteinen juuri näkyy länsisiperiana alueilla, jotka jakavat vain osan tiettyä yhteistä muinaisperimää ja eroavat muilta osin.

Erilaisia, silti yhteinen... Miten ohjelma voisi tulkita noin ison perimäosan yhteiseksi, jos se ei oikeasti olisi yhteistä?

[Kinaporin kalifi]

Ajatuksia?

Admixturen luoma moderni "länsisiperia" jne. saattaa olla harhaanjohtava käsite, jos siinä on eri alueilla osajuurina erilaisia muinaisryhmiä, ml. silti joku yhteinen juuriryhmä. Voi siis ehkä olla niin, että ANE, WSHG tai Sintashta_o-tyylinen yhteinen juuri näkyy länsisiperiana alueilla, jotka jakavat vain osan tiettyä yhteistä muinaisperimää ja eroavat muilta osin.

Erilaisia, silti yhteinen... Miten ohjelma voisi tulkita noin ison perimäosan yhteiseksi, jos se ei oikeasti olisi yhteistä?

En oikeasti ymmärrä proseduuria, siitä huolimatta että yritin joskus tutustua ohjelman taustamateriaaliin. Jonkun Admixture-asiantuntijan pitäisi kommentoida asiaa. Silti, on tarkasteltu osaperimä kuten "länsisperia" ymmärtääkseni kuitenkin ainakin osin yhteistä, vaan ei välttämättä kokonaan. Ei Admixture siis valehte, se ei vaan ole täsmällinen.

[jussipussi]

Jaskan pyörittelyt näyttävät minusta asiallisilta. Enpä äkkiseltään keksi mitään inttämistä

[Kinaporin kalifi]

Polakin ajon pohjalta:

Baltic_EST_IA_0LS10
Baltic_EST_BA 0.826±0.045
RUS_Sintashta_MLBA_o1 0.174±0.045
chisq 12.527
tail prob 0.564048
Full output

S_01 on, jos oikein muistan, melko WSHG-vetoinen näyte ja Narasimhan et al:n tuore tutkimus taas osoitti että WSHG vaikutti perimään lännessä ainakin Volgan ja Kaman yhtymäkohdan vaiheille asti. Oliko OLS10 siis "länsi- tai keskisiperialainen" tältä pohjalta? Minusta ei, koska kyse on suoraviivaisemmin nimenomaan ANE/WSHG-pohjaisesta muinaisperimästä.

Vrt.

"The Botai and more recent ancient genomes from Siberia show a decrease in contributions from so-called ‘ancient North Eurasian’ ancestry over time, which is detectable only in the northern-most ‘forest-tundra’ cline.

The northernmost grouping, which they term "forest-tundra", includes Russians, all Uralic language-speakers, which includes Hungarian, Finnish and Estonian, and Yeniseian-language speakers, of which only one remains today and is spoken in central Siberia."

https://www.nature.com/articles/s41559-019-0878-2

[Jaska]

Polakin ajon pohjalta:

Baltic_EST_IA_0LS10
Baltic_EST_BA 0.826±0.045
RUS_Sintashta_MLBA_o1 0.174±0.045
chisq 12.527
tail prob 0.564048
Full output

Miten tätä luetaan? Mitä nuo numerot ovat?

S_01 on, jos oikein muistan, melko WSHG-vetoinen näyte ja Narasimhan et al:n tuore tutkimus taas osoitti että WSHG vaikutti perimään lännessä ainakin Volgan ja Kaman yhtymäkohdan vaiheille asti. Oliko OLS10 siis "länsi- tai keskisiperialainen" tältä pohjalta? Minusta ei, koska kyse on suoraviivaisemmin nimenomaan ANE/WSHG-pohjaisesta muinaisperimästä.

Vrt.

"The Botai and more recent ancient genomes from Siberia show a decrease in contributions from so-called ‘ancient North Eurasian’ ancestry over time, which is detectable only in the northern-most ‘forest-tundra’ cline.

The northernmost grouping, which they term "forest-tundra", includes Russians, all Uralic language-speakers, which includes Hungarian, Finnish and Estonian, and Yeniseian-language speakers, of which only one remains today and is spoken in central Siberia."

https://www.nature.com/articles/s41559-019-0878-2

Tässä tutkimuksessa on ihan samanlaiset kuvaajat kuin Lamnidis et al. 2018, eli siperialaisen perimän määrä saamelaisissa, suomalaisissa ja volgalaisissa on ihan samaa luokkaa. Tämäkään ei erota nganasan- ja hantiperimää vaan niputtaa ne. Vain Saag et al. 2019 erottaa ne toisistaan. (Tämä tosin sitten erottaa turkkilaisten siperialaisen erilleen.)

[Kinaporin kalifi]

Polakin ajon pohjalta:

Baltic_EST_IA_0LS10
Baltic_EST_BA 0.826±0.045
RUS_Sintashta_MLBA_o1 0.174±0.045
chisq 12.527
tail prob 0.564048
Full output

Miten tätä luetaan? Mitä nuo numerot ovat?

S_01 on, jos oikein muistan, melko WSHG-vetoinen näyte ja Narasimhan et al:n tuore tutkimus taas osoitti että WSHG vaikutti perimään lännessä ainakin Volgan ja Kaman yhtymäkohdan vaiheille asti. Oliko OLS10 siis "länsi- tai keskisiperialainen" tältä pohjalta? Minusta ei, koska kyse on suoraviivaisemmin nimenomaan ANE/WSHG-pohjaisesta muinaisperimästä.

Vrt.

"The Botai and more recent ancient genomes from Siberia show a decrease in contributions from so-called ‘ancient North Eurasian’ ancestry over time, which is detectable only in the northern-most ‘forest-tundra’ cline.

The northernmost grouping, which they term "forest-tundra", includes Russians, all Uralic language-speakers, which includes Hungarian, Finnish and Estonian, and Yeniseian-language speakers, of which only one remains today and is spoken in central Siberia."

https://www.nature.com/articles/s41559-019-0878-2

Tässä tutkimuksessa on ihan samanlaiset kuvaajat kuin Lamnidis et al. 2018, eli siperialaisen perimän määrä saamelaisissa, suomalaisissa ja volgalaisissa on ihan samaa luokkaa. Tämäkään ei erota nganasan- ja hantiperimää vaan niputtaa ne. Vain Saag et al. 2019 erottaa ne toisistaan. (Tämä tosin sitten erottaa turkkilaisten siperialaisen erilleen.)

OLS10 omasi noin viidenneksen osuuden Sintashta_outlier-perimää Uralilta? Toisaalta, OLS10 ei omannut esim. hanti- tai nganasan-perimää.

[Vastandus]

OLS10 omasi noin viidenneksen osuuden Sintashta_outlier-perimää Uralilta? Toisaalta, OLS10 ei omannut esim. hanti- tai nganasan-perimää.

Oma arvioni on että 3% nganasan-tyyppistä ja 8-12% Outlier/WSHG:tä.

[Rekonpoika]

OLS10 omasi noin viidenneksen osuuden Sintashta_outlier-perimää Uralilta? Toisaalta, OLS10 ei omannut esim. hanti- tai nganasan-perimää.

Oma arvioni on että 3% nganasan-tyyppistä ja 8-12% Outlier/WSHG:tä.

Sitten ei onnistuisi taavin sekoitus. Liikaa ajautumaa amin, inkkarien ym kanssa.

[Vastandus]

OLS10 omasi noin viidenneksen osuuden Sintashta_outlier-perimää Uralilta? Toisaalta, OLS10 ei omannut esim. hanti- tai nganasan-perimää.

Oma arvioni on että 3% nganasan-tyyppistä ja 8-12% Outlier/WSHG:tä.

Sitten ei onnistuisi taavin sekoitus. Liikaa ajautumaa amin, inkkarien ym kanssa.

Pronssiviro on väärä baltti. Muutama lisäprosentti maanviljelijää vähentää ajautumaa amien ja inkkarien kanssa.

[Jaska]

Polakin ajon pohjalta:

Baltic_EST_IA_0LS10
Baltic_EST_BA 0.826±0.045
RUS_Sintashta_MLBA_o1 0.174±0.045
chisq 12.527
tail prob 0.564048
Full output

Miten tätä luetaan? Mitä nuo numerot ovat?

OLS10 omasi noin viidenneksen osuuden Sintashta_outlier-perimää Uralilta? Toisaalta, OLS10 ei omannut esim. hanti- tai nganasan-perimää.

Nyt ymmärsinkin: rautakauden virolainen koostuisi 82,6 % pronssikauden virolaisesta ja 17,4 % Sintashta-o1:stä.

Noilla sekoituskaavoilla saadaan tuotettua lukematon määrä enemmän tai vähemmän sopivia sekoituksia, joten ei tuon yhden sovituksen pohjalta voi sanoa, ettei ole hanti- tai nganasan-perimää. Monessa muussa sovituksessa niitä varmasti saataisiin mukaan. Ihan arpapeliä, mitä kaikkea vain keksii ja ehtii kokeilla.

[Rekonpoika]

Oma arvioni on että 3% nganasan-tyyppistä ja 8-12% Outlier/WSHG:tä.

Sitten ei onnistuisi taavin sekoitus. Liikaa ajautumaa amin, inkkarien ym kanssa.

Pronssiviro on väärä baltti. Muutama lisäprosentti maanviljelijää vähentää ajautumaa amien ja inkkarien kanssa.

Se ajautuma kyllä pysyy jos sitä on, ei turkkilaisten ym. prosentit qpadmissa muutu mihinkään vaikka lähi-itää on paljon enemmän. Eli vaikka germaani+pronssiviro+o1+nganasanin pitäisi olla parempi sovitus kuin outlier+pronssiviron mitä en usko ennen kuin näen. Pronssiviro+sintashta outlierien keskiarvon p-arvo on 0.9.

Lisäksi tuossa taavin sovituksessa taitaa olla natufian outgroupeissa joten se saa farmari-ANE-ami-suhteen esitettyä.

[Kinaporin kalifi]

Noilla sekoituskaavoilla saadaan tuotettua lukematon määrä enemmän tai vähemmän sopivia sekoituksia, joten ei tuon yhden sovituksen pohjalta voi sanoa, ettei ole hanti- tai nganasan-perimää. Monessa muussa sovituksessa niitä varmasti saataisiin mukaan. Ihan arpapeliä, mitä kaikkea vain keksii ja ehtii kokeilla.

Kuvittelen ettei qpAdm oikeastaan anna mahdollisuutta luoda monia erilaisia juuriryhmien yhdistelmiä (samalla kohderyhmällä, juuriryhmillä ja ulkoryhmillä) vrt. monet viiteryhmät l. K-arvot Admixturen puolella. Kyllä OLS10 siis näyttäisi suuremmassa määrin ihan oikeasti omaavan nimenomaan Sintashta_o-perimää (tai jotain läheistä ANE/WSHG-muunnosta), eikä hantia, nganasania jne. Toisaalta, näissäkin tietysti voi olla samaa outlier-perimää.

Tähän liittyen onkin mielenkiintoista nähdä, mihin suuntaan Hiitolan muinaisnäytteet oikeasti ovat kallellaan, onko kyseessä EHG (kampakeraamikko?), WHG (muinaisbaltti?) vai WSHG (länsiuralilainen?).

[Jaska]

Noilla sekoituskaavoilla saadaan tuotettua lukematon määrä enemmän tai vähemmän sopivia sekoituksia, joten ei tuon yhden sovituksen pohjalta voi sanoa, ettei ole hanti- tai nganasan-perimää. Monessa muussa sovituksessa niitä varmasti saataisiin mukaan. Ihan arpapeliä, mitä kaikkea vain keksii ja ehtii kokeilla.

Kuvittelen ettei qpAdm oikeastaan anna mahdollisuutta luoda monia erilaisia juuriryhmien yhdistelmiä (samalla kohderyhmällä, juuriryhmillä ja ulkoryhmillä) vrt. monet viiteryhmät l. K-arvot Admixturen puolella. Kyllä OLS10 siis näyttäisi suuremmassa määrin ihan oikeasti omaavan nimenomaan Sintashta_o-perimää (tai jotain läheistä ANE/WSHG-muunnosta), eikä hantia, nganasania jne. Toisaalta, näissäkin tietysti voi olla samaa outlier-perimää.

Pakko sanoa, etten kyllä luota yhtään menetelmään, jolla saadaan tuloksia niin, että jotain tekijää on -30 %!

[Rekonpoika]

Noilla sekoituskaavoilla saadaan tuotettua lukematon määrä enemmän tai vähemmän sopivia sekoituksia, joten ei tuon yhden sovituksen pohjalta voi sanoa, ettei ole hanti- tai nganasan-perimää. Monessa muussa sovituksessa niitä varmasti saataisiin mukaan. Ihan arpapeliä, mitä kaikkea vain keksii ja ehtii kokeilla.

Kuvittelen ettei qpAdm oikeastaan anna mahdollisuutta luoda monia erilaisia juuriryhmien yhdistelmiä (samalla kohderyhmällä, juuriryhmillä ja ulkoryhmillä) vrt. monet viiteryhmät l. K-arvot Admixturen puolella. Kyllä OLS10 siis näyttäisi suuremmassa määrin ihan oikeasti omaavan nimenomaan Sintashta_o-perimää (tai jotain läheistä ANE/WSHG-muunnosta), eikä hantia, nganasania jne. Toisaalta, näissäkin tietysti voi olla samaa outlier-perimää.

Pakko sanoa, etten kyllä luota yhtään menetelmään, jolla saadaan tuloksia niin, että jotain tekijää on -30 %!

-30% qpadmissa tarkoittaa vain että sovitus on huono eli ohjelma toimii.

[Jaska]

Pakko sanoa, etten kyllä luota yhtään menetelmään, jolla saadaan tuloksia niin, että jotain tekijää on -30 %!

-30% qpadmissa tarkoittaa vain että sovitus on huono eli ohjelma toimii.

Miksi pitäisi uskoa, että sovitus, jossa on vain positiivisia osuuksia, olisi uskottava?

[Rekonpoika]

Pakko sanoa, etten kyllä luota yhtään menetelmään, jolla saadaan tuloksia niin, että jotain tekijää on -30 %!

-30% qpadmissa tarkoittaa vain että sovitus on huono eli ohjelma toimii.

Miksi pitäisi uskoa, että sovitus, jossa on vain positiivisia osuuksia, olisi uskottava?

Negatiivisia prosentteja sisältävät tulokset hylätään koskaIhmisen on mahdotonta olla -30% ihmisryhmä x tai edes oranki.

Ohjelma vertaa sekoitustuloksen ja oikean sovitettavan näytteen suhdetta outgroupeihin. Siis jos outgroupeissa ovat sardinialaiset, kiinalaiset ja yorubat ja p-arvo on hyvä (akateemiset paperit hyväksyvät jo >0.05 mutta suurempi parempi, 1 on maksimi ja yli 0.7 voi pitää täysosumana) onnistunut tulos tarkoittaa että sekoitus jakaa outgroupien kanssa yhtä paljon ajautumaa kuin näyte. Ainoa asia mikä pitää tarkistaa on siis outgroupien kattavuus, kaukaisten juuriväestöjen tai niiden sukulaisten tulee olla siellä (esim.kiinalaiset tai amit aasiana, joku sekoittumaton intiaaniryhmä, WHG, ainakin yksi afrikkalaisryhmä Saharan eteläpuolelta...).

[Jaska]

-30% qpadmissa tarkoittaa vain että sovitus on huono eli ohjelma toimii.

Miksi pitäisi uskoa, että sovitus, jossa on vain positiivisia osuuksia, olisi uskottava?

Negatiivisia prosentteja sisältävät tulokset hylätään koskaIhmisen on mahdotonta olla -30% ihmisryhmä x tai edes oranki.

Ohjelma vertaa sekoitustuloksen ja oikean sovitettavan näytteen suhdetta outgroupeihin. Siis jos outgroupeissa ovat sardinialaiset, kiinalaiset ja yorubat ja p-arvo on hyvä (akateemiset paperit hyväksyvät jo >0.05 mutta suurempi parempi, 1 on maksimi ja yli 0.7 voi pitää täysosumana) onnistunut tulos tarkoittaa että sekoitus jakaa outgroupien kanssa yhtä paljon ajautumaa kuin näyte. Ainoa asia mikä pitää tarkistaa on siis outgroupien kattavuus, kaukaisten juuriväestöjen tai niiden sukulaisten tulee olla siellä (esim.kiinalaiset tai amit aasiana, joku sekoittumaton intiaaniryhmä, WHG, ainakin yksi afrikkalaisryhmä Saharan eteläpuolelta...).

Hyvin kuvattu.
Nämä sovitukset ovat kuitenkin "toisen asteen" tulos, verrattuna esim. suoriin Admixture-ajoihin, missä ohjelma etsii itse komponentit eikä tarvitse testailla, sovitella ja arvailla.